ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49033

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O4' A 0, 0.000, 0.078, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C4' A 0, 0.000, 0.093, 0.187, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C3' A 0, 0.000, 0.111, 0.221, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.111 std_dev=0.111
O3' A 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
P A 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C5' A 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187
P B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
O5' A 0, 0.000, 0.252, 0.505, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.252 std_dev=0.252
O4 B 0, 0.000, 0.258, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C5 B 0, 0.000, 0.258, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.258 std_dev=0.258
O5' B 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
C4 B 0, 0.000, 0.269, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.269 std_dev=0.269
C6 B 0, 0.000, 0.284, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C5' B 0, 0.000, 0.303, 0.605, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.303 std_dev=0.303
N3 B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
O4' B 0, 0.000, 0.307, 0.614, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.307 std_dev=0.307
N1 B 0, 0.000, 0.314, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C2 B 0, 0.000, 0.325, 0.649, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C4' B 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C1' B 0, 0.000, 0.333, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O2 B 0, 0.000, 0.360, 0.721, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.360 std_dev=0.360
C3' B 0, 0.000, 0.389, 0.779, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.389 std_dev=0.389
C2' B 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
O2' B 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
O3' B 0, 0.000, 0.456, 0.912, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.456 std_dev=0.456
OP2 B 0, 0.000, 1.090, 2.179, 2.179 max_d=2.179 avg_d=1.090 std_dev=1.090
OP1 A 0, 0.000, 1.102, 2.204, 2.204 max_d=2.204 avg_d=1.102 std_dev=1.102
OP2 A 0, 0.000, 1.450, 2.899, 2.899 max_d=2.899 avg_d=1.450 std_dev=1.450
OP1 B 0, 0.000, 1.482, 2.963, 2.963 max_d=2.963 avg_d=1.482 std_dev=1.482

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.41 0.57 0.05
C2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.48 0.69 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.40 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.43 0.08
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.07 0.37 0.54 0.08
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.38 0.56 0.07
C5 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.28 0.42 0.06
C5' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.05 0.05 0.08 0.07 0.00 0.01 0.08 0.00 0.00 0.25 0.26 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.29 0.42 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.39 0.57 0.07
N3 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.45 0.65 0.09
O2 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.55 0.80 0.11
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.38 0.06
O3' 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.27 0.58 0.11
O4 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.37 0.54 0.08
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.48 0.62 0.05
O5' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.05 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.41 0.48 0.23 0.20 0.37 0.38 0.28 0.25 0.29 0.39 0.45 0.55 0.19 0.27 0.37 0.48 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.57 0.69 0.40 0.43 0.54 0.56 0.42 0.26 0.42 0.57 0.65 0.80 0.38 0.58 0.54 0.62 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.00 0.05 0.07 0.09 0.11 0.06 0.11 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.07 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.08 0.05 0.01 0.09 0.10 0.01
C2 0.01 0.06 0.02 0.04 0.13 0.01 0.12 0.04 0.08 0.05 0.10 0.03 0.00 0.05 0.15 0.00 0.02 0.08 0.10 0.02
C2' 0.07 0.04 0.07 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.08 0.04 0.07 0.09 0.05 0.34 0.24 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01
C4 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.11 0.04 0.01 0.26 0.20 0.01
C4' 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.02 0.09 0.05 0.07 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.04 0.28 0.14 0.06
C5 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.06 0.03 0.34 0.24 0.03
C5' 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.05 0.31 0.14 0.07
C6 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.07 0.06 0.04 0.32 0.22 0.03
N1 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.11 0.04 0.01 0.18 0.15 0.00
N3 0.00 0.05 0.01 0.04 0.12 0.01 0.09 0.03 0.05 0.03 0.09 0.03 0.00 0.04 0.15 0.01 0.01 0.14 0.14 0.01
O2 0.06 0.11 0.07 0.08 0.16 0.05 0.16 0.07 0.13 0.11 0.14 0.07 0.04 0.08 0.16 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04
O2' 0.11 0.06 0.10 0.08 0.02 0.11 0.02 0.08 0.04 0.08 0.02 0.08 0.11 0.07 0.05 0.13 0.08 0.61 0.42 0.07
O3' 0.02 0.04 0.02 0.04 0.11 0.01 0.13 0.04 0.10 0.05 0.08 0.01 0.00 0.03 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
O4 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.09 0.04 0.01 0.27 0.21 0.01
O4' 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.09 0.02 0.01 0.16 0.08 0.03
O5' 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.04 0.04 0.01 0.05 0.08 0.07 0.05 0.08 0.44 0.20 0.10
OP1 0.61 0.62 0.59 0.50 0.54 0.49 0.49 0.36 0.52 0.58 0.60 0.66 0.63 0.47 0.52 0.57 0.33 0.82 0.45 0.24
OP2 0.77 0.75 0.74 0.65 0.57 0.65 0.51 0.51 0.59 0.71 0.68 0.83 0.80 0.62 0.51 0.72 0.48 0.37 0.79 0.35
P 0.05 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.57 0.51 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.17 0.00
C4 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.31 0.35 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00
C5 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.37 0.41 0.05
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.26 0.24 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.29 0.32 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.16 0.02
N3 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.20 0.23 0.03
O2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01
O3' 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.16 0.00
O4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.35 0.41 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.00 0.11 0.05 0.17 0.31 0.05 0.37 0.26 0.29 0.14 0.20 0.02 0.12 0.16 0.35 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.13 0.07 0.17 0.35 0.06 0.41 0.24 0.32 0.16 0.23 0.03 0.06 0.16 0.41 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00