ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49040

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 12, 11, 6, 3, 2, 4, 9, 11, 4, 7, 4, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.035, 0.042, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.042 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.041, 0.049, 0.056, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.049 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.044, 0.053, 0.061, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.053 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.039, 0.049, 0.059, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.049 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.045, 0.055, 0.066, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.055 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.049, 0.061, 0.074, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.061 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.056, 0.069, 0.081, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.069 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.086, 0.106, 0.125, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.106 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.051, 0.073, 0.095, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.073 std_dev=0.022
O2' A 0, 0.143, 0.232, 0.321, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.232 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.049, 0.149, 0.250, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.149 std_dev=0.100
O4' A 0, 0.132, 0.236, 0.339, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.236 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.104, 0.253, 0.402, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.253 std_dev=0.149
C3' A 0, 0.100, 0.265, 0.429, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.265 std_dev=0.165
O3' A 0, 0.139, 0.374, 0.610, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.374 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.221, 0.472, 0.722, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.472 std_dev=0.251
N6 B 0, 0.195, 0.474, 0.752, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.474 std_dev=0.279
O5' A 0, 0.190, 0.469, 0.749, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.469 std_dev=0.280
C5' A 0, 0.136, 0.419, 0.701, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.419 std_dev=0.283
N1 B 0, 0.255, 0.539, 0.822, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.539 std_dev=0.284
C5 B 0, 0.244, 0.548, 0.852, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.548 std_dev=0.304
C4 B 0, 0.264, 0.628, 0.992, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.628 std_dev=0.364
C2 B 0, 0.303, 0.668, 1.032, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.668 std_dev=0.365
N7 B 0, 0.252, 0.660, 1.069, 2.139 max_d=2.139 avg_d=0.660 std_dev=0.409
N3 B 0, 0.299, 0.708, 1.117, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.708 std_dev=0.409
C2' B 0, 0.486, 0.928, 1.370, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.928 std_dev=0.442
N9 B 0, 0.293, 0.745, 1.197, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.745 std_dev=0.452
C8 B 0, 0.290, 0.754, 1.219, 2.207 max_d=2.207 avg_d=0.754 std_dev=0.464
P A 0, 0.463, 0.928, 1.392, 2.580 max_d=2.580 avg_d=0.928 std_dev=0.465
OP1 A 0, 0.577, 1.083, 1.589, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.083 std_dev=0.506
O2' B 0, 0.442, 1.021, 1.601, 3.023 max_d=3.023 avg_d=1.021 std_dev=0.579
C1' B 0, 0.378, 0.958, 1.539, 2.127 max_d=2.127 avg_d=0.958 std_dev=0.581
OP2 A 0, 0.352, 1.150, 1.947, 3.105 max_d=3.105 avg_d=1.150 std_dev=0.798
C3' B 0, 0.856, 2.094, 3.331, 4.139 max_d=4.139 avg_d=2.094 std_dev=1.237
O4' B 0, 0.623, 1.866, 3.109, 3.850 max_d=3.850 avg_d=1.866 std_dev=1.243
O3' B 0, 1.159, 2.645, 4.131, 4.993 max_d=4.993 avg_d=2.645 std_dev=1.486
C4' B 0, 0.870, 2.392, 3.914, 4.761 max_d=4.761 avg_d=2.392 std_dev=1.522
C5' B 0, 1.007, 2.990, 4.974, 5.974 max_d=5.974 avg_d=2.990 std_dev=1.984
O5' B 0, 0.895, 2.888, 4.881, 8.077 max_d=8.077 avg_d=2.888 std_dev=1.993
OP1 B 0, 0.726, 3.156, 5.587, 8.885 max_d=8.885 avg_d=3.156 std_dev=2.431
P B 0, 0.850, 3.301, 5.752, 9.553 max_d=9.553 avg_d=3.301 std_dev=2.451
OP2 B 0, 0.981, 3.637, 6.293, 10.702 max_d=10.702 avg_d=3.637 std_dev=2.656

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.08 0.15 0.09
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.08 0.03 0.13 0.15 0.25 0.18
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04 0.11 0.00 0.02 0.01 0.11 0.20 0.16 0.12
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.02 0.11 0.05 0.07 0.08 0.10 0.02 0.00 0.01 0.16 0.26 0.18 0.17
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.19 0.24 0.34 0.26
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.11 0.08 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.04 0.21 0.26 0.34 0.27
C5' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.10 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.04 0.18 0.19 0.27 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.13 0.13 0.22 0.17
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.16 0.19 0.30 0.23
N4 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.11 0.03 0.20 0.28 0.37 0.29
O2 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.13 0.04 0.11 0.14 0.23 0.15
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.04 0.11 0.00 0.04 0.04 0.06 0.19 0.12 0.07
O3' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.10 0.02 0.13 0.04 0.13 0.06 0.09 0.11 0.13 0.04 0.00 0.02 0.17 0.36 0.26 0.24
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.09 0.08 0.16 0.12
O5' 0.06 0.13 0.11 0.16 0.19 0.02 0.21 0.01 0.18 0.13 0.16 0.20 0.11 0.06 0.17 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.15 0.20 0.26 0.24 0.11 0.26 0.08 0.19 0.13 0.19 0.28 0.14 0.19 0.36 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.25 0.16 0.18 0.34 0.08 0.34 0.11 0.27 0.22 0.30 0.37 0.23 0.12 0.26 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.18 0.12 0.17 0.26 0.02 0.27 0.01 0.22 0.17 0.23 0.29 0.15 0.07 0.24 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.19 0.38 0.66 0.11 0.17 0.09 0.23 0.09 0.09 0.12 0.17 0.17 0.11 0.10 0.25 0.41 0.24 0.80 1.46 1.14 0.96
C2 0.10 0.17 0.34 0.72 0.10 0.26 0.12 0.31 0.11 0.16 0.15 0.14 0.17 0.18 0.11 0.28 0.49 0.14 0.93 1.73 1.32 1.19
C2' 0.13 0.18 0.42 0.56 0.10 0.09 0.10 0.11 0.12 0.10 0.12 0.16 0.22 0.13 0.09 0.19 0.30 0.30 0.67 1.30 1.13 0.81
C3' 0.16 0.17 0.47 0.51 0.11 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11 0.12 0.17 0.23 0.14 0.11 0.21 0.27 0.36 0.60 1.20 1.10 0.71
C4 0.11 0.19 0.33 0.70 0.12 0.24 0.14 0.29 0.13 0.18 0.16 0.15 0.17 0.20 0.12 0.27 0.48 0.17 0.94 1.79 1.37 1.23
C4' 0.17 0.16 0.46 0.57 0.12 0.10 0.09 0.12 0.11 0.10 0.09 0.17 0.19 0.11 0.12 0.21 0.31 0.33 0.67 1.25 1.05 0.77
C5 0.12 0.21 0.34 0.66 0.11 0.18 0.12 0.23 0.11 0.14 0.16 0.18 0.17 0.17 0.11 0.25 0.43 0.23 0.87 1.68 1.29 1.12
C5' 0.18 0.16 0.48 0.55 0.12 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.09 0.18 0.19 0.11 0.13 0.23 0.31 0.35 0.66 1.24 1.04 0.75
C6 0.13 0.21 0.36 0.65 0.12 0.15 0.10 0.21 0.10 0.11 0.15 0.18 0.17 0.14 0.10 0.25 0.41 0.25 0.82 1.58 1.23 1.04
N1 0.11 0.19 0.36 0.67 0.10 0.19 0.10 0.24 0.10 0.11 0.14 0.16 0.17 0.14 0.10 0.26 0.43 0.21 0.85 1.59 1.23 1.06
N3 0.12 0.18 0.33 0.73 0.12 0.28 0.14 0.33 0.13 0.19 0.16 0.14 0.17 0.21 0.13 0.29 0.51 0.14 0.97 1.82 1.39 1.27
N4 0.13 0.19 0.32 0.71 0.13 0.26 0.15 0.32 0.14 0.20 0.16 0.15 0.18 0.23 0.14 0.28 0.50 0.16 0.97 1.86 1.42 1.29
O2 0.12 0.15 0.34 0.75 0.11 0.32 0.14 0.37 0.12 0.17 0.14 0.13 0.17 0.19 0.13 0.30 0.53 0.12 0.97 1.75 1.34 1.23
O2' 0.14 0.16 0.44 0.56 0.10 0.09 0.09 0.12 0.12 0.10 0.09 0.15 0.21 0.11 0.11 0.19 0.29 0.31 0.64 1.19 1.05 0.73
O3' 0.22 0.22 0.52 0.43 0.16 0.22 0.14 0.23 0.16 0.15 0.17 0.22 0.24 0.16 0.17 0.31 0.29 0.45 0.49 1.00 1.11 0.57
O4' 0.15 0.19 0.40 0.65 0.13 0.16 0.09 0.22 0.10 0.09 0.12 0.19 0.17 0.10 0.12 0.25 0.41 0.27 0.77 1.40 1.08 0.91
O5' 0.13 0.13 0.48 0.58 0.09 0.11 0.11 0.13 0.12 0.11 0.08 0.14 0.22 0.15 0.09 0.19 0.31 0.31 0.69 1.34 1.09 0.82
OP1 0.26 0.25 0.69 0.68 0.24 0.26 0.26 0.24 0.26 0.26 0.23 0.26 0.32 0.28 0.25 0.38 0.44 0.29 0.77 1.37 1.06 0.85
OP2 0.18 0.17 0.50 0.61 0.17 0.20 0.22 0.22 0.22 0.23 0.17 0.18 0.30 0.27 0.18 0.19 0.35 0.32 0.70 1.42 1.13 0.86
P 0.14 0.13 0.51 0.59 0.11 0.14 0.14 0.16 0.15 0.14 0.10 0.15 0.23 0.18 0.12 0.19 0.32 0.30 0.69 1.34 1.08 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.34 0.01 0.36 0.54 0.69 0.41
C2 0.03 0.00 0.52 0.55 0.01 0.12 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.25 0.22 0.58 1.02 1.03 0.66
C2' 0.00 0.52 0.00 0.00 0.28 0.02 0.16 0.23 0.28 0.21 0.43 0.51 0.22 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.55 0.70 0.80 0.62
C3' 0.01 0.55 0.00 0.00 0.46 0.01 0.53 0.02 0.61 0.31 0.62 0.46 0.65 0.45 0.30 0.02 0.01 0.02 0.16 0.24 0.39 0.21
C4 0.01 0.01 0.28 0.46 0.00 0.12 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.14 0.12 0.58 1.02 1.06 0.71
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.20 0.21 0.16 0.09 0.25 0.24 0.12 0.34 0.02 0.00 0.02 0.15 0.32 0.14
C5 0.01 0.01 0.16 0.53 0.00 0.19 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.26 0.04 0.73 1.30 1.25 0.93
C5' 0.09 0.10 0.23 0.02 0.08 0.01 0.17 0.00 0.19 0.16 0.15 0.08 0.25 0.21 0.06 0.11 0.22 0.02 0.01 0.19 0.26 0.01
C6 0.02 0.00 0.28 0.61 0.01 0.20 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.35 0.09 0.77 1.37 1.27 0.96
C8 0.01 0.01 0.21 0.31 0.00 0.21 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.44 0.13 0.16 0.68 1.21 1.23 0.93
N1 0.03 0.00 0.43 0.62 0.01 0.16 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.33 0.17 0.69 1.23 1.16 0.83
N3 0.03 0.01 0.51 0.46 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.22 0.50 0.88 0.95 0.57
N6 0.02 0.01 0.22 0.65 0.01 0.25 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.44 0.06 0.85 1.54 1.37 1.10
N7 0.01 0.01 0.09 0.45 0.00 0.24 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.45 0.26 0.09 0.78 1.43 1.36 1.06
N9 0.00 0.01 0.03 0.30 0.00 0.12 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.05 0.01 0.54 0.92 1.00 0.68
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.15 0.34 0.30 0.11 0.25 0.44 0.13 0.15 0.32 0.45 0.24 0.00 0.04 0.24 0.42 0.73 0.61 0.50
O3' 0.34 0.25 0.02 0.01 0.14 0.02 0.26 0.22 0.35 0.13 0.33 0.18 0.44 0.26 0.05 0.04 0.00 0.24 0.20 0.42 0.53 0.38
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.12 0.00 0.04 0.02 0.09 0.16 0.17 0.22 0.06 0.09 0.01 0.24 0.24 0.00 0.28 0.47 0.46 0.27
O5' 0.36 0.58 0.55 0.16 0.58 0.02 0.73 0.01 0.77 0.68 0.69 0.50 0.85 0.78 0.54 0.42 0.20 0.28 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.54 1.02 0.70 0.24 1.02 0.15 1.30 0.19 1.37 1.21 1.23 0.88 1.54 1.43 0.92 0.73 0.42 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.69 1.03 0.80 0.39 1.06 0.32 1.25 0.26 1.27 1.23 1.16 0.95 1.37 1.36 1.00 0.61 0.53 0.46 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.41 0.66 0.62 0.21 0.71 0.14 0.93 0.01 0.96 0.93 0.83 0.57 1.10 1.06 0.68 0.50 0.38 0.27 0.00 0.01 0.01 0.00