ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49064

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.004, 0.029, 0.053, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.014, 0.069, 0.124, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.069 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.013, 0.074, 0.136, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.074 std_dev=0.061
O3' A 0, 0.034, 0.102, 0.170, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.102 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.033, 0.112, 0.190, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.112 std_dev=0.079
C3' A 0, 0.032, 0.111, 0.190, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.021, 0.115, 0.209, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.115 std_dev=0.094
OP2 A 0, 0.041, 0.177, 0.312, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.177 std_dev=0.135
C5' A 0, 0.049, 0.191, 0.332, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.191 std_dev=0.141
O5' A 0, 0.041, 0.203, 0.365, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.203 std_dev=0.162
P A 0, 0.024, 0.209, 0.393, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.209 std_dev=0.184
N2 B 0, 0.085, 0.291, 0.497, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.291 std_dev=0.206
C2 B 0, -0.006, 0.226, 0.458, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.226 std_dev=0.232
N1 B 0, -0.001, 0.238, 0.478, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.238 std_dev=0.240
OP1 A 0, 0.017, 0.265, 0.514, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.265 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.045, 0.310, 0.575, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.310 std_dev=0.265
N3 B 0, -0.052, 0.219, 0.489, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.219 std_dev=0.271
O6 B 0, 0.105, 0.381, 0.657, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.381 std_dev=0.276
C5 B 0, 0.035, 0.331, 0.627, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.331 std_dev=0.296
C4 B 0, -0.048, 0.259, 0.565, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.259 std_dev=0.306
O2' B 0, 0.071, 0.404, 0.736, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.404 std_dev=0.333
N9 B 0, 0.009, 0.346, 0.684, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.346 std_dev=0.338
N7 B 0, 0.107, 0.445, 0.784, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.445 std_dev=0.339
C1' B 0, 0.008, 0.364, 0.719, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.364 std_dev=0.355
C8 B 0, 0.089, 0.447, 0.805, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.447 std_dev=0.358
C2' B 0, 0.042, 0.407, 0.772, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.407 std_dev=0.365
O3' B 0, 0.037, 0.427, 0.817, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.427 std_dev=0.390
O4' B 0, -0.008, 0.389, 0.787, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.389 std_dev=0.398
C3' B 0, 0.031, 0.436, 0.840, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.436 std_dev=0.404
C4' B 0, 0.001, 0.429, 0.858, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.429 std_dev=0.429
O5' B 0, 0.039, 0.506, 0.972, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.506 std_dev=0.466
C5' B 0, -0.008, 0.464, 0.936, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.464 std_dev=0.472
OP2 B 0, 0.103, 0.590, 1.076, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.590 std_dev=0.487
P B 0, 0.045, 0.573, 1.102, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.573 std_dev=0.529
OP1 B 0, 0.015, 0.628, 1.241, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.628 std_dev=0.613

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.10 0.05
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.10 0.11 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.04
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.10 0.09 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.06 0.05 0.04
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.04 0.05 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.06 0.09 0.05
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.11 0.11 0.09
N4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.12 0.09 0.09
O2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.11 0.12 0.10
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.04
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.05
O5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.10 0.03 0.01 0.10 0.01 0.06 0.02 0.04 0.06 0.11 0.12 0.11 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.11 0.09 0.08 0.09 0.07 0.05 0.02 0.05 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.08 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.04 0.03 0.07 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.09 0.09 0.10 0.04 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.10 0.05 0.03 0.08 0.04 0.13 0.06 0.18 0.09 0.17 0.07 0.06 0.13 0.07 0.06 0.03 0.05 0.08 0.22 0.11 0.14 0.13
C2 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.08 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.12 0.11 0.14 0.12
C2' 0.02 0.12 0.04 0.02 0.09 0.02 0.13 0.03 0.18 0.08 0.18 0.12 0.07 0.12 0.06 0.06 0.01 0.03 0.06 0.22 0.09 0.13 0.11
C3' 0.05 0.17 0.07 0.04 0.12 0.03 0.17 0.03 0.21 0.12 0.22 0.18 0.11 0.16 0.09 0.09 0.03 0.03 0.06 0.25 0.08 0.11 0.10
C4 0.08 0.07 0.04 0.05 0.06 0.07 0.05 0.08 0.03 0.05 0.05 0.07 0.07 0.04 0.07 0.03 0.05 0.09 0.08 0.02 0.12 0.15 0.12
C4' 0.04 0.18 0.07 0.04 0.12 0.02 0.16 0.02 0.21 0.11 0.22 0.21 0.12 0.14 0.09 0.09 0.03 0.01 0.04 0.23 0.05 0.08 0.07
C5 0.08 0.03 0.05 0.06 0.05 0.08 0.02 0.09 0.01 0.05 0.00 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.10 0.08 0.04 0.12 0.15 0.12
C5' 0.08 0.20 0.09 0.09 0.13 0.09 0.15 0.08 0.19 0.09 0.22 0.25 0.15 0.12 0.09 0.10 0.08 0.08 0.05 0.20 0.03 0.02 0.01
C6 0.06 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.06 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.08 0.08 0.10 0.11 0.14 0.12
N1 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.07 0.06 0.11 0.04 0.09 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.03 0.06 0.07 0.15 0.10 0.14 0.12
N3 0.05 0.07 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.10 0.07 0.01 0.04 0.04 0.02 0.07 0.06 0.02 0.11 0.14 0.11
N4 0.09 0.10 0.06 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.05 0.07 0.10 0.09 0.09 0.13 0.16 0.13
O2 0.04 0.02 0.08 0.05 0.06 0.04 0.11 0.06 0.14 0.10 0.08 0.10 0.03 0.13 0.06 0.10 0.04 0.05 0.10 0.18 0.13 0.15 0.14
O2' 0.05 0.12 0.05 0.04 0.11 0.04 0.15 0.06 0.20 0.11 0.19 0.10 0.08 0.15 0.09 0.06 0.02 0.06 0.10 0.24 0.13 0.16 0.15
O3' 0.10 0.17 0.11 0.09 0.16 0.09 0.20 0.10 0.23 0.16 0.23 0.16 0.13 0.19 0.14 0.12 0.09 0.09 0.13 0.27 0.15 0.17 0.16
O4' 0.02 0.13 0.05 0.02 0.09 0.02 0.13 0.03 0.18 0.08 0.19 0.14 0.07 0.12 0.06 0.07 0.02 0.03 0.05 0.21 0.07 0.10 0.09
O5' 0.09 0.18 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.09 0.16 0.07 0.19 0.23 0.14 0.09 0.09 0.12 0.12 0.09 0.06 0.17 0.06 0.05 0.03
OP1 0.17 0.20 0.19 0.20 0.16 0.19 0.14 0.18 0.16 0.14 0.20 0.25 0.18 0.13 0.16 0.20 0.21 0.18 0.16 0.16 0.17 0.13 0.14
OP2 0.08 0.16 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.14 0.06 0.18 0.21 0.12 0.06 0.07 0.09 0.10 0.09 0.05 0.15 0.06 0.06 0.04
P 0.12 0.19 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.16 0.10 0.19 0.24 0.16 0.10 0.11 0.14 0.14 0.12 0.10 0.16 0.10 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.05 0.08 0.00 0.13 0.18 0.14
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.08 0.00 0.12 0.16 0.12
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.00 0.14 0.18 0.14
C5' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.10 0.00 0.16 0.20 0.16
C8 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.07 0.00 0.11 0.12 0.10
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.09 0.00 0.16 0.20 0.16
N2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.07 0.05 0.08 0.00 0.13 0.18 0.14
N3 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.05 0.07 0.00 0.11 0.16 0.12
N7 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.14 0.17 0.13
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.11 0.09
O2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.07 0.13 0.09 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.05
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04
O5' 0.03 0.08 0.04 0.03 0.08 0.00 0.09 0.00 0.10 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.04 0.03 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.10 0.00 0.18 0.21 0.17
OP1 0.04 0.13 0.04 0.03 0.12 0.01 0.14 0.02 0.16 0.11 0.16 0.13 0.11 0.14 0.09 0.06 0.03 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.18 0.06 0.04 0.16 0.02 0.18 0.01 0.20 0.12 0.20 0.18 0.16 0.17 0.11 0.07 0.04 0.03 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.14 0.04 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.16 0.10 0.16 0.14 0.12 0.13 0.09 0.05 0.02 0.04 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00