ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49048

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 3, 0, 1, 8, 6, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.003, 0.022, 0.042, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.022 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.058, 0.122, 0.186, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.122 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.065, 0.132, 0.199, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.132 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.080, 0.169, 0.259, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.169 std_dev=0.090
C4' A 0, 0.092, 0.189, 0.286, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.189 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.114, 0.217, 0.320, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.217 std_dev=0.103
O3' A 0, 0.165, 0.306, 0.447, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.306 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.163, 0.330, 0.498, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.330 std_dev=0.167
N6 B 0, 0.288, 0.481, 0.674, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.481 std_dev=0.193
O5' A 0, 0.258, 0.458, 0.657, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.458 std_dev=0.199
C6 B 0, 0.375, 0.601, 0.827, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.601 std_dev=0.226
N1 B 0, 0.427, 0.664, 0.902, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.664 std_dev=0.237
C5 B 0, 0.413, 0.673, 0.934, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.673 std_dev=0.261
C2 B 0, 0.507, 0.780, 1.053, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.780 std_dev=0.273
P A 0, 0.349, 0.623, 0.897, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.623 std_dev=0.274
N7 B 0, 0.388, 0.663, 0.937, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.663 std_dev=0.274
OP2 A 0, 0.373, 0.663, 0.953, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.663 std_dev=0.290
C4 B 0, 0.488, 0.784, 1.081, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.784 std_dev=0.296
N3 B 0, 0.541, 0.844, 1.148, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.844 std_dev=0.303
C8 B 0, 0.439, 0.754, 1.070, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.754 std_dev=0.315
N9 B 0, 0.495, 0.823, 1.150, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.823 std_dev=0.328
OP1 A 0, 0.412, 0.746, 1.079, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.746 std_dev=0.334
C1' B 0, 0.541, 0.906, 1.271, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.906 std_dev=0.365
C2' B 0, 0.591, 0.979, 1.367, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.979 std_dev=0.388
O2' B 0, 0.565, 0.957, 1.350, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.957 std_dev=0.393
O4' B 0, 0.624, 1.041, 1.457, 1.963 max_d=1.963 avg_d=1.041 std_dev=0.417
C3' B 0, 0.688, 1.133, 1.578, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.133 std_dev=0.445
C4' B 0, 0.706, 1.174, 1.642, 2.191 max_d=2.191 avg_d=1.174 std_dev=0.468
O5' B 0, 0.762, 1.251, 1.740, 2.302 max_d=2.302 avg_d=1.251 std_dev=0.489
P B 0, 0.720, 1.209, 1.699, 2.296 max_d=2.296 avg_d=1.209 std_dev=0.489
O3' B 0, 0.750, 1.249, 1.748, 2.324 max_d=2.324 avg_d=1.249 std_dev=0.499
C5' B 0, 0.788, 1.304, 1.819, 2.394 max_d=2.394 avg_d=1.304 std_dev=0.516
OP2 B 0, 0.714, 1.233, 1.751, 2.395 max_d=2.395 avg_d=1.233 std_dev=0.518
OP1 B 0, 0.781, 1.301, 1.822, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.301 std_dev=0.521

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.07 0.08 0.09 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.07 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.06 0.09 0.06
N4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.07 0.09 0.11 0.09
O2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.03 0.08 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04
O5' 0.03 0.04 0.02 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.07 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.04 0.05 0.08 0.04 0.08 0.04 0.05 0.04 0.06 0.09 0.04 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.05 0.04 0.10 0.02 0.09 0.01 0.07 0.06 0.09 0.11 0.07 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.06 0.09 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.07 0.12 0.11 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.11 0.07 0.06
C2 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.12 0.07 0.07
C2' 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.11 0.11 0.09 0.08 0.15 0.13 0.10 0.07 0.09 0.10 0.08 0.13 0.07 0.07
C3' 0.08 0.09 0.06 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.14 0.12 0.09 0.05 0.07 0.09 0.07 0.13 0.07 0.07
C4 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.06 0.08 0.10 0.09 0.13 0.07 0.08
C4' 0.07 0.09 0.06 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.08 0.14 0.11 0.08 0.05 0.06 0.08 0.07 0.12 0.08 0.07
C5 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.07 0.10 0.10 0.08 0.12 0.07 0.08
C5' 0.07 0.10 0.06 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.11 0.08 0.14 0.10 0.08 0.05 0.06 0.08 0.07 0.11 0.08 0.06
C6 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.12 0.07 0.07
N1 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.10 0.08 0.06 0.08 0.09 0.07 0.12 0.07 0.06
N3 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.09 0.13 0.08 0.08
N4 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.11 0.10 0.14 0.09 0.10
O2 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.12 0.08 0.08
O2' 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.14 0.13 0.12 0.09 0.18 0.14 0.11 0.08 0.10 0.11 0.10 0.15 0.09 0.10
O3' 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.09 0.12 0.09 0.13 0.11 0.12 0.10 0.16 0.13 0.10 0.06 0.08 0.10 0.08 0.14 0.07 0.08
O4' 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.10 0.09 0.09 0.07 0.13 0.10 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.11 0.08 0.06
O5' 0.07 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.10 0.10 0.08 0.13 0.11 0.08 0.05 0.07 0.08 0.07 0.12 0.08 0.07
OP1 0.08 0.11 0.07 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.11 0.09 0.06 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.07
OP2 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.09 0.08 0.07 0.11 0.10 0.07 0.05 0.07 0.08 0.06 0.11 0.07 0.06
P 0.07 0.09 0.05 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.10 0.09 0.09 0.08 0.12 0.10 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.11 0.08 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.04 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.08 0.11 0.09 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.06 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.07 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.10 0.09 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.09 0.11 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.09 0.12 0.09
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.07 0.08 0.10 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.09 0.10 0.11 0.09
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.07 0.11 0.08 0.07
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.10 0.09 0.13 0.10
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.08 0.08 0.12 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.09 0.07 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.08 0.07 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.09 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.11 0.04 0.05
O5' 0.04 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.06 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.10 0.11 0.07 0.05 0.10 0.07 0.09 0.04 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.04 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.06 0.07 0.09 0.04 0.11 0.04 0.12 0.10 0.11 0.08 0.13 0.12 0.07 0.07 0.09 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.06 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00