ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49055

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 11, 11, 3, 4, 1, 3, 3, 2, 9, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.032 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.020, 0.041, 0.062, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.041 std_dev=0.021
O2' A 0, 0.089, 0.184, 0.279, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.184 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.031, 0.146, 0.260, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.146 std_dev=0.114
O4' A 0, 0.026, 0.147, 0.269, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.147 std_dev=0.121
C3' A 0, 0.087, 0.278, 0.469, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.278 std_dev=0.191
C4' A 0, 0.057, 0.265, 0.473, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.265 std_dev=0.208
O3' A 0, 0.188, 0.428, 0.668, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.428 std_dev=0.240
O5' A 0, 0.140, 0.437, 0.735, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.437 std_dev=0.297
N3 B 0, 0.209, 0.520, 0.831, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.520 std_dev=0.311
C4 B 0, 0.219, 0.549, 0.879, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.549 std_dev=0.330
C5 B 0, 0.289, 0.649, 1.010, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.649 std_dev=0.361
C6 B 0, 0.331, 0.693, 1.055, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.693 std_dev=0.362
C5' A 0, 0.080, 0.442, 0.804, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.442 std_dev=0.362
C2 B 0, 0.261, 0.631, 1.001, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.631 std_dev=0.370
N1 B 0, 0.329, 0.712, 1.094, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.712 std_dev=0.383
N4 B 0, 0.215, 0.613, 1.012, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.613 std_dev=0.399
O4' B 0, 0.472, 0.878, 1.283, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.878 std_dev=0.406
C5' B 0, 0.531, 1.007, 1.482, 3.069 max_d=3.069 avg_d=1.007 std_dev=0.475
O2 B 0, 0.246, 0.737, 1.228, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.737 std_dev=0.491
C1' B 0, 0.391, 0.898, 1.406, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.898 std_dev=0.507
C4' B 0, 0.486, 1.001, 1.516, 2.178 max_d=2.178 avg_d=1.001 std_dev=0.515
P A 0, 0.112, 0.650, 1.188, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.650 std_dev=0.538
OP2 A 0, 0.114, 0.682, 1.250, 2.201 max_d=2.201 avg_d=0.682 std_dev=0.568
C3' B 0, 0.387, 1.115, 1.843, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.115 std_dev=0.728
C2' B 0, 0.333, 1.096, 1.859, 2.880 max_d=2.880 avg_d=1.096 std_dev=0.763
OP1 A 0, 0.038, 0.817, 1.595, 3.073 max_d=3.073 avg_d=0.817 std_dev=0.778
O2' B 0, 0.347, 1.298, 2.250, 3.792 max_d=3.792 avg_d=1.298 std_dev=0.951
O3' B 0, 0.347, 1.314, 2.281, 3.513 max_d=3.513 avg_d=1.314 std_dev=0.967
O5' B 0, 0.882, 1.897, 2.913, 3.616 max_d=3.616 avg_d=1.897 std_dev=1.016
P B 0, 0.630, 1.817, 3.005, 4.110 max_d=4.110 avg_d=1.817 std_dev=1.187
OP2 B 0, 0.560, 1.805, 3.051, 5.361 max_d=5.361 avg_d=1.805 std_dev=1.245
OP1 B 0, 0.638, 1.961, 3.285, 6.133 max_d=6.133 avg_d=1.961 std_dev=1.324

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.08 0.14 0.13 0.10
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.12 0.02 0.18 0.32 0.30 0.24
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.08 0.05 0.14 0.00 0.02 0.01 0.05 0.17 0.10 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.02 0.07 0.04 0.11 0.10 0.14 0.02 0.01 0.01 0.08 0.17 0.09 0.07
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.25 0.44 0.42 0.36
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.08 0.04 0.07 0.10 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.09 0.03 0.03
C5 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.25 0.40 0.39 0.35
C5' 0.03 0.12 0.02 0.02 0.19 0.01 0.20 0.00 0.16 0.10 0.15 0.21 0.10 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.21 0.30 0.27 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.16 0.26 0.23 0.20
N3 0.02 0.00 0.08 0.11 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.02 0.22 0.40 0.37 0.31
N4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.04 0.27 0.50 0.47 0.40
O2 0.03 0.00 0.14 0.14 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.17 0.03 0.16 0.30 0.27 0.21
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.08 0.06 0.12 0.00 0.04 0.04 0.05 0.13 0.08 0.06
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.07 0.04 0.12 0.11 0.17 0.04 0.00 0.02 0.12 0.18 0.12 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.09 0.09 0.11 0.07
O5' 0.08 0.18 0.05 0.08 0.25 0.02 0.25 0.01 0.21 0.16 0.22 0.27 0.16 0.05 0.12 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.14 0.32 0.17 0.17 0.44 0.09 0.40 0.07 0.30 0.26 0.40 0.50 0.30 0.13 0.18 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.30 0.10 0.09 0.42 0.03 0.39 0.02 0.27 0.23 0.37 0.47 0.27 0.08 0.12 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.24 0.08 0.07 0.36 0.03 0.35 0.02 0.25 0.20 0.31 0.40 0.21 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.17 0.26 0.26 0.16 0.18 0.15 0.21 0.12 0.14 0.12 0.27 0.27 0.31 0.31 0.16 0.63 0.52 0.71 0.42
C2 0.22 0.22 0.31 0.34 0.14 0.25 0.15 0.26 0.16 0.19 0.19 0.16 0.26 0.32 0.41 0.19 0.71 0.67 0.79 0.50
C2' 0.18 0.17 0.22 0.25 0.13 0.19 0.13 0.23 0.13 0.16 0.14 0.17 0.21 0.22 0.28 0.17 0.46 0.46 0.65 0.25
C3' 0.17 0.15 0.19 0.24 0.13 0.18 0.13 0.23 0.12 0.14 0.13 0.17 0.21 0.21 0.26 0.16 0.43 0.39 0.65 0.23
C4 0.23 0.22 0.35 0.39 0.17 0.28 0.18 0.28 0.19 0.21 0.19 0.19 0.27 0.36 0.47 0.22 0.81 0.75 0.81 0.61
C4' 0.15 0.15 0.14 0.21 0.23 0.14 0.24 0.25 0.19 0.14 0.17 0.30 0.22 0.20 0.22 0.13 0.51 0.39 0.73 0.35
C5 0.23 0.20 0.34 0.36 0.16 0.26 0.18 0.25 0.17 0.19 0.16 0.22 0.27 0.37 0.45 0.20 0.81 0.71 0.79 0.61
C5' 0.17 0.17 0.16 0.25 0.25 0.18 0.28 0.30 0.24 0.18 0.18 0.31 0.23 0.23 0.26 0.16 0.55 0.45 0.77 0.42
C6 0.22 0.19 0.32 0.32 0.15 0.23 0.17 0.23 0.15 0.17 0.14 0.24 0.27 0.36 0.40 0.19 0.76 0.65 0.75 0.56
N1 0.20 0.19 0.30 0.31 0.13 0.22 0.14 0.23 0.13 0.17 0.14 0.22 0.26 0.33 0.38 0.18 0.71 0.62 0.75 0.50
N3 0.23 0.23 0.34 0.38 0.18 0.28 0.18 0.29 0.19 0.22 0.21 0.18 0.27 0.33 0.45 0.22 0.76 0.74 0.81 0.56
N4 0.25 0.23 0.37 0.42 0.19 0.30 0.21 0.31 0.21 0.22 0.21 0.20 0.27 0.37 0.51 0.23 0.84 0.80 0.83 0.65
O2 0.23 0.24 0.31 0.34 0.16 0.25 0.16 0.28 0.17 0.21 0.22 0.15 0.27 0.30 0.39 0.20 0.66 0.66 0.80 0.45
O2' 0.19 0.18 0.25 0.29 0.19 0.22 0.17 0.26 0.17 0.17 0.18 0.23 0.21 0.24 0.31 0.18 0.36 0.38 0.67 0.18
O3' 0.24 0.21 0.30 0.35 0.18 0.27 0.17 0.31 0.18 0.20 0.18 0.19 0.25 0.31 0.38 0.23 0.31 0.36 0.64 0.16
O4' 0.20 0.18 0.25 0.23 0.25 0.17 0.26 0.22 0.19 0.16 0.17 0.37 0.30 0.34 0.28 0.17 0.65 0.51 0.75 0.47
O5' 0.18 0.16 0.19 0.21 0.18 0.15 0.21 0.23 0.18 0.16 0.14 0.24 0.25 0.27 0.24 0.16 0.63 0.52 0.72 0.46
OP1 0.20 0.18 0.20 0.25 0.19 0.18 0.22 0.28 0.21 0.18 0.16 0.22 0.24 0.28 0.28 0.18 0.62 0.54 0.73 0.47
OP2 0.20 0.20 0.22 0.24 0.16 0.18 0.18 0.25 0.17 0.17 0.17 0.20 0.28 0.30 0.27 0.17 0.69 0.58 0.73 0.52
P 0.18 0.17 0.18 0.21 0.17 0.15 0.22 0.26 0.19 0.16 0.15 0.22 0.26 0.27 0.23 0.15 0.65 0.55 0.77 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.14 0.19 0.49 0.11
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.36 0.35 0.64 0.18
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.10 0.03 0.06 0.06 0.16 0.01 0.03 0.01 0.31 0.33 0.21 0.20
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.03 0.14 0.06 0.11 0.11 0.17 0.02 0.01 0.01 0.43 0.44 0.20 0.32
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.52 0.52 0.86 0.32
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.04 0.06 0.09 0.06 0.05 0.03 0.00 0.01 0.14 0.34 0.05
C5 0.03 0.01 0.09 0.13 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.16 0.05 0.53 0.54 0.91 0.33
C5' 0.02 0.11 0.02 0.03 0.18 0.00 0.19 0.00 0.16 0.11 0.15 0.19 0.09 0.04 0.05 0.01 0.01 0.16 0.39 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.15 0.06 0.45 0.42 0.80 0.25
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.33 0.32 0.64 0.17
N3 0.02 0.00 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.45 0.44 0.74 0.26
N4 0.03 0.01 0.06 0.11 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.13 0.04 0.56 0.59 0.91 0.37
O2 0.04 0.01 0.16 0.17 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.19 0.06 0.29 0.30 0.55 0.14
O2' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.04 0.08 0.08 0.15 0.00 0.07 0.06 0.10 0.23 0.26 0.08
O3' 0.03 0.11 0.03 0.01 0.11 0.03 0.16 0.05 0.15 0.05 0.11 0.13 0.19 0.07 0.00 0.02 0.37 0.54 0.41 0.38
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.04 0.06 0.06 0.02 0.00 0.12 0.16 0.58 0.24
O5' 0.14 0.36 0.31 0.43 0.52 0.01 0.53 0.01 0.45 0.33 0.45 0.56 0.29 0.10 0.37 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.35 0.33 0.44 0.52 0.14 0.54 0.16 0.42 0.32 0.44 0.59 0.30 0.23 0.54 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.64 0.21 0.20 0.86 0.34 0.91 0.39 0.80 0.64 0.74 0.91 0.55 0.26 0.41 0.58 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.20 0.32 0.32 0.05 0.33 0.01 0.25 0.17 0.26 0.37 0.14 0.08 0.38 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00