ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49045

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 1, 0, 0, 5, 3, 1, 1, 2, 3, 3, 2, 0, 5, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.021, 0.055, 0.089, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.055 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.019, 0.072, 0.125, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.072 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.170, 0.372, 0.574, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.372 std_dev=0.202
O4' A 0, 0.186, 0.401, 0.617, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.401 std_dev=0.215
N1 B 0, 0.335, 0.559, 0.784, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.559 std_dev=0.224
O2' A 0, 0.160, 0.386, 0.611, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.386 std_dev=0.225
C6 B 0, 0.173, 0.453, 0.734, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.453 std_dev=0.280
C4' A 0, 0.301, 0.611, 0.920, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.611 std_dev=0.309
C3' A 0, 0.306, 0.630, 0.954, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.630 std_dev=0.324
C5 B 0, 0.304, 0.639, 0.973, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.639 std_dev=0.335
O5' A 0, 0.633, 0.973, 1.313, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.973 std_dev=0.340
N6 B 0, 0.264, 0.609, 0.953, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.609 std_dev=0.344
C4 B 0, 0.448, 0.850, 1.252, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.850 std_dev=0.402
C2 B 0, 0.458, 0.869, 1.280, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.869 std_dev=0.411
O3' A 0, 0.435, 0.890, 1.344, 2.228 max_d=2.228 avg_d=0.890 std_dev=0.454
C2' B 0, 0.595, 1.059, 1.524, 2.106 max_d=2.106 avg_d=1.059 std_dev=0.465
N7 B 0, 0.357, 0.831, 1.304, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.831 std_dev=0.473
N9 B 0, 0.535, 1.036, 1.536, 2.063 max_d=2.063 avg_d=1.036 std_dev=0.501
C8 B 0, 0.460, 0.971, 1.482, 2.388 max_d=2.388 avg_d=0.971 std_dev=0.511
N3 B 0, 0.497, 1.020, 1.543, 1.857 max_d=1.857 avg_d=1.020 std_dev=0.523
C5' A 0, 0.518, 1.047, 1.576, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.047 std_dev=0.529
C3' B 0, 0.968, 1.593, 2.219, 2.876 max_d=2.876 avg_d=1.593 std_dev=0.625
P A 0, 0.926, 1.554, 2.182, 3.038 max_d=3.038 avg_d=1.554 std_dev=0.628
O3' B 0, 1.234, 1.894, 2.554, 3.208 max_d=3.208 avg_d=1.894 std_dev=0.660
OP1 A 0, 1.364, 2.046, 2.727, 3.671 max_d=3.671 avg_d=2.046 std_dev=0.682
C1' B 0, 0.647, 1.367, 2.087, 2.414 max_d=2.414 avg_d=1.367 std_dev=0.720
OP2 A 0, 1.189, 2.112, 3.034, 4.536 max_d=4.536 avg_d=2.112 std_dev=0.923
O2' B 0, 0.904, 2.079, 3.254, 3.812 max_d=3.812 avg_d=2.079 std_dev=1.175
C4' B 0, 1.021, 2.205, 3.389, 3.722 max_d=3.722 avg_d=2.205 std_dev=1.184
O4' B 0, 0.854, 2.105, 3.357, 3.863 max_d=3.863 avg_d=2.105 std_dev=1.252
O5' B 0, 1.901, 3.245, 4.588, 5.921 max_d=5.921 avg_d=3.245 std_dev=1.344
C5' B 0, 1.303, 2.937, 4.571, 5.154 max_d=5.154 avg_d=2.937 std_dev=1.634
P B 0, 2.415, 4.210, 6.005, 7.475 max_d=7.475 avg_d=4.210 std_dev=1.795
OP2 B 0, 2.626, 4.648, 6.670, 10.014 max_d=10.014 avg_d=4.648 std_dev=2.022
OP1 B 0, 2.531, 4.891, 7.251, 8.074 max_d=8.074 avg_d=4.891 std_dev=2.360

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.26 0.21 0.23 0.20
C2 0.03 0.00 0.10 0.13 0.02 0.07 0.03 0.13 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.14 0.04 0.45 0.28 0.59 0.43
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.08 0.08 0.17 0.01 0.02 0.01 0.24 0.29 0.13 0.18
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.13 0.07 0.13 0.14 0.18 0.02 0.01 0.01 0.28 0.37 0.15 0.23
C4 0.04 0.02 0.06 0.12 0.00 0.11 0.01 0.20 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.15 0.06 0.58 0.42 0.97 0.64
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.10 0.06 0.09 0.13 0.08 0.06 0.03 0.01 0.02 0.21 0.26 0.08
C5 0.04 0.03 0.08 0.13 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.16 0.08 0.61 0.44 1.01 0.67
C5' 0.04 0.13 0.02 0.02 0.20 0.01 0.21 0.00 0.17 0.12 0.17 0.23 0.12 0.06 0.06 0.02 0.01 0.17 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.13 0.02 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.15 0.08 0.56 0.35 0.78 0.55
N1 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.12 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.07 0.03 0.44 0.26 0.54 0.40
N3 0.03 0.01 0.08 0.13 0.01 0.09 0.02 0.17 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.15 0.04 0.52 0.35 0.80 0.55
N4 0.05 0.04 0.08 0.14 0.02 0.13 0.03 0.23 0.04 0.04 0.03 0.00 0.04 0.07 0.18 0.07 0.60 0.47 1.09 0.70
O2 0.04 0.01 0.17 0.18 0.03 0.08 0.03 0.12 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.14 0.21 0.06 0.37 0.24 0.43 0.33
O2' 0.03 0.08 0.01 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.07 0.14 0.00 0.04 0.06 0.07 0.29 0.32 0.15
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.15 0.03 0.16 0.06 0.15 0.07 0.15 0.18 0.21 0.04 0.00 0.02 0.24 0.44 0.39 0.30
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.04 0.07 0.06 0.06 0.02 0.00 0.20 0.22 0.26 0.18
O5' 0.26 0.45 0.24 0.28 0.58 0.02 0.61 0.01 0.56 0.44 0.52 0.60 0.37 0.07 0.24 0.20 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.21 0.28 0.29 0.37 0.42 0.21 0.44 0.17 0.35 0.26 0.35 0.47 0.24 0.29 0.44 0.22 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.59 0.13 0.15 0.97 0.26 1.01 0.31 0.78 0.54 0.80 1.09 0.43 0.32 0.39 0.26 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.43 0.18 0.23 0.64 0.08 0.67 0.02 0.55 0.40 0.55 0.70 0.33 0.15 0.30 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.28 0.46 0.51 0.17 0.30 0.15 0.31 0.15 0.16 0.19 0.25 0.27 0.19 0.15 0.31 0.31 0.52 0.73 0.95 1.07 0.88
C2 0.17 0.29 0.36 0.58 0.18 0.19 0.16 0.27 0.16 0.19 0.26 0.25 0.18 0.21 0.16 0.32 0.29 0.26 0.74 1.21 1.10 0.92
C2' 0.21 0.23 0.52 0.44 0.18 0.36 0.14 0.42 0.14 0.15 0.16 0.23 0.22 0.15 0.18 0.47 0.30 0.56 0.64 0.86 0.91 0.80
C3' 0.23 0.21 0.55 0.40 0.18 0.47 0.15 0.59 0.15 0.16 0.14 0.22 0.23 0.16 0.18 0.56 0.34 0.67 0.70 0.89 0.91 0.87
C4 0.18 0.29 0.36 0.60 0.19 0.21 0.18 0.32 0.18 0.22 0.25 0.25 0.19 0.23 0.18 0.34 0.30 0.23 0.77 1.32 1.13 0.97
C4' 0.20 0.21 0.50 0.41 0.14 0.53 0.13 0.60 0.15 0.13 0.11 0.22 0.29 0.16 0.14 0.43 0.39 0.75 0.78 0.89 1.02 0.94
C5 0.17 0.28 0.41 0.57 0.17 0.19 0.16 0.24 0.16 0.20 0.22 0.24 0.20 0.22 0.16 0.30 0.29 0.33 0.74 1.19 1.12 0.94
C5' 0.21 0.20 0.52 0.42 0.14 0.58 0.14 0.65 0.17 0.15 0.11 0.22 0.30 0.19 0.14 0.45 0.43 0.79 0.81 0.92 1.04 0.98
C6 0.17 0.28 0.44 0.54 0.17 0.23 0.15 0.24 0.15 0.18 0.21 0.25 0.22 0.20 0.15 0.30 0.30 0.42 0.74 1.08 1.10 0.91
N1 0.17 0.28 0.42 0.55 0.16 0.21 0.15 0.23 0.15 0.18 0.22 0.24 0.22 0.20 0.15 0.29 0.29 0.39 0.73 1.08 1.09 0.90
N3 0.18 0.29 0.34 0.60 0.19 0.24 0.18 0.36 0.19 0.22 0.27 0.25 0.18 0.23 0.18 0.37 0.30 0.21 0.77 1.35 1.13 0.97
N4 0.19 0.29 0.35 0.62 0.20 0.26 0.20 0.41 0.20 0.24 0.26 0.25 0.19 0.25 0.20 0.38 0.31 0.21 0.80 1.43 1.15 1.01
O2 0.17 0.30 0.34 0.58 0.18 0.21 0.16 0.30 0.17 0.19 0.28 0.25 0.17 0.20 0.17 0.34 0.30 0.22 0.74 1.22 1.09 0.91
O2' 0.22 0.21 0.51 0.41 0.16 0.46 0.13 0.56 0.15 0.13 0.14 0.22 0.25 0.13 0.17 0.49 0.35 0.69 0.72 0.85 0.97 0.87
O3' 0.36 0.28 0.61 0.39 0.29 0.68 0.24 0.87 0.21 0.28 0.22 0.31 0.25 0.24 0.31 0.72 0.47 0.84 0.85 1.06 1.01 1.06
O4' 0.26 0.31 0.50 0.53 0.22 0.44 0.21 0.45 0.21 0.23 0.20 0.30 0.34 0.27 0.22 0.33 0.40 0.66 0.81 0.96 1.14 0.97
O5' 0.18 0.21 0.58 0.47 0.13 0.46 0.17 0.55 0.20 0.17 0.13 0.22 0.37 0.23 0.13 0.52 0.35 0.69 0.79 0.94 1.08 0.98
OP1 0.34 0.35 0.88 0.76 0.32 0.56 0.32 0.64 0.32 0.34 0.30 0.37 0.40 0.36 0.33 0.85 0.68 0.66 0.89 1.07 1.29 1.12
OP2 0.52 0.51 0.95 0.89 0.41 0.62 0.26 0.59 0.20 0.32 0.30 0.57 0.29 0.27 0.41 0.92 0.82 0.65 0.87 1.10 1.20 1.06
P 0.27 0.28 0.73 0.66 0.20 0.51 0.20 0.57 0.19 0.24 0.15 0.30 0.35 0.27 0.22 0.65 0.57 0.65 0.87 1.04 1.22 1.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.38 0.01 0.33 0.35 0.42 0.31
C2 0.05 0.00 0.57 0.42 0.02 0.27 0.02 0.32 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.44 0.26 0.51 0.57 0.66 0.75 0.64
C2' 0.01 0.57 0.00 0.01 0.32 0.02 0.19 0.25 0.30 0.23 0.47 0.56 0.23 0.10 0.05 0.01 0.02 0.02 0.67 0.63 0.85 0.68
C3' 0.02 0.42 0.01 0.00 0.38 0.01 0.47 0.03 0.52 0.36 0.49 0.35 0.56 0.46 0.29 0.03 0.01 0.02 0.33 0.37 0.51 0.32
C4 0.02 0.02 0.32 0.38 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.16 0.26 0.51 0.64 0.69 0.55
C4' 0.01 0.27 0.02 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.12 0.38 0.16 0.28 0.18 0.34 0.13 0.34 0.03 0.01 0.02 0.18 0.37 0.09
C5 0.02 0.02 0.19 0.47 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.17 0.08 0.58 0.86 0.84 0.66
C5' 0.10 0.32 0.25 0.03 0.14 0.01 0.20 0.00 0.16 0.44 0.20 0.33 0.25 0.42 0.14 0.09 0.23 0.03 0.01 0.29 0.38 0.01
C6 0.03 0.01 0.30 0.52 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.22 0.19 0.61 0.90 0.90 0.72
C8 0.02 0.02 0.23 0.36 0.01 0.38 0.01 0.44 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.62 0.14 0.32 0.57 0.87 0.73 0.61
N1 0.05 0.01 0.47 0.49 0.02 0.16 0.02 0.20 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.27 0.23 0.38 0.59 0.78 0.85 0.68
N3 0.05 0.01 0.56 0.35 0.01 0.28 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.46 0.27 0.52 0.54 0.59 0.66 0.58
N6 0.03 0.02 0.23 0.56 0.02 0.18 0.02 0.25 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.29 0.27 0.10 0.68 1.06 1.01 0.82
N7 0.02 0.03 0.10 0.46 0.01 0.34 0.01 0.42 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.56 0.20 0.19 0.65 1.04 0.89 0.74
N9 0.01 0.02 0.05 0.29 0.01 0.13 0.01 0.14 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.24 0.13 0.02 0.43 0.57 0.59 0.45
O2' 0.02 0.44 0.01 0.03 0.15 0.34 0.27 0.09 0.21 0.62 0.27 0.46 0.29 0.56 0.24 0.00 0.05 0.23 0.42 0.49 0.74 0.49
O3' 0.38 0.26 0.02 0.01 0.16 0.03 0.17 0.23 0.22 0.14 0.23 0.27 0.27 0.20 0.13 0.05 0.00 0.27 0.25 0.47 0.70 0.40
O4' 0.01 0.51 0.02 0.02 0.26 0.01 0.08 0.03 0.19 0.32 0.38 0.52 0.10 0.19 0.02 0.23 0.27 0.00 0.20 0.33 0.26 0.15
O5' 0.33 0.57 0.67 0.33 0.51 0.02 0.58 0.01 0.61 0.57 0.59 0.54 0.68 0.65 0.43 0.42 0.25 0.20 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.35 0.66 0.63 0.37 0.64 0.18 0.86 0.29 0.90 0.87 0.78 0.59 1.06 1.04 0.57 0.49 0.47 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.75 0.85 0.51 0.69 0.37 0.84 0.38 0.90 0.73 0.85 0.66 1.01 0.89 0.59 0.74 0.70 0.26 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.64 0.68 0.32 0.55 0.09 0.66 0.01 0.72 0.61 0.68 0.58 0.82 0.74 0.45 0.49 0.40 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00