Doublet Group distance statistics: 49046

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 2, 6, 5, 3, 5, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3	A	0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4	A	0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1'	A	0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N4	A	0, 0.002, 0.021, 0.041, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.021 std_dev=0.019
O2	A	0, 0.004, 0.023, 0.043, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.023 std_dev=0.020
O4'	A	0, 0.050, 0.143, 0.235, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.143 std_dev=0.093
C2'	A	0, 0.039, 0.143, 0.247, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.143 std_dev=0.104
C4'	A	0, 0.085, 0.218, 0.350, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.218 std_dev=0.133
O2'	A	0, 0.022, 0.156, 0.291, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.156 std_dev=0.135
C3'	A	0, 0.077, 0.234, 0.391, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.234 std_dev=0.157
N9	B	0, 0.258, 0.454, 0.649, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.454 std_dev=0.195
C8	B	0, 0.257, 0.453, 0.650, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.453 std_dev=0.196
C4	B	0, 0.207, 0.409, 0.612, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.409 std_dev=0.203
C5	B	0, 0.168, 0.373, 0.579, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.373 std_dev=0.206
N7	B	0, 0.197, 0.411, 0.625, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.411 std_dev=0.214
C1'	B	0, 0.329, 0.545, 0.760, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.545 std_dev=0.215
C5'	A	0, 0.145, 0.368, 0.591, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.368 std_dev=0.223
O3'	A	0, 0.118, 0.351, 0.584, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.351 std_dev=0.233
N3	B	0, 0.217, 0.453, 0.689, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.453 std_dev=0.236
C6	B	0, 0.114, 0.361, 0.609, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.361 std_dev=0.247
C2	B	0, 0.190, 0.445, 0.699, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.445 std_dev=0.254
N1	B	0, 0.135, 0.400, 0.664, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.400 std_dev=0.264
N6	B	0, 0.088, 0.379, 0.669, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.379 std_dev=0.291
C2'	B	0, 0.296, 0.595, 0.895, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.595 std_dev=0.299
O4'	B	0, 0.359, 0.662, 0.966, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.662 std_dev=0.303
O2'	B	0, 0.295, 0.713, 1.131, 2.071 max_d=2.071 avg_d=0.713 std_dev=0.418
C4'	B	0, 0.369, 0.797, 1.226, 2.071 max_d=2.071 avg_d=0.797 std_dev=0.429
C3'	B	0, 0.291, 0.735, 1.178, 2.214 max_d=2.214 avg_d=0.735 std_dev=0.444
O5'	A	0, 0.007, 0.467, 0.927, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.467 std_dev=0.460
C5'	B	0, 0.396, 0.898, 1.400, 2.311 max_d=2.311 avg_d=0.898 std_dev=0.502
OP1	A	0, 0.210, 0.747, 1.284, 2.375 max_d=2.375 avg_d=0.747 std_dev=0.537
P	A	0, 0.045, 0.608, 1.172, 2.224 max_d=2.224 avg_d=0.608 std_dev=0.563
O3'	B	0, 0.191, 0.898, 1.605, 3.219 max_d=3.219 avg_d=0.898 std_dev=0.707
OP2	A	0, -0.042, 0.683, 1.408, 2.823 max_d=2.823 avg_d=0.683 std_dev=0.725
O5'	B	0, 0.188, 0.963, 1.738, 3.490 max_d=3.490 avg_d=0.963 std_dev=0.775
OP2	B	0, 0.217, 1.040, 1.864, 3.381 max_d=3.381 avg_d=1.040 std_dev=0.823
P	B	0, 0.068, 1.086, 2.103, 4.302 max_d=4.302 avg_d=1.086 std_dev=1.017
OP1	B	0, -0.144, 1.319, 2.783, 5.713 max_d=5.713 avg_d=1.319 std_dev=1.464

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.11	0.05	0.30	0.08
C2	0.01	0.00	0.07	0.08	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.10	0.02	0.26	0.11	0.20	0.10
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.06	0.03	0.13	0.00	0.02	0.00	0.18	0.20	0.13	0.08
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.04	0.00	0.07	0.01	0.08	0.03	0.07	0.04	0.14	0.01	0.01	0.01	0.24	0.28	0.08	0.18
C4	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.06	0.02	0.36	0.16	0.23	0.20
C4'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.03	0.02	0.06	0.03	0.02	0.00	0.01	0.10	0.24	0.04
C5	0.01	0.01	0.04	0.07	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.08	0.02	0.37	0.19	0.30	0.23
C5'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.06	0.03	0.05	0.06	0.07	0.03	0.03	0.01	0.01	0.09	0.20	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.08	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.09	0.02	0.33	0.16	0.30	0.18
N1	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.24	0.09	0.25	0.10
N3	0.01	0.00	0.06	0.07	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.04	0.09	0.02	0.31	0.12	0.19	0.15
N4	0.01	0.00	0.03	0.04	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.06	0.02	0.38	0.18	0.24	0.23
O2	0.02	0.00	0.13	0.14	0.01	0.06	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.09	0.17	0.03	0.22	0.13	0.20	0.09
O2'	0.01	0.05	0.00	0.01	0.02	0.03	0.03	0.03	0.03	0.01	0.04	0.02	0.09	0.00	0.05	0.02	0.07	0.18	0.19	0.04
O3'	0.02	0.10	0.02	0.01	0.06	0.02	0.08	0.03	0.09	0.03	0.09	0.06	0.17	0.05	0.00	0.02	0.20	0.40	0.16	0.24
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.00	0.06	0.07	0.41	0.17
O5'	0.11	0.26	0.18	0.24	0.36	0.01	0.37	0.01	0.33	0.24	0.31	0.38	0.22	0.07	0.20	0.06	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.05	0.11	0.20	0.28	0.16	0.10	0.19	0.09	0.16	0.09	0.12	0.18	0.13	0.18	0.40	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.30	0.20	0.13	0.08	0.23	0.24	0.30	0.20	0.30	0.25	0.19	0.24	0.20	0.19	0.16	0.41	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.08	0.10	0.08	0.18	0.20	0.04	0.23	0.01	0.18	0.10	0.15	0.23	0.09	0.04	0.24	0.17	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.10	0.14	0.19	0.30	0.10	0.13	0.13	0.17	0.14	0.13	0.10	0.13	0.23	0.16	0.10	0.18	0.21	0.10	0.66	0.92	0.78	0.87
C2	0.11	0.20	0.15	0.30	0.11	0.13	0.09	0.18	0.10	0.10	0.16	0.17	0.14	0.13	0.09	0.24	0.23	0.10	0.72	1.07	0.81	0.95
C2'	0.16	0.16	0.14	0.15	0.12	0.11	0.11	0.09	0.12	0.11	0.09	0.17	0.21	0.12	0.12	0.24	0.15	0.20	0.49	0.70	0.60	0.66
C3'	0.23	0.18	0.17	0.12	0.17	0.21	0.14	0.17	0.14	0.15	0.12	0.21	0.21	0.15	0.18	0.29	0.23	0.30	0.40	0.60	0.56	0.56
C4	0.12	0.20	0.15	0.30	0.12	0.14	0.11	0.19	0.12	0.12	0.16	0.17	0.14	0.14	0.11	0.25	0.24	0.13	0.73	1.15	0.83	0.98
C4'	0.14	0.12	0.17	0.20	0.10	0.09	0.11	0.09	0.14	0.10	0.10	0.14	0.23	0.14	0.10	0.20	0.16	0.18	0.50	0.73	0.68	0.71
C5	0.11	0.17	0.15	0.29	0.10	0.12	0.10	0.17	0.10	0.11	0.12	0.15	0.14	0.13	0.09	0.22	0.23	0.12	0.71	1.09	0.82	0.96
C5'	0.16	0.12	0.17	0.18	0.11	0.11	0.11	0.09	0.14	0.10	0.10	0.15	0.22	0.13	0.11	0.21	0.17	0.22	0.47	0.72	0.68	0.69
C6	0.10	0.15	0.16	0.30	0.09	0.11	0.10	0.16	0.10	0.11	0.10	0.14	0.17	0.13	0.09	0.20	0.22	0.10	0.69	1.03	0.81	0.93
N1	0.10	0.16	0.16	0.30	0.09	0.12	0.10	0.17	0.10	0.11	0.11	0.14	0.18	0.14	0.08	0.20	0.22	0.10	0.69	1.01	0.80	0.92
N3	0.13	0.21	0.15	0.30	0.13	0.14	0.12	0.19	0.13	0.12	0.19	0.19	0.14	0.14	0.12	0.26	0.24	0.13	0.73	1.14	0.82	0.98
N4	0.14	0.21	0.16	0.30	0.14	0.15	0.14	0.21	0.14	0.14	0.18	0.19	0.15	0.16	0.13	0.27	0.25	0.14	0.74	1.20	0.84	1.01
O2	0.11	0.22	0.15	0.30	0.11	0.13	0.09	0.18	0.10	0.10	0.19	0.18	0.15	0.12	0.09	0.25	0.23	0.10	0.72	1.05	0.80	0.94
O2'	0.14	0.13	0.17	0.19	0.11	0.10	0.13	0.08	0.17	0.12	0.13	0.14	0.24	0.14	0.11	0.20	0.13	0.16	0.51	0.66	0.59	0.65
O3'	0.34	0.25	0.26	0.22	0.26	0.36	0.22	0.32	0.20	0.25	0.19	0.30	0.23	0.22	0.28	0.39	0.40	0.43	0.28	0.41	0.46	0.38
O4'	0.11	0.13	0.21	0.32	0.11	0.14	0.15	0.18	0.17	0.14	0.12	0.12	0.25	0.18	0.11	0.17	0.24	0.11	0.64	0.91	0.80	0.87
O5'	0.14	0.12	0.12	0.14	0.13	0.14	0.20	0.17	0.23	0.20	0.15	0.14	0.35	0.25	0.14	0.24	0.21	0.24	0.48	0.78	0.72	0.74
OP1	0.32	0.26	0.16	0.21	0.29	0.36	0.30	0.36	0.29	0.32	0.26	0.29	0.33	0.33	0.31	0.30	0.44	0.45	0.34	0.64	0.66	0.62
OP2	0.31	0.29	0.24	0.17	0.25	0.31	0.19	0.27	0.16	0.21	0.21	0.31	0.13	0.18	0.26	0.39	0.32	0.41	0.35	0.68	0.63	0.60
P	0.21	0.16	0.11	0.11	0.16	0.21	0.16	0.21	0.15	0.18	0.12	0.19	0.22	0.19	0.17	0.27	0.27	0.32	0.39	0.72	0.68	0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.20	0.00	0.24	0.23	0.30	0.21
C2	0.01	0.00	0.16	0.19	0.00	0.05	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.13	0.19	0.06	0.46	0.55	0.51	0.55
C2'	0.00	0.16	0.00	0.00	0.08	0.01	0.04	0.12	0.08	0.08	0.13	0.16	0.06	0.05	0.01	0.00	0.02	0.01	0.03	0.33	0.46	0.19
C3'	0.01	0.19	0.00	0.00	0.17	0.00	0.23	0.01	0.24	0.21	0.22	0.16	0.26	0.24	0.14	0.01	0.00	0.01	0.06	0.38	0.38	0.14
C4	0.01	0.00	0.08	0.17	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.14	0.11	0.03	0.50	0.55	0.46	0.54
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.05	0.00	0.08	0.00	0.08	0.09	0.06	0.05	0.09	0.10	0.05	0.16	0.01	0.00	0.01	0.21	0.29	0.07
C5	0.01	0.00	0.04	0.23	0.00	0.08	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.19	0.11	0.03	0.62	0.74	0.55	0.70
C5'	0.04	0.08	0.12	0.01	0.07	0.00	0.10	0.00	0.11	0.10	0.10	0.06	0.13	0.12	0.06	0.05	0.13	0.01	0.00	0.20	0.25	0.01
C6	0.01	0.00	0.08	0.24	0.01	0.08	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.19	0.13	0.04	0.62	0.79	0.60	0.74
C8	0.01	0.01	0.08	0.21	0.00	0.09	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.18	0.13	0.02	0.64	0.71	0.42	0.66
N1	0.01	0.00	0.13	0.22	0.01	0.06	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.16	0.15	0.05	0.55	0.69	0.58	0.66
N3	0.01	0.00	0.16	0.16	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.12	0.20	0.05	0.41	0.46	0.45	0.46
N6	0.01	0.01	0.06	0.26	0.01	0.09	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.22	0.17	0.04	0.68	0.92	0.66	0.83
N7	0.01	0.01	0.05	0.24	0.00	0.10	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.21	0.16	0.01	0.69	0.86	0.55	0.79
N9	0.00	0.00	0.01	0.14	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.13	0.07	0.01	0.47	0.48	0.36	0.47
O2'	0.01	0.13	0.00	0.01	0.14	0.16	0.19	0.05	0.19	0.18	0.16	0.12	0.22	0.21	0.13	0.00	0.05	0.12	0.04	0.35	0.50	0.19
O3'	0.20	0.19	0.02	0.00	0.11	0.01	0.11	0.13	0.13	0.13	0.15	0.20	0.17	0.16	0.07	0.05	0.00	0.13	0.10	0.53	0.45	0.14
O4'	0.00	0.06	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.04	0.02	0.05	0.05	0.04	0.01	0.01	0.12	0.13	0.00	0.27	0.28	0.23	0.22
O5'	0.24	0.46	0.03	0.06	0.50	0.01	0.62	0.00	0.62	0.64	0.55	0.41	0.68	0.69	0.47	0.04	0.10	0.27	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.23	0.55	0.33	0.38	0.55	0.21	0.74	0.20	0.79	0.71	0.69	0.46	0.92	0.86	0.48	0.35	0.53	0.28	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.30	0.51	0.46	0.38	0.46	0.29	0.55	0.25	0.60	0.42	0.58	0.45	0.66	0.55	0.36	0.50	0.45	0.23	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.21	0.55	0.19	0.14	0.54	0.07	0.70	0.01	0.74	0.66	0.66	0.46	0.83	0.79	0.47	0.19	0.14	0.22	0.00	0.01	0.01	0.00