ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49047

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 0, 4, 3, 3, 4, 4, 1, 1, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.015, 0.047, 0.080, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.047 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.007, 0.045, 0.083, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.045 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.197, 0.423, 0.649, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.423 std_dev=0.226
C2' A 0, 0.210, 0.452, 0.695, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.452 std_dev=0.243
O2' A 0, 0.140, 0.391, 0.641, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.391 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.525, 0.795, 1.066, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.795 std_dev=0.270
C2 B 0, 0.403, 0.721, 1.039, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.721 std_dev=0.318
C4' A 0, 0.377, 0.723, 1.069, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.723 std_dev=0.346
C3' A 0, 0.394, 0.758, 1.123, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.758 std_dev=0.364
C5 B 0, 0.498, 0.905, 1.312, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.905 std_dev=0.407
C4 B 0, 0.504, 0.914, 1.324, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.914 std_dev=0.410
C6 B 0, 0.538, 0.962, 1.385, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.962 std_dev=0.423
N3 B 0, 0.525, 0.952, 1.379, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.952 std_dev=0.427
C8 B 0, 0.667, 1.153, 1.639, 2.068 max_d=2.068 avg_d=1.153 std_dev=0.486
N9 B 0, 0.654, 1.160, 1.666, 1.911 max_d=1.911 avg_d=1.160 std_dev=0.506
O3' A 0, 0.541, 1.065, 1.590, 1.878 max_d=1.878 avg_d=1.065 std_dev=0.524
N7 B 0, 0.508, 1.076, 1.643, 2.562 max_d=2.562 avg_d=1.076 std_dev=0.568
C5' A 0, 0.622, 1.201, 1.780, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.201 std_dev=0.579
C1' B 0, 0.964, 1.622, 2.281, 2.565 max_d=2.565 avg_d=1.622 std_dev=0.658
N6 B 0, 0.632, 1.335, 2.037, 3.193 max_d=3.193 avg_d=1.335 std_dev=0.703
O5' A 0, 0.649, 1.447, 2.246, 3.436 max_d=3.436 avg_d=1.447 std_dev=0.798
O4' B 0, 1.427, 2.336, 3.245, 3.384 max_d=3.384 avg_d=2.336 std_dev=0.909
C2' B 0, 1.223, 2.169, 3.114, 3.242 max_d=3.242 avg_d=2.169 std_dev=0.946
O2' B 0, 1.454, 2.560, 3.667, 5.267 max_d=5.267 avg_d=2.560 std_dev=1.107
C3' B 0, 1.917, 3.090, 4.264, 4.491 max_d=4.491 avg_d=3.090 std_dev=1.174
C4' B 0, 1.886, 3.096, 4.307, 4.557 max_d=4.557 avg_d=3.096 std_dev=1.210
P A 0, 0.972, 2.216, 3.459, 4.675 max_d=4.675 avg_d=2.216 std_dev=1.244
O3' B 0, 2.682, 4.059, 5.435, 5.558 max_d=5.558 avg_d=4.059 std_dev=1.376
OP2 A 0, 0.353, 1.749, 3.144, 6.672 max_d=6.672 avg_d=1.749 std_dev=1.396
OP1 A 0, 2.081, 3.532, 4.983, 5.408 max_d=5.408 avg_d=3.532 std_dev=1.451
O5' B 0, 2.111, 3.574, 5.038, 5.687 max_d=5.687 avg_d=3.574 std_dev=1.464
C5' B 0, 2.163, 3.750, 5.338, 5.832 max_d=5.832 avg_d=3.750 std_dev=1.588
P B 0, 2.919, 4.731, 6.542, 7.233 max_d=7.233 avg_d=4.731 std_dev=1.812
OP2 B 0, 3.578, 5.534, 7.491, 8.214 max_d=8.214 avg_d=5.534 std_dev=1.956
OP1 B 0, 4.034, 6.488, 8.941, 8.672 max_d=8.672 avg_d=6.488 std_dev=2.453

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.14 0.07 0.22 0.14
C2 0.03 0.00 0.11 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.14 0.03 0.31 0.23 0.59 0.38
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.06 0.19 0.01 0.02 0.01 0.17 0.17 0.27 0.14
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.11 0.01 0.12 0.02 0.12 0.06 0.12 0.12 0.18 0.02 0.01 0.01 0.22 0.24 0.32 0.19
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.01 0.14 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.03 0.47 0.43 0.96 0.64
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.08 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.11 0.05 0.07
C5 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.14 0.04 0.50 0.45 0.99 0.67
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.07 0.11 0.16 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.11 0.05 0.02
C6 0.02 0.02 0.08 0.12 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.13 0.05 0.44 0.33 0.75 0.52
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.31 0.20 0.53 0.36
N3 0.03 0.01 0.09 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.15 0.03 0.39 0.34 0.79 0.52
N4 0.03 0.02 0.06 0.12 0.01 0.08 0.02 0.16 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.14 0.04 0.50 0.51 1.09 0.72
O2 0.05 0.01 0.19 0.18 0.02 0.08 0.02 0.07 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.18 0.22 0.06 0.23 0.17 0.45 0.28
O2' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.09 0.06 0.18 0.00 0.05 0.03 0.04 0.20 0.10 0.13
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.12 0.02 0.14 0.03 0.13 0.05 0.15 0.14 0.22 0.05 0.00 0.02 0.18 0.37 0.30 0.23
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.00 0.08 0.12 0.12 0.12
O5' 0.14 0.31 0.17 0.22 0.47 0.02 0.50 0.01 0.44 0.31 0.39 0.50 0.23 0.04 0.18 0.08 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.07 0.23 0.17 0.24 0.43 0.11 0.45 0.11 0.33 0.20 0.34 0.51 0.17 0.20 0.37 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.59 0.27 0.32 0.96 0.05 0.99 0.05 0.75 0.53 0.79 1.09 0.45 0.10 0.30 0.12 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.38 0.14 0.19 0.64 0.07 0.67 0.02 0.52 0.36 0.52 0.72 0.28 0.13 0.23 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.21 0.37 0.53 0.15 0.20 0.11 0.25 0.11 0.11 0.15 0.20 0.16 0.11 0.14 0.32 0.37 0.20 0.89 1.23 1.41 1.07
C2 0.20 0.23 0.30 0.47 0.19 0.24 0.18 0.29 0.18 0.18 0.22 0.22 0.20 0.18 0.19 0.50 0.37 0.26 0.91 1.39 1.50 1.18
C2' 0.16 0.18 0.30 0.38 0.16 0.19 0.16 0.21 0.17 0.17 0.15 0.18 0.23 0.18 0.16 0.21 0.32 0.34 0.66 1.03 1.04 0.79
C3' 0.25 0.22 0.31 0.34 0.23 0.30 0.24 0.31 0.23 0.26 0.21 0.24 0.27 0.26 0.24 0.19 0.38 0.48 0.55 0.96 0.90 0.67
C4 0.23 0.22 0.31 0.44 0.22 0.30 0.25 0.36 0.25 0.27 0.23 0.21 0.32 0.29 0.24 0.50 0.37 0.33 0.88 1.46 1.48 1.19
C4' 0.14 0.15 0.39 0.46 0.12 0.15 0.10 0.17 0.12 0.11 0.11 0.16 0.17 0.11 0.12 0.18 0.35 0.32 0.71 1.04 1.17 0.85
C5 0.18 0.21 0.30 0.43 0.18 0.24 0.21 0.29 0.22 0.23 0.21 0.20 0.29 0.25 0.19 0.38 0.31 0.30 0.84 1.37 1.42 1.12
C5' 0.18 0.17 0.38 0.43 0.15 0.18 0.13 0.18 0.13 0.13 0.13 0.18 0.17 0.13 0.15 0.17 0.36 0.38 0.66 1.02 1.15 0.82
C6 0.16 0.21 0.31 0.45 0.16 0.19 0.17 0.23 0.18 0.17 0.19 0.19 0.23 0.19 0.16 0.33 0.31 0.26 0.84 1.30 1.39 1.08
N1 0.16 0.21 0.31 0.47 0.16 0.19 0.14 0.24 0.15 0.14 0.19 0.20 0.18 0.15 0.15 0.37 0.33 0.23 0.88 1.30 1.43 1.10
N3 0.25 0.23 0.33 0.46 0.23 0.30 0.24 0.36 0.24 0.26 0.24 0.23 0.29 0.27 0.24 0.56 0.40 0.32 0.91 1.46 1.52 1.21
N4 0.28 0.22 0.36 0.47 0.25 0.37 0.29 0.44 0.29 0.34 0.24 0.23 0.36 0.36 0.29 0.55 0.41 0.38 0.89 1.54 1.52 1.24
O2 0.22 0.26 0.31 0.49 0.20 0.25 0.16 0.31 0.16 0.16 0.22 0.25 0.15 0.14 0.19 0.58 0.41 0.24 0.95 1.39 1.54 1.21
O2' 0.13 0.13 0.36 0.45 0.11 0.14 0.13 0.18 0.17 0.12 0.12 0.14 0.24 0.15 0.12 0.20 0.36 0.25 0.70 0.96 1.06 0.78
O3' 0.36 0.30 0.38 0.36 0.33 0.44 0.34 0.45 0.32 0.37 0.29 0.32 0.34 0.36 0.35 0.29 0.52 0.61 0.44 0.85 0.64 0.50
O4' 0.17 0.19 0.42 0.57 0.14 0.20 0.12 0.27 0.12 0.12 0.13 0.19 0.18 0.13 0.14 0.29 0.40 0.21 0.91 1.24 1.45 1.09
O5' 0.23 0.20 0.31 0.37 0.20 0.25 0.19 0.24 0.19 0.20 0.18 0.22 0.23 0.20 0.21 0.21 0.33 0.46 0.62 1.07 1.17 0.84
OP1 0.55 0.43 0.40 0.43 0.45 0.63 0.38 0.60 0.32 0.44 0.34 0.48 0.28 0.38 0.48 0.45 0.62 0.83 0.53 1.05 0.92 0.69
OP2 0.36 0.28 0.26 0.31 0.31 0.44 0.33 0.44 0.32 0.36 0.27 0.31 0.39 0.37 0.34 0.32 0.49 0.65 0.50 1.05 1.07 0.74
P 0.33 0.28 0.37 0.40 0.26 0.38 0.22 0.36 0.20 0.25 0.21 0.31 0.24 0.23 0.28 0.36 0.46 0.58 0.59 1.10 1.13 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.30 0.01 0.32 0.41 0.45 0.23
C2 0.03 0.00 0.40 0.43 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.32 0.17 0.66 0.81 0.88 0.68
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.20 0.01 0.09 0.19 0.17 0.21 0.30 0.41 0.12 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.36 0.52 0.90 0.50
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.34 0.00 0.38 0.01 0.43 0.28 0.45 0.38 0.45 0.35 0.23 0.03 0.01 0.02 0.16 0.42 0.69 0.32
C4 0.02 0.01 0.20 0.34 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.17 0.09 0.67 0.79 0.83 0.67
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.18 0.12 0.09 0.16 0.19 0.10 0.30 0.02 0.00 0.01 0.32 0.39 0.11
C5 0.02 0.01 0.09 0.38 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.33 0.16 0.05 0.84 1.05 1.14 0.92
C5' 0.06 0.15 0.19 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.19 0.20 0.17 0.12 0.23 0.22 0.09 0.11 0.20 0.02 0.01 0.36 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.43 0.01 0.14 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.30 0.22 0.08 0.87 1.13 1.26 0.99
C8 0.01 0.01 0.21 0.28 0.01 0.18 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.40 0.15 0.11 0.82 0.94 0.97 0.83
N1 0.03 0.01 0.30 0.45 0.01 0.12 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.20 0.27 0.13 0.79 1.01 1.11 0.87
N3 0.03 0.00 0.41 0.38 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.31 0.17 0.57 0.67 0.71 0.55
N6 0.03 0.02 0.12 0.45 0.02 0.16 0.03 0.23 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.38 0.24 0.07 0.94 1.30 1.46 1.14
N7 0.01 0.01 0.12 0.35 0.01 0.19 0.01 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.43 0.18 0.06 0.92 1.16 1.27 1.03
N9 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.23 0.10 0.01 0.61 0.67 0.69 0.55
O2' 0.03 0.14 0.01 0.03 0.18 0.30 0.33 0.11 0.30 0.40 0.20 0.14 0.38 0.43 0.23 0.00 0.06 0.22 0.32 0.55 1.04 0.53
O3' 0.30 0.32 0.02 0.01 0.17 0.02 0.16 0.20 0.22 0.15 0.27 0.31 0.24 0.18 0.10 0.06 0.00 0.20 0.22 0.45 0.63 0.24
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.09 0.00 0.05 0.02 0.08 0.11 0.13 0.17 0.07 0.06 0.01 0.22 0.20 0.00 0.31 0.46 0.32 0.25
O5' 0.32 0.66 0.36 0.16 0.67 0.01 0.84 0.01 0.87 0.82 0.79 0.57 0.94 0.92 0.61 0.32 0.22 0.31 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.81 0.52 0.42 0.79 0.32 1.05 0.36 1.13 0.94 1.01 0.67 1.30 1.16 0.67 0.55 0.45 0.46 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.88 0.90 0.69 0.83 0.39 1.14 0.35 1.26 0.97 1.11 0.71 1.46 1.27 0.69 1.04 0.63 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.68 0.50 0.32 0.67 0.11 0.92 0.02 0.99 0.83 0.87 0.55 1.14 1.03 0.55 0.53 0.24 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00