ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49056

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 9, 3, 9, 6, 7, 6, 5, 2, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C2' A 0, 0.051, 0.112, 0.174, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.112 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.110, 0.176, 0.241, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.176 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.024, 0.091, 0.158, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.091 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.051, 0.146, 0.241, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.146 std_dev=0.095
C3' A 0, 0.054, 0.156, 0.257, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.156 std_dev=0.102
O3' A 0, 0.089, 0.228, 0.367, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.228 std_dev=0.139
C5' A 0, 0.089, 0.243, 0.398, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.243 std_dev=0.154
O5' A 0, 0.096, 0.266, 0.436, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.266 std_dev=0.170
O2 B 0, 0.339, 0.585, 0.831, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.585 std_dev=0.246
N4 B 0, 0.282, 0.529, 0.776, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.529 std_dev=0.247
N3 B 0, 0.296, 0.543, 0.791, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.543 std_dev=0.247
P A 0, 0.171, 0.420, 0.669, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.420 std_dev=0.249
C2 B 0, 0.308, 0.565, 0.821, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.565 std_dev=0.257
OP2 A 0, 0.194, 0.455, 0.715, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.455 std_dev=0.260
C4 B 0, 0.289, 0.550, 0.810, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.550 std_dev=0.261
O2' B 0, 0.293, 0.555, 0.816, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.555 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.305, 0.602, 0.899, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.602 std_dev=0.297
C2' B 0, 0.264, 0.564, 0.865, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.564 std_dev=0.301
OP1 A 0, 0.224, 0.529, 0.833, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.529 std_dev=0.305
C5 B 0, 0.309, 0.619, 0.928, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.619 std_dev=0.310
C1' B 0, 0.324, 0.634, 0.943, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.634 std_dev=0.310
C6 B 0, 0.311, 0.644, 0.977, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.644 std_dev=0.333
C3' B 0, 0.331, 0.691, 1.052, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.691 std_dev=0.361
O4' B 0, 0.380, 0.751, 1.122, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.751 std_dev=0.371
O3' B 0, 0.365, 0.742, 1.119, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.742 std_dev=0.377
C4' B 0, 0.368, 0.768, 1.168, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.768 std_dev=0.400
O5' B 0, 0.385, 0.845, 1.304, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.845 std_dev=0.459
C5' B 0, 0.402, 0.870, 1.338, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.870 std_dev=0.468
P B 0, 0.444, 0.968, 1.491, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.968 std_dev=0.523
OP1 B 0, 0.481, 1.079, 1.676, 2.817 max_d=2.817 avg_d=1.079 std_dev=0.598
OP2 B 0, 0.454, 1.176, 1.898, 3.586 max_d=3.586 avg_d=1.176 std_dev=0.722

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.06 0.07 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.08 0.09 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
N4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.08 0.09 0.11 0.10
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.05 0.06 0.06 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.04 0.00 0.01 0.03 0.07 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.05 0.08 0.03 0.08 0.03 0.06 0.05 0.07 0.09 0.06 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.07 0.04 0.04 0.10 0.02 0.09 0.01 0.07 0.05 0.09 0.11 0.06 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.07 0.10 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.12 0.11 0.11 0.08 0.08 0.22 0.46 0.10
C2 0.08 0.10 0.09 0.10 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.10 0.08 0.13 0.10 0.12 0.07 0.10 0.25 0.52 0.13
C2' 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.10 0.11 0.09 0.11 0.08 0.09 0.25 0.41 0.09
C3' 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.07 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.25 0.39 0.08
C4 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.09 0.13 0.10 0.12 0.07 0.11 0.25 0.54 0.13
C4' 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.11 0.12 0.11 0.09 0.07 0.22 0.39 0.08
C5 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.12 0.10 0.11 0.08 0.10 0.25 0.51 0.12
C5' 0.09 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.10 0.13 0.11 0.09 0.07 0.22 0.39 0.08
C6 0.08 0.08 0.08 0.09 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.12 0.10 0.11 0.08 0.09 0.24 0.49 0.11
N1 0.08 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.12 0.10 0.11 0.07 0.09 0.24 0.49 0.11
N3 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.11 0.09 0.13 0.10 0.12 0.07 0.11 0.25 0.54 0.14
N4 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.11 0.10 0.13 0.10 0.12 0.08 0.12 0.26 0.55 0.14
O2 0.09 0.11 0.10 0.11 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.11 0.08 0.14 0.11 0.13 0.09 0.11 0.24 0.53 0.13
O2' 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.07 0.23 0.39 0.08
O3' 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.13 0.09 0.12 0.09 0.10 0.12 0.13 0.12 0.12 0.11 0.11 0.26 0.34 0.09
O4' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.11 0.12 0.11 0.09 0.08 0.21 0.45 0.10
O5' 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.10 0.11 0.11 0.09 0.08 0.23 0.42 0.08
OP1 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.09 0.12 0.14 0.11 0.13 0.08 0.25 0.37 0.08
OP2 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.25 0.45 0.10
P 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.10 0.12 0.11 0.09 0.07 0.23 0.42 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.19 0.11 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.07 0.21 0.29 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.09 0.03
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.08 0.06 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.08 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.25 0.41 0.10
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.27 0.39 0.11
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.06 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.26 0.29 0.10
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.22 0.23 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.08 0.23 0.37 0.09
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.09 0.25 0.46 0.11
O2 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.13 0.02 0.08 0.19 0.26 0.08
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.02 0.02 0.10 0.07 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.09 0.08 0.13 0.03 0.00 0.01 0.04 0.12 0.15 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.19 0.05 0.06
O5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.05 0.08 0.09 0.08 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.21 0.11 0.07 0.25 0.08 0.27 0.06 0.26 0.22 0.23 0.25 0.19 0.10 0.12 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.29 0.09 0.08 0.41 0.08 0.39 0.15 0.29 0.23 0.37 0.46 0.26 0.07 0.15 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.03 0.03 0.10 0.02 0.11 0.01 0.10 0.07 0.09 0.11 0.08 0.03 0.06 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00