ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49042

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 3, 12, 17, 12, 5, 11, 2, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.013, 0.034, 0.056, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.034 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.040 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.016, 0.094, 0.173, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.094 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.021, 0.101, 0.182, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.101 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.053, 0.158, 0.264, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.158 std_dev=0.105
C4' A 0, 0.048, 0.158, 0.268, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.158 std_dev=0.110
C3' A 0, 0.045, 0.176, 0.306, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.176 std_dev=0.130
C6 B 0, 0.222, 0.417, 0.613, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.417 std_dev=0.196
N1 B 0, 0.294, 0.494, 0.693, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.494 std_dev=0.199
O3' A 0, 0.070, 0.280, 0.490, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.280 std_dev=0.210
C5' A 0, 0.052, 0.262, 0.472, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.262 std_dev=0.210
N6 B 0, 0.253, 0.472, 0.690, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.472 std_dev=0.219
C4 B 0, 0.220, 0.443, 0.667, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.443 std_dev=0.224
C2 B 0, 0.274, 0.523, 0.773, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.523 std_dev=0.249
O5' A 0, 0.082, 0.335, 0.589, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.335 std_dev=0.253
N3 B 0, 0.220, 0.474, 0.727, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.474 std_dev=0.253
C5 B 0, 0.166, 0.424, 0.682, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.424 std_dev=0.258
N9 B 0, 0.274, 0.556, 0.837, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.556 std_dev=0.281
C1' B 0, 0.318, 0.635, 0.951, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.635 std_dev=0.316
N7 B 0, 0.180, 0.561, 0.942, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.561 std_dev=0.381
C8 B 0, 0.254, 0.640, 1.025, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.640 std_dev=0.385
C2' B 0, 0.308, 0.784, 1.261, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.784 std_dev=0.477
O4' B 0, 0.409, 0.937, 1.464, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.937 std_dev=0.527
O2' B 0, 0.280, 0.808, 1.336, 2.375 max_d=2.375 avg_d=0.808 std_dev=0.528
C4' B 0, 0.460, 1.174, 1.888, 2.816 max_d=2.816 avg_d=1.174 std_dev=0.714
C3' B 0, 0.371, 1.101, 1.832, 3.077 max_d=3.077 avg_d=1.101 std_dev=0.730
P A 0, 0.278, 1.077, 1.876, 3.039 max_d=3.039 avg_d=1.077 std_dev=0.799
OP1 A 0, 0.142, 1.042, 1.942, 3.983 max_d=3.983 avg_d=1.042 std_dev=0.900
O3' B 0, 0.346, 1.347, 2.349, 4.141 max_d=4.141 avg_d=1.347 std_dev=1.001
C5' B 0, 0.450, 1.571, 2.692, 4.348 max_d=4.348 avg_d=1.571 std_dev=1.121
OP2 A 0, 0.254, 1.745, 3.236, 4.114 max_d=4.114 avg_d=1.745 std_dev=1.491
O5' B 0, -0.149, 1.477, 3.104, 6.421 max_d=6.421 avg_d=1.477 std_dev=1.627
OP1 B 0, 0.237, 2.654, 5.072, 9.930 max_d=9.930 avg_d=2.654 std_dev=2.417
P B 0, -0.606, 1.820, 4.245, 8.714 max_d=8.714 avg_d=1.820 std_dev=2.425
OP2 B 0, 0.243, 2.748, 5.252, 9.269 max_d=9.269 avg_d=2.748 std_dev=2.504

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.16 0.28 0.24
C2 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.12 0.33 0.55 0.25
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.08 0.00 0.02 0.01 0.08 0.20 0.30 0.12
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.02 0.09 0.05 0.09 0.11 0.09 0.02 0.01 0.01 0.13 0.24 0.50 0.20
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.04 0.16 0.46 0.87 0.29
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.14 0.29 0.07
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.04 0.16 0.45 0.93 0.32
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.10 0.14 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.21 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.10 0.04 0.12 0.35 0.73 0.32
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.10 0.28 0.51 0.27
N3 0.02 0.00 0.04 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.14 0.41 0.71 0.27
N4 0.03 0.01 0.05 0.11 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.05 0.18 0.52 0.97 0.30
O2 0.03 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.04 0.11 0.30 0.44 0.23
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.05 0.05 0.06 0.16 0.37 0.09
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.03 0.10 0.05 0.10 0.13 0.10 0.05 0.00 0.02 0.16 0.37 0.86 0.35
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.10 0.18 0.29 0.33
O5' 0.06 0.12 0.08 0.13 0.16 0.02 0.16 0.01 0.12 0.10 0.14 0.18 0.11 0.06 0.16 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.33 0.20 0.24 0.46 0.14 0.45 0.21 0.35 0.28 0.41 0.52 0.30 0.16 0.37 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.55 0.30 0.50 0.87 0.29 0.93 0.36 0.73 0.51 0.71 0.97 0.44 0.37 0.86 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.25 0.12 0.20 0.29 0.07 0.32 0.01 0.32 0.27 0.27 0.30 0.23 0.09 0.35 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.24 0.36 0.47 0.19 0.31 0.17 0.44 0.17 0.18 0.19 0.23 0.20 0.18 0.19 0.33 0.58 0.23 0.53 1.37 0.99 0.68
C2 0.16 0.24 0.25 0.30 0.16 0.19 0.14 0.32 0.15 0.14 0.22 0.21 0.14 0.14 0.14 0.25 0.38 0.16 0.59 1.34 1.15 0.74
C2' 0.19 0.25 0.37 0.42 0.18 0.26 0.15 0.35 0.14 0.15 0.19 0.24 0.19 0.15 0.17 0.36 0.53 0.24 0.45 1.19 0.90 0.50
C3' 0.20 0.23 0.40 0.47 0.18 0.28 0.15 0.37 0.14 0.15 0.17 0.23 0.19 0.16 0.17 0.40 0.60 0.25 0.42 1.19 0.85 0.46
C4 0.16 0.24 0.25 0.32 0.17 0.21 0.15 0.35 0.16 0.15 0.22 0.21 0.15 0.15 0.15 0.25 0.40 0.16 0.65 1.41 1.24 0.83
C4' 0.24 0.23 0.44 0.57 0.21 0.37 0.19 0.48 0.18 0.20 0.18 0.24 0.22 0.20 0.21 0.42 0.72 0.27 0.45 1.30 0.86 0.57
C5 0.17 0.23 0.29 0.39 0.17 0.26 0.15 0.41 0.15 0.14 0.20 0.22 0.15 0.15 0.16 0.28 0.50 0.17 0.64 1.45 1.19 0.84
C5' 0.26 0.23 0.47 0.62 0.22 0.41 0.20 0.54 0.19 0.22 0.19 0.24 0.22 0.21 0.23 0.43 0.79 0.29 0.47 1.34 0.89 0.62
C6 0.19 0.23 0.33 0.44 0.18 0.30 0.15 0.44 0.15 0.16 0.20 0.22 0.15 0.15 0.17 0.31 0.55 0.20 0.61 1.44 1.12 0.80
N1 0.18 0.24 0.30 0.40 0.17 0.26 0.15 0.40 0.15 0.15 0.20 0.22 0.15 0.15 0.16 0.29 0.50 0.18 0.58 1.39 1.09 0.74
N3 0.16 0.24 0.23 0.28 0.17 0.19 0.16 0.31 0.17 0.15 0.23 0.21 0.16 0.16 0.15 0.24 0.35 0.16 0.63 1.36 1.23 0.80
N4 0.17 0.24 0.24 0.30 0.18 0.21 0.17 0.34 0.18 0.17 0.23 0.22 0.17 0.17 0.16 0.24 0.38 0.16 0.68 1.42 1.30 0.88
O2 0.16 0.25 0.23 0.26 0.17 0.16 0.14 0.28 0.16 0.14 0.24 0.22 0.14 0.15 0.15 0.24 0.32 0.16 0.57 1.28 1.13 0.68
O2' 0.20 0.25 0.39 0.44 0.17 0.26 0.14 0.34 0.14 0.14 0.17 0.24 0.20 0.15 0.17 0.38 0.55 0.25 0.40 1.14 0.81 0.43
O3' 0.22 0.24 0.43 0.46 0.18 0.28 0.16 0.36 0.16 0.17 0.17 0.24 0.21 0.17 0.18 0.45 0.60 0.30 0.40 1.12 0.79 0.39
O4' 0.26 0.24 0.42 0.58 0.23 0.41 0.22 0.55 0.20 0.24 0.21 0.25 0.23 0.23 0.24 0.38 0.71 0.28 0.56 1.44 0.98 0.74
O5' 0.23 0.23 0.42 0.55 0.20 0.35 0.17 0.47 0.17 0.18 0.19 0.24 0.19 0.18 0.20 0.41 0.71 0.25 0.48 1.33 0.96 0.64
OP1 0.29 0.28 0.50 0.64 0.24 0.39 0.21 0.49 0.21 0.22 0.22 0.29 0.26 0.22 0.24 0.51 0.84 0.28 0.54 1.28 1.03 0.70
OP2 0.37 0.45 0.62 0.69 0.34 0.47 0.29 0.52 0.28 0.29 0.34 0.45 0.34 0.31 0.32 0.63 0.86 0.32 0.73 1.28 1.16 0.89
P 0.26 0.25 0.46 0.57 0.25 0.35 0.26 0.43 0.25 0.28 0.23 0.26 0.30 0.29 0.26 0.44 0.73 0.26 0.70 1.23 1.13 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.60 0.28 0.19
C2 0.03 0.00 0.28 0.30 0.01 0.11 0.02 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.23 0.37 0.17 0.34 0.94 0.60 0.29
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.14 0.01 0.07 0.03 0.12 0.15 0.21 0.28 0.09 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.29 0.48 0.56 0.24
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.17 0.01 0.14 0.03 0.19 0.16 0.26 0.28 0.17 0.13 0.07 0.02 0.01 0.01 0.40 0.44 0.81 0.37
C4 0.02 0.01 0.14 0.17 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.19 0.09 0.40 0.95 0.61 0.39
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.28 0.36 0.06
C5 0.01 0.02 0.07 0.14 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.15 0.04 0.55 1.15 0.86 0.61
C5' 0.04 0.19 0.03 0.03 0.16 0.01 0.20 0.00 0.21 0.22 0.21 0.17 0.24 0.24 0.13 0.05 0.05 0.02 0.01 0.26 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.22 0.08 0.53 1.17 0.90 0.59
C8 0.01 0.02 0.15 0.16 0.01 0.11 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.12 0.19 0.10 0.68 1.19 0.87 0.74
N1 0.03 0.01 0.21 0.26 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.32 0.13 0.43 1.06 0.76 0.43
N3 0.04 0.00 0.28 0.28 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.23 0.33 0.16 0.29 0.86 0.50 0.23
N6 0.02 0.02 0.09 0.17 0.02 0.11 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.20 0.06 0.62 1.28 1.07 0.73
N7 0.01 0.02 0.09 0.13 0.01 0.11 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.08 0.15 0.06 0.71 1.33 1.05 0.82
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.42 0.89 0.56 0.43
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.10 0.05 0.06 0.05 0.10 0.12 0.18 0.23 0.08 0.08 0.03 0.00 0.04 0.05 0.11 0.37 0.52 0.13
O3' 0.01 0.37 0.02 0.01 0.19 0.02 0.15 0.05 0.22 0.19 0.32 0.33 0.20 0.15 0.07 0.04 0.00 0.02 0.37 0.41 1.12 0.44
O4' 0.00 0.17 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.02 0.08 0.10 0.13 0.16 0.06 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.16 0.50 0.30 0.25
O5' 0.19 0.34 0.29 0.40 0.40 0.02 0.55 0.01 0.53 0.68 0.43 0.29 0.62 0.71 0.42 0.11 0.37 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.60 0.94 0.48 0.44 0.95 0.28 1.15 0.26 1.17 1.19 1.06 0.86 1.28 1.33 0.89 0.37 0.41 0.50 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.60 0.56 0.81 0.61 0.36 0.86 0.37 0.90 0.87 0.76 0.50 1.07 1.05 0.56 0.52 1.12 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.29 0.24 0.37 0.39 0.06 0.61 0.02 0.59 0.74 0.43 0.23 0.73 0.82 0.43 0.13 0.44 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00