ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49058

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 5, 6, 6, 2, 2, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.024, 0.047, 0.069, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.047 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.033, 0.064, 0.094, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.064 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.061, 0.182, 0.302, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.182 std_dev=0.120
O4' A 0, 0.008, 0.148, 0.289, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.148 std_dev=0.140
O2' A 0, 0.113, 0.270, 0.427, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.270 std_dev=0.157
C2 B 0, 0.336, 0.537, 0.738, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.537 std_dev=0.201
C3' A 0, 0.134, 0.338, 0.541, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.338 std_dev=0.204
O2 B 0, 0.343, 0.552, 0.761, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.552 std_dev=0.209
C4' A 0, 0.099, 0.310, 0.520, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.310 std_dev=0.211
N3 B 0, 0.265, 0.476, 0.687, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.476 std_dev=0.211
C4 B 0, 0.302, 0.548, 0.793, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.548 std_dev=0.246
O3' A 0, 0.233, 0.504, 0.775, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.504 std_dev=0.271
N4 B 0, 0.276, 0.552, 0.829, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.552 std_dev=0.276
N1 B 0, 0.369, 0.660, 0.951, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.660 std_dev=0.291
C1' B 0, 0.446, 0.764, 1.082, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.764 std_dev=0.318
C5 B 0, 0.367, 0.701, 1.036, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.701 std_dev=0.334
C6 B 0, 0.387, 0.751, 1.116, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.751 std_dev=0.364
C5' A 0, 0.186, 0.576, 0.967, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.576 std_dev=0.390
O5' A 0, 0.220, 0.732, 1.244, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.732 std_dev=0.512
O4' B 0, 0.489, 1.003, 1.516, 2.256 max_d=2.256 avg_d=1.003 std_dev=0.513
C2' B 0, 0.382, 0.903, 1.424, 2.761 max_d=2.761 avg_d=0.903 std_dev=0.521
O2' B 0, 0.394, 0.967, 1.541, 3.355 max_d=3.355 avg_d=0.967 std_dev=0.573
P B 0, 0.630, 1.265, 1.900, 2.969 max_d=2.969 avg_d=1.265 std_dev=0.635
C4' B 0, 0.499, 1.218, 1.936, 2.854 max_d=2.854 avg_d=1.218 std_dev=0.718
O5' B 0, 0.461, 1.185, 1.910, 2.860 max_d=2.860 avg_d=1.185 std_dev=0.724
C3' B 0, 0.430, 1.191, 1.953, 2.780 max_d=2.780 avg_d=1.191 std_dev=0.761
C5' B 0, 0.568, 1.359, 2.149, 3.198 max_d=3.198 avg_d=1.359 std_dev=0.790
P A 0, 0.174, 1.122, 2.070, 3.034 max_d=3.034 avg_d=1.122 std_dev=0.948
OP1 A 0, 0.219, 1.261, 2.302, 3.784 max_d=3.784 avg_d=1.261 std_dev=1.042
O3' B 0, 0.484, 1.529, 2.575, 3.735 max_d=3.735 avg_d=1.529 std_dev=1.045
OP2 B 0, 0.662, 1.710, 2.758, 4.239 max_d=4.239 avg_d=1.710 std_dev=1.048
OP1 B 0, 0.607, 1.947, 3.287, 4.839 max_d=4.839 avg_d=1.947 std_dev=1.340
OP2 A 0, -0.202, 1.757, 3.716, 5.531 max_d=5.531 avg_d=1.757 std_dev=1.959

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.21 0.15 0.20 0.15
C2 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.44 0.32 0.66 0.48
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.08 0.03 0.05 0.06 0.12 0.01 0.02 0.01 0.26 0.25 0.24 0.14
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.11 0.00 0.15 0.02 0.15 0.07 0.10 0.12 0.14 0.01 0.01 0.01 0.34 0.45 0.23 0.20
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.03 0.62 0.53 1.31 0.83
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.06 0.08 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.15 0.49 0.11
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.19 0.04 0.64 0.55 1.39 0.88
C5' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.14 0.01 0.14 0.00 0.12 0.08 0.12 0.15 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.32 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.02 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.17 0.04 0.56 0.43 1.02 0.70
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.42 0.29 0.60 0.46
N3 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.11 0.02 0.54 0.43 0.99 0.66
N4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.08 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.15 0.04 0.65 0.61 1.52 0.93
O2 0.04 0.01 0.12 0.14 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.17 0.05 0.35 0.24 0.41 0.33
O2' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.09 0.08 0.13 0.00 0.05 0.05 0.08 0.12 0.61 0.16
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.14 0.02 0.19 0.04 0.17 0.07 0.11 0.15 0.17 0.05 0.00 0.02 0.30 0.53 0.50 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.00 0.14 0.21 0.23 0.08
O5' 0.21 0.44 0.26 0.34 0.62 0.02 0.64 0.01 0.56 0.42 0.54 0.65 0.35 0.08 0.30 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.32 0.25 0.45 0.53 0.15 0.55 0.32 0.43 0.29 0.43 0.61 0.24 0.12 0.53 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.66 0.24 0.23 1.31 0.49 1.39 0.32 1.02 0.60 0.99 1.52 0.41 0.61 0.50 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.48 0.14 0.20 0.83 0.11 0.88 0.02 0.70 0.46 0.66 0.93 0.33 0.16 0.11 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.23 0.26 0.35 0.23 0.18 0.20 0.20 0.18 0.19 0.25 0.27 0.26 0.31 0.20 0.22 0.28 1.26 0.57 0.49
C2 0.22 0.23 0.17 0.23 0.19 0.20 0.18 0.27 0.19 0.21 0.22 0.19 0.26 0.38 0.21 0.29 0.29 1.39 0.66 0.49
C2' 0.21 0.21 0.30 0.30 0.14 0.22 0.15 0.24 0.17 0.19 0.17 0.15 0.27 0.30 0.33 0.27 0.27 1.20 0.64 0.36
C3' 0.22 0.19 0.35 0.32 0.13 0.23 0.14 0.24 0.16 0.19 0.14 0.14 0.25 0.27 0.33 0.28 0.26 1.15 0.62 0.34
C4 0.23 0.24 0.18 0.23 0.20 0.22 0.21 0.30 0.21 0.22 0.22 0.20 0.27 0.38 0.21 0.32 0.30 1.40 0.70 0.50
C4' 0.18 0.19 0.40 0.42 0.21 0.22 0.22 0.22 0.19 0.18 0.20 0.25 0.24 0.24 0.24 0.19 0.29 1.16 0.50 0.48
C5 0.20 0.22 0.19 0.28 0.19 0.17 0.18 0.23 0.17 0.19 0.22 0.22 0.27 0.34 0.19 0.28 0.27 1.34 0.65 0.49
C5' 0.19 0.20 0.46 0.46 0.23 0.25 0.24 0.25 0.22 0.20 0.21 0.27 0.24 0.26 0.26 0.20 0.33 1.16 0.48 0.52
C6 0.18 0.22 0.22 0.32 0.19 0.16 0.18 0.20 0.16 0.18 0.22 0.23 0.26 0.31 0.19 0.24 0.26 1.30 0.62 0.48
N1 0.18 0.21 0.20 0.30 0.19 0.16 0.17 0.20 0.16 0.18 0.22 0.22 0.26 0.33 0.19 0.24 0.26 1.32 0.61 0.48
N3 0.24 0.24 0.19 0.22 0.21 0.24 0.22 0.32 0.22 0.23 0.22 0.20 0.27 0.41 0.23 0.33 0.32 1.42 0.71 0.50
N4 0.25 0.24 0.19 0.22 0.21 0.25 0.24 0.34 0.24 0.24 0.22 0.21 0.28 0.40 0.23 0.35 0.33 1.42 0.74 0.51
O2 0.23 0.24 0.20 0.22 0.19 0.22 0.19 0.29 0.20 0.23 0.23 0.18 0.26 0.42 0.24 0.30 0.31 1.42 0.66 0.50
O2' 0.17 0.16 0.31 0.31 0.13 0.18 0.14 0.18 0.13 0.14 0.12 0.18 0.25 0.29 0.32 0.20 0.23 1.14 0.60 0.34
O3' 0.30 0.26 0.40 0.33 0.21 0.32 0.23 0.34 0.26 0.27 0.21 0.19 0.30 0.31 0.45 0.39 0.32 1.05 0.68 0.27
O4' 0.21 0.25 0.35 0.45 0.30 0.25 0.29 0.26 0.26 0.23 0.28 0.35 0.27 0.28 0.25 0.22 0.34 1.21 0.53 0.56
O5' 0.17 0.16 0.49 0.50 0.24 0.23 0.19 0.17 0.13 0.12 0.22 0.35 0.24 0.34 0.41 0.18 0.21 1.06 0.58 0.37
OP1 0.34 0.18 0.76 0.78 0.16 0.50 0.23 0.45 0.28 0.25 0.16 0.21 0.23 0.59 0.74 0.30 0.45 0.78 0.85 0.38
OP2 1.17 0.81 1.52 1.50 0.41 1.28 0.55 1.13 0.78 0.92 0.52 0.25 0.97 1.59 1.59 1.08 0.97 0.79 1.21 0.72
P 0.48 0.25 0.84 0.84 0.12 0.59 0.18 0.49 0.28 0.33 0.10 0.25 0.35 0.77 0.82 0.42 0.42 0.85 0.78 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.28 0.01 0.19 0.85 0.33 0.24
C2 0.03 0.00 0.14 0.19 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.17 0.07 0.17 1.12 0.49 0.33
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.15 0.22 0.18 0.03 0.10 0.07 0.27 0.01 0.02 0.02 0.45 0.68 0.48 0.46
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.28 0.01 0.29 0.02 0.25 0.18 0.25 0.31 0.17 0.03 0.01 0.02 0.06 0.18 0.12 0.07
C4 0.02 0.01 0.07 0.28 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.12 0.04 0.23 1.25 0.62 0.42
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.06 0.06 0.11 0.08 0.26 0.03 0.01 0.02 0.39 0.20 0.10
C5 0.02 0.02 0.15 0.29 0.01 0.14 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.42 0.18 0.08 0.26 1.23 0.59 0.44
C5' 0.08 0.08 0.22 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.13 0.07 0.09 0.12 0.10 0.08 0.20 0.02 0.01 0.26 0.33 0.01
C6 0.02 0.02 0.18 0.25 0.01 0.14 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.37 0.13 0.11 0.23 1.15 0.48 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.10 0.02 0.17 1.06 0.43 0.32
N3 0.03 0.01 0.10 0.25 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.12 0.06 0.20 1.21 0.57 0.38
N4 0.02 0.01 0.07 0.31 0.01 0.11 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.40 0.16 0.04 0.25 1.26 0.68 0.44
O2 0.06 0.01 0.27 0.17 0.02 0.08 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.15 0.31 0.14 0.16 1.06 0.46 0.28
O2' 0.02 0.16 0.01 0.03 0.37 0.26 0.42 0.08 0.37 0.21 0.25 0.40 0.15 0.00 0.06 0.18 0.38 0.69 0.42 0.45
O3' 0.28 0.17 0.02 0.01 0.12 0.03 0.18 0.20 0.13 0.10 0.12 0.16 0.31 0.06 0.00 0.20 0.20 0.34 0.22 0.20
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.06 0.04 0.14 0.18 0.20 0.00 0.09 0.89 0.31 0.30
O5' 0.19 0.17 0.45 0.06 0.23 0.02 0.26 0.01 0.23 0.17 0.20 0.25 0.16 0.38 0.20 0.09 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.85 1.12 0.68 0.18 1.25 0.39 1.23 0.26 1.15 1.06 1.21 1.26 1.06 0.69 0.34 0.89 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.49 0.48 0.12 0.62 0.20 0.59 0.33 0.48 0.43 0.57 0.68 0.46 0.42 0.22 0.31 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.33 0.46 0.07 0.42 0.10 0.44 0.01 0.39 0.32 0.38 0.44 0.28 0.45 0.20 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00