ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49043

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 0, 4, 1, 0, 5, 4, 10, 5, 3, 7, 10, 7, 4, 2, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.022 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.029, 0.057, 0.084, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.057 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.022, 0.055, 0.089, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.055 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.116, 0.259, 0.401, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.259 std_dev=0.143
O4' A 0, 0.105, 0.254, 0.403, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.254 std_dev=0.149
O2' A 0, 0.155, 0.324, 0.493, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.324 std_dev=0.169
C4' A 0, 0.178, 0.386, 0.595, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.386 std_dev=0.208
C3' A 0, 0.188, 0.413, 0.638, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.413 std_dev=0.225
N6 B 0, 0.387, 0.664, 0.940, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.664 std_dev=0.276
C6 B 0, 0.387, 0.687, 0.987, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.687 std_dev=0.300
O3' A 0, 0.275, 0.588, 0.902, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.588 std_dev=0.314
N1 B 0, 0.378, 0.699, 1.020, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.699 std_dev=0.321
C5 B 0, 0.444, 0.789, 1.133, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.789 std_dev=0.344
C5' A 0, 0.294, 0.643, 0.991, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.643 std_dev=0.349
N7 B 0, 0.506, 0.869, 1.231, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.869 std_dev=0.362
C2 B 0, 0.476, 0.861, 1.246, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.861 std_dev=0.385
C4 B 0, 0.494, 0.905, 1.315, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.905 std_dev=0.411
C8 B 0, 0.553, 0.971, 1.389, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.971 std_dev=0.418
N3 B 0, 0.552, 0.980, 1.408, 2.035 max_d=2.035 avg_d=0.980 std_dev=0.428
N9 B 0, 0.566, 1.023, 1.481, 1.864 max_d=1.864 avg_d=1.023 std_dev=0.457
O5' A 0, 0.294, 0.769, 1.245, 2.395 max_d=2.395 avg_d=0.769 std_dev=0.476
C1' B 0, 0.707, 1.263, 1.819, 2.444 max_d=2.444 avg_d=1.263 std_dev=0.556
P A 0, 0.463, 1.119, 1.776, 3.671 max_d=3.671 avg_d=1.119 std_dev=0.657
OP1 A 0, 0.465, 1.159, 1.853, 3.821 max_d=3.821 avg_d=1.159 std_dev=0.694
O2' B 0, 1.105, 1.861, 2.618, 3.130 max_d=3.130 avg_d=1.861 std_dev=0.757
OP2 A 0, 0.518, 1.332, 2.147, 4.911 max_d=4.911 avg_d=1.332 std_dev=0.815
O4' B 0, 1.203, 2.036, 2.869, 2.977 max_d=2.977 avg_d=2.036 std_dev=0.833
C2' B 0, 1.119, 1.961, 2.804, 3.028 max_d=3.028 avg_d=1.961 std_dev=0.842
C3' B 0, 1.558, 2.685, 3.812, 3.908 max_d=3.908 avg_d=2.685 std_dev=1.127
C4' B 0, 1.616, 2.806, 3.996, 4.060 max_d=4.060 avg_d=2.806 std_dev=1.190
C5' B 0, 1.869, 3.291, 4.713, 5.026 max_d=5.026 avg_d=3.291 std_dev=1.422
OP2 B 0, 0.752, 2.177, 3.602, 8.189 max_d=8.189 avg_d=2.177 std_dev=1.425
O3' B 0, 1.994, 3.453, 4.911, 4.960 max_d=4.960 avg_d=3.453 std_dev=1.458
O5' B 0, 1.944, 3.653, 5.362, 6.083 max_d=6.083 avg_d=3.653 std_dev=1.709
P B 0, 1.592, 3.331, 5.070, 7.351 max_d=7.351 avg_d=3.331 std_dev=1.739
OP1 B 0, 2.098, 4.411, 6.724, 6.722 max_d=6.722 avg_d=4.411 std_dev=2.313

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.16 0.17 0.14 0.10
C2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.29 0.27 0.22 0.24
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.04 0.18 0.00 0.02 0.01 0.13 0.20 0.10 0.10
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.02 0.11 0.04 0.11 0.07 0.19 0.02 0.01 0.01 0.14 0.25 0.11 0.13
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.36 0.36 0.40 0.38
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.05 0.08 0.05 0.02 0.00 0.02 0.13 0.19 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.02 0.37 0.37 0.44 0.40
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.11 0.06 0.08 0.11 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.17 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.03 0.34 0.32 0.33 0.32
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.27 0.25 0.21 0.22
N3 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.34 0.32 0.32 0.32
N4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.02 0.38 0.39 0.47 0.42
O2 0.04 0.01 0.18 0.19 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.22 0.05 0.25 0.25 0.17 0.19
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.07 0.05 0.15 0.00 0.06 0.04 0.04 0.14 0.14 0.09
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.07 0.02 0.11 0.03 0.12 0.04 0.12 0.08 0.22 0.06 0.00 0.02 0.12 0.27 0.16 0.14
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02 0.00 0.12 0.13 0.22 0.10
O5' 0.16 0.29 0.13 0.14 0.36 0.02 0.37 0.01 0.34 0.27 0.34 0.38 0.25 0.04 0.12 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.27 0.20 0.25 0.36 0.13 0.37 0.17 0.32 0.25 0.32 0.39 0.25 0.14 0.27 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.22 0.10 0.11 0.40 0.19 0.44 0.20 0.33 0.21 0.32 0.47 0.17 0.14 0.16 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.24 0.10 0.13 0.38 0.07 0.40 0.01 0.32 0.22 0.32 0.42 0.19 0.09 0.14 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.14 0.35 0.61 0.12 0.26 0.16 0.30 0.16 0.18 0.12 0.13 0.23 0.21 0.13 0.29 0.37 0.16 1.21 1.89 1.21 1.41
C2 0.16 0.20 0.24 0.58 0.16 0.23 0.17 0.29 0.16 0.21 0.19 0.17 0.19 0.23 0.17 0.39 0.36 0.20 1.27 2.07 1.36 1.55
C2' 0.16 0.20 0.22 0.37 0.15 0.14 0.14 0.16 0.14 0.14 0.17 0.19 0.19 0.15 0.14 0.35 0.26 0.30 0.89 1.55 0.91 1.06
C3' 0.28 0.30 0.21 0.27 0.25 0.28 0.22 0.28 0.22 0.22 0.25 0.30 0.22 0.21 0.25 0.38 0.39 0.47 0.69 1.35 0.80 0.87
C4 0.20 0.21 0.23 0.54 0.19 0.23 0.21 0.29 0.19 0.26 0.20 0.19 0.21 0.27 0.21 0.39 0.34 0.26 1.25 2.12 1.41 1.57
C4' 0.17 0.18 0.31 0.43 0.13 0.17 0.12 0.19 0.13 0.13 0.12 0.18 0.20 0.14 0.13 0.31 0.31 0.31 0.90 1.54 0.96 1.09
C5 0.16 0.17 0.26 0.55 0.15 0.20 0.17 0.26 0.15 0.22 0.15 0.16 0.19 0.24 0.17 0.33 0.32 0.23 1.22 2.06 1.35 1.52
C5' 0.21 0.21 0.29 0.38 0.17 0.21 0.13 0.21 0.13 0.14 0.14 0.23 0.18 0.14 0.17 0.33 0.35 0.39 0.82 1.48 0.94 1.03
C6 0.13 0.15 0.29 0.57 0.13 0.20 0.16 0.26 0.14 0.20 0.12 0.13 0.19 0.22 0.14 0.30 0.33 0.19 1.21 1.99 1.30 1.48
N1 0.13 0.15 0.29 0.58 0.12 0.22 0.15 0.27 0.14 0.19 0.13 0.13 0.20 0.21 0.14 0.32 0.34 0.17 1.23 1.99 1.29 1.48
N3 0.21 0.23 0.23 0.56 0.20 0.25 0.21 0.31 0.20 0.26 0.22 0.21 0.22 0.27 0.22 0.43 0.36 0.25 1.28 2.14 1.42 1.59
N4 0.24 0.23 0.23 0.53 0.22 0.26 0.24 0.33 0.21 0.30 0.22 0.22 0.24 0.30 0.25 0.43 0.35 0.31 1.26 2.17 1.44 1.60
O2 0.16 0.22 0.24 0.59 0.16 0.26 0.17 0.32 0.16 0.21 0.21 0.19 0.18 0.22 0.17 0.42 0.39 0.18 1.30 2.07 1.36 1.56
O2' 0.13 0.13 0.30 0.44 0.11 0.17 0.14 0.19 0.16 0.13 0.12 0.13 0.22 0.15 0.12 0.31 0.27 0.23 0.94 1.50 0.87 1.05
O3' 0.43 0.42 0.25 0.27 0.39 0.49 0.34 0.49 0.32 0.36 0.35 0.43 0.29 0.33 0.39 0.44 0.63 0.66 0.44 1.07 0.63 0.58
O4' 0.13 0.14 0.40 0.64 0.13 0.27 0.17 0.32 0.18 0.18 0.12 0.13 0.26 0.22 0.14 0.28 0.40 0.17 1.19 1.85 1.21 1.39
O5' 0.26 0.27 0.25 0.33 0.22 0.24 0.21 0.25 0.21 0.21 0.21 0.27 0.28 0.23 0.22 0.36 0.33 0.46 0.78 1.51 0.98 1.04
OP1 0.44 0.40 0.32 0.35 0.38 0.49 0.33 0.48 0.31 0.35 0.33 0.43 0.32 0.33 0.39 0.46 0.59 0.68 0.58 1.30 0.85 0.84
OP2 0.39 0.37 0.27 0.31 0.33 0.42 0.26 0.41 0.24 0.29 0.28 0.39 0.22 0.26 0.33 0.45 0.43 0.63 0.69 1.52 0.98 1.02
P 0.32 0.31 0.29 0.34 0.26 0.33 0.21 0.32 0.19 0.22 0.22 0.33 0.22 0.21 0.26 0.41 0.40 0.53 0.73 1.50 0.97 1.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.34 0.01 0.41 0.55 0.45 0.32
C2 0.03 0.00 0.39 0.43 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.24 0.18 0.80 1.21 0.74 0.85
C2' 0.00 0.39 0.00 0.00 0.21 0.01 0.11 0.23 0.20 0.18 0.31 0.38 0.15 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.25 0.42 0.92 0.41
C3' 0.01 0.43 0.00 0.00 0.39 0.00 0.47 0.02 0.52 0.34 0.50 0.36 0.56 0.44 0.28 0.02 0.01 0.02 0.17 0.36 0.69 0.30
C4 0.01 0.01 0.21 0.39 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.21 0.14 0.09 0.86 1.22 0.73 0.86
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.17 0.19 0.14 0.09 0.20 0.20 0.10 0.33 0.03 0.00 0.01 0.18 0.27 0.07
C5 0.01 0.01 0.11 0.47 0.00 0.16 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.22 0.05 1.09 1.61 0.95 1.16
C5' 0.08 0.12 0.23 0.02 0.10 0.01 0.17 0.00 0.19 0.17 0.16 0.10 0.23 0.21 0.08 0.11 0.22 0.01 0.01 0.28 0.19 0.02
C6 0.01 0.00 0.20 0.52 0.01 0.17 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.27 0.08 1.11 1.70 1.02 1.23
C8 0.01 0.02 0.18 0.34 0.01 0.19 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.38 0.19 0.11 1.09 1.50 0.84 1.08
N1 0.02 0.00 0.31 0.50 0.01 0.14 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.24 0.14 0.98 1.50 0.91 1.08
N3 0.03 0.00 0.38 0.36 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.24 0.17 0.69 1.02 0.63 0.70
N6 0.02 0.01 0.15 0.56 0.01 0.20 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.36 0.35 0.06 1.24 1.95 1.17 1.41
N7 0.01 0.02 0.09 0.44 0.01 0.20 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.41 0.27 0.06 1.21 1.80 1.04 1.30
N9 0.01 0.02 0.02 0.28 0.00 0.10 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.08 0.01 0.81 1.08 0.64 0.75
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.21 0.33 0.32 0.11 0.30 0.38 0.22 0.15 0.36 0.41 0.23 0.00 0.07 0.24 0.19 0.41 0.92 0.37
O3' 0.34 0.24 0.02 0.01 0.14 0.03 0.22 0.22 0.27 0.19 0.24 0.24 0.35 0.27 0.08 0.07 0.00 0.24 0.18 0.43 0.61 0.28
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.09 0.00 0.05 0.01 0.08 0.11 0.14 0.17 0.06 0.06 0.01 0.24 0.24 0.00 0.46 0.62 0.33 0.39
O5' 0.41 0.80 0.25 0.17 0.86 0.01 1.09 0.01 1.11 1.09 0.98 0.69 1.24 1.21 0.81 0.19 0.18 0.46 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.55 1.21 0.42 0.36 1.22 0.18 1.61 0.28 1.70 1.50 1.50 1.02 1.95 1.80 1.08 0.41 0.43 0.62 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.74 0.92 0.69 0.73 0.27 0.95 0.19 1.02 0.84 0.91 0.63 1.17 1.04 0.64 0.92 0.61 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.85 0.41 0.30 0.86 0.07 1.16 0.02 1.23 1.08 1.08 0.70 1.41 1.30 0.75 0.37 0.28 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00