ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49070

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 5, 10, 9, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.020, 0.037, 0.055, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.037 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.011, 0.038, 0.066, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.038 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.020, 0.049, 0.079, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.049 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.026, 0.063, 0.099, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.063 std_dev=0.036
O2' A 0, 0.043, 0.086, 0.129, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.086 std_dev=0.043
C3' A 0, 0.033, 0.080, 0.126, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.080 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.019, 0.067, 0.115, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.067 std_dev=0.048
O3' A 0, 0.061, 0.138, 0.215, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.138 std_dev=0.077
C5' A 0, 0.026, 0.112, 0.198, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.112 std_dev=0.086
O5' A 0, 0.037, 0.130, 0.222, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.130 std_dev=0.093
C4' B 0, 0.255, 0.377, 0.499, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.377 std_dev=0.122
P A 0, 0.055, 0.180, 0.305, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.180 std_dev=0.125
OP2 A 0, 0.125, 0.260, 0.394, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.260 std_dev=0.135
O4' B 0, 0.364, 0.505, 0.645, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.505 std_dev=0.140
OP1 B 0, 0.341, 0.486, 0.630, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.486 std_dev=0.144
OP1 A 0, 0.079, 0.228, 0.377, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.228 std_dev=0.149
C1' B 0, 0.344, 0.493, 0.642, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.493 std_dev=0.149
O2' B 0, 0.211, 0.362, 0.513, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.362 std_dev=0.151
C3' B 0, 0.191, 0.342, 0.494, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.342 std_dev=0.151
P B 0, 0.236, 0.388, 0.540, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.388 std_dev=0.152
C5' B 0, 0.248, 0.400, 0.552, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.400 std_dev=0.152
C2' B 0, 0.219, 0.377, 0.536, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.377 std_dev=0.158
O3' B 0, 0.146, 0.307, 0.468, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.307 std_dev=0.161
N1 B 0, 0.394, 0.561, 0.728, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.561 std_dev=0.167
OP2 B 0, 0.191, 0.361, 0.531, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.361 std_dev=0.170
O5' B 0, 0.292, 0.465, 0.639, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.465 std_dev=0.174
C4 B 0, 0.509, 0.723, 0.937, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.723 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.618, 0.851, 1.083, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.851 std_dev=0.233
O4 B 0, 0.564, 0.810, 1.056, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.810 std_dev=0.246
C5 B 0, 0.699, 0.947, 1.195, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.947 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.230, 0.485, 0.740, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.485 std_dev=0.255
N3 B 0, 0.263, 0.534, 0.805, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.534 std_dev=0.271
O2 B 0, 0.237, 0.597, 0.958, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.597 std_dev=0.360

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.08 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.09 0.11 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.08 0.09 0.11 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.06 0.07 0.10 0.07
O2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.04
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
O4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.10 0.13 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
O5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.05 0.03 0.04 0.09 0.03 0.09 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.07 0.10 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.08 0.04 0.04 0.11 0.02 0.11 0.01 0.08 0.06 0.10 0.07 0.04 0.07 0.13 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.02 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.05 0.10 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.17 0.14 0.12 0.16 0.14 0.15 0.12 0.15 0.16 0.16 0.18 0.16 0.12 0.16 0.17 0.11 0.17 0.12 0.11
C2 0.17 0.19 0.14 0.12 0.17 0.14 0.16 0.11 0.16 0.17 0.18 0.20 0.15 0.11 0.18 0.18 0.11 0.16 0.10 0.10
C2' 0.16 0.17 0.14 0.11 0.16 0.12 0.15 0.10 0.15 0.16 0.17 0.19 0.16 0.10 0.16 0.16 0.10 0.16 0.10 0.10
C3' 0.14 0.16 0.13 0.09 0.14 0.11 0.13 0.09 0.13 0.14 0.15 0.17 0.15 0.08 0.14 0.14 0.09 0.15 0.09 0.09
C4 0.18 0.19 0.14 0.11 0.17 0.13 0.16 0.09 0.16 0.18 0.19 0.21 0.16 0.10 0.18 0.18 0.09 0.14 0.09 0.09
C4' 0.15 0.15 0.14 0.11 0.13 0.12 0.13 0.10 0.14 0.14 0.14 0.17 0.16 0.09 0.13 0.15 0.10 0.16 0.11 0.10
C5 0.17 0.17 0.15 0.11 0.16 0.14 0.15 0.11 0.15 0.16 0.17 0.19 0.16 0.10 0.16 0.18 0.10 0.16 0.11 0.10
C5' 0.15 0.14 0.14 0.10 0.13 0.11 0.14 0.10 0.15 0.14 0.14 0.16 0.17 0.08 0.13 0.14 0.09 0.16 0.11 0.10
C6 0.17 0.17 0.15 0.12 0.15 0.14 0.15 0.12 0.15 0.16 0.16 0.18 0.17 0.11 0.15 0.17 0.11 0.16 0.12 0.11
N1 0.17 0.17 0.14 0.12 0.16 0.14 0.15 0.11 0.15 0.16 0.17 0.19 0.16 0.11 0.16 0.17 0.11 0.16 0.11 0.11
N3 0.18 0.20 0.14 0.11 0.18 0.13 0.17 0.10 0.17 0.18 0.20 0.22 0.16 0.11 0.19 0.18 0.10 0.15 0.09 0.09
O2 0.17 0.19 0.14 0.12 0.18 0.13 0.17 0.11 0.17 0.17 0.19 0.21 0.15 0.12 0.19 0.18 0.11 0.17 0.11 0.11
O2' 0.16 0.18 0.14 0.11 0.16 0.13 0.15 0.11 0.15 0.16 0.17 0.20 0.16 0.10 0.16 0.17 0.11 0.16 0.11 0.11
O3' 0.14 0.15 0.12 0.09 0.14 0.10 0.13 0.09 0.13 0.14 0.15 0.17 0.14 0.07 0.14 0.13 0.09 0.15 0.09 0.09
O4 0.20 0.21 0.15 0.11 0.19 0.13 0.17 0.07 0.17 0.19 0.21 0.23 0.17 0.11 0.19 0.20 0.07 0.12 0.07 0.07
O4' 0.16 0.16 0.15 0.13 0.15 0.14 0.15 0.13 0.15 0.15 0.15 0.18 0.17 0.13 0.15 0.16 0.12 0.17 0.13 0.12
O5' 0.15 0.15 0.14 0.10 0.14 0.12 0.15 0.10 0.16 0.15 0.14 0.16 0.17 0.08 0.14 0.14 0.10 0.17 0.12 0.11
OP1 0.18 0.18 0.17 0.12 0.18 0.13 0.20 0.12 0.20 0.18 0.18 0.19 0.20 0.10 0.19 0.16 0.11 0.17 0.14 0.12
OP2 0.17 0.15 0.16 0.12 0.16 0.14 0.19 0.13 0.19 0.16 0.15 0.16 0.19 0.11 0.16 0.15 0.13 0.18 0.14 0.13
P 0.16 0.15 0.15 0.11 0.15 0.12 0.17 0.11 0.18 0.16 0.15 0.17 0.19 0.09 0.16 0.14 0.11 0.17 0.13 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.11 0.09
C2 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.09 0.11 0.20 0.15
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.14 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.06 0.12 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.09 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.11 0.18 0.25 0.19
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.11 0.17 0.23 0.18
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.05 0.01 0.02 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.09 0.13 0.18 0.16
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.09 0.17 0.13
N3 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.10 0.15 0.23 0.17
O2 0.01 0.00 0.14 0.12 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.15 0.00 0.06 0.08 0.10 0.19 0.14
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.08 0.15 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.17 0.10 0.09
O4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.11 0.20 0.26 0.20
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.11 0.09
O5' 0.04 0.09 0.03 0.03 0.11 0.01 0.11 0.00 0.09 0.07 0.10 0.08 0.02 0.05 0.11 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.11 0.06 0.09 0.18 0.04 0.17 0.04 0.13 0.09 0.15 0.10 0.06 0.17 0.20 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.20 0.06 0.05 0.25 0.03 0.23 0.01 0.18 0.17 0.23 0.19 0.05 0.10 0.26 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.15 0.04 0.04 0.19 0.02 0.18 0.00 0.16 0.13 0.17 0.14 0.03 0.09 0.20 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00