ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49038

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.014, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.014 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.015, 0.027, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.021, 0.035, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.035 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.024, 0.042, 0.059, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.042 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.017, 0.035, 0.054, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.035 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.023, 0.044, 0.064, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.044 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.019, 0.042, 0.064, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.042 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.043, 0.085, 0.127, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.085 std_dev=0.042
C4' A 0, 0.079, 0.130, 0.181, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.130 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.071, 0.126, 0.180, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.126 std_dev=0.054
O2' A 0, 0.074, 0.148, 0.222, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.148 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.099, 0.180, 0.261, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.180 std_dev=0.081
P A 0, 0.091, 0.176, 0.260, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.176 std_dev=0.084
C5' A 0, 0.114, 0.200, 0.285, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.200 std_dev=0.085
N3 B 0, 0.123, 0.224, 0.325, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.224 std_dev=0.101
C2 B 0, 0.123, 0.230, 0.337, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.230 std_dev=0.107
O2 B 0, 0.140, 0.250, 0.361, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.250 std_dev=0.110
O4 B 0, 0.139, 0.278, 0.416, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.278 std_dev=0.139
C4 B 0, 0.159, 0.313, 0.466, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.313 std_dev=0.153
N1 B 0, 0.166, 0.325, 0.484, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.325 std_dev=0.159
C1' B 0, 0.169, 0.328, 0.487, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.328 std_dev=0.159
O5' A 0, 0.144, 0.309, 0.474, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.309 std_dev=0.165
C2' B 0, 0.196, 0.370, 0.545, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.370 std_dev=0.174
O4' B 0, 0.179, 0.357, 0.535, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.357 std_dev=0.178
O2' B 0, 0.194, 0.381, 0.568, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.381 std_dev=0.187
C4' B 0, 0.193, 0.383, 0.573, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.383 std_dev=0.190
OP2 B 0, 0.124, 0.316, 0.508, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.316 std_dev=0.192
C3' B 0, 0.210, 0.404, 0.597, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.404 std_dev=0.193
O3' B 0, 0.219, 0.414, 0.608, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.414 std_dev=0.195
O5' B 0, 0.177, 0.381, 0.585, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.381 std_dev=0.204
C5' B 0, 0.180, 0.384, 0.589, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.384 std_dev=0.204
OP2 A 0, 0.092, 0.308, 0.523, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.308 std_dev=0.216
P B 0, 0.132, 0.352, 0.573, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.352 std_dev=0.221
OP1 A 0, 0.120, 0.368, 0.616, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.368 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.183, 0.438, 0.693, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.438 std_dev=0.255
C5 B 0, 0.183, 0.441, 0.699, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.441 std_dev=0.258
OP1 B 0, 0.115, 0.411, 0.706, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.411 std_dev=0.295

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.27 0.14 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.12 0.00 0.25 0.20 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.28 0.13 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.14 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.14 0.00 0.22 0.20 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.26 0.10 0.06
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.17 0.00 0.18 0.23 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.14 0.11 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.17 0.00 0.18 0.24 0.04
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.19 0.01 0.16 0.23 0.04
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.15 0.00 0.21 0.22 0.04
N2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.09 0.00 0.27 0.19 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.10 0.00 0.26 0.18 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.20 0.01 0.14 0.25 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.14 0.00 0.22 0.19 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.34 0.10 0.10
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.23 0.11 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.01 0.26 0.13 0.07
O5' 0.08 0.12 0.02 0.01 0.14 0.01 0.17 0.00 0.17 0.19 0.15 0.09 0.10 0.20 0.14 0.05 0.07 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.19 0.00 0.15 0.25 0.04
OP1 0.27 0.25 0.28 0.23 0.22 0.26 0.18 0.14 0.18 0.16 0.21 0.27 0.26 0.14 0.22 0.34 0.23 0.26 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.20 0.13 0.14 0.20 0.10 0.23 0.11 0.24 0.23 0.22 0.19 0.18 0.25 0.19 0.10 0.11 0.13 0.01 0.25 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.10 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.09 0.10 0.11 0.12 0.17 0.14 0.13
C2 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.12 0.10 0.09
C2' 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.08 0.09 0.10 0.11 0.16 0.14 0.13
C3' 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08 0.09 0.10 0.09 0.07 0.09 0.09 0.11 0.17 0.15 0.13
C4 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.10 0.07 0.07 0.09 0.09 0.14 0.11 0.11
C4' 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.10 0.11 0.13 0.14 0.20 0.17 0.16
C5 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.06 0.08 0.09 0.13 0.10 0.10
C5' 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.15 0.13 0.16 0.13 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.16 0.17 0.23 0.19 0.19
C6 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09
C8 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.12 0.08 0.07 0.11 0.11 0.15 0.12 0.12
N1 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.09 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.11 0.10 0.09
N2 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.12 0.10 0.09
N3 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.14 0.11 0.10
N7 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.10 0.11 0.07 0.06 0.09 0.09 0.13 0.10 0.10
N9 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.12 0.08 0.08 0.10 0.10 0.15 0.12 0.12
O2' 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.08 0.09 0.10 0.12 0.18 0.15 0.14
O3' 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.17 0.16 0.13
O4' 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.14 0.10 0.12 0.13 0.13 0.19 0.15 0.15
O5' 0.34 0.34 0.35 0.33 0.34 0.34 0.34 0.33 0.34 0.34 0.33 0.33 0.36 0.33 0.34 0.34 0.33 0.37 0.32 0.33
O6 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09
OP1 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.12 0.12 0.11 0.07 0.12 0.08 0.09 0.12 0.12 0.11
OP2 0.19 0.22 0.19 0.17 0.21 0.16 0.19 0.12 0.19 0.20 0.22 0.23 0.20 0.16 0.22 0.17 0.11 0.09 0.09 0.08
P 0.12 0.12 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.08 0.12 0.12 0.12 0.12 0.14 0.10 0.13 0.12 0.08 0.13 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.03
C2 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.05 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.09 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.07 0.11 0.08 0.08
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.07 0.13 0.09 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.06 0.11 0.06 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.06 0.07 0.06 0.06
O2 0.00 0.00 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.00 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.09 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.08 0.04 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05 0.03
O4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.12 0.10 0.09
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.03
O5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.03 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.05 0.09 0.09 0.11 0.07 0.13 0.04 0.11 0.07 0.07 0.05 0.08 0.08 0.12 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.05 0.05 0.08 0.02 0.09 0.01 0.06 0.04 0.06 0.03 0.04 0.05 0.10 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.04 0.03 0.08 0.02 0.08 0.00 0.06 0.04 0.06 0.03 0.02 0.03 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00