ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49057

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 9, 12, 3, 1, 4, 0, 3, 2, 1, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.010, 0.017, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.017, 0.026, 0.035, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.018, 0.028, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.019, 0.029, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.019, 0.030, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.030 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.042, 0.068, 0.094, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.068 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.062, 0.095, 0.128, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.095 std_dev=0.033
O4' A 0, -0.004, 0.128, 0.261, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.128 std_dev=0.132
C2' A 0, 0.017, 0.150, 0.283, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.150 std_dev=0.133
O2' A 0, 0.073, 0.237, 0.401, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.237 std_dev=0.164
C4' A 0, 0.024, 0.218, 0.411, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.218 std_dev=0.194
C3' A 0, 0.032, 0.243, 0.454, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.243 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.122, 0.351, 0.580, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.351 std_dev=0.229
N3 B 0, 0.087, 0.322, 0.556, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.322 std_dev=0.234
O2 B 0, 0.162, 0.421, 0.680, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.421 std_dev=0.259
O3' A 0, 0.044, 0.351, 0.657, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.351 std_dev=0.307
C5' A 0, 0.049, 0.385, 0.722, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.385 std_dev=0.337
N1 B 0, 0.063, 0.403, 0.743, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.403 std_dev=0.340
C4 B 0, 0.068, 0.412, 0.757, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.412 std_dev=0.345
C2' B 0, 0.092, 0.486, 0.880, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.486 std_dev=0.394
O5' A 0, 0.069, 0.471, 0.873, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.471 std_dev=0.402
N4 B 0, 0.084, 0.490, 0.895, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.490 std_dev=0.405
C1' B 0, 0.056, 0.471, 0.886, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.471 std_dev=0.415
C6 B 0, 0.037, 0.484, 0.932, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.484 std_dev=0.448
C5 B 0, 0.060, 0.516, 0.972, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.516 std_dev=0.456
O2' B 0, 0.069, 0.570, 1.072, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.570 std_dev=0.502
P A 0, 0.021, 0.599, 1.178, 2.211 max_d=2.211 avg_d=0.599 std_dev=0.579
C3' B 0, 0.004, 0.613, 1.222, 2.434 max_d=2.434 avg_d=0.613 std_dev=0.609
O4' B 0, -0.001, 0.630, 1.261, 2.202 max_d=2.202 avg_d=0.630 std_dev=0.631
OP2 A 0, 0.026, 0.663, 1.299, 2.369 max_d=2.369 avg_d=0.663 std_dev=0.637
OP1 A 0, 0.050, 0.724, 1.397, 2.649 max_d=2.649 avg_d=0.724 std_dev=0.674
C4' B 0, -0.052, 0.684, 1.419, 2.751 max_d=2.751 avg_d=0.684 std_dev=0.736
O5' B 0, 0.092, 0.828, 1.565, 2.524 max_d=2.524 avg_d=0.828 std_dev=0.737
P B 0, 0.057, 0.829, 1.601, 2.932 max_d=2.932 avg_d=0.829 std_dev=0.772
O3' B 0, -0.048, 0.731, 1.510, 3.061 max_d=3.061 avg_d=0.731 std_dev=0.779
OP2 B 0, 0.050, 0.885, 1.719, 3.222 max_d=3.222 avg_d=0.885 std_dev=0.834
C5' B 0, -0.040, 0.959, 1.957, 3.411 max_d=3.411 avg_d=0.959 std_dev=0.998
OP1 B 0, -0.255, 1.199, 2.652, 5.778 max_d=5.778 avg_d=1.199 std_dev=1.454

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.09 0.07
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.03 0.10 0.12 0.13 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.04 0.13 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.11 0.08
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.10 0.04 0.07 0.08 0.11 0.01 0.01 0.01 0.08 0.20 0.15 0.12
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.08 0.03 0.14 0.15 0.17 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.10 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.04 0.14 0.14 0.16 0.15
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.09 0.13 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.05 0.12 0.11 0.13 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.10 0.12 0.09
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.12 0.14 0.16 0.13
N4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.10 0.03 0.15 0.17 0.19 0.17
O2 0.03 0.00 0.13 0.11 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.14 0.05 0.08 0.12 0.13 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.07 0.04 0.13 0.00 0.03 0.04 0.05 0.18 0.10 0.07
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.08 0.02 0.12 0.03 0.11 0.04 0.08 0.10 0.14 0.03 0.00 0.01 0.12 0.30 0.23 0.20
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.08 0.08 0.14 0.12
O5' 0.05 0.10 0.05 0.08 0.14 0.01 0.14 0.01 0.12 0.08 0.12 0.15 0.08 0.05 0.12 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.12 0.17 0.20 0.15 0.10 0.14 0.07 0.11 0.10 0.14 0.17 0.12 0.18 0.30 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.13 0.11 0.15 0.17 0.04 0.16 0.03 0.13 0.12 0.16 0.19 0.13 0.10 0.23 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.10 0.08 0.12 0.15 0.02 0.15 0.02 0.11 0.09 0.13 0.17 0.09 0.07 0.20 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.17 0.19 0.22 0.12 0.16 0.15 0.22 0.14 0.14 0.14 0.16 0.24 0.22 0.25 0.15 0.51 0.88 0.49 0.39
C2 0.15 0.18 0.17 0.19 0.12 0.14 0.14 0.18 0.13 0.14 0.17 0.13 0.23 0.18 0.22 0.15 0.55 0.98 0.47 0.42
C2' 0.20 0.18 0.18 0.19 0.14 0.16 0.15 0.17 0.15 0.17 0.14 0.19 0.25 0.22 0.22 0.20 0.48 0.98 0.44 0.41
C3' 0.21 0.18 0.21 0.24 0.13 0.18 0.15 0.21 0.14 0.16 0.13 0.17 0.25 0.24 0.28 0.20 0.44 0.92 0.46 0.38
C4 0.16 0.18 0.17 0.20 0.13 0.14 0.14 0.19 0.13 0.14 0.16 0.13 0.24 0.20 0.24 0.15 0.55 0.97 0.49 0.42
C4' 0.22 0.19 0.26 0.33 0.14 0.25 0.17 0.32 0.17 0.18 0.14 0.18 0.27 0.29 0.37 0.21 0.45 0.79 0.53 0.35
C5 0.16 0.17 0.18 0.22 0.12 0.15 0.14 0.22 0.13 0.14 0.15 0.13 0.24 0.21 0.26 0.14 0.54 0.92 0.51 0.40
C5' 0.26 0.21 0.32 0.40 0.15 0.31 0.19 0.40 0.19 0.20 0.15 0.18 0.29 0.35 0.47 0.24 0.46 0.74 0.57 0.36
C6 0.16 0.17 0.19 0.23 0.11 0.16 0.15 0.23 0.14 0.14 0.14 0.14 0.24 0.22 0.27 0.14 0.53 0.90 0.51 0.39
N1 0.16 0.17 0.18 0.21 0.11 0.15 0.14 0.21 0.13 0.14 0.15 0.13 0.23 0.20 0.24 0.14 0.53 0.92 0.49 0.40
N3 0.16 0.18 0.17 0.19 0.13 0.14 0.15 0.18 0.14 0.15 0.17 0.14 0.23 0.18 0.22 0.16 0.56 0.99 0.47 0.43
N4 0.16 0.18 0.17 0.19 0.13 0.14 0.15 0.19 0.14 0.15 0.17 0.14 0.24 0.19 0.24 0.16 0.56 0.98 0.49 0.43
O2 0.16 0.18 0.17 0.18 0.13 0.15 0.15 0.17 0.14 0.15 0.18 0.15 0.23 0.18 0.20 0.16 0.56 1.01 0.45 0.43
O2' 0.21 0.19 0.20 0.22 0.17 0.19 0.17 0.19 0.17 0.18 0.16 0.22 0.24 0.22 0.23 0.21 0.44 0.95 0.46 0.40
O3' 0.27 0.22 0.28 0.30 0.18 0.26 0.19 0.26 0.20 0.22 0.18 0.21 0.28 0.30 0.34 0.27 0.41 0.93 0.47 0.39
O4' 0.21 0.19 0.24 0.30 0.17 0.23 0.20 0.32 0.19 0.18 0.16 0.20 0.26 0.28 0.34 0.19 0.52 0.79 0.55 0.38
O5' 0.22 0.18 0.27 0.35 0.11 0.25 0.16 0.34 0.16 0.17 0.12 0.15 0.27 0.31 0.42 0.19 0.47 0.78 0.56 0.35
OP1 0.27 0.23 0.27 0.34 0.12 0.25 0.15 0.34 0.16 0.20 0.17 0.15 0.34 0.34 0.43 0.24 0.48 0.74 0.55 0.35
OP2 0.19 0.16 0.25 0.36 0.13 0.23 0.19 0.36 0.16 0.14 0.11 0.18 0.26 0.29 0.44 0.16 0.48 0.76 0.64 0.34
P 0.22 0.18 0.30 0.41 0.14 0.30 0.20 0.42 0.19 0.17 0.12 0.17 0.27 0.33 0.50 0.20 0.47 0.72 0.64 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.15 0.61 0.45 0.19
C2 0.02 0.00 0.09 0.13 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.13 0.05 0.34 0.84 0.47 0.30
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.03 0.12 0.03 0.07 0.05 0.19 0.00 0.03 0.01 0.28 0.52 0.28 0.21
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.03 0.12 0.04 0.11 0.07 0.20 0.02 0.01 0.01 0.39 0.49 0.19 0.28
C4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.49 0.92 0.48 0.39
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.00 0.01 0.28 0.36 0.06
C5 0.01 0.01 0.10 0.10 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.04 0.51 0.88 0.48 0.39
C5' 0.02 0.10 0.03 0.03 0.13 0.01 0.13 0.00 0.10 0.08 0.12 0.14 0.09 0.04 0.06 0.01 0.01 0.17 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.12 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.05 0.44 0.81 0.49 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.32 0.77 0.47 0.27
N3 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.03 0.42 0.91 0.47 0.35
N4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02 0.53 0.93 0.47 0.42
O2 0.03 0.00 0.19 0.20 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.21 0.08 0.27 0.80 0.46 0.27
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.04 0.08 0.04 0.08 0.03 0.05 0.06 0.12 0.00 0.06 0.04 0.08 0.43 0.29 0.11
O3' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.08 0.03 0.12 0.06 0.13 0.04 0.12 0.09 0.21 0.06 0.00 0.02 0.31 0.52 0.14 0.30
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.08 0.04 0.02 0.00 0.08 0.53 0.53 0.22
O5' 0.15 0.34 0.28 0.39 0.49 0.01 0.51 0.01 0.44 0.32 0.42 0.53 0.27 0.08 0.31 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.61 0.84 0.52 0.49 0.92 0.28 0.88 0.17 0.81 0.77 0.91 0.93 0.80 0.43 0.52 0.53 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.47 0.28 0.19 0.48 0.36 0.48 0.38 0.49 0.47 0.47 0.47 0.46 0.29 0.14 0.53 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.30 0.21 0.28 0.39 0.06 0.39 0.01 0.33 0.27 0.35 0.42 0.27 0.11 0.30 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00