Doublet Group distance statistics: 49066

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6	A	0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C5	A	0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N1	A	0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C2	A	0, 0.004, 0.023, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C1'	A	0, 0.007, 0.031, 0.055, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.024
O2	A	0, 0.010, 0.039, 0.069, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.039 std_dev=0.029
N4	A	0, 0.014, 0.050, 0.085, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.050 std_dev=0.035
C2'	A	0, 0.019, 0.071, 0.123, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.071 std_dev=0.052
O2'	A	0, 0.032, 0.109, 0.186, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.109 std_dev=0.077
O4'	A	0, 0.013, 0.123, 0.234, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.123 std_dev=0.110
C3'	A	0, 0.045, 0.165, 0.285, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.165 std_dev=0.120
C4'	A	0, 0.049, 0.197, 0.344, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.197 std_dev=0.147
O3'	A	0, 0.061, 0.211, 0.362, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.211 std_dev=0.151
C5'	A	0, 0.071, 0.351, 0.632, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.351 std_dev=0.280
C6	B	0, 0.024, 0.454, 0.885, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.454 std_dev=0.430
N1	B	0, 0.036, 0.483, 0.930, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.483 std_dev=0.447
C5	B	0, 0.138, 0.586, 1.033, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.586 std_dev=0.448
O6	B	0, 0.003, 0.474, 0.945, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.474 std_dev=0.471
N7	B	0, 0.215, 0.734, 1.254, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.734 std_dev=0.520
C4	B	0, 0.134, 0.662, 1.191, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.662 std_dev=0.528
C2	B	0, 0.082, 0.644, 1.206, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.644 std_dev=0.562
C8	B	0, 0.242, 0.829, 1.416, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.829 std_dev=0.587
N9	B	0, 0.226, 0.818, 1.410, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.818 std_dev=0.592
N3	B	0, 0.084, 0.699, 1.314, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.699 std_dev=0.615
C2'	B	0, 0.259, 0.884, 1.510, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.884 std_dev=0.626
N2	B	0, 0.182, 0.843, 1.503, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.843 std_dev=0.661
C1'	B	0, 0.256, 1.015, 1.775, 1.827 max_d=1.827 avg_d=1.015 std_dev=0.760
O2'	B	0, 0.224, 1.086, 1.947, 2.107 max_d=2.107 avg_d=1.086 std_dev=0.862
OP2	A	0, 0.119, 1.001, 1.883, 2.147 max_d=2.147 avg_d=1.001 std_dev=0.882
P	A	0, 0.066, 0.971, 1.876, 2.179 max_d=2.179 avg_d=0.971 std_dev=0.905
O5'	A	0, -0.090, 0.898, 1.886, 2.274 max_d=2.274 avg_d=0.898 std_dev=0.988
OP1	A	0, 0.149, 1.186, 2.224, 2.527 max_d=2.527 avg_d=1.186 std_dev=1.038
O4'	B	0, 0.457, 1.610, 2.763, 2.640 max_d=2.640 avg_d=1.610 std_dev=1.153
C3'	B	0, -0.129, 1.091, 2.311, 2.794 max_d=2.794 avg_d=1.091 std_dev=1.220
C4'	B	0, 0.272, 1.553, 2.834, 3.137 max_d=3.137 avg_d=1.553 std_dev=1.281
O3'	B	0, -0.336, 1.333, 3.003, 3.687 max_d=3.687 avg_d=1.333 std_dev=1.669
C5'	B	0, 0.379, 2.279, 4.179, 4.651 max_d=4.651 avg_d=2.279 std_dev=1.900
O5'	B	0, 0.899, 3.129, 5.358, 5.030 max_d=5.030 avg_d=3.129 std_dev=2.229
P	B	0, 1.122, 3.880, 6.638, 6.168 max_d=6.168 avg_d=3.880 std_dev=2.758
OP2	B	0, 1.205, 4.370, 7.535, 7.393 max_d=7.393 avg_d=4.370 std_dev=3.165
OP1	B	0, 1.521, 5.238, 8.956, 8.247 max_d=8.247 avg_d=5.238 std_dev=3.718

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.00	0.06	0.13	0.61	0.24
C2	0.00	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.03	0.01	0.05	0.24	0.63	0.30
C2'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.00	0.02	0.02	0.04	0.00	0.00	0.00	0.14	0.09	0.54	0.12
C3'	0.02	0.02	0.00	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.07	0.04	0.03	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.26	0.12	0.49	0.07
C4	0.02	0.01	0.01	0.05	0.00	0.05	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.02	0.09	0.04	0.17	0.26	0.49	0.23
C4'	0.00	0.01	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.06	0.02	0.03	0.06	0.02	0.05	0.01	0.00	0.01	0.05	0.46	0.10
C5	0.02	0.01	0.02	0.07	0.00	0.06	0.00	0.11	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.12	0.06	0.23	0.23	0.48	0.18
C5'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.09	0.00	0.11	0.00	0.09	0.03	0.05	0.10	0.02	0.06	0.03	0.00	0.01	0.05	0.30	0.01
C6	0.02	0.02	0.03	0.07	0.00	0.06	0.00	0.09	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.11	0.07	0.19	0.20	0.59	0.20
N1	0.01	0.00	0.00	0.04	0.01	0.02	0.01	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.05	0.02	0.04	0.20	0.63	0.27
N3	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.05	0.02	0.08	0.26	0.56	0.28
N4	0.02	0.01	0.02	0.06	0.00	0.06	0.00	0.10	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.03	0.09	0.04	0.20	0.27	0.40	0.21
O2	0.02	0.01	0.04	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.08	0.02	0.03	0.10	0.24	0.65	0.33
O2'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.02	0.05	0.02	0.06	0.02	0.01	0.04	0.03	0.08	0.00	0.03	0.03	0.02	0.09	0.54	0.14
O3'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.09	0.01	0.12	0.03	0.11	0.05	0.05	0.09	0.02	0.03	0.00	0.01	0.33	0.22	0.44	0.10
O4'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.00	0.06	0.00	0.07	0.02	0.02	0.04	0.03	0.03	0.01	0.00	0.22	0.13	0.57	0.26
O5'	0.06	0.05	0.14	0.26	0.17	0.01	0.23	0.01	0.19	0.04	0.08	0.20	0.10	0.02	0.33	0.22	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.13	0.24	0.09	0.12	0.26	0.05	0.23	0.05	0.20	0.20	0.26	0.27	0.24	0.09	0.22	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00
OP2	0.61	0.63	0.54	0.49	0.49	0.46	0.48	0.30	0.59	0.63	0.56	0.40	0.65	0.54	0.44	0.57	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.24	0.30	0.12	0.07	0.23	0.10	0.18	0.01	0.20	0.27	0.28	0.21	0.33	0.14	0.10	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.44	0.35	0.49	0.38	0.37	0.38	0.36	0.38	0.36	0.36	0.36	0.32	0.34	0.35	0.38	0.61	0.49	0.46	0.66	0.35	1.52	0.58	0.87
C2	0.31	0.22	0.37	0.24	0.29	0.26	0.32	0.30	0.36	0.30	0.33	0.11	0.22	0.32	0.29	0.46	0.30	0.33	0.51	0.40	1.30	0.50	0.70
C2'	0.33	0.21	0.30	0.21	0.26	0.31	0.26	0.38	0.26	0.28	0.24	0.16	0.22	0.27	0.28	0.41	0.32	0.44	0.61	0.27	1.60	0.58	0.91
C3'	0.30	0.21	0.26	0.16	0.25	0.30	0.26	0.40	0.28	0.27	0.27	0.17	0.21	0.27	0.26	0.36	0.28	0.45	0.57	0.32	1.61	0.58	0.91
C4	0.22	0.16	0.27	0.13	0.22	0.22	0.29	0.35	0.35	0.25	0.28	0.08	0.14	0.29	0.22	0.35	0.15	0.29	0.38	0.45	1.25	0.46	0.65
C4'	0.44	0.34	0.47	0.37	0.35	0.39	0.34	0.40	0.34	0.34	0.34	0.33	0.34	0.33	0.36	0.60	0.50	0.50	0.68	0.34	1.61	0.61	0.93
C5	0.26	0.21	0.30	0.15	0.25	0.25	0.31	0.37	0.37	0.27	0.32	0.14	0.18	0.31	0.25	0.39	0.20	0.34	0.44	0.45	1.37	0.51	0.74
C5'	0.42	0.34	0.47	0.36	0.34	0.37	0.33	0.39	0.35	0.33	0.35	0.33	0.33	0.33	0.35	0.61	0.50	0.48	0.64	0.36	1.59	0.60	0.91
C6	0.32	0.26	0.36	0.22	0.29	0.28	0.33	0.36	0.38	0.30	0.35	0.19	0.24	0.33	0.29	0.46	0.30	0.38	0.52	0.43	1.45	0.55	0.80
N1	0.35	0.28	0.41	0.28	0.31	0.29	0.34	0.33	0.37	0.31	0.35	0.21	0.26	0.33	0.31	0.51	0.36	0.38	0.56	0.40	1.42	0.54	0.79
N3	0.24	0.16	0.31	0.16	0.24	0.22	0.30	0.30	0.35	0.26	0.27	0.06	0.15	0.30	0.24	0.38	0.19	0.28	0.42	0.44	1.21	0.47	0.63
N4	0.16	0.12	0.22	0.08	0.18	0.22	0.26	0.38	0.32	0.21	0.24	0.06	0.10	0.27	0.18	0.29	0.06	0.27	0.29	0.44	1.16	0.42	0.58
O2	0.36	0.24	0.42	0.31	0.32	0.30	0.34	0.31	0.36	0.32	0.34	0.10	0.25	0.33	0.33	0.51	0.37	0.35	0.56	0.35	1.26	0.51	0.69
O2'	0.37	0.21	0.33	0.27	0.26	0.34	0.23	0.38	0.20	0.28	0.18	0.17	0.25	0.25	0.29	0.46	0.40	0.47	0.68	0.18	1.62	0.57	0.93
O3'	0.28	0.14	0.09	0.04	0.21	0.32	0.22	0.46	0.23	0.25	0.20	0.08	0.19	0.24	0.25	0.19	0.16	0.49	0.56	0.27	1.67	0.62	0.95
O4'	0.50	0.40	0.57	0.46	0.41	0.44	0.39	0.41	0.38	0.39	0.39	0.39	0.39	0.38	0.42	0.71	0.59	0.50	0.70	0.37	1.53	0.60	0.89
O5'	0.34	0.35	0.46	0.31	0.31	0.28	0.34	0.35	0.40	0.29	0.41	0.35	0.29	0.31	0.30	0.58	0.46	0.40	0.45	0.45	1.34	0.44	0.71
OP1	0.35	0.40	0.47	0.34	0.38	0.27	0.46	0.33	0.55	0.38	0.52	0.36	0.32	0.45	0.35	0.57	0.49	0.38	0.57	0.64	1.55	0.62	0.89
OP2	0.78	0.84	0.87	0.73	0.81	0.69	0.87	0.69	0.95	0.79	0.94	0.81	0.77	0.85	0.78	0.96	0.81	0.73	0.97	1.02	1.96	1.02	1.31
P	0.50	0.54	0.60	0.47	0.52	0.43	0.58	0.46	0.65	0.51	0.63	0.50	0.47	0.56	0.49	0.69	0.57	0.51	0.67	0.72	1.62	0.67	0.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.13	0.00	0.02	0.05	0.01	0.03	0.02	0.05	0.02	0.11	0.16	0.13	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.25	0.04	0.61	0.17	0.23
C2	0.13	0.00	0.26	0.18	0.02	0.10	0.00	0.08	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.05	0.34	0.25	0.11	0.45	0.01	0.99	0.41	0.46
C2'	0.00	0.26	0.00	0.00	0.12	0.02	0.06	0.00	0.11	0.09	0.20	0.32	0.25	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.18	0.08	0.17	0.58	0.21
C3'	0.02	0.18	0.00	0.00	0.07	0.01	0.08	0.01	0.09	0.16	0.13	0.24	0.17	0.14	0.05	0.01	0.00	0.02	0.36	0.11	0.32	0.76	0.48
C4	0.05	0.02	0.12	0.07	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.00	0.03	0.03	0.01	0.01	0.01	0.15	0.09	0.04	0.40	0.01	0.77	0.40	0.33
C4'	0.01	0.10	0.02	0.01	0.04	0.00	0.02	0.00	0.02	0.03	0.07	0.15	0.11	0.04	0.01	0.08	0.00	0.01	0.01	0.04	0.17	0.16	0.04
C5	0.03	0.00	0.06	0.08	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.09	0.11	0.01	0.44	0.00	0.63	0.55	0.29
C5'	0.02	0.08	0.00	0.01	0.05	0.00	0.02	0.00	0.01	0.04	0.05	0.11	0.09	0.01	0.05	0.08	0.05	0.01	0.00	0.03	0.22	0.11	0.02
C6	0.05	0.01	0.11	0.09	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.16	0.12	0.02	0.45	0.00	0.70	0.59	0.32
C8	0.02	0.01	0.09	0.16	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.00	0.07	0.23	0.08	0.43	0.03	0.39	0.51	0.22
N1	0.11	0.00	0.20	0.13	0.03	0.07	0.01	0.05	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.27	0.18	0.08	0.45	0.01	0.89	0.51	0.40
N2	0.16	0.00	0.32	0.24	0.03	0.15	0.00	0.11	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.06	0.43	0.35	0.14	0.48	0.02	1.12	0.40	0.54
N3	0.13	0.01	0.25	0.17	0.01	0.11	0.01	0.09	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.31	0.23	0.11	0.43	0.01	0.96	0.34	0.45
N7	0.02	0.00	0.04	0.14	0.01	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.21	0.05	0.46	0.03	0.41	0.63	0.26
N9	0.01	0.05	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.05	0.02	0.00	0.04	0.06	0.04	0.01	0.00	0.02	0.06	0.02	0.36	0.01	0.63	0.34	0.26
O2'	0.01	0.34	0.00	0.01	0.15	0.08	0.09	0.08	0.16	0.07	0.27	0.43	0.31	0.02	0.02	0.00	0.06	0.04	0.18	0.13	0.15	0.59	0.23
O3'	0.00	0.25	0.01	0.00	0.09	0.00	0.11	0.05	0.12	0.23	0.18	0.35	0.23	0.21	0.06	0.06	0.00	0.01	0.64	0.15	0.73	1.28	0.89
O4'	0.01	0.11	0.00	0.02	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.08	0.08	0.14	0.11	0.05	0.02	0.04	0.01	0.00	0.37	0.00	0.71	0.24	0.41
O5'	0.25	0.45	0.18	0.36	0.40	0.01	0.44	0.00	0.45	0.43	0.45	0.48	0.43	0.46	0.36	0.18	0.64	0.37	0.00	0.46	0.01	0.01	0.00
O6	0.04	0.01	0.08	0.11	0.01	0.04	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.13	0.15	0.00	0.46	0.00	0.59	0.69	0.29
OP1	0.61	0.99	0.17	0.32	0.77	0.17	0.63	0.22	0.70	0.39	0.89	1.12	0.96	0.41	0.63	0.15	0.73	0.71	0.01	0.59	0.00	0.00	0.00
OP2	0.17	0.41	0.58	0.76	0.40	0.16	0.55	0.11	0.59	0.51	0.51	0.40	0.34	0.63	0.34	0.59	1.28	0.24	0.01	0.69	0.00	0.00	0.00
P	0.23	0.46	0.21	0.48	0.33	0.04	0.29	0.02	0.32	0.22	0.40	0.54	0.45	0.26	0.26	0.23	0.89	0.41	0.00	0.29	0.00	0.00	0.00