ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49041

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 3, 7, 15, 4, 7, 7, 4, 9, 8, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.014, 0.021, 0.028, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.019, 0.029, 0.039, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.018, 0.029, 0.041, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.029 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.023, 0.037, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.031, 0.058, 0.085, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.058 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.041, 0.079, 0.117, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.079 std_dev=0.038
O4' A 0, -0.001, 0.091, 0.184, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.091 std_dev=0.093
C2' A 0, 0.045, 0.142, 0.240, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.142 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.128, 0.238, 0.347, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.238 std_dev=0.109
C4' A 0, 0.009, 0.156, 0.304, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.156 std_dev=0.148
C3' A 0, 0.064, 0.212, 0.361, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.212 std_dev=0.148
O3' A 0, 0.127, 0.346, 0.565, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.346 std_dev=0.219
C5' A 0, 0.010, 0.262, 0.513, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.262 std_dev=0.252
C4 B 0, 0.300, 0.564, 0.827, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.564 std_dev=0.263
N1 B 0, 0.244, 0.508, 0.772, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.508 std_dev=0.264
O5' A 0, 0.057, 0.337, 0.616, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.337 std_dev=0.280
N3 B 0, 0.327, 0.610, 0.892, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.610 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.196, 0.481, 0.765, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.481 std_dev=0.284
C2 B 0, 0.308, 0.711, 1.114, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.711 std_dev=0.403
C5 B 0, 0.291, 0.726, 1.161, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.726 std_dev=0.435
C1' B 0, 0.379, 0.831, 1.283, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.831 std_dev=0.452
N9 B 0, 0.402, 0.869, 1.335, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.869 std_dev=0.466
N6 B 0, 0.168, 0.637, 1.106, 2.254 max_d=2.254 avg_d=0.637 std_dev=0.469
O4' B 0, 0.511, 0.981, 1.451, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.981 std_dev=0.470
P A 0, 0.152, 0.674, 1.196, 2.552 max_d=2.552 avg_d=0.674 std_dev=0.522
C2' B 0, 0.464, 0.988, 1.512, 2.808 max_d=2.808 avg_d=0.988 std_dev=0.524
OP1 A 0, 0.209, 0.854, 1.499, 2.996 max_d=2.996 avg_d=0.854 std_dev=0.645
O2' B 0, 0.441, 1.113, 1.784, 2.956 max_d=2.956 avg_d=1.113 std_dev=0.672
OP2 A 0, 0.154, 0.840, 1.526, 3.273 max_d=3.273 avg_d=0.840 std_dev=0.686
C3' B 0, 0.524, 1.242, 1.960, 3.544 max_d=3.544 avg_d=1.242 std_dev=0.718
C4' B 0, 0.463, 1.206, 1.948, 3.039 max_d=3.039 avg_d=1.206 std_dev=0.742
C8 B 0, 0.464, 1.289, 2.114, 2.899 max_d=2.899 avg_d=1.289 std_dev=0.825
N7 B 0, 0.399, 1.236, 2.073, 2.894 max_d=2.894 avg_d=1.236 std_dev=0.837
O3' B 0, 0.593, 1.666, 2.739, 4.593 max_d=4.593 avg_d=1.666 std_dev=1.073
C5' B 0, 0.449, 1.574, 2.699, 5.195 max_d=5.195 avg_d=1.574 std_dev=1.125
O5' B 0, 0.557, 2.441, 4.326, 6.228 max_d=6.228 avg_d=2.441 std_dev=1.885
P B 0, 0.602, 3.331, 6.060, 8.686 max_d=8.686 avg_d=3.331 std_dev=2.729
OP2 B 0, 0.688, 4.062, 7.436, 9.188 max_d=9.188 avg_d=4.062 std_dev=3.374
OP1 B 0, 0.689, 4.136, 7.583, 10.359 max_d=10.359 avg_d=4.136 std_dev=3.447

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.16 0.12
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.08 0.12 0.24 0.16
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.03 0.06 0.08 0.10 0.00 0.02 0.01 0.04 0.15 0.21 0.09
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.09 0.13 0.09 0.02 0.01 0.01 0.06 0.21 0.25 0.12
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.03 0.13 0.19 0.34 0.20
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.05 0.08 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.15 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.03 0.13 0.20 0.35 0.21
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.08 0.12 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.14 0.03 0.11 0.15 0.28 0.19
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.10 0.22 0.16
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.10 0.15 0.29 0.18
N4 0.03 0.01 0.08 0.13 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.18 0.04 0.14 0.22 0.38 0.22
O2 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.11 0.04 0.07 0.12 0.22 0.15
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.06 0.06 0.11 0.00 0.05 0.04 0.03 0.15 0.23 0.08
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.15 0.02 0.17 0.02 0.14 0.06 0.11 0.18 0.11 0.05 0.00 0.02 0.08 0.30 0.38 0.19
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.06 0.08 0.16 0.15
O5' 0.05 0.08 0.04 0.06 0.13 0.01 0.13 0.01 0.11 0.07 0.10 0.14 0.07 0.03 0.08 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.12 0.15 0.21 0.19 0.09 0.20 0.06 0.15 0.10 0.15 0.22 0.12 0.15 0.30 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.24 0.21 0.25 0.34 0.15 0.35 0.12 0.28 0.22 0.29 0.38 0.22 0.23 0.38 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.16 0.09 0.12 0.20 0.04 0.21 0.01 0.19 0.16 0.18 0.22 0.15 0.08 0.19 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.32 0.36 0.39 0.26 0.27 0.24 0.24 0.23 0.24 0.27 0.31 0.26 0.23 0.26 0.45 0.50 0.37 0.52 0.70 1.67 0.93
C2 0.19 0.32 0.26 0.35 0.20 0.18 0.16 0.24 0.18 0.17 0.29 0.27 0.17 0.18 0.17 0.35 0.42 0.27 0.74 0.99 2.15 1.27
C2' 0.22 0.35 0.35 0.32 0.19 0.23 0.13 0.20 0.13 0.13 0.25 0.31 0.21 0.15 0.17 0.45 0.48 0.35 0.40 0.53 1.50 0.74
C3' 0.24 0.32 0.39 0.36 0.20 0.26 0.13 0.22 0.13 0.13 0.21 0.30 0.21 0.15 0.18 0.49 0.56 0.37 0.35 0.54 1.38 0.65
C4 0.18 0.32 0.26 0.39 0.19 0.19 0.17 0.29 0.19 0.18 0.28 0.27 0.17 0.19 0.17 0.36 0.46 0.26 0.83 1.14 2.35 1.41
C4' 0.34 0.30 0.45 0.46 0.28 0.36 0.24 0.30 0.22 0.26 0.23 0.32 0.26 0.25 0.29 0.55 0.64 0.43 0.35 0.58 1.32 0.66
C5 0.22 0.32 0.29 0.38 0.22 0.19 0.19 0.25 0.20 0.18 0.27 0.29 0.20 0.20 0.19 0.40 0.48 0.29 0.74 1.00 2.17 1.28
C5' 0.38 0.30 0.49 0.51 0.31 0.40 0.28 0.35 0.25 0.31 0.24 0.33 0.28 0.29 0.33 0.59 0.70 0.46 0.35 0.62 1.31 0.66
C6 0.25 0.32 0.32 0.39 0.24 0.22 0.21 0.24 0.22 0.21 0.27 0.30 0.23 0.21 0.22 0.43 0.49 0.33 0.65 0.88 1.99 1.15
N1 0.23 0.32 0.30 0.37 0.23 0.21 0.20 0.22 0.21 0.19 0.27 0.29 0.22 0.20 0.21 0.40 0.46 0.32 0.64 0.85 1.95 1.12
N3 0.17 0.32 0.26 0.38 0.19 0.19 0.16 0.30 0.18 0.18 0.29 0.26 0.16 0.19 0.16 0.34 0.45 0.25 0.84 1.14 2.35 1.42
N4 0.17 0.32 0.26 0.41 0.19 0.21 0.16 0.33 0.19 0.19 0.29 0.27 0.17 0.20 0.16 0.36 0.49 0.25 0.90 1.26 2.50 1.53
O2 0.18 0.32 0.24 0.34 0.19 0.18 0.16 0.24 0.18 0.17 0.30 0.27 0.16 0.18 0.16 0.33 0.39 0.27 0.74 0.97 2.13 1.26
O2' 0.23 0.35 0.37 0.32 0.19 0.26 0.13 0.23 0.15 0.14 0.21 0.31 0.27 0.17 0.17 0.46 0.51 0.37 0.34 0.51 1.28 0.60
O3' 0.22 0.29 0.41 0.36 0.16 0.29 0.15 0.28 0.14 0.18 0.16 0.27 0.26 0.21 0.16 0.51 0.61 0.38 0.35 0.66 1.19 0.54
O4' 0.36 0.31 0.44 0.49 0.32 0.37 0.32 0.34 0.29 0.35 0.27 0.33 0.33 0.34 0.34 0.53 0.62 0.43 0.50 0.71 1.55 0.88
O5' 0.33 0.31 0.45 0.47 0.28 0.34 0.24 0.28 0.22 0.26 0.24 0.33 0.25 0.25 0.28 0.56 0.65 0.41 0.42 0.62 1.52 0.79
OP1 0.36 0.29 0.51 0.54 0.27 0.39 0.22 0.32 0.20 0.26 0.21 0.32 0.23 0.24 0.29 0.62 0.76 0.41 0.42 0.63 1.42 0.75
OP2 0.38 0.40 0.58 0.61 0.34 0.40 0.29 0.36 0.28 0.29 0.33 0.41 0.28 0.28 0.33 0.65 0.76 0.38 0.59 0.78 1.76 1.03
P 0.39 0.34 0.53 0.56 0.33 0.41 0.30 0.35 0.28 0.33 0.28 0.36 0.30 0.32 0.35 0.63 0.73 0.43 0.50 0.69 1.55 0.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.16 0.00 0.30 0.31 0.38 0.33
C2 0.04 0.00 0.39 0.32 0.01 0.14 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.46 0.32 0.32 0.46 0.89 0.42
C2' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.21 0.02 0.12 0.12 0.20 0.18 0.32 0.38 0.16 0.09 0.03 0.00 0.04 0.01 0.44 0.48 0.41 0.40
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.23 0.01 0.26 0.03 0.29 0.26 0.31 0.28 0.30 0.27 0.16 0.02 0.01 0.03 0.47 0.61 0.39 0.38
C4 0.02 0.01 0.21 0.23 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.21 0.26 0.16 0.51 0.49 1.09 0.70
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.08 0.25 0.09 0.14 0.12 0.22 0.09 0.18 0.03 0.00 0.01 0.19 0.42 0.07
C5 0.01 0.01 0.12 0.26 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.24 0.07 0.82 0.91 1.66 1.14
C5' 0.07 0.18 0.12 0.03 0.10 0.01 0.22 0.00 0.17 0.46 0.12 0.18 0.24 0.42 0.19 0.07 0.13 0.01 0.01 0.39 0.43 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.29 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.32 0.14 0.72 0.78 1.69 1.06
C8 0.02 0.01 0.18 0.26 0.01 0.25 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.21 0.21 1.23 1.38 1.77 1.49
N1 0.03 0.00 0.32 0.31 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.41 0.25 0.46 0.47 1.30 0.70
N3 0.04 0.01 0.38 0.28 0.00 0.14 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.42 0.31 0.28 0.43 0.70 0.34
N6 0.02 0.01 0.16 0.30 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.32 0.09 0.89 1.06 2.05 1.34
N7 0.01 0.01 0.09 0.27 0.01 0.22 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.22 0.12 1.22 1.46 2.11 1.62
N9 0.00 0.01 0.03 0.16 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.11 0.01 0.67 0.68 1.04 0.82
O2' 0.03 0.38 0.00 0.02 0.21 0.18 0.21 0.07 0.26 0.25 0.33 0.36 0.26 0.24 0.13 0.00 0.06 0.12 0.23 0.25 0.55 0.22
O3' 0.16 0.46 0.04 0.01 0.26 0.03 0.24 0.13 0.32 0.21 0.41 0.42 0.32 0.22 0.11 0.06 0.00 0.11 0.36 0.59 0.67 0.26
O4' 0.00 0.32 0.01 0.03 0.16 0.00 0.07 0.01 0.14 0.21 0.25 0.31 0.09 0.12 0.01 0.12 0.11 0.00 0.09 0.26 0.19 0.17
O5' 0.30 0.32 0.44 0.47 0.51 0.01 0.82 0.01 0.72 1.23 0.46 0.28 0.89 1.22 0.67 0.23 0.36 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.46 0.48 0.61 0.49 0.19 0.91 0.39 0.78 1.38 0.47 0.43 1.06 1.46 0.68 0.25 0.59 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.89 0.41 0.39 1.09 0.42 1.66 0.43 1.69 1.77 1.30 0.70 2.05 2.11 1.04 0.55 0.67 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.42 0.40 0.38 0.70 0.07 1.14 0.02 1.06 1.49 0.70 0.34 1.34 1.62 0.82 0.22 0.26 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00