ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49065

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.010, 0.033, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.023, 0.056, 0.089, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.056 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.046, 0.110, 0.175, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.110 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.066, 0.156, 0.246, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.156 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.076, 0.187, 0.298, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.187 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.081, 0.193, 0.305, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.193 std_dev=0.112
O3' A 0, 0.036, 0.152, 0.269, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.152 std_dev=0.116
O2' A 0, 0.093, 0.221, 0.349, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.221 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.133, 0.318, 0.503, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.318 std_dev=0.185
O5' A 0, 0.237, 0.586, 0.935, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.586 std_dev=0.349
P A 0, 0.281, 0.697, 1.112, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.697 std_dev=0.415
OP1 A 0, 0.292, 0.712, 1.132, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.712 std_dev=0.420
OP2 A 0, 0.307, 0.765, 1.223, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.765 std_dev=0.458
N2 B 0, 0.345, 0.821, 1.296, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.821 std_dev=0.476
N1 B 0, 0.362, 0.859, 1.356, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.859 std_dev=0.497
C2 B 0, 0.366, 0.871, 1.376, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.871 std_dev=0.505
O6 B 0, 0.374, 0.887, 1.400, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.887 std_dev=0.513
C6 B 0, 0.379, 0.901, 1.423, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.901 std_dev=0.522
N3 B 0, 0.386, 0.925, 1.464, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.925 std_dev=0.539
C5 B 0, 0.402, 0.960, 1.517, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.960 std_dev=0.557
C4 B 0, 0.401, 0.961, 1.522, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.961 std_dev=0.561
O2' B 0, 0.408, 0.994, 1.580, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.994 std_dev=0.586
N7 B 0, 0.424, 1.012, 1.600, 1.427 max_d=1.427 avg_d=1.012 std_dev=0.588
N9 B 0, 0.419, 1.012, 1.605, 1.468 max_d=1.468 avg_d=1.012 std_dev=0.593
C1' B 0, 0.414, 1.008, 1.602, 1.482 max_d=1.482 avg_d=1.008 std_dev=0.594
C2' B 0, 0.413, 1.008, 1.602, 1.487 max_d=1.487 avg_d=1.008 std_dev=0.595
C3' B 0, 0.409, 1.009, 1.610, 1.511 max_d=1.511 avg_d=1.009 std_dev=0.600
O4' B 0, 0.412, 1.019, 1.626, 1.520 max_d=1.520 avg_d=1.019 std_dev=0.607
C8 B 0, 0.435, 1.044, 1.654, 1.496 max_d=1.496 avg_d=1.044 std_dev=0.610
O3' B 0, 0.417, 1.033, 1.648, 1.548 max_d=1.548 avg_d=1.033 std_dev=0.615
C4' B 0, 0.457, 1.125, 1.793, 1.679 max_d=1.679 avg_d=1.125 std_dev=0.668
O5' B 0, 0.500, 1.234, 1.968, 1.837 max_d=1.837 avg_d=1.234 std_dev=0.734
C5' B 0, 0.513, 1.266, 2.019, 1.890 max_d=1.890 avg_d=1.266 std_dev=0.753
OP1 B 0, 0.571, 1.465, 2.359, 2.217 max_d=2.217 avg_d=1.465 std_dev=0.894
P B 0, 0.592, 1.489, 2.386, 2.233 max_d=2.233 avg_d=1.489 std_dev=0.897
OP2 B 0, 0.626, 1.576, 2.526, 2.364 max_d=2.364 avg_d=1.576 std_dev=0.950

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.06 0.07 0.06 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01 0.11 0.12 0.13 0.12
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.14 0.13 0.15 0.14
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.12 0.11 0.11 0.11
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.07 0.07 0.07
N3 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.08 0.09 0.09 0.09
N4 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02 0.12 0.14 0.15 0.14
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.07 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.04 0.04
O5' 0.04 0.06 0.02 0.04 0.11 0.00 0.14 0.00 0.12 0.07 0.08 0.12 0.03 0.04 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.07 0.03 0.02 0.12 0.03 0.13 0.04 0.11 0.07 0.09 0.14 0.04 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.06 0.04 0.04 0.13 0.01 0.15 0.01 0.11 0.07 0.09 0.15 0.05 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.04 0.04 0.12 0.01 0.14 0.01 0.11 0.07 0.09 0.14 0.05 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.03 0.09 0.08 0.04 0.07 0.06 0.08 0.09 0.05 0.07 0.05 0.03 0.07 0.04 0.11 0.09 0.05 0.09 0.12 0.13 0.12 0.11
C2 0.08 0.08 0.10 0.08 0.05 0.07 0.03 0.08 0.04 0.03 0.04 0.13 0.08 0.04 0.05 0.13 0.09 0.06 0.09 0.08 0.12 0.10 0.10
C2' 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.07 0.04 0.09 0.05 0.08 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.05 0.02 0.05 0.12 0.10 0.08 0.07
C3' 0.05 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.11 0.08 0.13 0.09 0.12 0.08 0.07 0.11 0.07 0.09 0.10 0.05 0.08 0.14 0.12 0.12 0.10
C4 0.12 0.13 0.14 0.12 0.11 0.12 0.08 0.13 0.08 0.08 0.10 0.15 0.13 0.07 0.10 0.16 0.13 0.10 0.15 0.07 0.18 0.17 0.16
C4' 0.07 0.08 0.10 0.11 0.08 0.10 0.10 0.10 0.12 0.08 0.11 0.08 0.07 0.10 0.07 0.12 0.13 0.07 0.11 0.14 0.15 0.15 0.13
C5 0.11 0.10 0.14 0.12 0.09 0.11 0.07 0.13 0.06 0.07 0.08 0.12 0.11 0.06 0.09 0.16 0.14 0.10 0.15 0.05 0.19 0.19 0.17
C5' 0.07 0.07 0.10 0.11 0.07 0.10 0.09 0.11 0.10 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.07 0.12 0.13 0.07 0.11 0.11 0.16 0.16 0.14
C6 0.09 0.07 0.12 0.11 0.06 0.10 0.04 0.11 0.04 0.04 0.04 0.09 0.08 0.04 0.06 0.14 0.12 0.08 0.13 0.05 0.18 0.17 0.15
N1 0.07 0.06 0.11 0.09 0.04 0.08 0.04 0.09 0.05 0.03 0.03 0.09 0.06 0.04 0.05 0.13 0.11 0.06 0.11 0.08 0.15 0.13 0.13
N3 0.11 0.13 0.13 0.10 0.09 0.10 0.06 0.11 0.06 0.06 0.09 0.16 0.12 0.05 0.09 0.15 0.11 0.09 0.12 0.06 0.15 0.13 0.13
N4 0.14 0.15 0.16 0.14 0.13 0.13 0.11 0.15 0.12 0.11 0.13 0.16 0.15 0.10 0.13 0.18 0.15 0.12 0.17 0.10 0.19 0.19 0.18
O2 0.06 0.07 0.09 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.07 0.03 0.02 0.14 0.07 0.06 0.02 0.12 0.07 0.04 0.06 0.13 0.09 0.06 0.06
O2' 0.04 0.07 0.03 0.02 0.06 0.03 0.08 0.03 0.11 0.06 0.10 0.07 0.05 0.08 0.05 0.06 0.02 0.04 0.03 0.13 0.06 0.03 0.03
O3' 0.09 0.14 0.10 0.11 0.12 0.10 0.14 0.11 0.16 0.12 0.16 0.15 0.12 0.14 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.17 0.14 0.14 0.12
O4' 0.07 0.05 0.11 0.11 0.06 0.09 0.07 0.10 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.08 0.06 0.13 0.12 0.07 0.11 0.12 0.16 0.15 0.14
O5' 0.05 0.05 0.08 0.09 0.05 0.07 0.09 0.08 0.11 0.07 0.09 0.04 0.04 0.09 0.05 0.11 0.11 0.05 0.08 0.13 0.12 0.10 0.09
OP1 0.06 0.07 0.09 0.10 0.07 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.06 0.06 0.10 0.07 0.11 0.13 0.06 0.08 0.12 0.12 0.10 0.09
OP2 0.05 0.02 0.08 0.08 0.03 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.11 0.10 0.04 0.07 0.08 0.12 0.09 0.08
P 0.04 0.02 0.08 0.08 0.03 0.07 0.05 0.07 0.07 0.04 0.05 0.02 0.02 0.06 0.03 0.11 0.10 0.04 0.07 0.09 0.12 0.10 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.07 0.01 0.11 0.09 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.06 0.05
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.04
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.06 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.07 0.07
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.08 0.08
N2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.08 0.01 0.12 0.11 0.10
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.10 0.09 0.08
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.05 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.04 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.05 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.07 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02
O5' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.07 0.06 0.07
OP1 0.06 0.11 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.03 0.08 0.06 0.09 0.12 0.10 0.07 0.07 0.07 0.09 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.09 0.06 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.07 0.03 0.08 0.11 0.09 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.09 0.05 0.04 0.07 0.02 0.06 0.01 0.07 0.05 0.08 0.10 0.08 0.06 0.05 0.04 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00