ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49029

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.024, 0.049, 0.075, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.049 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.017, 0.051, 0.085, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.051 std_dev=0.034
O2' A 0, 0.064, 0.205, 0.345, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.205 std_dev=0.141
O4' A 0, -0.037, 0.117, 0.270, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.117 std_dev=0.153
C2' A 0, -0.019, 0.136, 0.291, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.136 std_dev=0.155
O2 B 0, 0.076, 0.247, 0.418, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.247 std_dev=0.171
C6 B 0, 0.053, 0.225, 0.398, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.225 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.035, 0.211, 0.387, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.211 std_dev=0.176
C2 B 0, 0.040, 0.220, 0.400, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.220 std_dev=0.180
C5 B 0, 0.036, 0.256, 0.475, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.256 std_dev=0.220
O4' B 0, -0.010, 0.218, 0.447, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.218 std_dev=0.229
C4' B 0, 0.022, 0.269, 0.515, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.269 std_dev=0.247
C3' A 0, -0.041, 0.207, 0.454, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.207 std_dev=0.248
C4' A 0, -0.055, 0.201, 0.457, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.201 std_dev=0.256
O3' A 0, 0.017, 0.280, 0.544, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.280 std_dev=0.263
N3 B 0, -0.023, 0.290, 0.602, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.290 std_dev=0.312
C1' B 0, -0.043, 0.275, 0.594, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.275 std_dev=0.318
C5' B 0, -0.019, 0.318, 0.655, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.318 std_dev=0.337
C4 B 0, -0.035, 0.318, 0.670, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.318 std_dev=0.353
O5' B 0, -0.073, 0.379, 0.831, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.379 std_dev=0.452
O5' A 0, -0.086, 0.399, 0.884, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.399 std_dev=0.485
O4 B 0, -0.067, 0.445, 0.957, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.445 std_dev=0.512
C5' A 0, -0.158, 0.378, 0.915, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.378 std_dev=0.537
P A 0, -0.093, 0.445, 0.982, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.445 std_dev=0.538
C3' B 0, -0.138, 0.428, 0.993, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.428 std_dev=0.566
C2' B 0, -0.166, 0.432, 1.030, 2.088 max_d=2.088 avg_d=0.432 std_dev=0.598
OP2 A 0, -0.163, 0.491, 1.145, 2.293 max_d=2.293 avg_d=0.491 std_dev=0.654
OP1 A 0, -0.111, 0.559, 1.229, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.559 std_dev=0.670
P B 0, -0.291, 0.468, 1.228, 2.602 max_d=2.602 avg_d=0.468 std_dev=0.759
O2' B 0, -0.255, 0.553, 1.361, 2.798 max_d=2.798 avg_d=0.553 std_dev=0.808
O3' B 0, -0.237, 0.580, 1.398, 2.858 max_d=2.858 avg_d=0.580 std_dev=0.817
OP1 B 0, -0.544, 0.667, 1.877, 4.080 max_d=4.080 avg_d=0.667 std_dev=1.210
OP2 B 0, -0.652, 0.635, 1.923, 4.271 max_d=4.271 avg_d=0.635 std_dev=1.287

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.21 0.05 0.16 0.07
C2 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.05 0.32 0.20 0.38 0.23
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.10 0.04 0.04 0.06 0.00 0.04 0.08 0.02 0.18 0.10 0.17 0.05
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.02 0.10 0.03 0.05 0.10 0.02 0.01 0.05 0.01 0.18 0.21 0.17 0.12
C4 0.03 0.01 0.08 0.04 0.00 0.08 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.00 0.02 0.40 0.39 0.55 0.38
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.06 0.04 0.06 0.02 0.04 0.02 0.09 0.00 0.02 0.09 0.13 0.13
C5 0.02 0.02 0.11 0.09 0.00 0.08 0.00 0.26 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.11 0.00 0.01 0.43 0.41 0.54 0.40
C5' 0.05 0.17 0.02 0.02 0.26 0.00 0.26 0.00 0.20 0.15 0.23 0.12 0.04 0.02 0.29 0.01 0.01 0.22 0.19 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.10 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.11 0.01 0.02 0.41 0.32 0.42 0.31
N1 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.33 0.19 0.33 0.21
N3 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.04 0.36 0.30 0.48 0.31
O2 0.05 0.00 0.06 0.10 0.01 0.02 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.08 0.28 0.14 0.33 0.17
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.09 0.04 0.09 0.04 0.07 0.05 0.07 0.06 0.00 0.06 0.10 0.05 0.05 0.19 0.04 0.13
O3' 0.02 0.04 0.04 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.11 0.04 0.04 0.08 0.06 0.00 0.07 0.02 0.04 0.19 0.12 0.09
O4 0.03 0.02 0.08 0.05 0.00 0.09 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.07 0.00 0.02 0.41 0.45 0.60 0.42
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.08 0.05 0.02 0.02 0.00 0.15 0.08 0.12 0.11
O5' 0.21 0.32 0.18 0.18 0.40 0.02 0.43 0.01 0.41 0.33 0.36 0.28 0.05 0.04 0.41 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.20 0.10 0.21 0.39 0.09 0.41 0.22 0.32 0.19 0.30 0.14 0.19 0.19 0.45 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.38 0.17 0.17 0.55 0.13 0.54 0.19 0.42 0.33 0.48 0.33 0.04 0.12 0.60 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.23 0.05 0.12 0.38 0.13 0.40 0.01 0.31 0.21 0.31 0.17 0.13 0.09 0.42 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.21 0.14 0.10 0.30 0.13 0.22 0.16 0.13 0.11 0.29 0.22 0.30 0.16 0.37 0.11 0.23 0.43 0.22 0.04
C2 0.24 0.17 0.33 0.24 0.26 0.21 0.16 0.14 0.12 0.08 0.27 0.19 0.49 0.33 0.34 0.22 0.19 0.57 0.27 0.08
C2' 0.05 0.26 0.06 0.10 0.35 0.08 0.30 0.25 0.23 0.19 0.33 0.26 0.20 0.11 0.39 0.04 0.25 0.48 0.09 0.08
C3' 0.14 0.10 0.13 0.06 0.22 0.21 0.18 0.10 0.08 0.04 0.17 0.09 0.26 0.13 0.28 0.18 0.11 0.21 0.25 0.03
C4 0.22 0.20 0.24 0.17 0.31 0.18 0.16 0.21 0.13 0.11 0.34 0.21 0.34 0.21 0.40 0.18 0.31 0.30 0.61 0.17
C4' 0.21 0.06 0.18 0.10 0.11 0.23 0.10 0.14 0.14 0.11 0.08 0.07 0.30 0.14 0.18 0.22 0.06 0.13 0.26 0.05
C5 0.16 0.22 0.14 0.12 0.38 0.16 0.23 0.20 0.13 0.11 0.36 0.21 0.24 0.13 0.48 0.15 0.38 0.16 0.75 0.28
C5' 0.43 0.30 0.36 0.27 0.23 0.41 0.32 0.38 0.40 0.37 0.24 0.28 0.46 0.26 0.19 0.42 0.06 0.11 0.48 0.16
C6 0.14 0.21 0.13 0.12 0.36 0.15 0.25 0.17 0.14 0.10 0.33 0.20 0.26 0.13 0.44 0.15 0.37 0.18 0.67 0.25
N1 0.17 0.19 0.20 0.14 0.31 0.17 0.21 0.14 0.12 0.09 0.30 0.20 0.35 0.20 0.38 0.17 0.27 0.40 0.40 0.07
N3 0.27 0.17 0.34 0.25 0.26 0.21 0.14 0.18 0.12 0.11 0.28 0.19 0.47 0.32 0.34 0.21 0.23 0.49 0.40 0.06
O2 0.26 0.13 0.41 0.32 0.22 0.23 0.14 0.12 0.11 0.08 0.22 0.16 0.60 0.45 0.30 0.22 0.11 0.75 0.07 0.21
O2' 0.14 0.31 0.11 0.20 0.36 0.19 0.31 0.45 0.26 0.25 0.35 0.32 0.11 0.13 0.39 0.15 0.25 0.54 0.17 0.17
O3' 0.07 0.12 0.03 0.06 0.20 0.12 0.19 0.05 0.12 0.09 0.16 0.11 0.13 0.03 0.24 0.10 0.03 0.02 0.02 0.00
O4 0.21 0.20 0.23 0.17 0.29 0.17 0.14 0.22 0.13 0.13 0.34 0.22 0.31 0.21 0.39 0.16 0.31 0.28 0.66 0.19
O4' 0.15 0.14 0.15 0.08 0.23 0.16 0.15 0.11 0.09 0.05 0.22 0.15 0.30 0.15 0.32 0.16 0.16 0.29 0.28 0.03
O5' 0.16 0.37 0.19 0.19 0.45 0.08 0.34 0.15 0.23 0.26 0.45 0.38 0.09 0.15 0.52 0.11 0.19 0.19 0.59 0.27
OP1 0.27 0.55 0.37 0.40 0.72 0.13 0.60 0.12 0.44 0.43 0.67 0.54 0.21 0.38 0.84 0.17 0.36 0.46 0.79 0.46
OP2 0.34 0.62 0.43 0.41 0.75 0.16 0.57 0.12 0.43 0.47 0.74 0.63 0.31 0.39 0.87 0.23 0.41 0.37 0.91 0.47
P 0.19 0.46 0.26 0.27 0.62 0.08 0.47 0.12 0.32 0.33 0.58 0.47 0.13 0.24 0.73 0.12 0.28 0.26 0.74 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.26 0.26 0.36 0.07
C2 0.03 0.00 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.06 0.30 0.06 0.68 0.27
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.02 0.11 0.03 0.11 0.04 0.02 0.10 0.00 0.01 0.07 0.02 0.24 0.23 0.32 0.07
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.11 0.02 0.13 0.02 0.06 0.14 0.01 0.01 0.03 0.01 0.21 0.11 0.25 0.10
C4 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.08 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.00 0.04 0.36 0.25 0.97 0.46
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.05 0.04 0.07 0.03 0.06 0.02 0.09 0.00 0.03 0.34 0.04 0.15
C5 0.02 0.01 0.11 0.11 0.00 0.07 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01 0.03 0.40 0.30 0.98 0.49
C5' 0.08 0.23 0.03 0.02 0.31 0.01 0.29 0.00 0.24 0.20 0.29 0.19 0.05 0.10 0.34 0.01 0.00 0.09 0.01 0.02
C6 0.02 0.00 0.11 0.13 0.00 0.05 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.15 0.01 0.03 0.41 0.16 0.81 0.39
N1 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.33 0.06 0.63 0.25
N3 0.03 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.05 0.32 0.11 0.83 0.36
O2 0.05 0.00 0.10 0.14 0.00 0.03 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.14 0.01 0.08 0.26 0.14 0.58 0.20
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.08 0.06 0.09 0.05 0.07 0.04 0.07 0.05 0.00 0.03 0.09 0.06 0.15 0.46 0.11 0.11
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.02 0.14 0.10 0.15 0.03 0.04 0.14 0.03 0.00 0.05 0.02 0.09 0.20 0.09 0.06
O4 0.03 0.01 0.07 0.03 0.00 0.09 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.00 0.05 0.35 0.32 1.04 0.51
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.05 0.00 0.21 0.36 0.20 0.05
O5' 0.26 0.30 0.24 0.21 0.36 0.03 0.40 0.00 0.41 0.33 0.32 0.26 0.15 0.09 0.35 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.26 0.06 0.23 0.11 0.25 0.34 0.30 0.09 0.16 0.06 0.11 0.14 0.46 0.20 0.32 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.68 0.32 0.25 0.97 0.04 0.98 0.01 0.81 0.63 0.83 0.58 0.11 0.09 1.04 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.27 0.07 0.10 0.46 0.15 0.49 0.02 0.39 0.25 0.36 0.20 0.11 0.06 0.51 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00