ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49049

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 5, 3, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.019, 0.042, 0.066, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.042 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.013, 0.050, 0.086, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.050 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.004, 0.133, 0.261, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.133 std_dev=0.128
C2' A 0, 0.036, 0.165, 0.294, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.165 std_dev=0.129
O2' A 0, 0.055, 0.225, 0.395, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.225 std_dev=0.170
C4' A 0, 0.026, 0.206, 0.386, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.206 std_dev=0.180
C3' A 0, 0.056, 0.256, 0.455, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.256 std_dev=0.199
C6 B 0, 0.097, 0.365, 0.633, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.365 std_dev=0.268
O3' A 0, 0.121, 0.397, 0.674, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.397 std_dev=0.276
N6 B 0, 0.138, 0.419, 0.700, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.419 std_dev=0.281
N7 B 0, 0.151, 0.436, 0.721, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.436 std_dev=0.285
C5 B 0, 0.117, 0.408, 0.699, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.408 std_dev=0.291
N1 B 0, 0.116, 0.441, 0.766, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.441 std_dev=0.325
C5' A 0, 0.003, 0.359, 0.714, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.359 std_dev=0.356
C8 B 0, 0.153, 0.518, 0.883, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.518 std_dev=0.365
O5' A 0, 0.035, 0.433, 0.831, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.433 std_dev=0.398
C4 B 0, 0.080, 0.526, 0.972, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.526 std_dev=0.446
C2 B 0, 0.139, 0.592, 1.046, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.592 std_dev=0.454
N9 B 0, 0.086, 0.582, 1.078, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.582 std_dev=0.496
N3 B 0, 0.100, 0.649, 1.198, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.649 std_dev=0.549
C1' B 0, 0.058, 0.748, 1.439, 2.162 max_d=2.162 avg_d=0.748 std_dev=0.690
C3' B 0, 0.088, 0.791, 1.494, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.791 std_dev=0.703
O3' B 0, 0.115, 0.879, 1.642, 2.416 max_d=2.416 avg_d=0.879 std_dev=0.764
O4' B 0, 0.010, 0.860, 1.710, 2.943 max_d=2.943 avg_d=0.860 std_dev=0.850
C4' B 0, -0.049, 0.801, 1.651, 3.127 max_d=3.127 avg_d=0.801 std_dev=0.850
P A 0, 0.008, 0.870, 1.733, 2.553 max_d=2.553 avg_d=0.870 std_dev=0.863
C2' B 0, -0.033, 0.853, 1.739, 2.767 max_d=2.767 avg_d=0.853 std_dev=0.886
OP1 A 0, 0.040, 1.008, 1.976, 3.233 max_d=3.233 avg_d=1.008 std_dev=0.968
O5' B 0, -0.137, 1.206, 2.550, 4.354 max_d=4.354 avg_d=1.206 std_dev=1.343
O2' B 0, -0.167, 1.343, 2.852, 4.627 max_d=4.627 avg_d=1.343 std_dev=1.510
C5' B 0, -0.275, 1.267, 2.810, 5.055 max_d=5.055 avg_d=1.267 std_dev=1.542
OP2 A 0, 0.203, 1.771, 3.338, 4.335 max_d=4.335 avg_d=1.771 std_dev=1.567
OP2 B 0, -0.056, 1.860, 3.775, 7.444 max_d=7.444 avg_d=1.860 std_dev=1.915
P B 0, -0.448, 1.641, 3.730, 6.776 max_d=6.776 avg_d=1.641 std_dev=2.089
OP1 B 0, -0.156, 2.558, 5.271, 7.924 max_d=7.924 avg_d=2.558 std_dev=2.714

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.09 0.13 0.34 0.14
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.02 0.20 0.21 0.64 0.19
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.12 0.01 0.02 0.01 0.13 0.30 0.23 0.10
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.00 0.13 0.02 0.13 0.05 0.07 0.09 0.12 0.02 0.01 0.01 0.18 0.38 0.36 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.04 0.24 0.20 0.98 0.22
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.16 0.31 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.15 0.05 0.22 0.23 1.02 0.23
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.12 0.01 0.11 0.00 0.08 0.07 0.11 0.13 0.09 0.05 0.04 0.01 0.02 0.10 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.15 0.05 0.19 0.19 0.79 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.16 0.15 0.58 0.17
N3 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.02 0.23 0.21 0.82 0.21
N4 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.07 0.02 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.12 0.05 0.26 0.22 1.10 0.25
O2 0.03 0.01 0.12 0.12 0.02 0.05 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.11 0.14 0.04 0.19 0.25 0.52 0.19
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.02 0.05 0.04 0.11 0.00 0.04 0.04 0.06 0.29 0.31 0.06
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.10 0.02 0.15 0.04 0.15 0.06 0.08 0.12 0.14 0.04 0.00 0.02 0.18 0.53 0.72 0.29
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.09 0.10 0.36 0.21
O5' 0.09 0.20 0.13 0.18 0.24 0.02 0.22 0.02 0.19 0.16 0.23 0.26 0.19 0.06 0.18 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.13 0.21 0.30 0.38 0.20 0.16 0.23 0.10 0.19 0.15 0.21 0.22 0.25 0.29 0.53 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.64 0.23 0.36 0.98 0.31 1.02 0.36 0.79 0.58 0.82 1.10 0.52 0.31 0.72 0.36 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.19 0.10 0.18 0.22 0.05 0.23 0.02 0.21 0.17 0.21 0.25 0.19 0.06 0.29 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.21 0.38 0.52 0.16 0.15 0.18 0.26 0.17 0.19 0.13 0.21 0.29 0.22 0.17 0.28 0.46 0.35 0.37 1.24 0.67 0.22
C2 0.15 0.22 0.28 0.49 0.13 0.16 0.13 0.25 0.12 0.17 0.17 0.18 0.17 0.19 0.14 0.26 0.43 0.21 0.34 1.37 0.77 0.31
C2' 0.17 0.19 0.49 0.52 0.12 0.16 0.10 0.28 0.12 0.11 0.11 0.19 0.21 0.13 0.12 0.40 0.45 0.36 0.48 1.10 0.66 0.31
C3' 0.18 0.17 0.54 0.54 0.12 0.15 0.11 0.27 0.12 0.11 0.10 0.18 0.22 0.13 0.12 0.46 0.47 0.39 0.48 1.09 0.67 0.34
C4 0.18 0.23 0.29 0.52 0.16 0.19 0.14 0.29 0.12 0.18 0.17 0.20 0.14 0.19 0.16 0.36 0.47 0.20 0.33 1.48 0.88 0.42
C4' 0.26 0.22 0.51 0.55 0.22 0.20 0.23 0.29 0.24 0.24 0.19 0.25 0.32 0.26 0.23 0.41 0.49 0.47 0.40 1.13 0.61 0.25
C5 0.22 0.23 0.34 0.55 0.17 0.19 0.15 0.29 0.11 0.19 0.15 0.22 0.17 0.20 0.18 0.37 0.49 0.26 0.34 1.45 0.86 0.39
C5' 0.33 0.26 0.52 0.57 0.28 0.26 0.27 0.33 0.26 0.29 0.22 0.29 0.31 0.30 0.29 0.43 0.52 0.52 0.40 1.15 0.62 0.25
C6 0.23 0.22 0.36 0.55 0.17 0.17 0.15 0.28 0.12 0.19 0.13 0.23 0.21 0.21 0.18 0.35 0.49 0.30 0.34 1.38 0.79 0.32
N1 0.19 0.21 0.34 0.52 0.15 0.16 0.15 0.26 0.12 0.18 0.13 0.20 0.22 0.20 0.16 0.29 0.46 0.29 0.35 1.34 0.74 0.28
N3 0.15 0.22 0.26 0.49 0.14 0.18 0.13 0.27 0.12 0.17 0.19 0.19 0.14 0.19 0.14 0.30 0.43 0.17 0.33 1.44 0.84 0.38
N4 0.19 0.23 0.29 0.52 0.16 0.22 0.15 0.31 0.13 0.19 0.19 0.21 0.14 0.20 0.17 0.40 0.48 0.18 0.33 1.54 0.94 0.48
O2 0.12 0.22 0.26 0.45 0.12 0.15 0.13 0.25 0.13 0.16 0.20 0.17 0.18 0.19 0.12 0.20 0.39 0.18 0.36 1.32 0.72 0.28
O2' 0.19 0.19 0.59 0.55 0.14 0.17 0.11 0.30 0.14 0.11 0.12 0.20 0.22 0.12 0.14 0.53 0.48 0.38 0.50 1.03 0.65 0.37
O3' 0.24 0.19 0.66 0.56 0.17 0.22 0.13 0.36 0.14 0.15 0.13 0.22 0.21 0.14 0.18 0.66 0.49 0.44 0.59 1.02 0.74 0.52
O4' 0.31 0.27 0.43 0.55 0.27 0.22 0.28 0.30 0.27 0.30 0.22 0.30 0.36 0.32 0.29 0.36 0.48 0.45 0.37 1.24 0.65 0.24
O5' 0.34 0.27 0.45 0.51 0.25 0.24 0.21 0.27 0.20 0.24 0.17 0.31 0.29 0.24 0.27 0.44 0.43 0.51 0.43 1.17 0.71 0.27
OP1 0.41 0.36 0.53 0.58 0.31 0.27 0.25 0.32 0.24 0.28 0.26 0.39 0.28 0.26 0.32 0.53 0.52 0.54 0.37 1.24 0.65 0.26
OP2 0.36 0.33 0.56 0.65 0.30 0.34 0.29 0.36 0.26 0.33 0.26 0.34 0.31 0.33 0.32 0.52 0.59 0.48 0.52 1.09 0.87 0.42
P 0.44 0.31 0.43 0.47 0.34 0.32 0.29 0.31 0.24 0.35 0.22 0.37 0.27 0.32 0.37 0.49 0.38 0.59 0.53 1.11 0.77 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.22 0.01 0.17 0.63 0.21 0.12
C2 0.05 0.00 0.49 0.43 0.01 0.21 0.01 0.34 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.39 0.35 0.42 0.45 0.94 0.50 0.30
C2' 0.01 0.49 0.00 0.01 0.25 0.02 0.11 0.15 0.21 0.26 0.37 0.49 0.14 0.15 0.02 0.01 0.05 0.01 0.48 0.38 0.76 0.43
C3' 0.01 0.43 0.01 0.00 0.33 0.01 0.34 0.04 0.39 0.22 0.43 0.38 0.39 0.28 0.20 0.02 0.01 0.02 0.37 0.22 0.71 0.28
C4 0.02 0.01 0.25 0.33 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.21 0.22 0.33 0.96 0.44 0.18
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.09 0.23 0.16 0.20 0.10 0.18 0.08 0.26 0.02 0.00 0.02 0.33 0.22 0.15
C5 0.01 0.01 0.11 0.34 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.23 0.10 0.33 1.17 0.63 0.25
C5' 0.07 0.34 0.15 0.04 0.18 0.01 0.15 0.00 0.20 0.25 0.29 0.31 0.19 0.22 0.10 0.10 0.21 0.02 0.01 0.12 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.39 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.30 0.20 0.38 1.17 0.66 0.23
C8 0.01 0.02 0.26 0.22 0.01 0.23 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.49 0.15 0.24 0.32 1.25 0.64 0.44
N1 0.03 0.00 0.37 0.43 0.01 0.16 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.35 0.33 0.43 1.05 0.58 0.24
N3 0.05 0.00 0.49 0.38 0.01 0.20 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.30 0.42 0.41 0.87 0.41 0.28
N6 0.02 0.01 0.14 0.39 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.17 0.32 0.14 0.38 1.28 0.78 0.30
N7 0.01 0.02 0.15 0.28 0.01 0.18 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.42 0.19 0.12 0.34 1.37 0.78 0.45
N9 0.00 0.02 0.02 0.20 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.17 0.10 0.01 0.24 0.92 0.39 0.18
O2' 0.02 0.39 0.01 0.02 0.09 0.26 0.16 0.10 0.10 0.49 0.22 0.40 0.17 0.42 0.17 0.00 0.08 0.19 0.31 0.28 0.74 0.35
O3' 0.22 0.35 0.05 0.01 0.21 0.02 0.23 0.21 0.30 0.15 0.35 0.30 0.32 0.19 0.10 0.08 0.00 0.16 0.32 0.36 0.80 0.35
O4' 0.01 0.42 0.01 0.02 0.22 0.00 0.10 0.02 0.20 0.24 0.33 0.42 0.14 0.12 0.01 0.19 0.16 0.00 0.16 0.59 0.27 0.28
O5' 0.17 0.45 0.48 0.37 0.33 0.02 0.33 0.01 0.38 0.32 0.43 0.41 0.38 0.34 0.24 0.31 0.32 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.63 0.94 0.38 0.22 0.96 0.33 1.17 0.12 1.17 1.25 1.05 0.87 1.28 1.37 0.92 0.28 0.36 0.59 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.50 0.76 0.71 0.44 0.22 0.63 0.17 0.66 0.64 0.58 0.41 0.78 0.78 0.39 0.74 0.80 0.27 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.30 0.43 0.28 0.18 0.15 0.25 0.02 0.23 0.44 0.24 0.28 0.30 0.45 0.18 0.35 0.35 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00