ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49050

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.010, 0.041, 0.071, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.041 std_dev=0.030
N1 B 0, 0.254, 0.444, 0.634, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.444 std_dev=0.190
C2 B 0, 0.194, 0.388, 0.583, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.388 std_dev=0.194
C2' A 0, 0.225, 0.451, 0.677, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.451 std_dev=0.226
O4' A 0, 0.261, 0.492, 0.723, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.492 std_dev=0.231
C5 B 0, 0.229, 0.467, 0.705, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.467 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.178, 0.423, 0.668, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.423 std_dev=0.245
C6 B 0, 0.205, 0.451, 0.696, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.451 std_dev=0.246
O2' A 0, 0.228, 0.476, 0.724, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.476 std_dev=0.248
C4 B 0, 0.201, 0.461, 0.720, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.461 std_dev=0.259
N7 B 0, 0.321, 0.625, 0.930, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.625 std_dev=0.305
C4' A 0, 0.360, 0.699, 1.037, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.699 std_dev=0.339
C8 B 0, 0.366, 0.719, 1.072, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.719 std_dev=0.353
C3' A 0, 0.370, 0.727, 1.084, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.727 std_dev=0.357
N9 B 0, 0.290, 0.650, 1.009, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.650 std_dev=0.359
N6 B 0, 0.230, 0.598, 0.966, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.598 std_dev=0.368
C1' B 0, 0.451, 0.873, 1.295, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.873 std_dev=0.422
O3' A 0, 0.514, 0.987, 1.460, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.987 std_dev=0.473
O4' B 0, 0.708, 1.197, 1.685, 1.607 max_d=1.607 avg_d=1.197 std_dev=0.488
O5' A 0, 0.514, 1.011, 1.507, 1.506 max_d=1.506 avg_d=1.011 std_dev=0.497
C2' B 0, 0.440, 0.983, 1.527, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.983 std_dev=0.543
O2' B 0, 0.593, 1.181, 1.769, 1.918 max_d=1.918 avg_d=1.181 std_dev=0.588
C5' A 0, 0.632, 1.261, 1.891, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.261 std_dev=0.629
C4' B 0, 0.858, 1.528, 2.199, 2.238 max_d=2.238 avg_d=1.528 std_dev=0.671
C3' B 0, 0.667, 1.379, 2.091, 2.231 max_d=2.231 avg_d=1.379 std_dev=0.712
C5' B 0, 1.118, 1.887, 2.655, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.887 std_dev=0.768
P A 0, 0.827, 1.684, 2.541, 2.426 max_d=2.426 avg_d=1.684 std_dev=0.857
O3' B 0, 0.730, 1.663, 2.595, 2.770 max_d=2.770 avg_d=1.663 std_dev=0.933
OP2 A 0, 1.202, 2.201, 3.201, 3.081 max_d=3.081 avg_d=2.201 std_dev=1.000
OP1 A 0, 1.331, 2.362, 3.392, 3.614 max_d=3.614 avg_d=2.362 std_dev=1.030
O5' B 0, 1.249, 2.761, 4.273, 4.332 max_d=4.332 avg_d=2.761 std_dev=1.512
OP1 B 0, 2.072, 3.740, 5.408, 5.543 max_d=5.543 avg_d=3.740 std_dev=1.668
P B 0, 1.269, 3.547, 5.826, 6.075 max_d=6.075 avg_d=3.547 std_dev=2.279
OP2 B 0, 1.970, 5.146, 8.323, 8.433 max_d=8.433 avg_d=5.146 std_dev=3.177

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.09 0.08 0.21 0.11
C2 0.02 0.00 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.26 0.33 0.66 0.34
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.03 0.05 0.12 0.00 0.02 0.01 0.14 0.15 0.23 0.15
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.08 0.09 0.14 0.01 0.01 0.01 0.16 0.19 0.25 0.20
C4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.33 0.53 0.99 0.50
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.08 0.08 0.04 0.02 0.01 0.02 0.15 0.23 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.04 0.30 0.52 0.94 0.48
C5' 0.04 0.14 0.02 0.02 0.20 0.01 0.21 0.00 0.17 0.12 0.18 0.22 0.13 0.03 0.02 0.02 0.01 0.24 0.36 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.04 0.24 0.37 0.67 0.35
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.21 0.26 0.52 0.27
N3 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.08 0.03 0.31 0.45 0.86 0.44
N4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.11 0.03 0.35 0.60 1.12 0.55
O2 0.05 0.01 0.12 0.14 0.02 0.08 0.02 0.13 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.10 0.15 0.05 0.25 0.28 0.56 0.29
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.06 0.10 0.00 0.05 0.04 0.07 0.12 0.19 0.06
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.09 0.03 0.08 0.11 0.15 0.05 0.00 0.03 0.15 0.25 0.39 0.25
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.07 0.09 0.06 0.13
O5' 0.09 0.26 0.14 0.16 0.33 0.02 0.30 0.01 0.24 0.21 0.31 0.35 0.25 0.07 0.15 0.07 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.08 0.33 0.15 0.19 0.53 0.15 0.52 0.24 0.37 0.26 0.45 0.60 0.28 0.12 0.25 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.66 0.23 0.25 0.99 0.23 0.94 0.36 0.67 0.52 0.86 1.12 0.56 0.19 0.39 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.34 0.15 0.20 0.50 0.02 0.48 0.01 0.35 0.27 0.44 0.55 0.29 0.06 0.25 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.15 0.18 0.35 0.11 0.17 0.16 0.30 0.17 0.18 0.11 0.13 0.28 0.22 0.12 0.22 0.43 0.10 0.91 1.39 1.96 1.27
C2 0.17 0.19 0.28 0.49 0.16 0.35 0.20 0.51 0.17 0.27 0.16 0.15 0.24 0.29 0.19 0.19 0.57 0.19 1.15 1.48 2.07 1.43
C2' 0.14 0.16 0.16 0.31 0.12 0.16 0.16 0.25 0.18 0.16 0.11 0.15 0.29 0.21 0.12 0.18 0.37 0.17 0.83 1.15 1.81 1.07
C3' 0.16 0.15 0.07 0.20 0.09 0.11 0.13 0.16 0.16 0.12 0.07 0.16 0.29 0.18 0.09 0.24 0.26 0.21 0.76 1.08 1.75 1.00
C4 0.20 0.18 0.31 0.55 0.18 0.42 0.23 0.61 0.18 0.31 0.16 0.16 0.23 0.33 0.23 0.21 0.63 0.25 1.29 1.63 2.18 1.59
C4' 0.26 0.22 0.22 0.23 0.18 0.14 0.17 0.13 0.18 0.18 0.15 0.24 0.28 0.20 0.20 0.40 0.29 0.25 0.69 1.16 1.74 1.02
C5 0.15 0.16 0.26 0.50 0.14 0.35 0.20 0.53 0.16 0.26 0.12 0.13 0.24 0.29 0.18 0.19 0.58 0.18 1.21 1.65 2.19 1.56
C5' 0.30 0.25 0.30 0.28 0.21 0.20 0.18 0.17 0.19 0.20 0.16 0.28 0.28 0.21 0.23 0.50 0.35 0.29 0.69 1.19 1.76 1.05
C6 0.13 0.15 0.23 0.44 0.12 0.28 0.18 0.45 0.16 0.23 0.11 0.12 0.26 0.27 0.15 0.20 0.53 0.13 1.10 1.58 2.13 1.47
N1 0.13 0.15 0.23 0.44 0.12 0.27 0.18 0.43 0.16 0.23 0.11 0.13 0.26 0.26 0.15 0.19 0.51 0.13 1.07 1.50 2.07 1.40
N3 0.22 0.20 0.32 0.56 0.19 0.43 0.24 0.61 0.19 0.32 0.18 0.17 0.24 0.34 0.24 0.21 0.63 0.26 1.27 1.56 2.13 1.53
N4 0.24 0.19 0.35 0.60 0.21 0.49 0.25 0.69 0.19 0.36 0.17 0.17 0.23 0.37 0.27 0.23 0.69 0.30 1.38 1.68 2.20 1.65
O2 0.18 0.21 0.28 0.48 0.17 0.34 0.20 0.48 0.17 0.26 0.19 0.17 0.25 0.29 0.20 0.19 0.55 0.19 1.11 1.38 1.99 1.34
O2' 0.15 0.15 0.09 0.22 0.08 0.10 0.07 0.13 0.12 0.06 0.06 0.15 0.22 0.10 0.08 0.20 0.28 0.20 0.69 1.00 1.65 0.90
O3' 0.23 0.16 0.09 0.19 0.14 0.23 0.15 0.24 0.17 0.14 0.10 0.20 0.29 0.18 0.15 0.24 0.22 0.32 0.69 0.89 1.61 0.84
O4' 0.19 0.17 0.21 0.32 0.17 0.15 0.21 0.27 0.22 0.23 0.15 0.18 0.31 0.26 0.19 0.32 0.40 0.17 0.85 1.41 1.93 1.25
O5' 0.17 0.15 0.21 0.27 0.10 0.08 0.16 0.18 0.19 0.18 0.08 0.17 0.33 0.24 0.12 0.38 0.33 0.15 0.82 1.35 1.93 1.22
OP1 0.42 0.33 0.48 0.38 0.28 0.34 0.20 0.22 0.19 0.24 0.18 0.38 0.31 0.23 0.30 0.73 0.46 0.38 0.57 1.15 1.72 1.00
OP2 0.13 0.19 0.35 0.47 0.14 0.24 0.28 0.38 0.29 0.30 0.14 0.19 0.49 0.40 0.16 0.41 0.58 0.09 1.07 1.58 2.13 1.46
P 0.27 0.21 0.36 0.35 0.19 0.21 0.22 0.23 0.22 0.26 0.14 0.24 0.36 0.30 0.22 0.53 0.43 0.23 0.75 1.35 1.90 1.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.24 0.40 0.70 0.26
C2 0.04 0.00 0.20 0.28 0.02 0.07 0.03 0.13 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.13 0.34 0.09 0.59 0.88 1.44 0.76
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.11 0.01 0.07 0.01 0.11 0.08 0.16 0.19 0.10 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.29 0.78 0.86 0.47
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.21 0.00 0.22 0.02 0.26 0.13 0.29 0.24 0.27 0.17 0.11 0.01 0.01 0.01 0.35 0.99 0.80 0.57
C4 0.02 0.02 0.11 0.21 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.22 0.04 0.62 0.77 1.28 0.68
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.14 0.13 0.11 0.05 0.17 0.15 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.40 0.34 0.13
C5 0.01 0.03 0.07 0.22 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.24 0.02 0.81 0.89 1.44 0.85
C5' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.14 0.01 0.22 0.00 0.24 0.21 0.20 0.08 0.29 0.26 0.12 0.05 0.04 0.01 0.01 0.43 0.30 0.02
C6 0.02 0.02 0.11 0.26 0.01 0.14 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.30 0.03 0.84 0.99 1.58 0.95
C8 0.02 0.04 0.08 0.13 0.02 0.13 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.06 0.14 0.08 0.77 0.68 1.08 0.65
N1 0.03 0.00 0.16 0.29 0.01 0.11 0.02 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.35 0.06 0.75 0.98 1.59 0.90
N3 0.05 0.00 0.19 0.24 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.13 0.28 0.09 0.49 0.76 1.27 0.63
N6 0.02 0.02 0.10 0.27 0.01 0.17 0.02 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.32 0.03 0.95 1.07 1.65 1.05
N7 0.01 0.03 0.05 0.17 0.01 0.15 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.19 0.06 0.89 0.84 1.34 0.85
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.11 0.02 0.56 0.62 1.03 0.53
O2' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.10 0.13 0.06 0.05 0.03 0.00 0.03 0.06 0.10 0.62 0.72 0.32
O3' 0.02 0.34 0.02 0.01 0.22 0.02 0.24 0.04 0.30 0.14 0.35 0.28 0.32 0.19 0.11 0.03 0.00 0.02 0.26 1.16 0.77 0.60
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.08 0.06 0.09 0.03 0.06 0.02 0.06 0.02 0.00 0.12 0.15 0.40 0.17
O5' 0.24 0.59 0.29 0.35 0.62 0.02 0.81 0.01 0.84 0.77 0.75 0.49 0.95 0.89 0.56 0.10 0.26 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.40 0.88 0.78 0.99 0.77 0.40 0.89 0.43 0.99 0.68 0.98 0.76 1.07 0.84 0.62 0.62 1.16 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.70 1.44 0.86 0.80 1.28 0.34 1.44 0.30 1.58 1.08 1.59 1.27 1.65 1.34 1.03 0.72 0.77 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.76 0.47 0.57 0.68 0.13 0.85 0.02 0.95 0.65 0.90 0.63 1.05 0.85 0.53 0.32 0.60 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00