ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49073

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 4, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.004, 0.022, 0.041, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.001, 0.028, 0.056, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.015, 0.057, 0.100, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.057 std_dev=0.043
O4 A 0, 0.013, 0.082, 0.150, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.082 std_dev=0.069
O2' B 0, 0.223, 0.443, 0.664, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.443 std_dev=0.220
O4' A 0, -0.037, 0.285, 0.607, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.285 std_dev=0.322
C2' B 0, 0.171, 0.588, 1.005, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.588 std_dev=0.417
C2' A 0, -0.106, 0.313, 0.732, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.313 std_dev=0.419
C4' A 0, -0.057, 0.464, 0.985, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.464 std_dev=0.521
C3' A 0, -0.073, 0.515, 1.104, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.515 std_dev=0.588
C5' A 0, -0.026, 0.652, 1.329, 2.496 max_d=2.496 avg_d=0.652 std_dev=0.677
O5' A 0, 0.023, 0.714, 1.404, 2.309 max_d=2.309 avg_d=0.714 std_dev=0.691
O2' A 0, -0.214, 0.532, 1.279, 2.227 max_d=2.227 avg_d=0.532 std_dev=0.746
P A 0, -0.012, 0.757, 1.526, 2.679 max_d=2.679 avg_d=0.757 std_dev=0.769
OP1 A 0, 0.233, 1.042, 1.851, 2.986 max_d=2.986 avg_d=1.042 std_dev=0.809
C3' B 0, -0.108, 0.758, 1.625, 3.663 max_d=3.663 avg_d=0.758 std_dev=0.867
O3' A 0, -0.170, 0.764, 1.699, 2.813 max_d=2.813 avg_d=0.764 std_dev=0.935
O3' B 0, -0.300, 0.747, 1.795, 4.437 max_d=4.437 avg_d=0.747 std_dev=1.047
C4' B 0, -0.195, 0.885, 1.964, 4.442 max_d=4.442 avg_d=0.885 std_dev=1.080
C1' B 0, -0.167, 0.992, 2.150, 3.616 max_d=3.616 avg_d=0.992 std_dev=1.159
O4' B 0, -0.222, 1.102, 2.426, 4.822 max_d=4.822 avg_d=1.102 std_dev=1.324
OP2 A 0, -0.303, 1.058, 2.420, 5.452 max_d=5.452 avg_d=1.058 std_dev=1.362
C5' B 0, -0.490, 1.249, 2.989, 6.950 max_d=6.950 avg_d=1.249 std_dev=1.740
N1 B 0, -0.415, 1.395, 3.205, 5.145 max_d=5.145 avg_d=1.395 std_dev=1.810
O2 B 0, -0.545, 1.570, 3.685, 6.156 max_d=6.156 avg_d=1.570 std_dev=2.115
O5' B 0, -0.495, 1.642, 3.779, 8.387 max_d=8.387 avg_d=1.642 std_dev=2.137
C2 B 0, -0.580, 1.581, 3.741, 6.290 max_d=6.290 avg_d=1.581 std_dev=2.161
C6 B 0, -0.481, 1.746, 3.973, 6.841 max_d=6.841 avg_d=1.746 std_dev=2.227
N3 B 0, -0.812, 1.955, 4.722, 7.963 max_d=7.963 avg_d=1.955 std_dev=2.767
C5 B 0, -0.707, 2.154, 5.015, 8.199 max_d=8.199 avg_d=2.154 std_dev=2.861
P B 0, -0.802, 2.193, 5.188, 11.242 max_d=11.242 avg_d=2.193 std_dev=2.995
C4 B 0, -0.878, 2.238, 5.354, 8.828 max_d=8.828 avg_d=2.238 std_dev=3.116
OP1 B 0, -0.913, 2.431, 5.776, 12.240 max_d=12.240 avg_d=2.431 std_dev=3.345
OP2 B 0, -0.871, 2.714, 6.298, 12.264 max_d=12.264 avg_d=2.714 std_dev=3.584
O4 B 0, -1.102, 2.604, 6.310, 10.553 max_d=10.553 avg_d=2.604 std_dev=3.706

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.28 0.06 0.00 0.09 0.18 0.24 0.11
C2 0.02 0.00 0.17 0.27 0.01 0.08 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.08 0.02 0.07 0.18 0.27 0.45 0.20
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.06 0.01 0.17 0.21 0.20 0.04 0.10 0.33 0.00 0.02 0.08 0.01 0.34 0.43 0.46 0.39
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.32 0.00 0.30 0.01 0.26 0.21 0.31 0.27 0.01 0.01 0.35 0.01 0.22 0.23 0.08 0.16
C4 0.04 0.01 0.06 0.32 0.00 0.14 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.14 0.02 0.06 0.26 0.39 0.65 0.30
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.14 0.09 0.11 0.07 0.25 0.02 0.16 0.01 0.01 0.14 0.18 0.02
C5 0.05 0.02 0.17 0.30 0.01 0.16 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.20 0.03 0.09 0.22 0.39 0.55 0.26
C5' 0.07 0.06 0.21 0.01 0.13 0.00 0.14 0.00 0.11 0.05 0.09 0.07 0.05 0.20 0.16 0.01 0.01 0.24 0.31 0.01
C6 0.05 0.01 0.20 0.26 0.01 0.14 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.16 0.03 0.10 0.14 0.33 0.36 0.16
N1 0.03 0.01 0.04 0.21 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.08 0.03 0.03 0.12 0.26 0.33 0.14
N3 0.02 0.00 0.10 0.31 0.01 0.11 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.05 0.02 0.06 0.24 0.34 0.59 0.28
O2 0.05 0.01 0.33 0.27 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.19 0.02 0.11 0.18 0.24 0.42 0.20
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.34 0.25 0.36 0.05 0.31 0.18 0.27 0.22 0.00 0.04 0.37 0.19 0.29 0.41 0.55 0.37
O3' 0.28 0.08 0.02 0.01 0.14 0.02 0.20 0.20 0.16 0.08 0.05 0.19 0.04 0.00 0.18 0.20 0.32 0.47 0.29 0.31
O4 0.06 0.02 0.08 0.35 0.02 0.16 0.03 0.16 0.03 0.03 0.02 0.02 0.37 0.18 0.00 0.08 0.29 0.42 0.74 0.35
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.03 0.06 0.11 0.19 0.20 0.08 0.00 0.11 0.12 0.20 0.13
O5' 0.09 0.18 0.34 0.22 0.26 0.01 0.22 0.01 0.14 0.12 0.24 0.18 0.29 0.32 0.29 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.18 0.27 0.43 0.23 0.39 0.14 0.39 0.24 0.33 0.26 0.34 0.24 0.41 0.47 0.42 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.45 0.46 0.08 0.65 0.18 0.55 0.31 0.36 0.33 0.59 0.42 0.55 0.29 0.74 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.39 0.16 0.30 0.02 0.26 0.01 0.16 0.14 0.28 0.20 0.37 0.31 0.35 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.61 1.00 0.19 0.58 0.68 0.54 0.39 0.77 0.36 0.64 0.96 1.32 0.12 0.94 0.72 0.51 0.76 1.31 0.84 0.87
C2 0.85 1.42 0.21 0.38 1.25 0.34 0.93 0.36 0.81 1.04 1.47 1.69 0.09 0.78 1.33 0.70 0.28 0.67 0.48 0.31
C2' 0.72 1.12 0.37 0.49 0.76 0.45 0.45 0.66 0.42 0.73 1.07 1.49 0.43 0.81 0.80 0.53 0.69 1.27 0.78 0.83
C3' 0.35 0.56 0.25 0.71 0.16 0.60 0.27 0.91 0.26 0.24 0.46 0.94 0.27 1.03 0.18 0.36 1.04 1.68 1.19 1.22
C4 0.94 1.57 0.24 0.21 1.50 0.28 1.23 0.23 1.08 1.22 1.66 1.76 0.12 0.56 1.58 0.79 0.30 0.29 0.62 0.38
C4' 0.34 0.42 0.28 0.79 0.14 0.72 0.42 1.06 0.41 0.23 0.29 0.78 0.14 1.08 0.13 0.45 1.20 1.82 1.36 1.38
C5 0.83 1.32 0.22 0.28 1.16 0.24 0.92 0.21 0.82 1.01 1.33 1.54 0.11 0.63 1.21 0.64 0.19 0.32 0.46 0.21
C5' 0.24 0.11 0.36 0.84 0.44 0.72 0.71 1.09 0.65 0.27 0.12 0.45 0.19 1.06 0.48 0.43 1.30 1.84 1.49 1.48
C6 0.72 1.12 0.20 0.44 0.89 0.37 0.63 0.45 0.57 0.81 1.10 1.39 0.10 0.81 0.92 0.55 0.40 0.70 0.50 0.42
N1 0.75 1.21 0.20 0.47 0.96 0.41 0.66 0.52 0.59 0.85 1.20 1.49 0.10 0.85 1.01 0.59 0.47 0.88 0.57 0.51
N3 0.93 1.57 0.23 0.27 1.48 0.29 1.17 0.24 1.02 1.19 1.67 1.79 0.10 0.66 1.58 0.78 0.22 0.39 0.54 0.28
O2 0.86 1.45 0.21 0.40 1.27 0.36 0.93 0.41 0.81 1.04 1.51 1.72 0.09 0.81 1.37 0.71 0.33 0.79 0.51 0.37
O2' 0.75 1.28 0.43 0.45 0.93 0.40 0.54 0.74 0.47 0.81 1.28 1.69 0.50 0.79 1.00 0.46 0.78 1.57 0.88 1.01
O3' 0.37 0.50 0.34 0.82 0.19 0.69 0.44 1.04 0.41 0.24 0.38 0.91 0.33 1.13 0.22 0.43 1.22 1.98 1.46 1.46
O4 0.99 1.71 0.28 0.17 1.77 0.38 1.50 0.41 1.31 1.37 1.87 1.83 0.13 0.41 1.88 0.90 0.55 0.49 0.90 0.68
O4' 0.50 0.69 0.30 0.76 0.39 0.71 0.33 0.98 0.36 0.45 0.62 1.00 0.15 1.07 0.39 0.53 1.02 1.56 1.12 1.15
O5' 0.33 0.23 0.23 0.71 0.22 0.63 0.45 0.83 0.40 0.17 0.09 0.55 0.18 0.97 0.26 0.45 0.95 1.28 1.11 1.05
OP1 0.11 0.44 0.18 0.43 0.77 0.42 0.86 0.70 0.69 0.36 0.58 0.58 0.56 0.49 0.86 0.19 0.94 1.25 1.27 1.10
OP2 0.42 0.62 0.57 0.67 0.95 0.42 0.98 0.51 0.86 0.66 0.78 0.42 0.28 0.66 1.02 0.38 0.75 0.81 0.95 0.79
P 0.32 0.25 0.40 0.81 0.66 0.66 0.81 0.84 0.73 0.44 0.41 0.14 0.13 0.94 0.70 0.48 1.03 1.20 1.19 1.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.21 0.02 0.00 0.11 0.33 0.29 0.15
C2 0.03 0.00 0.07 0.14 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.13 0.02 0.04 0.16 0.53 0.17 0.14
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.11 0.08 0.01 0.05 0.14 0.00 0.02 0.04 0.01 0.26 0.40 0.36 0.30
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.25 0.01 0.27 0.02 0.24 0.16 0.20 0.09 0.01 0.01 0.27 0.02 0.06 0.09 0.08 0.06
C4 0.01 0.02 0.03 0.25 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.12 0.00 0.02 0.25 0.70 0.29 0.19
C4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.06 0.05 0.22 0.02 0.09 0.00 0.02 0.10 0.28 0.04
C5 0.01 0.02 0.06 0.27 0.00 0.12 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.03 0.25 0.19 0.01 0.02 0.26 0.70 0.30 0.20
C5' 0.04 0.07 0.11 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.10 0.06 0.12 0.15 0.14 0.01 0.01 0.25 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.24 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.15 0.01 0.03 0.22 0.58 0.18 0.16
N1 0.01 0.01 0.01 0.16 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.06 0.01 0.01 0.16 0.48 0.18 0.14
N3 0.02 0.01 0.05 0.20 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.07 0.02 0.03 0.21 0.62 0.21 0.16
O2 0.05 0.01 0.14 0.09 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.25 0.02 0.06 0.13 0.48 0.20 0.15
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.26 0.22 0.25 0.12 0.20 0.16 0.23 0.13 0.00 0.05 0.28 0.15 0.15 0.29 0.36 0.21
O3' 0.21 0.13 0.02 0.01 0.12 0.02 0.19 0.15 0.15 0.06 0.07 0.25 0.05 0.00 0.15 0.14 0.20 0.37 0.20 0.24
O4 0.02 0.02 0.04 0.27 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.15 0.00 0.02 0.26 0.76 0.35 0.22
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.15 0.14 0.02 0.00 0.06 0.22 0.40 0.13
O5' 0.11 0.16 0.26 0.06 0.25 0.02 0.26 0.01 0.22 0.16 0.21 0.13 0.15 0.20 0.26 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.33 0.53 0.40 0.09 0.70 0.10 0.70 0.25 0.58 0.48 0.62 0.48 0.29 0.37 0.76 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.17 0.36 0.08 0.29 0.28 0.30 0.28 0.18 0.18 0.21 0.20 0.36 0.20 0.35 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.14 0.30 0.06 0.19 0.04 0.20 0.02 0.16 0.14 0.16 0.15 0.21 0.24 0.22 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00