ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49071

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 6, 3, 3, 6, 7, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.010, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.021, 0.059, 0.098, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.059 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.134, 0.202, 0.270, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.202 std_dev=0.068
C3' A 0, 0.163, 0.238, 0.312, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.238 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.131, 0.208, 0.286, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.208 std_dev=0.077
C4' A 0, 0.354, 0.456, 0.559, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.456 std_dev=0.102
O3' A 0, 0.108, 0.223, 0.338, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.223 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.239, 0.374, 0.508, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.374 std_dev=0.134
P A 0, 0.433, 0.584, 0.734, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.584 std_dev=0.151
O4' B 0, 0.207, 0.388, 0.569, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.388 std_dev=0.181
P B 0, 0.130, 0.317, 0.504, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.317 std_dev=0.187
OP1 B 0, 0.154, 0.342, 0.530, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.342 std_dev=0.188
C5' B 0, 0.139, 0.328, 0.517, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.328 std_dev=0.189
C4' B 0, 0.186, 0.379, 0.572, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.379 std_dev=0.193
OP1 A 0, 0.250, 0.443, 0.637, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.443 std_dev=0.194
O5' B 0, 0.160, 0.355, 0.551, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.355 std_dev=0.196
OP2 B 0, 0.160, 0.356, 0.552, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.356 std_dev=0.196
C5' A 0, 0.760, 0.957, 1.154, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.957 std_dev=0.197
O2' B 0, 0.284, 0.494, 0.704, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.494 std_dev=0.210
C1' B 0, 0.251, 0.470, 0.690, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.470 std_dev=0.220
O5' A 0, 0.750, 0.973, 1.195, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.973 std_dev=0.222
C2' B 0, 0.282, 0.522, 0.763, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.522 std_dev=0.240
C3' B 0, 0.241, 0.484, 0.726, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.484 std_dev=0.242
OP2 A 0, 0.917, 1.163, 1.408, 1.453 max_d=1.453 avg_d=1.163 std_dev=0.245
O3' B 0, 0.282, 0.541, 0.800, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.541 std_dev=0.259
N1 B 0, 0.305, 0.599, 0.892, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.599 std_dev=0.293
O2 B 0, 0.347, 0.660, 0.973, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.660 std_dev=0.313
C6 B 0, 0.333, 0.658, 0.983, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.658 std_dev=0.325
C2 B 0, 0.347, 0.679, 1.010, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.679 std_dev=0.331
C5 B 0, 0.386, 0.774, 1.162, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.774 std_dev=0.388
N3 B 0, 0.400, 0.799, 1.197, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.799 std_dev=0.398
C4 B 0, 0.415, 0.847, 1.280, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.847 std_dev=0.433
O4 B 0, 0.476, 0.968, 1.461, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.968 std_dev=0.492

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.13 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.04 0.07 0.13 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.18 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.17 0.08
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.08 0.12 0.11 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01 0.02 0.09 0.13 0.11 0.08
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.05 0.05 0.02 0.02 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01 0.02 0.08 0.10 0.11 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.07 0.12 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.06 0.10 0.12 0.06
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.08 0.01 0.03 0.03 0.06 0.13 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.09 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.07 0.21 0.11
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.08 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03 0.06 0.18 0.08
O4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.09 0.13 0.11 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.06 0.09 0.04
O5' 0.03 0.04 0.04 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.03 0.05 0.03 0.09 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.04 0.07 0.05 0.06 0.12 0.03 0.13 0.03 0.10 0.07 0.10 0.06 0.07 0.06 0.13 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.13 0.18 0.17 0.11 0.10 0.11 0.04 0.11 0.12 0.12 0.13 0.21 0.18 0.11 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.09 0.08 0.08 0.03 0.08 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05 0.11 0.08 0.08 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.09 0.08 0.08 0.05 0.05 0.07 0.10 0.06 0.07
C2 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.10 0.09 0.09 0.05 0.05 0.07 0.11 0.06 0.07
C2' 0.06 0.10 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.10 0.13 0.08 0.07 0.09 0.06 0.07 0.11 0.06 0.07
C3' 0.07 0.11 0.07 0.05 0.09 0.05 0.07 0.06 0.06 0.08 0.11 0.13 0.08 0.07 0.10 0.06 0.06 0.10 0.05 0.06
C4 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.10 0.06 0.07 0.07 0.10 0.09 0.08 0.06 0.05 0.09 0.13 0.06 0.08
C4' 0.05 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.05 0.05 0.09 0.05 0.05
C5 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.10 0.05 0.05 0.06 0.10 0.08 0.07 0.05 0.05 0.10 0.13 0.07 0.09
C5' 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.09
C6 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.09 0.05 0.05 0.06 0.10 0.08 0.07 0.05 0.06 0.08 0.12 0.07 0.08
N1 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.10 0.08 0.08 0.04 0.05 0.07 0.11 0.06 0.07
N3 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.10 0.10 0.09 0.05 0.05 0.08 0.12 0.06 0.08
O2 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.10 0.10 0.10 0.05 0.05 0.07 0.11 0.06 0.07
O2' 0.07 0.11 0.07 0.06 0.09 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.11 0.14 0.09 0.07 0.11 0.07 0.08 0.11 0.07 0.08
O3' 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.06 0.10 0.13 0.08 0.09 0.08 0.05 0.07 0.09 0.07 0.07
O4 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.12 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.10 0.07 0.07 0.11 0.14 0.07 0.10
O4' 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.09 0.10 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.07
O5' 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12 0.10 0.10 0.13 0.10 0.10
OP1 0.13 0.16 0.15 0.15 0.16 0.13 0.15 0.14 0.14 0.14 0.16 0.16 0.15 0.17 0.17 0.12 0.14 0.16 0.13 0.14
OP2 0.08 0.12 0.10 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.13 0.14 0.09 0.10 0.12 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08
P 0.08 0.12 0.10 0.09 0.11 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.13 0.14 0.09 0.10 0.12 0.07 0.07 0.10 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.09 0.11 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.09 0.13 0.16 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.09 0.13 0.15 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.10 0.11 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.08 0.11 0.14 0.10
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.06 0.08 0.10 0.07
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.09 0.15 0.17 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.03
O5' 0.04 0.06 0.03 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.06 0.08 0.06 0.02 0.04 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.06 0.06 0.13 0.05 0.13 0.05 0.10 0.08 0.11 0.08 0.05 0.08 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.11 0.05 0.04 0.16 0.03 0.15 0.01 0.11 0.10 0.14 0.10 0.04 0.05 0.17 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.03 0.03 0.12 0.01 0.12 0.01 0.09 0.07 0.10 0.07 0.02 0.04 0.13 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00