ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49051

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.011, 0.041, 0.070, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.041 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.018, 0.049, 0.080, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.049 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.140, 0.265, 0.390, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.265 std_dev=0.125
O4' A 0, 0.113, 0.247, 0.380, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.247 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.176, 0.332, 0.487, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.332 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.156, 0.339, 0.521, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.339 std_dev=0.183
C3' A 0, 0.192, 0.405, 0.619, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.405 std_dev=0.213
N1 B 0, 0.099, 0.352, 0.604, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.352 std_dev=0.252
C6 B 0, 0.158, 0.419, 0.681, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.419 std_dev=0.262
O3' A 0, 0.360, 0.624, 0.888, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.624 std_dev=0.264
N6 B 0, 0.186, 0.474, 0.763, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.474 std_dev=0.288
C2 B 0, 0.205, 0.528, 0.851, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.528 std_dev=0.323
P A 0, 0.180, 0.509, 0.838, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.509 std_dev=0.329
C5 B 0, 0.379, 0.718, 1.057, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.718 std_dev=0.339
C5' A 0, 0.374, 0.728, 1.081, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.728 std_dev=0.354
C4 B 0, 0.476, 0.841, 1.207, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.841 std_dev=0.365
OP2 A 0, 0.614, 1.004, 1.394, 1.236 max_d=1.236 avg_d=1.004 std_dev=0.390
N3 B 0, 0.321, 0.737, 1.152, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.737 std_dev=0.416
O5' A 0, 0.594, 1.027, 1.460, 1.654 max_d=1.654 avg_d=1.027 std_dev=0.433
OP1 A 0, 0.083, 0.523, 0.963, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.523 std_dev=0.440
N9 B 0, 0.669, 1.149, 1.629, 1.812 max_d=1.812 avg_d=1.149 std_dev=0.480
N7 B 0, 0.501, 1.006, 1.512, 1.931 max_d=1.931 avg_d=1.006 std_dev=0.505
C8 B 0, 0.697, 1.247, 1.798, 2.019 max_d=2.019 avg_d=1.247 std_dev=0.551
C1' B 0, 0.810, 1.414, 2.017, 2.297 max_d=2.297 avg_d=1.414 std_dev=0.604
C2' B 0, 0.824, 1.455, 2.086, 2.357 max_d=2.357 avg_d=1.455 std_dev=0.631
C3' B 0, 0.936, 1.594, 2.252, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.594 std_dev=0.658
O4' B 0, 0.983, 1.685, 2.386, 2.566 max_d=2.566 avg_d=1.685 std_dev=0.702
O2' B 0, 0.883, 1.649, 2.415, 2.840 max_d=2.840 avg_d=1.649 std_dev=0.766
C4' B 0, 1.131, 1.914, 2.697, 2.737 max_d=2.737 avg_d=1.914 std_dev=0.783
O3' B 0, 1.065, 1.850, 2.635, 2.641 max_d=2.641 avg_d=1.850 std_dev=0.785
C5' B 0, 1.327, 2.209, 3.091, 2.848 max_d=2.848 avg_d=2.209 std_dev=0.882
O5' B 0, 1.449, 2.467, 3.485, 3.303 max_d=3.303 avg_d=2.467 std_dev=1.018
OP2 B 0, 1.894, 3.141, 4.389, 4.404 max_d=4.404 avg_d=3.141 std_dev=1.248
P B 0, 1.778, 3.229, 4.680, 4.597 max_d=4.597 avg_d=3.229 std_dev=1.451
OP1 B 0, 1.772, 4.349, 6.927, 6.910 max_d=6.910 avg_d=4.349 std_dev=2.577

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.17 0.07
C2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.09 0.02 0.10 0.07 0.16 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.05 0.13 0.00 0.02 0.00 0.07 0.05 0.13 0.05
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.13 0.03 0.01 0.01 0.11 0.08 0.12 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02 0.17 0.12 0.14 0.14
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.04 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.14 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.22 0.16 0.16 0.17
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.10 0.04 0.05 0.09 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.10 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.21 0.14 0.15 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.08 0.16 0.09
N3 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.08 0.02 0.13 0.09 0.14 0.11
N4 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.02 0.18 0.13 0.15 0.15
O2 0.05 0.00 0.13 0.13 0.02 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.15 0.04 0.09 0.08 0.17 0.10
O2' 0.01 0.06 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.04 0.11 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.15 0.06
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.08 0.05 0.15 0.04 0.00 0.02 0.14 0.14 0.13 0.11
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.07 0.08 0.19 0.08
O5' 0.06 0.10 0.07 0.11 0.17 0.01 0.22 0.01 0.21 0.11 0.13 0.18 0.09 0.05 0.14 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.06 0.07 0.05 0.08 0.12 0.07 0.16 0.10 0.14 0.08 0.09 0.13 0.08 0.05 0.14 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.16 0.13 0.12 0.14 0.14 0.16 0.10 0.15 0.16 0.14 0.15 0.17 0.15 0.13 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.09 0.05 0.07 0.14 0.04 0.17 0.02 0.14 0.09 0.11 0.15 0.10 0.06 0.11 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.15 0.22 0.26 0.09 0.18 0.13 0.16 0.11 0.15 0.09 0.12 0.19 0.19 0.11 0.22 0.34 0.12 0.11 0.71 1.36 0.49
C2 0.13 0.14 0.21 0.25 0.09 0.20 0.14 0.19 0.09 0.21 0.12 0.09 0.16 0.24 0.14 0.19 0.30 0.16 0.07 0.50 1.33 0.42
C2' 0.10 0.16 0.11 0.14 0.08 0.08 0.10 0.12 0.12 0.11 0.06 0.15 0.25 0.16 0.08 0.12 0.21 0.10 0.14 0.47 1.22 0.31
C3' 0.14 0.18 0.08 0.12 0.11 0.09 0.11 0.14 0.13 0.11 0.08 0.19 0.25 0.15 0.11 0.10 0.19 0.15 0.17 0.46 1.20 0.29
C4 0.16 0.14 0.23 0.28 0.11 0.23 0.16 0.24 0.10 0.25 0.11 0.09 0.15 0.27 0.17 0.20 0.34 0.20 0.13 0.49 1.33 0.44
C4' 0.12 0.17 0.14 0.18 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.08 0.17 0.21 0.14 0.09 0.17 0.27 0.11 0.13 0.69 1.29 0.43
C5 0.13 0.13 0.23 0.29 0.09 0.22 0.15 0.23 0.09 0.22 0.09 0.08 0.16 0.25 0.14 0.21 0.36 0.17 0.12 0.60 1.36 0.49
C5' 0.12 0.17 0.13 0.18 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.08 0.18 0.22 0.16 0.09 0.16 0.28 0.11 0.12 0.71 1.32 0.45
C6 0.11 0.13 0.23 0.29 0.08 0.21 0.14 0.21 0.10 0.19 0.08 0.10 0.17 0.22 0.12 0.22 0.36 0.14 0.11 0.66 1.38 0.50
N1 0.11 0.13 0.23 0.27 0.08 0.20 0.14 0.19 0.10 0.19 0.09 0.09 0.18 0.22 0.12 0.21 0.34 0.14 0.09 0.62 1.37 0.48
N3 0.16 0.15 0.22 0.26 0.12 0.23 0.16 0.23 0.11 0.25 0.13 0.11 0.15 0.27 0.18 0.19 0.31 0.20 0.11 0.44 1.31 0.41
N4 0.19 0.14 0.24 0.29 0.13 0.26 0.18 0.27 0.11 0.28 0.12 0.10 0.15 0.29 0.20 0.21 0.34 0.24 0.16 0.45 1.30 0.44
O2 0.13 0.16 0.20 0.23 0.09 0.18 0.14 0.17 0.09 0.20 0.15 0.11 0.17 0.23 0.14 0.18 0.27 0.15 0.06 0.45 1.32 0.39
O2' 0.14 0.18 0.11 0.12 0.12 0.09 0.11 0.12 0.13 0.11 0.09 0.18 0.21 0.13 0.12 0.15 0.19 0.14 0.19 0.52 1.17 0.31
O3' 0.24 0.23 0.10 0.11 0.18 0.18 0.13 0.23 0.15 0.14 0.12 0.27 0.27 0.15 0.18 0.13 0.13 0.26 0.28 0.36 1.10 0.20
O4' 0.13 0.16 0.25 0.30 0.12 0.21 0.13 0.19 0.12 0.15 0.10 0.15 0.18 0.18 0.13 0.26 0.39 0.14 0.16 0.84 1.40 0.56
O5' 0.11 0.18 0.15 0.21 0.09 0.11 0.12 0.10 0.13 0.14 0.09 0.18 0.24 0.19 0.09 0.14 0.31 0.11 0.13 0.68 1.38 0.48
OP1 0.18 0.22 0.15 0.19 0.14 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.23 0.23 0.17 0.13 0.21 0.30 0.17 0.14 0.64 1.35 0.44
OP2 0.15 0.23 0.14 0.23 0.15 0.17 0.16 0.24 0.16 0.19 0.16 0.22 0.24 0.23 0.14 0.10 0.32 0.15 0.13 0.59 1.34 0.44
P 0.09 0.17 0.14 0.23 0.08 0.12 0.12 0.15 0.12 0.14 0.08 0.17 0.24 0.20 0.08 0.13 0.34 0.09 0.09 0.71 1.39 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.31 0.70 0.19
C2 0.03 0.00 0.21 0.20 0.01 0.10 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.27 0.02 0.13 0.51 1.09 0.29
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.03 0.10 0.09 0.16 0.22 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.62 0.65 0.29
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.19 0.13 0.20 0.05 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01 0.15 0.77 0.49 0.31
C4 0.02 0.01 0.11 0.07 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.09 0.01 0.17 0.33 0.98 0.20
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.14 0.07 0.11 0.06 0.12 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.39 0.30 0.15
C5 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.05 0.01 0.24 0.21 0.97 0.11
C5' 0.04 0.07 0.03 0.02 0.09 0.01 0.16 0.00 0.14 0.25 0.10 0.06 0.18 0.25 0.12 0.04 0.02 0.02 0.01 0.23 0.24 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.06 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.08 0.02 0.23 0.26 1.02 0.14
C8 0.01 0.01 0.09 0.19 0.01 0.14 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.21 0.03 0.30 0.22 0.76 0.11
N1 0.03 0.00 0.16 0.13 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.19 0.01 0.18 0.40 1.08 0.23
N3 0.03 0.00 0.22 0.20 0.00 0.11 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.26 0.02 0.11 0.50 1.04 0.30
N6 0.04 0.01 0.08 0.05 0.02 0.06 0.02 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.11 0.06 0.03 0.25 0.19 0.97 0.09
N7 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.18 0.02 0.32 0.22 0.82 0.11
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.18 0.23 0.85 0.15
O2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.11 0.04 0.07 0.04 0.12 0.06 0.18 0.22 0.11 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.08 0.60 0.53 0.24
O3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.21 0.19 0.26 0.06 0.18 0.05 0.02 0.00 0.01 0.19 1.00 0.42 0.33
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.14 0.23 0.55 0.18
O5' 0.11 0.13 0.12 0.15 0.17 0.02 0.24 0.01 0.23 0.30 0.18 0.11 0.25 0.32 0.18 0.08 0.19 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.31 0.51 0.62 0.77 0.33 0.39 0.21 0.23 0.26 0.22 0.40 0.50 0.19 0.22 0.23 0.60 1.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.70 1.09 0.65 0.49 0.98 0.30 0.97 0.24 1.02 0.76 1.08 1.04 0.97 0.82 0.85 0.53 0.42 0.55 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.29 0.29 0.31 0.20 0.15 0.11 0.02 0.14 0.11 0.23 0.30 0.09 0.11 0.15 0.24 0.33 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00