ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49061

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 3, 7, 3, 11, 6, 3, 3, 2, 2, 0, 4, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.013, 0.040, 0.066, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.040 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.140, 0.209, 0.278, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.209 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.118, 0.193, 0.268, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.193 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.062, 0.165, 0.267, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.165 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.268, 0.372, 0.475, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.372 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.258, 0.361, 0.465, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.361 std_dev=0.104
O3' A 0, 0.412, 0.551, 0.689, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.551 std_dev=0.138
C5' A 0, 0.384, 0.559, 0.733, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.559 std_dev=0.175
O5' A 0, 0.325, 0.525, 0.725, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.525 std_dev=0.200
N2 B 0, 0.367, 0.567, 0.767, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.567 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.526, 0.763, 1.000, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.763 std_dev=0.237
C2 B 0, 0.484, 0.725, 0.965, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.725 std_dev=0.240
P A 0, 0.457, 0.733, 1.009, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.733 std_dev=0.276
C6 B 0, 0.664, 0.957, 1.250, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.957 std_dev=0.293
N3 B 0, 0.557, 0.858, 1.160, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.858 std_dev=0.302
OP2 A 0, 0.509, 0.815, 1.121, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.815 std_dev=0.306
OP1 A 0, 0.503, 0.809, 1.115, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.809 std_dev=0.306
O6 B 0, 0.685, 0.996, 1.306, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.996 std_dev=0.311
C5 B 0, 0.755, 1.101, 1.446, 1.757 max_d=1.757 avg_d=1.101 std_dev=0.345
C4 B 0, 0.692, 1.039, 1.386, 1.776 max_d=1.776 avg_d=1.039 std_dev=0.347
N7 B 0, 0.898, 1.312, 1.725, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.312 std_dev=0.413
N9 B 0, 0.796, 1.217, 1.638, 2.106 max_d=2.106 avg_d=1.217 std_dev=0.421
C8 B 0, 0.921, 1.373, 1.824, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.373 std_dev=0.451
C1' B 0, 0.770, 1.242, 1.715, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.242 std_dev=0.472
C2' B 0, 0.676, 1.155, 1.634, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.155 std_dev=0.479
O2' B 0, 0.606, 1.111, 1.615, 2.450 max_d=2.450 avg_d=1.111 std_dev=0.504
O4' B 0, 0.941, 1.476, 2.011, 2.739 max_d=2.739 avg_d=1.476 std_dev=0.535
C3' B 0, 0.836, 1.374, 1.911, 2.702 max_d=2.702 avg_d=1.374 std_dev=0.537
O3' B 0, 0.876, 1.443, 2.010, 2.858 max_d=2.858 avg_d=1.443 std_dev=0.567
C4' B 0, 0.971, 1.550, 2.128, 2.957 max_d=2.957 avg_d=1.550 std_dev=0.578
O5' B 0, 1.091, 1.672, 2.253, 3.013 max_d=3.013 avg_d=1.672 std_dev=0.581
OP2 B 0, 1.146, 1.758, 2.369, 3.048 max_d=3.048 avg_d=1.758 std_dev=0.611
C5' B 0, 1.141, 1.759, 2.377, 3.198 max_d=3.198 avg_d=1.759 std_dev=0.618
P B 0, 1.174, 1.801, 2.429, 3.163 max_d=3.163 avg_d=1.801 std_dev=0.628
OP1 B 0, 1.242, 1.910, 2.577, 3.336 max_d=3.336 avg_d=1.910 std_dev=0.667

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.10 0.09 0.13 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.15 0.16 0.20 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.02 0.15 0.16 0.19 0.17
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.11 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.13 0.12 0.12 0.12
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.08 0.10 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.12 0.13 0.17 0.14
N4 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.16 0.19 0.24 0.20
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.08 0.08 0.11 0.09
O2' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.00 0.03 0.03 0.03 0.09 0.05 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.09 0.04 0.06 0.11 0.06 0.03 0.00 0.01 0.06 0.09 0.08 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.04
O5' 0.04 0.10 0.03 0.04 0.15 0.01 0.15 0.01 0.13 0.09 0.12 0.16 0.08 0.03 0.06 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.06 0.09 0.07 0.08 0.16 0.07 0.16 0.06 0.12 0.08 0.13 0.19 0.08 0.09 0.09 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.13 0.05 0.05 0.20 0.02 0.19 0.02 0.12 0.10 0.17 0.24 0.11 0.05 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.11 0.03 0.04 0.17 0.02 0.17 0.02 0.12 0.09 0.14 0.20 0.09 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.13 0.09 0.15 0.12 0.14 0.10 0.10 0.14 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09 0.18 0.10 0.10 0.09
C2 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.14 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.16 0.12 0.13 0.11
C2' 0.08 0.10 0.07 0.08 0.10 0.07 0.12 0.07 0.14 0.10 0.13 0.09 0.08 0.12 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.16 0.09 0.10 0.08
C3' 0.07 0.10 0.07 0.08 0.09 0.07 0.12 0.07 0.14 0.10 0.13 0.10 0.08 0.11 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.16 0.09 0.10 0.08
C4 0.14 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.15 0.15 0.13 0.12 0.13 0.16 0.14 0.14 0.13 0.14 0.13 0.16 0.14 0.16 0.14
C4' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.07 0.13 0.07 0.15 0.11 0.14 0.09 0.09 0.13 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.17 0.09 0.09 0.08
C5 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.12 0.14 0.14 0.12 0.12 0.12 0.14 0.13 0.13 0.11 0.13 0.12 0.16 0.13 0.14 0.12
C5' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.07 0.13 0.07 0.15 0.11 0.13 0.09 0.09 0.13 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.17 0.09 0.09 0.08
C6 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.14 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.16 0.11 0.12 0.11
N1 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.13 0.09 0.14 0.12 0.12 0.10 0.10 0.13 0.11 0.11 0.09 0.11 0.09 0.16 0.11 0.11 0.10
N3 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.14 0.14 0.13 0.13 0.12 0.15 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.16 0.14 0.15 0.14
N4 0.16 0.13 0.15 0.15 0.15 0.15 0.16 0.15 0.16 0.17 0.14 0.13 0.14 0.18 0.16 0.16 0.14 0.16 0.15 0.17 0.17 0.19 0.17
O2 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.14 0.12 0.12 0.12 0.10 0.13 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.17 0.11 0.12 0.10
O2' 0.09 0.11 0.07 0.08 0.11 0.08 0.13 0.08 0.15 0.11 0.15 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.17 0.10 0.10 0.09
O3' 0.08 0.11 0.09 0.10 0.10 0.08 0.12 0.08 0.14 0.10 0.14 0.12 0.09 0.11 0.09 0.10 0.12 0.08 0.09 0.16 0.10 0.10 0.09
O4' 0.11 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09 0.14 0.09 0.16 0.13 0.14 0.10 0.10 0.14 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09 0.19 0.11 0.10 0.09
O5' 0.09 0.11 0.08 0.08 0.11 0.08 0.13 0.08 0.15 0.12 0.14 0.10 0.10 0.13 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.17 0.10 0.10 0.09
OP1 0.10 0.12 0.10 0.10 0.12 0.10 0.13 0.10 0.15 0.12 0.14 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.12 0.11 0.09 0.17 0.10 0.10 0.09
OP2 0.11 0.13 0.10 0.10 0.12 0.11 0.14 0.11 0.15 0.13 0.14 0.12 0.12 0.14 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.17 0.11 0.11 0.10
P 0.10 0.11 0.08 0.09 0.11 0.09 0.13 0.09 0.15 0.12 0.14 0.11 0.10 0.13 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.17 0.10 0.10 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.07 0.00 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.10 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.10 0.12 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.11 0.14 0.11
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.08 0.00 0.10 0.13 0.10
N2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.07 0.01 0.09 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.07 0.10 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.11 0.13 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.08 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.07 0.09 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04
O5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.06 0.03 0.04 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.10 0.00 0.13 0.15 0.13
OP1 0.04 0.09 0.05 0.06 0.08 0.04 0.10 0.04 0.11 0.08 0.10 0.09 0.07 0.11 0.06 0.06 0.09 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.12 0.04 0.04 0.10 0.02 0.12 0.01 0.14 0.10 0.13 0.12 0.10 0.13 0.08 0.04 0.06 0.06 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.02 0.03 0.08 0.01 0.10 0.01 0.11 0.08 0.10 0.09 0.07 0.11 0.06 0.03 0.05 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00