ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49069

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 33, 16, 1, 4, 1, 2, 14, 21, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.011, 0.016, 0.021, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.027, 0.035, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.035 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.027, 0.035, 0.044, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.035 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.021, 0.031, 0.040, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.021, 0.032, 0.042, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.026 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.049, 0.067, 0.086, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.067 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.037, 0.116, 0.194, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.116 std_dev=0.079
C2' A 0, 0.189, 0.488, 0.786, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.488 std_dev=0.299
C2' B 0, 0.467, 0.816, 1.165, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.816 std_dev=0.349
OP2 A 0, 0.886, 1.257, 1.629, 2.767 max_d=2.767 avg_d=1.257 std_dev=0.372
O4' A 0, 0.054, 0.430, 0.807, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.430 std_dev=0.376
O2' B 0, 0.463, 0.848, 1.234, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.848 std_dev=0.385
O5' A 0, 0.451, 0.896, 1.341, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.896 std_dev=0.445
O2' A 0, 0.473, 0.976, 1.479, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.976 std_dev=0.503
P A 0, 0.459, 0.986, 1.513, 2.215 max_d=2.215 avg_d=0.986 std_dev=0.527
C3' B 0, 0.243, 0.821, 1.398, 2.654 max_d=2.654 avg_d=0.821 std_dev=0.578
C5' A 0, 0.345, 0.936, 1.527, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.936 std_dev=0.591
C4' A 0, 0.116, 0.720, 1.324, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.720 std_dev=0.604
OP1 A 0, 0.769, 1.407, 2.045, 2.619 max_d=2.619 avg_d=1.407 std_dev=0.638
C3' A 0, 0.065, 0.745, 1.425, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.745 std_dev=0.680
C1' B 0, 1.462, 2.176, 2.889, 3.838 max_d=3.838 avg_d=2.176 std_dev=0.713
O3' B 0, 0.111, 0.826, 1.542, 4.379 max_d=4.379 avg_d=0.826 std_dev=0.716
C5' B 0, 1.389, 2.122, 2.855, 6.099 max_d=6.099 avg_d=2.122 std_dev=0.733
C4' B 0, 0.544, 1.284, 2.024, 4.912 max_d=4.912 avg_d=1.284 std_dev=0.740
O5' B 0, 2.205, 2.980, 3.756, 4.856 max_d=4.856 avg_d=2.980 std_dev=0.776
O2 B 0, 4.120, 4.906, 5.693, 6.273 max_d=6.273 avg_d=4.906 std_dev=0.787
P B 0, 3.759, 4.585, 5.411, 6.315 max_d=6.315 avg_d=4.585 std_dev=0.826
C2 B 0, 3.922, 4.821, 5.719, 7.129 max_d=7.129 avg_d=4.821 std_dev=0.899
N1 B 0, 2.639, 3.549, 4.459, 5.796 max_d=5.796 avg_d=3.549 std_dev=0.910
OP1 B 0, 5.981, 6.900, 7.818, 7.900 max_d=7.900 avg_d=6.900 std_dev=0.918
O4' B 0, 0.815, 1.912, 3.008, 5.460 max_d=5.460 avg_d=1.912 std_dev=1.096
O3' A 0, 0.120, 1.253, 2.385, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.253 std_dev=1.132
N3 B 0, 5.125, 6.295, 7.465, 9.617 max_d=9.617 avg_d=6.295 std_dev=1.170
C6 B 0, 2.897, 4.079, 5.261, 6.779 max_d=6.779 avg_d=4.079 std_dev=1.182
C5 B 0, 4.371, 5.736, 7.101, 9.060 max_d=9.060 avg_d=5.736 std_dev=1.365
C4 B 0, 5.466, 6.847, 8.229, 10.729 max_d=10.729 avg_d=6.847 std_dev=1.382
OP2 B 0, 3.710, 5.313, 6.916, 8.079 max_d=8.079 avg_d=5.313 std_dev=1.603
O4 B 0, 6.776, 8.402, 10.029, 13.074 max_d=13.074 avg_d=8.402 std_dev=1.627

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.33 0.02 0.00 0.12 0.17 0.21 0.20
C2 0.02 0.00 0.16 0.31 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.14 0.01 0.07 0.27 0.19 0.38 0.23
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.01 0.18 0.22 0.20 0.03 0.09 0.34 0.00 0.04 0.08 0.02 0.47 0.42 0.66 0.56
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.37 0.01 0.31 0.02 0.24 0.23 0.37 0.29 0.02 0.01 0.38 0.02 0.07 0.08 0.11 0.08
C4 0.02 0.01 0.07 0.37 0.00 0.16 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.14 0.00 0.03 0.41 0.31 0.60 0.38
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.16 0.00 0.17 0.01 0.15 0.10 0.14 0.07 0.32 0.02 0.17 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.18 0.31 0.01 0.17 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.43 0.14 0.01 0.07 0.37 0.28 0.48 0.33
C5' 0.07 0.13 0.22 0.02 0.22 0.01 0.22 0.00 0.17 0.11 0.18 0.09 0.09 0.23 0.24 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.20 0.24 0.01 0.15 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.08 0.01 0.08 0.26 0.21 0.26 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.11 0.02 0.01 0.19 0.16 0.23 0.18
N3 0.02 0.01 0.09 0.37 0.01 0.14 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.11 0.01 0.05 0.37 0.27 0.54 0.33
O2 0.03 0.00 0.34 0.29 0.02 0.07 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.23 0.02 0.11 0.23 0.17 0.35 0.21
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.45 0.32 0.43 0.09 0.34 0.24 0.37 0.14 0.00 0.07 0.49 0.24 0.37 0.25 0.79 0.50
O3' 0.33 0.14 0.04 0.01 0.14 0.02 0.14 0.23 0.08 0.11 0.11 0.23 0.07 0.00 0.16 0.22 0.24 0.47 0.28 0.30
O4 0.02 0.01 0.08 0.38 0.00 0.17 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.49 0.16 0.00 0.03 0.45 0.36 0.70 0.43
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.05 0.11 0.24 0.22 0.03 0.00 0.06 0.10 0.09 0.07
O5' 0.12 0.27 0.47 0.07 0.41 0.02 0.37 0.01 0.26 0.19 0.37 0.23 0.37 0.24 0.45 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.19 0.42 0.08 0.31 0.05 0.28 0.06 0.21 0.16 0.27 0.17 0.25 0.47 0.36 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.38 0.66 0.11 0.60 0.05 0.48 0.03 0.26 0.23 0.54 0.35 0.79 0.28 0.70 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.23 0.56 0.08 0.38 0.03 0.33 0.01 0.22 0.18 0.33 0.21 0.50 0.30 0.43 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 0.91 0.30 0.43 0.84 0.54 0.59 0.71 0.48 0.61 0.99 1.09 0.30 0.66 0.92 0.40 0.59 1.11 0.65 0.76
C2 0.54 0.86 0.28 0.38 0.78 0.62 0.58 0.75 0.51 0.62 0.92 1.03 0.30 0.51 0.84 0.59 0.58 1.03 0.61 0.73
C2' 0.76 1.19 0.68 0.70 1.12 0.70 0.86 0.76 0.76 0.89 1.28 1.36 0.69 0.90 1.22 0.66 0.66 1.11 0.79 0.82
C3' 0.48 1.06 0.21 0.25 1.03 0.28 0.73 0.48 0.57 0.70 1.20 1.23 0.21 0.60 1.14 0.24 0.39 0.96 0.50 0.58
C4 0.55 0.74 0.24 0.32 0.70 0.65 0.57 0.72 0.52 0.58 0.78 0.85 0.26 0.33 0.74 0.68 0.55 0.85 0.55 0.64
C4' 0.30 0.84 0.12 0.37 0.81 0.47 0.53 0.72 0.36 0.49 0.96 1.00 0.16 0.69 0.92 0.18 0.61 1.20 0.67 0.81
C5 0.53 0.71 0.26 0.34 0.64 0.62 0.52 0.67 0.49 0.56 0.73 0.83 0.27 0.38 0.67 0.61 0.53 0.82 0.54 0.61
C5' 0.17 0.66 0.09 0.45 0.70 0.54 0.45 0.77 0.28 0.35 0.80 0.77 0.18 0.77 0.80 0.23 0.68 1.21 0.71 0.85
C6 0.50 0.78 0.29 0.39 0.68 0.59 0.52 0.68 0.47 0.57 0.80 0.93 0.28 0.53 0.72 0.51 0.54 0.92 0.57 0.66
N1 0.51 0.86 0.29 0.40 0.76 0.59 0.56 0.72 0.49 0.60 0.90 1.03 0.30 0.57 0.82 0.50 0.57 1.02 0.61 0.72
N3 0.55 0.80 0.25 0.34 0.75 0.65 0.58 0.75 0.52 0.61 0.86 0.94 0.28 0.41 0.80 0.66 0.57 0.95 0.58 0.70
O2 0.54 0.90 0.28 0.39 0.83 0.62 0.60 0.77 0.52 0.63 0.97 1.07 0.30 0.54 0.90 0.58 0.60 1.09 0.64 0.78
O2' 0.73 1.20 0.70 0.63 1.12 0.57 0.79 0.61 0.66 0.85 1.31 1.41 0.81 0.86 1.24 0.52 0.51 0.95 0.53 0.61
O3' 0.51 1.15 0.25 0.24 1.21 0.22 0.89 0.43 0.69 0.78 1.35 1.28 0.22 0.59 1.35 0.24 0.39 0.86 0.32 0.47
O4 0.55 0.70 0.22 0.28 0.72 0.65 0.60 0.72 0.55 0.57 0.78 0.77 0.24 0.24 0.78 0.73 0.55 0.80 0.55 0.63
O4' 0.34 0.80 0.17 0.37 0.73 0.52 0.47 0.76 0.35 0.48 0.88 0.97 0.18 0.63 0.81 0.28 0.63 1.19 0.67 0.82
O5' 0.26 0.71 0.08 0.31 0.73 0.34 0.53 0.49 0.38 0.45 0.82 0.77 0.18 0.66 0.81 0.10 0.41 0.85 0.47 0.54
OP1 0.17 0.36 0.28 0.58 0.60 0.59 0.47 0.72 0.33 0.23 0.55 0.34 0.32 0.78 0.72 0.36 0.69 0.98 0.68 0.76
OP2 0.27 0.49 0.15 0.13 0.62 0.08 0.58 0.08 0.49 0.43 0.58 0.42 0.27 0.37 0.64 0.17 0.13 0.38 0.33 0.21
P 0.07 0.39 0.16 0.43 0.53 0.43 0.40 0.49 0.25 0.21 0.53 0.39 0.27 0.72 0.61 0.20 0.44 0.71 0.40 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.09 0.03 0.01 0.12 0.11 0.11 0.08
C2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.04 0.22 0.17 0.13 0.16
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.07 0.05 0.03 0.09 0.14 0.00 0.02 0.10 0.01 0.06 0.18 0.22 0.12
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.14 0.00 0.13 0.02 0.11 0.08 0.14 0.12 0.02 0.01 0.17 0.01 0.04 0.19 0.16 0.08
C4 0.02 0.02 0.06 0.14 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.12 0.01 0.03 0.31 0.25 0.24 0.26
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.05 0.10 0.02 0.08 0.00 0.01 0.14 0.12 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.01 0.04 0.32 0.26 0.25 0.27
C5' 0.04 0.07 0.07 0.02 0.11 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.09 0.07 0.04 0.07 0.13 0.01 0.01 0.17 0.15 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.09 0.02 0.04 0.28 0.21 0.18 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03 0.02 0.21 0.16 0.13 0.15
N3 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.12 0.02 0.03 0.26 0.21 0.18 0.21
O2 0.03 0.01 0.14 0.12 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.16 0.03 0.06 0.18 0.16 0.11 0.13
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.11 0.10 0.11 0.04 0.09 0.06 0.11 0.14 0.00 0.05 0.13 0.07 0.04 0.20 0.24 0.11
O3' 0.09 0.10 0.02 0.01 0.12 0.02 0.11 0.07 0.09 0.04 0.12 0.16 0.05 0.00 0.17 0.07 0.07 0.27 0.20 0.13
O4 0.03 0.03 0.10 0.17 0.01 0.08 0.01 0.13 0.02 0.03 0.02 0.03 0.13 0.17 0.00 0.03 0.33 0.28 0.27 0.28
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.07 0.07 0.03 0.00 0.14 0.16 0.11 0.13
O5' 0.12 0.22 0.06 0.04 0.31 0.01 0.32 0.01 0.28 0.21 0.26 0.18 0.04 0.07 0.33 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.17 0.18 0.19 0.25 0.14 0.26 0.17 0.21 0.16 0.21 0.16 0.20 0.27 0.28 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.13 0.22 0.16 0.24 0.12 0.25 0.15 0.18 0.13 0.18 0.11 0.24 0.20 0.27 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.16 0.12 0.08 0.26 0.02 0.27 0.02 0.22 0.15 0.21 0.13 0.11 0.13 0.28 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00