ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49074

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 4, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.012, 0.029, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.017
O4 A 0, 0.023, 0.040, 0.058, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.040 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.016, 0.046, 0.075, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.046 std_dev=0.030
O2' B 0, 0.164, 0.356, 0.548, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.356 std_dev=0.192
C2' A 0, 0.071, 0.322, 0.574, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.322 std_dev=0.252
O4' A 0, 0.056, 0.312, 0.568, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.312 std_dev=0.256
C4' A 0, 0.147, 0.493, 0.839, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.493 std_dev=0.346
O2' A 0, 0.284, 0.681, 1.078, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.681 std_dev=0.397
C3' A 0, 0.213, 0.672, 1.131, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.672 std_dev=0.459
C2' B 0, 0.574, 1.091, 1.607, 1.757 max_d=1.757 avg_d=1.091 std_dev=0.516
C5' A 0, 0.346, 0.967, 1.588, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.967 std_dev=0.621
O5' A 0, 0.625, 1.385, 2.146, 2.542 max_d=2.542 avg_d=1.385 std_dev=0.760
O3' A 0, 0.349, 1.149, 1.948, 2.785 max_d=2.785 avg_d=1.149 std_dev=0.800
C4' B 0, 1.150, 1.991, 2.833, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.991 std_dev=0.841
C3' B 0, 0.624, 1.594, 2.564, 2.687 max_d=2.687 avg_d=1.594 std_dev=0.970
P A 0, 0.592, 1.677, 2.763, 3.434 max_d=3.434 avg_d=1.677 std_dev=1.086
O3' B 0, 1.245, 2.397, 3.549, 3.678 max_d=3.678 avg_d=2.397 std_dev=1.152
O5' B 0, 1.390, 2.747, 4.103, 4.469 max_d=4.469 avg_d=2.747 std_dev=1.357
C5' B 0, 1.494, 2.908, 4.323, 4.253 max_d=4.253 avg_d=2.908 std_dev=1.414
C1' B 0, -0.058, 1.381, 2.820, 3.858 max_d=3.858 avg_d=1.381 std_dev=1.439
O4' B 0, 0.100, 1.601, 3.102, 4.119 max_d=4.119 avg_d=1.601 std_dev=1.501
OP1 A 0, 1.868, 3.372, 4.875, 5.371 max_d=5.371 avg_d=3.372 std_dev=1.503
P B 0, 1.984, 3.565, 5.146, 5.450 max_d=5.450 avg_d=3.565 std_dev=1.581
OP2 A 0, 0.295, 1.934, 3.572, 4.816 max_d=4.816 avg_d=1.934 std_dev=1.639
OP1 B 0, 1.614, 3.357, 5.100, 6.055 max_d=6.055 avg_d=3.357 std_dev=1.743
N1 B 0, 0.857, 2.801, 4.745, 6.064 max_d=6.064 avg_d=2.801 std_dev=1.944
O2 B 0, 2.100, 4.134, 6.167, 7.288 max_d=7.288 avg_d=4.134 std_dev=2.034
OP2 B 0, 2.062, 4.147, 6.232, 6.189 max_d=6.189 avg_d=4.147 std_dev=2.085
C2 B 0, 1.784, 3.998, 6.213, 7.528 max_d=7.528 avg_d=3.998 std_dev=2.214
C6 B 0, 1.163, 3.400, 5.637, 7.197 max_d=7.197 avg_d=3.400 std_dev=2.237
N3 B 0, 2.494, 5.332, 8.171, 9.749 max_d=9.749 avg_d=5.332 std_dev=2.839
C5 B 0, 1.902, 4.776, 7.650, 9.693 max_d=9.693 avg_d=4.776 std_dev=2.874
C4 B 0, 2.532, 5.745, 8.959, 11.001 max_d=11.001 avg_d=5.745 std_dev=3.214
O4 B 0, 3.283, 7.095, 10.907, 13.254 max_d=13.254 avg_d=7.095 std_dev=3.812

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.23 0.03 0.01 0.22 0.25 0.25 0.25
C2 0.03 0.00 0.08 0.13 0.02 0.03 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.24 0.02 0.07 0.32 0.43 0.43 0.38
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.02 0.12 0.18 0.13 0.03 0.06 0.16 0.01 0.03 0.06 0.02 0.36 0.32 0.45 0.40
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.18 0.01 0.21 0.02 0.19 0.12 0.16 0.14 0.02 0.01 0.20 0.02 0.07 0.11 0.15 0.07
C4 0.03 0.02 0.06 0.18 0.00 0.07 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.27 0.12 0.01 0.05 0.41 0.63 0.56 0.55
C4' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.03 0.07 0.21 0.02 0.08 0.01 0.02 0.08 0.11 0.03
C5 0.03 0.02 0.12 0.21 0.01 0.09 0.00 0.27 0.01 0.02 0.02 0.03 0.25 0.13 0.02 0.06 0.42 0.64 0.53 0.58
C5' 0.08 0.11 0.18 0.02 0.23 0.01 0.27 0.00 0.25 0.14 0.16 0.08 0.07 0.17 0.24 0.02 0.01 0.10 0.18 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.19 0.01 0.08 0.01 0.25 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.11 0.02 0.07 0.38 0.53 0.42 0.49
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.03 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.13 0.02 0.02 0.31 0.41 0.37 0.37
N3 0.03 0.01 0.06 0.16 0.01 0.03 0.02 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.19 0.01 0.06 0.37 0.54 0.51 0.47
O2 0.06 0.01 0.16 0.14 0.02 0.07 0.03 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.37 0.02 0.12 0.27 0.36 0.39 0.31
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.27 0.21 0.25 0.07 0.20 0.15 0.25 0.21 0.00 0.09 0.29 0.14 0.29 0.23 0.53 0.36
O3' 0.23 0.24 0.03 0.01 0.12 0.02 0.13 0.17 0.11 0.13 0.19 0.37 0.09 0.00 0.14 0.16 0.23 0.40 0.39 0.28
O4 0.03 0.02 0.06 0.20 0.01 0.08 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.02 0.29 0.14 0.00 0.06 0.43 0.69 0.61 0.59
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.12 0.14 0.16 0.06 0.00 0.09 0.19 0.10 0.10
O5' 0.22 0.32 0.36 0.07 0.41 0.02 0.42 0.01 0.38 0.31 0.37 0.27 0.29 0.23 0.43 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.43 0.32 0.11 0.63 0.08 0.64 0.10 0.53 0.41 0.54 0.36 0.23 0.40 0.69 0.19 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.25 0.43 0.45 0.15 0.56 0.11 0.53 0.18 0.42 0.37 0.51 0.39 0.53 0.39 0.61 0.10 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.25 0.38 0.40 0.07 0.55 0.03 0.58 0.02 0.49 0.37 0.47 0.31 0.36 0.28 0.59 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 1.51 0.36 0.74 1.53 0.74 1.12 1.15 0.83 0.94 1.73 1.81 0.21 1.42 1.72 0.09 0.95 1.45 0.74 1.01
C2 0.55 1.24 0.39 0.49 1.27 0.48 0.98 0.77 0.76 0.85 1.40 1.45 0.24 0.98 1.41 0.24 0.59 0.97 0.48 0.64
C2' 0.80 1.94 0.51 0.77 2.05 0.64 1.61 1.05 1.26 1.32 2.24 2.23 0.24 1.50 2.28 0.40 0.86 1.38 0.59 0.88
C3' 0.96 2.32 0.64 0.80 2.47 0.65 1.90 1.08 1.49 1.58 2.71 2.59 0.46 1.52 2.74 0.45 0.89 1.46 0.62 0.92
C4 0.55 0.96 0.36 0.26 1.07 0.41 0.88 0.40 0.70 0.72 1.10 1.03 0.23 0.55 1.19 0.47 0.26 0.45 0.19 0.24
C4' 0.39 1.67 0.31 1.01 1.83 1.10 1.26 1.58 0.85 0.94 2.06 1.95 0.28 1.77 2.12 0.37 1.38 1.97 1.13 1.46
C5 0.57 0.96 0.37 0.33 0.96 0.36 0.80 0.42 0.67 0.74 1.03 1.08 0.22 0.72 1.03 0.40 0.28 0.50 0.23 0.28
C5' 0.23 1.43 0.28 1.24 1.71 1.39 1.11 1.80 0.64 0.68 1.89 1.62 0.42 2.02 2.03 0.68 1.63 2.13 1.36 1.68
C6 0.57 1.21 0.39 0.54 1.15 0.47 0.90 0.72 0.74 0.85 1.29 1.44 0.23 1.09 1.23 0.24 0.54 0.85 0.42 0.56
N1 0.55 1.33 0.39 0.59 1.31 0.55 0.99 0.88 0.78 0.89 1.47 1.58 0.23 1.16 1.43 0.17 0.69 1.08 0.54 0.73
N3 0.55 1.09 0.38 0.35 1.18 0.40 0.94 0.54 0.74 0.79 1.25 1.22 0.24 0.72 1.32 0.37 0.39 0.67 0.31 0.41
O2 0.54 1.31 0.39 0.53 1.36 0.53 1.02 0.87 0.78 0.87 1.50 1.53 0.24 1.04 1.53 0.20 0.69 1.12 0.56 0.76
O2' 0.71 1.88 0.44 0.82 2.10 0.66 1.65 1.06 1.25 1.26 2.25 2.13 0.19 1.59 2.39 0.31 0.87 1.38 0.61 0.88
O3' 1.06 2.59 0.71 0.87 2.96 0.72 2.30 1.17 1.77 1.80 3.15 2.79 0.48 1.59 3.35 0.56 0.94 1.50 0.64 0.93
O4 0.52 0.87 0.32 0.19 1.14 0.53 0.94 0.39 0.71 0.67 1.09 0.87 0.22 0.35 1.30 0.58 0.26 0.35 0.12 0.19
O4' 0.37 1.39 0.24 0.86 1.40 1.01 0.92 1.45 0.60 0.76 1.63 1.69 0.22 1.54 1.60 0.39 1.21 1.74 1.00 1.30
O5' 0.37 1.69 0.30 1.05 1.96 1.02 1.41 1.30 0.96 1.01 2.12 1.76 0.44 1.87 2.21 0.34 1.13 1.45 0.88 1.11
OP1 0.39 1.24 0.60 1.44 2.04 1.59 1.47 1.80 0.87 0.68 1.92 1.09 0.80 2.09 2.46 0.93 1.74 1.94 1.48 1.71
OP2 0.68 1.68 0.39 0.35 2.02 0.36 1.72 0.63 1.38 1.33 2.00 1.53 0.34 0.94 2.13 0.30 0.69 0.68 0.78 0.76
P 0.14 1.24 0.35 1.22 1.73 1.25 1.24 1.43 0.74 0.68 1.73 1.17 0.61 1.96 1.99 0.61 1.32 1.45 1.11 1.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.01 0.03 0.05 0.02 0.21 0.04 0.01 0.32 0.08 0.56 0.34
C2 0.03 0.00 0.10 0.14 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.15 0.03 0.04 0.62 0.28 1.17 0.71
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.11 0.19 0.13 0.03 0.07 0.20 0.00 0.03 0.06 0.02 0.13 0.16 0.22 0.17
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.29 0.01 0.34 0.03 0.30 0.17 0.20 0.11 0.04 0.01 0.31 0.03 0.09 0.15 0.16 0.10
C4 0.03 0.02 0.06 0.29 0.00 0.14 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.02 0.35 0.16 0.01 0.06 0.96 0.62 1.87 1.14
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.14 0.00 0.19 0.01 0.18 0.07 0.07 0.07 0.25 0.02 0.16 0.01 0.03 0.17 0.14 0.06
C5 0.03 0.01 0.11 0.34 0.01 0.19 0.00 0.23 0.01 0.02 0.02 0.02 0.34 0.27 0.03 0.08 1.03 0.67 1.92 1.18
C5' 0.07 0.06 0.19 0.03 0.19 0.01 0.23 0.00 0.19 0.07 0.11 0.05 0.07 0.14 0.23 0.02 0.01 0.12 0.04 0.02
C6 0.04 0.01 0.13 0.30 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.02 0.28 0.22 0.03 0.08 0.90 0.49 1.52 0.96
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.02 0.07 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.19 0.06 0.03 0.02 0.63 0.27 1.11 0.69
N3 0.03 0.01 0.07 0.20 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.00 0.02 0.29 0.07 0.02 0.04 0.79 0.44 1.54 0.93
O2 0.05 0.01 0.20 0.11 0.02 0.07 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.20 0.32 0.04 0.07 0.46 0.16 0.92 0.55
O2' 0.02 0.22 0.00 0.04 0.35 0.25 0.34 0.07 0.28 0.19 0.29 0.20 0.00 0.08 0.37 0.18 0.07 0.23 0.22 0.10
O3' 0.21 0.15 0.03 0.01 0.16 0.02 0.27 0.14 0.22 0.06 0.07 0.32 0.08 0.00 0.19 0.14 0.20 0.32 0.40 0.23
O4 0.04 0.03 0.06 0.31 0.01 0.16 0.03 0.23 0.03 0.03 0.02 0.04 0.37 0.19 0.00 0.07 1.03 0.73 2.08 1.25
O4' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.04 0.07 0.18 0.14 0.07 0.00 0.33 0.13 0.54 0.38
O5' 0.32 0.62 0.13 0.09 0.96 0.03 1.03 0.01 0.90 0.63 0.79 0.46 0.07 0.20 1.03 0.33 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.08 0.28 0.16 0.15 0.62 0.17 0.67 0.12 0.49 0.27 0.44 0.16 0.23 0.32 0.73 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.56 1.17 0.22 0.16 1.87 0.14 1.92 0.04 1.52 1.11 1.54 0.92 0.22 0.40 2.08 0.54 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.71 0.17 0.10 1.14 0.06 1.18 0.02 0.96 0.69 0.93 0.55 0.10 0.23 1.25 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00