Doublet Group distance statistics: 49059

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 7, 9, 9, 13, 9, 6, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3	A	0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1	A	0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6	A	0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.016 std_dev=0.013
O2	A	0, 0.015, 0.045, 0.075, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.045 std_dev=0.030
N4	A	0, 0.012, 0.054, 0.095, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.054 std_dev=0.042
O4'	A	0, 0.065, 0.153, 0.240, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.153 std_dev=0.088
C2'	A	0, 0.079, 0.176, 0.273, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.176 std_dev=0.097
N2	B	0, 0.140, 0.281, 0.422, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.281 std_dev=0.141
N1	B	0, 0.187, 0.344, 0.501, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.344 std_dev=0.157
C2	B	0, 0.188, 0.348, 0.509, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.348 std_dev=0.160
C6	B	0, 0.237, 0.429, 0.620, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.429 std_dev=0.192
C4'	A	0, 0.073, 0.267, 0.460, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.267 std_dev=0.194
N3	B	0, 0.235, 0.436, 0.638, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.436 std_dev=0.202
O6	B	0, 0.231, 0.439, 0.646, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.439 std_dev=0.207
O2'	A	0, 0.079, 0.300, 0.521, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.300 std_dev=0.221
C5	B	0, 0.289, 0.515, 0.741, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.515 std_dev=0.226
C4	B	0, 0.284, 0.514, 0.744, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.514 std_dev=0.230
C3'	A	0, 0.052, 0.316, 0.580, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.316 std_dev=0.264
N7	B	0, 0.339, 0.615, 0.892, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.615 std_dev=0.277
N9	B	0, 0.337, 0.619, 0.901, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.619 std_dev=0.282
C5'	A	0, 0.127, 0.426, 0.726, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.426 std_dev=0.299
C8	B	0, 0.369, 0.674, 0.980, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.674 std_dev=0.305
C1'	B	0, 0.343, 0.660, 0.976, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.660 std_dev=0.317
C2'	B	0, 0.312, 0.636, 0.960, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.636 std_dev=0.324
O2'	B	0, 0.280, 0.647, 1.013, 2.063 max_d=2.063 avg_d=0.647 std_dev=0.366
O4'	B	0, 0.383, 0.763, 1.142, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.763 std_dev=0.380
C3'	B	0, 0.348, 0.734, 1.121, 2.283 max_d=2.283 avg_d=0.734 std_dev=0.387
C4'	B	0, 0.372, 0.794, 1.217, 2.539 max_d=2.539 avg_d=0.794 std_dev=0.422
O3'	B	0, 0.342, 0.783, 1.223, 2.626 max_d=2.626 avg_d=0.783 std_dev=0.441
O3'	A	0, 0.012, 0.454, 0.895, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.454 std_dev=0.442
C5'	B	0, 0.403, 0.887, 1.371, 2.999 max_d=2.999 avg_d=0.887 std_dev=0.484
O5'	B	0, 0.384, 0.907, 1.430, 3.019 max_d=3.019 avg_d=0.907 std_dev=0.523
OP2	B	0, 0.491, 1.075, 1.659, 3.391 max_d=3.391 avg_d=1.075 std_dev=0.584
P	B	0, 0.449, 1.061, 1.672, 3.533 max_d=3.533 avg_d=1.061 std_dev=0.611
OP1	B	0, 0.439, 1.153, 1.867, 3.979 max_d=3.979 avg_d=1.153 std_dev=0.714
O5'	A	0, -0.083, 0.747, 1.577, 4.390 max_d=4.390 avg_d=0.747 std_dev=0.830
P	A	0, -0.280, 0.848, 1.977, 5.657 max_d=5.657 avg_d=0.848 std_dev=1.128
OP2	A	0, -0.266, 0.995, 2.256, 5.946 max_d=5.946 avg_d=0.995 std_dev=1.261
OP1	A	0, -0.187, 1.106, 2.400, 6.880 max_d=6.880 avg_d=1.106 std_dev=1.293

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.04	0.00	0.17	0.20	0.19	0.15
C2	0.02	0.00	0.07	0.15	0.01	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.14	0.12	0.01	0.33	0.36	0.46	0.34
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.02	0.04	0.05	0.05	0.02	0.06	0.04	0.12	0.00	0.05	0.01	0.24	0.25	0.27	0.22
C3'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.19	0.00	0.18	0.02	0.15	0.12	0.18	0.21	0.13	0.01	0.01	0.02	0.25	0.29	0.22	0.20
C4	0.01	0.01	0.03	0.19	0.00	0.10	0.00	0.18	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.14	0.19	0.03	0.50	0.59	0.72	0.57
C4'	0.01	0.05	0.02	0.00	0.10	0.00	0.11	0.01	0.10	0.06	0.07	0.10	0.05	0.15	0.04	0.00	0.01	0.17	0.15	0.03
C5	0.01	0.01	0.04	0.18	0.00	0.11	0.00	0.21	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.11	0.19	0.03	0.54	0.62	0.73	0.61
C5'	0.03	0.10	0.05	0.02	0.18	0.01	0.21	0.00	0.18	0.11	0.14	0.20	0.06	0.11	0.09	0.02	0.01	0.15	0.22	0.02
C6	0.01	0.01	0.05	0.15	0.01	0.10	0.00	0.18	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.15	0.03	0.48	0.49	0.55	0.49
N1	0.01	0.01	0.02	0.12	0.01	0.06	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.09	0.09	0.01	0.34	0.34	0.40	0.33
N3	0.02	0.00	0.06	0.18	0.00	0.07	0.00	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.16	0.16	0.02	0.41	0.48	0.60	0.46
N4	0.02	0.01	0.04	0.21	0.00	0.10	0.01	0.20	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.16	0.21	0.03	0.54	0.67	0.82	0.64
O2	0.03	0.00	0.12	0.13	0.01	0.05	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.15	0.12	0.02	0.23	0.27	0.36	0.24
O2'	0.02	0.14	0.00	0.01	0.14	0.15	0.11	0.11	0.08	0.09	0.16	0.16	0.15	0.00	0.07	0.12	0.15	0.24	0.24	0.13
O3'	0.04	0.12	0.05	0.01	0.19	0.04	0.19	0.09	0.15	0.09	0.16	0.21	0.12	0.07	0.00	0.02	0.28	0.41	0.35	0.28
O4'	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.00	0.03	0.02	0.03	0.01	0.02	0.03	0.02	0.12	0.02	0.00	0.14	0.17	0.19	0.12
O5'	0.17	0.33	0.24	0.25	0.50	0.01	0.54	0.01	0.48	0.34	0.41	0.54	0.23	0.15	0.28	0.14	0.00	0.03	0.02	0.00
OP1	0.20	0.36	0.25	0.29	0.59	0.17	0.62	0.15	0.49	0.34	0.48	0.67	0.27	0.24	0.41	0.17	0.03	0.00	0.02	0.01
OP2	0.19	0.46	0.27	0.22	0.72	0.15	0.73	0.22	0.55	0.40	0.60	0.82	0.36	0.24	0.35	0.19	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.15	0.34	0.22	0.20	0.57	0.03	0.61	0.02	0.49	0.33	0.46	0.64	0.24	0.13	0.28	0.12	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.10	0.09	0.13	0.12	0.09	0.11	0.09	0.09	0.09	0.09	0.08	0.09	0.09	0.09	0.09	0.18	0.15	0.10	0.14	0.10	0.14	0.14	0.09
C2	0.09	0.10	0.10	0.10	0.09	0.09	0.09	0.09	0.09	0.09	0.09	0.11	0.10	0.09	0.09	0.13	0.13	0.09	0.13	0.10	0.08	0.16	0.10
C2'	0.14	0.15	0.16	0.15	0.15	0.15	0.16	0.12	0.16	0.15	0.16	0.14	0.14	0.16	0.14	0.19	0.17	0.14	0.15	0.17	0.15	0.16	0.11
C3'	0.17	0.13	0.21	0.20	0.14	0.19	0.13	0.18	0.14	0.14	0.13	0.13	0.14	0.14	0.15	0.28	0.24	0.17	0.20	0.16	0.25	0.20	0.18
C4	0.12	0.12	0.13	0.13	0.12	0.12	0.13	0.12	0.13	0.13	0.12	0.11	0.11	0.14	0.12	0.14	0.16	0.12	0.16	0.14	0.12	0.19	0.14
C4'	0.11	0.07	0.14	0.14	0.08	0.12	0.08	0.13	0.08	0.09	0.07	0.07	0.08	0.08	0.09	0.20	0.16	0.11	0.17	0.09	0.22	0.21	0.16
C5	0.10	0.09	0.12	0.12	0.10	0.10	0.11	0.09	0.11	0.11	0.10	0.10	0.09	0.11	0.10	0.16	0.16	0.10	0.14	0.12	0.09	0.15	0.10
C5'	0.10	0.07	0.13	0.13	0.08	0.12	0.08	0.12	0.09	0.09	0.08	0.07	0.08	0.09	0.09	0.19	0.15	0.10	0.16	0.11	0.21	0.20	0.16
C6	0.09	0.08	0.12	0.12	0.08	0.09	0.08	0.07	0.09	0.09	0.08	0.09	0.08	0.09	0.08	0.17	0.16	0.08	0.13	0.10	0.09	0.13	0.07
N1	0.08	0.08	0.11	0.10	0.08	0.09	0.08	0.07	0.08	0.08	0.07	0.09	0.08	0.08	0.08	0.16	0.14	0.08	0.12	0.09	0.09	0.13	0.07
N3	0.12	0.12	0.12	0.13	0.12	0.12	0.13	0.13	0.13	0.13	0.13	0.12	0.12	0.13	0.12	0.14	0.15	0.13	0.16	0.13	0.12	0.19	0.15
N4	0.14	0.13	0.14	0.16	0.15	0.15	0.16	0.16	0.16	0.17	0.14	0.12	0.13	0.17	0.15	0.15	0.18	0.15	0.19	0.17	0.17	0.23	0.19
O2	0.09	0.10	0.10	0.10	0.09	0.09	0.08	0.09	0.08	0.08	0.08	0.12	0.10	0.08	0.09	0.13	0.12	0.09	0.12	0.09	0.09	0.17	0.11
O2'	0.10	0.11	0.14	0.14	0.11	0.12	0.12	0.11	0.14	0.11	0.14	0.10	0.10	0.12	0.10	0.18	0.18	0.10	0.13	0.16	0.14	0.20	0.12
O3'	0.33	0.23	0.39	0.39	0.26	0.37	0.21	0.36	0.18	0.25	0.18	0.24	0.27	0.22	0.28	0.45	0.44	0.33	0.35	0.17	0.42	0.35	0.35
O4'	0.14	0.10	0.17	0.16	0.11	0.15	0.10	0.14	0.10	0.12	0.09	0.11	0.11	0.11	0.12	0.22	0.19	0.13	0.18	0.10	0.21	0.19	0.15
O5'	0.16	0.12	0.20	0.23	0.13	0.19	0.14	0.22	0.17	0.13	0.15	0.12	0.13	0.14	0.13	0.24	0.27	0.16	0.19	0.22	0.23	0.26	0.20
OP1	0.34	0.24	0.44	0.49	0.26	0.42	0.24	0.45	0.23	0.27	0.23	0.24	0.27	0.25	0.29	0.46	0.56	0.35	0.35	0.26	0.40	0.43	0.38
OP2	0.18	0.20	0.19	0.20	0.20	0.18	0.25	0.18	0.31	0.22	0.27	0.18	0.18	0.27	0.19	0.24	0.24	0.18	0.22	0.39	0.22	0.22	0.20
P	0.19	0.12	0.26	0.30	0.13	0.25	0.13	0.27	0.15	0.14	0.14	0.11	0.14	0.13	0.15	0.29	0.35	0.19	0.20	0.21	0.25	0.27	0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.01	0.05	0.15	0.06
C2	0.02	0.00	0.05	0.05	0.01	0.02	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.09	0.06	0.02	0.08	0.01	0.07	0.18	0.09
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.03	0.04	0.06	0.05	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.03	0.11	0.11	0.04
C3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.06	0.07	0.05	0.06	0.05	0.07	0.04	0.02	0.01	0.02	0.12	0.07	0.16	0.09	0.09
C4	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.04	0.01	0.09	0.01	0.07	0.18	0.10
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.04	0.06	0.03	0.03	0.02	0.06	0.03	0.05	0.01	0.00	0.01	0.05	0.07	0.11	0.02
C5	0.01	0.00	0.02	0.06	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.06	0.01	0.12	0.01	0.11	0.21	0.13
C5'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.05	0.00	0.08	0.00	0.08	0.10	0.06	0.04	0.03	0.11	0.05	0.05	0.03	0.01	0.01	0.10	0.06	0.11	0.01
C6	0.01	0.00	0.03	0.06	0.01	0.04	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.07	0.01	0.12	0.01	0.12	0.21	0.14
C8	0.01	0.01	0.03	0.07	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.07	0.01	0.12	0.01	0.12	0.21	0.14
N1	0.02	0.00	0.04	0.05	0.01	0.03	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.06	0.01	0.10	0.01	0.09	0.20	0.11
N2	0.02	0.01	0.06	0.06	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.08	0.02	0.08	0.01	0.08	0.17	0.08
N3	0.02	0.00	0.05	0.05	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.09	0.06	0.02	0.07	0.01	0.07	0.17	0.08
N7	0.01	0.00	0.03	0.07	0.00	0.06	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.08	0.01	0.14	0.01	0.15	0.24	0.16
N9	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.04	0.01	0.08	0.01	0.07	0.18	0.09
O2'	0.01	0.09	0.00	0.02	0.05	0.05	0.05	0.05	0.06	0.02	0.08	0.11	0.09	0.03	0.02	0.00	0.03	0.03	0.05	0.06	0.11	0.12	0.05
O3'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.04	0.01	0.06	0.03	0.07	0.07	0.06	0.08	0.06	0.08	0.04	0.03	0.00	0.01	0.14	0.08	0.23	0.13	0.14
O4'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.07	0.02	0.06	0.16	0.08
O5'	0.04	0.08	0.07	0.12	0.09	0.01	0.12	0.01	0.12	0.12	0.10	0.08	0.07	0.14	0.08	0.05	0.14	0.07	0.00	0.14	0.02	0.02	0.00
O6	0.01	0.01	0.03	0.07	0.01	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.08	0.02	0.14	0.00	0.15	0.23	0.16
OP1	0.05	0.07	0.11	0.16	0.07	0.07	0.11	0.06	0.12	0.12	0.09	0.08	0.07	0.15	0.07	0.11	0.23	0.06	0.02	0.15	0.00	0.01	0.01
OP2	0.15	0.18	0.11	0.09	0.18	0.11	0.21	0.11	0.21	0.21	0.20	0.17	0.17	0.24	0.18	0.12	0.13	0.16	0.02	0.23	0.01	0.00	0.01
P	0.06	0.09	0.04	0.09	0.10	0.02	0.13	0.01	0.14	0.14	0.11	0.08	0.08	0.16	0.09	0.05	0.14	0.08	0.00	0.16	0.01	0.01	0.00