ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49044

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 10, 12, 5, 5, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.011, 0.017, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.018, 0.035, 0.053, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.035 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.021, 0.040, 0.060, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.040 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.014, 0.078, 0.143, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.078 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.011, 0.078, 0.146, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.078 std_dev=0.068
C3' A 0, 0.020, 0.123, 0.225, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.123 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.020, 0.129, 0.238, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.129 std_dev=0.109
C4' A 0, 0.012, 0.135, 0.259, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.135 std_dev=0.123
O3' A 0, 0.040, 0.194, 0.347, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.194 std_dev=0.154
C5' A 0, 0.009, 0.241, 0.473, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.241 std_dev=0.232
N6 B 0, 0.140, 0.392, 0.643, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.392 std_dev=0.251
C6 B 0, 0.107, 0.390, 0.673, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.390 std_dev=0.283
N1 B 0, 0.083, 0.375, 0.667, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.375 std_dev=0.292
C5 B 0, 0.134, 0.467, 0.800, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.467 std_dev=0.333
C2 B 0, 0.072, 0.429, 0.785, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.429 std_dev=0.356
N7 B 0, 0.207, 0.564, 0.921, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.564 std_dev=0.357
C4 B 0, 0.112, 0.501, 0.890, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.501 std_dev=0.389
C8 B 0, 0.235, 0.645, 1.054, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.645 std_dev=0.409
N3 B 0, 0.073, 0.483, 0.893, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.483 std_dev=0.410
N9 B 0, 0.177, 0.616, 1.055, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.616 std_dev=0.439
C1' B 0, 0.196, 0.710, 1.224, 2.196 max_d=2.196 avg_d=0.710 std_dev=0.514
C2' B 0, 0.207, 0.743, 1.279, 2.488 max_d=2.488 avg_d=0.743 std_dev=0.536
P A 0, -0.051, 0.511, 1.074, 3.474 max_d=3.474 avg_d=0.511 std_dev=0.563
O2' B 0, 0.268, 0.833, 1.397, 2.818 max_d=2.818 avg_d=0.833 std_dev=0.565
O5' A 0, -0.104, 0.485, 1.075, 2.450 max_d=2.450 avg_d=0.485 std_dev=0.590
C3' B 0, 0.139, 0.744, 1.350, 2.712 max_d=2.712 avg_d=0.744 std_dev=0.605
O4' B 0, 0.133, 0.747, 1.361, 2.478 max_d=2.478 avg_d=0.747 std_dev=0.614
OP1 A 0, 0.111, 0.741, 1.371, 2.517 max_d=2.517 avg_d=0.741 std_dev=0.630
O5' B 0, 0.141, 0.785, 1.429, 2.473 max_d=2.473 avg_d=0.785 std_dev=0.644
O3' B 0, 0.151, 0.797, 1.443, 3.111 max_d=3.111 avg_d=0.797 std_dev=0.646
C4' B 0, 0.106, 0.775, 1.445, 2.797 max_d=2.797 avg_d=0.775 std_dev=0.669
P B 0, 0.222, 0.919, 1.616, 2.903 max_d=2.903 avg_d=0.919 std_dev=0.697
C5' B 0, 0.021, 0.791, 1.562, 2.898 max_d=2.898 avg_d=0.791 std_dev=0.770
OP1 B 0, 0.250, 1.044, 1.838, 3.697 max_d=3.697 avg_d=1.044 std_dev=0.794
OP2 B 0, 0.057, 1.054, 2.052, 4.845 max_d=4.845 avg_d=1.054 std_dev=0.998
OP2 A 0, -0.213, 0.920, 2.053, 6.241 max_d=6.241 avg_d=0.920 std_dev=1.133

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.16 0.31 0.45 0.19
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.03 0.21 0.42 0.66 0.31
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.10 0.13 0.39 0.14
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.21 0.12 0.38 0.15
C4 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.30 0.53 0.90 0.44
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.05 0.09 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.14 0.31 0.09
C5 0.02 0.01 0.03 0.08 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.04 0.32 0.54 0.93 0.46
C5' 0.03 0.10 0.01 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.15 0.10 0.13 0.18 0.08 0.04 0.06 0.02 0.01 0.27 0.34 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.28 0.48 0.81 0.39
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.21 0.41 0.65 0.30
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.03 0.25 0.48 0.78 0.38
N4 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.04 0.32 0.56 0.97 0.48
O2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.07 0.05 0.18 0.36 0.55 0.25
O2' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.08 0.00 0.05 0.05 0.08 0.10 0.27 0.16
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.07 0.02 0.09 0.06 0.08 0.04 0.06 0.08 0.07 0.05 0.00 0.01 0.33 0.25 0.28 0.24
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.24 0.37 0.39 0.18
O5' 0.16 0.21 0.10 0.21 0.30 0.01 0.32 0.01 0.28 0.21 0.25 0.32 0.18 0.08 0.33 0.24 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.31 0.42 0.13 0.12 0.53 0.14 0.54 0.27 0.48 0.41 0.48 0.56 0.36 0.10 0.25 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.66 0.39 0.38 0.90 0.31 0.93 0.34 0.81 0.65 0.78 0.97 0.55 0.27 0.28 0.39 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.31 0.14 0.15 0.44 0.09 0.46 0.01 0.39 0.30 0.38 0.48 0.25 0.16 0.24 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.17 0.20 0.20 0.15 0.16 0.16 0.17 0.16 0.17 0.16 0.16 0.20 0.17 0.15 0.21 0.22 0.14 0.20 0.61 0.44 0.30
C2 0.15 0.19 0.18 0.17 0.15 0.15 0.16 0.14 0.15 0.17 0.18 0.17 0.16 0.18 0.15 0.20 0.19 0.14 0.18 0.60 0.45 0.26
C2' 0.16 0.22 0.18 0.18 0.17 0.15 0.14 0.14 0.15 0.14 0.19 0.21 0.15 0.14 0.15 0.19 0.20 0.15 0.16 0.52 0.34 0.19
C3' 0.20 0.25 0.19 0.19 0.19 0.18 0.15 0.15 0.15 0.15 0.19 0.25 0.15 0.13 0.18 0.20 0.20 0.20 0.16 0.48 0.32 0.16
C4 0.18 0.23 0.19 0.18 0.17 0.16 0.16 0.14 0.16 0.18 0.20 0.21 0.16 0.19 0.17 0.21 0.19 0.16 0.17 0.60 0.44 0.24
C4' 0.18 0.21 0.19 0.20 0.17 0.16 0.14 0.15 0.13 0.14 0.16 0.21 0.16 0.13 0.16 0.20 0.23 0.16 0.18 0.55 0.37 0.24
C5 0.18 0.23 0.20 0.19 0.18 0.16 0.17 0.15 0.16 0.18 0.20 0.22 0.17 0.18 0.17 0.22 0.20 0.16 0.18 0.60 0.43 0.25
C5' 0.21 0.24 0.22 0.21 0.18 0.18 0.14 0.15 0.13 0.14 0.16 0.24 0.17 0.13 0.18 0.23 0.24 0.19 0.18 0.54 0.37 0.24
C6 0.17 0.22 0.20 0.19 0.17 0.16 0.16 0.15 0.16 0.17 0.19 0.20 0.18 0.18 0.16 0.21 0.21 0.15 0.18 0.60 0.43 0.27
N1 0.15 0.19 0.19 0.19 0.16 0.15 0.16 0.15 0.16 0.17 0.17 0.18 0.18 0.18 0.15 0.20 0.20 0.14 0.19 0.60 0.44 0.27
N3 0.16 0.21 0.19 0.17 0.16 0.15 0.16 0.14 0.16 0.18 0.20 0.19 0.16 0.19 0.16 0.20 0.18 0.15 0.18 0.60 0.45 0.25
N4 0.18 0.24 0.20 0.18 0.18 0.16 0.17 0.15 0.16 0.19 0.21 0.22 0.16 0.19 0.18 0.22 0.19 0.17 0.18 0.59 0.43 0.23
O2 0.15 0.16 0.19 0.17 0.15 0.15 0.16 0.15 0.15 0.18 0.16 0.15 0.16 0.19 0.16 0.20 0.19 0.14 0.19 0.61 0.47 0.28
O2' 0.16 0.19 0.18 0.19 0.16 0.16 0.14 0.16 0.13 0.14 0.15 0.19 0.12 0.13 0.15 0.20 0.21 0.15 0.18 0.51 0.33 0.21
O3' 0.26 0.29 0.22 0.21 0.23 0.23 0.18 0.20 0.16 0.18 0.21 0.29 0.14 0.16 0.23 0.23 0.22 0.26 0.19 0.41 0.31 0.15
O4' 0.14 0.15 0.20 0.21 0.14 0.17 0.16 0.19 0.16 0.16 0.14 0.15 0.21 0.18 0.15 0.20 0.24 0.13 0.23 0.64 0.47 0.34
O5' 0.16 0.17 0.21 0.23 0.16 0.18 0.15 0.18 0.14 0.15 0.15 0.17 0.16 0.15 0.15 0.21 0.27 0.14 0.22 0.56 0.37 0.26
OP1 0.18 0.18 0.29 0.31 0.17 0.22 0.16 0.23 0.15 0.16 0.16 0.18 0.16 0.15 0.17 0.33 0.39 0.16 0.24 0.59 0.40 0.32
OP2 0.14 0.13 0.20 0.21 0.13 0.16 0.18 0.15 0.22 0.17 0.17 0.14 0.33 0.21 0.14 0.23 0.28 0.14 0.12 0.54 0.44 0.21
P 0.16 0.16 0.25 0.27 0.14 0.20 0.13 0.20 0.14 0.13 0.14 0.17 0.18 0.13 0.14 0.27 0.33 0.14 0.21 0.60 0.41 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.20 0.10 0.09
C2 0.02 0.00 0.15 0.16 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.20 0.03 0.15 0.43 0.33 0.24
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.08 0.11 0.15 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.13 0.04
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05 0.16 0.10 0.16 0.06 0.13 0.05 0.01 0.00 0.01 0.12 0.13 0.15 0.08
C4 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.09 0.36 0.28 0.17
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.09 0.05 0.08 0.05 0.08 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.15 0.13 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.09 0.41 0.35 0.15
C5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.12 0.08 0.10 0.07 0.11 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.18 0.22 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.09 0.45 0.39 0.18
C8 0.01 0.01 0.08 0.16 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.17 0.03 0.15 0.29 0.29 0.09
N1 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.03 0.12 0.46 0.37 0.22
N3 0.02 0.00 0.15 0.16 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.19 0.03 0.14 0.38 0.27 0.22
N6 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.07 0.03 0.11 0.48 0.44 0.17
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.15 0.03 0.14 0.38 0.37 0.11
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.28 0.22 0.11
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.12 0.14 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.14 0.13 0.05
O3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.03 0.06 0.17 0.13 0.19 0.07 0.15 0.04 0.04 0.00 0.01 0.17 0.29 0.23 0.18
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.20 0.08 0.10
O5' 0.04 0.15 0.06 0.12 0.09 0.01 0.09 0.01 0.09 0.15 0.12 0.14 0.11 0.14 0.06 0.07 0.17 0.09 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.20 0.43 0.12 0.13 0.36 0.15 0.41 0.18 0.45 0.29 0.46 0.38 0.48 0.38 0.28 0.14 0.29 0.20 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.33 0.13 0.15 0.28 0.13 0.35 0.22 0.39 0.29 0.37 0.27 0.44 0.37 0.22 0.13 0.23 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.24 0.04 0.08 0.17 0.01 0.15 0.01 0.18 0.09 0.22 0.22 0.17 0.11 0.11 0.05 0.18 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00