ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49075

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 3, 3, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.010, 0.015, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.012, 0.020, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.020 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.015, 0.025, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.015, 0.026, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.018, 0.029, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.029 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.019, 0.031, 0.043, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.031 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.030, 0.053, 0.076, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.053 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.065, 0.140, 0.215, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.140 std_dev=0.075
O4' A 0, -0.001, 0.187, 0.376, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.187 std_dev=0.188
C2' A 0, 0.007, 0.213, 0.420, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.213 std_dev=0.206
C2' B 0, 0.296, 0.512, 0.728, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.512 std_dev=0.216
O2' B 0, 0.304, 0.568, 0.831, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.568 std_dev=0.264
O2' A 0, -0.037, 0.295, 0.626, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.295 std_dev=0.332
C4' A 0, 0.009, 0.342, 0.674, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.342 std_dev=0.333
O5' A 0, 0.065, 0.444, 0.823, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.444 std_dev=0.379
C3' A 0, -0.017, 0.392, 0.801, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.392 std_dev=0.409
C5' A 0, 0.055, 0.477, 0.899, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.477 std_dev=0.422
C3' B 0, 0.149, 0.697, 1.246, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.697 std_dev=0.549
P A 0, -0.002, 0.672, 1.345, 2.770 max_d=2.770 avg_d=0.672 std_dev=0.673
O3' A 0, -0.063, 0.648, 1.359, 2.770 max_d=2.770 avg_d=0.648 std_dev=0.711
C1' B 0, -0.083, 0.837, 1.757, 3.607 max_d=3.607 avg_d=0.837 std_dev=0.920
OP1 A 0, -0.086, 0.875, 1.836, 3.956 max_d=3.956 avg_d=0.875 std_dev=0.961
OP2 A 0, 0.028, 0.996, 1.964, 4.042 max_d=4.042 avg_d=0.996 std_dev=0.968
O3' B 0, -0.249, 0.731, 1.710, 3.753 max_d=3.753 avg_d=0.731 std_dev=0.979
C4' B 0, -0.143, 1.025, 2.193, 4.493 max_d=4.493 avg_d=1.025 std_dev=1.168
O5' B 0, 0.114, 1.328, 2.542, 4.401 max_d=4.401 avg_d=1.328 std_dev=1.214
O4' B 0, -0.333, 0.966, 2.265, 5.111 max_d=5.111 avg_d=0.966 std_dev=1.299
C5' B 0, -0.129, 1.368, 2.865, 5.437 max_d=5.437 avg_d=1.368 std_dev=1.497
N1 B 0, -0.311, 1.263, 2.836, 5.585 max_d=5.585 avg_d=1.263 std_dev=1.574
P B 0, 0.071, 1.787, 3.504, 5.657 max_d=5.657 avg_d=1.787 std_dev=1.716
C6 B 0, -0.325, 1.409, 3.143, 6.361 max_d=6.361 avg_d=1.409 std_dev=1.734
OP2 B 0, 0.037, 1.867, 3.698, 6.282 max_d=6.282 avg_d=1.867 std_dev=1.830
OP1 B 0, 0.005, 2.124, 4.243, 6.396 max_d=6.396 avg_d=2.124 std_dev=2.119
O2 B 0, -0.657, 1.624, 3.904, 6.480 max_d=6.480 avg_d=1.624 std_dev=2.280
C2 B 0, -0.638, 1.643, 3.925, 7.115 max_d=7.115 avg_d=1.643 std_dev=2.282
C5 B 0, -0.621, 1.891, 4.402, 8.563 max_d=8.563 avg_d=1.891 std_dev=2.512
N3 B 0, -0.978, 2.120, 5.218, 9.563 max_d=9.563 avg_d=2.120 std_dev=3.098
C4 B 0, -0.995, 2.272, 5.540, 10.441 max_d=10.441 avg_d=2.272 std_dev=3.267
O4 B 0, -1.326, 2.758, 6.842, 12.770 max_d=12.770 avg_d=2.758 std_dev=4.084

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.01 0.01 0.13 0.42 0.23 0.22
C2 0.01 0.00 0.11 0.18 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.14 0.01 0.04 0.18 0.61 0.26 0.30
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.12 0.07 0.02 0.10 0.16 0.00 0.03 0.08 0.01 0.27 0.32 0.39 0.29
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.27 0.00 0.25 0.03 0.20 0.15 0.24 0.16 0.01 0.01 0.30 0.02 0.06 0.08 0.32 0.08
C4 0.01 0.01 0.06 0.27 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.21 0.00 0.03 0.24 0.65 0.27 0.37
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.03 0.19 0.01 0.09 0.01 0.02 0.13 0.18 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.25 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.20 0.01 0.01 0.24 0.59 0.24 0.35
C5' 0.05 0.06 0.12 0.03 0.11 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.08 0.05 0.08 0.13 0.12 0.02 0.00 0.08 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.13 0.01 0.03 0.21 0.52 0.22 0.30
N1 0.00 0.01 0.02 0.15 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01 0.01 0.17 0.53 0.24 0.28
N3 0.01 0.00 0.10 0.24 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.17 0.01 0.04 0.21 0.66 0.28 0.35
O2 0.01 0.00 0.16 0.16 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.22 0.01 0.05 0.16 0.60 0.27 0.29
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.19 0.19 0.18 0.08 0.14 0.12 0.18 0.13 0.00 0.07 0.20 0.13 0.20 0.21 0.40 0.23
O3' 0.17 0.14 0.03 0.01 0.21 0.01 0.20 0.13 0.13 0.06 0.17 0.22 0.07 0.00 0.26 0.12 0.15 0.22 0.55 0.25
O4 0.01 0.01 0.08 0.30 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.26 0.00 0.03 0.25 0.68 0.28 0.39
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.13 0.12 0.03 0.00 0.10 0.39 0.16 0.17
O5' 0.13 0.18 0.27 0.06 0.24 0.02 0.24 0.00 0.21 0.17 0.21 0.16 0.20 0.15 0.25 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.42 0.61 0.32 0.08 0.65 0.13 0.59 0.08 0.52 0.53 0.66 0.60 0.21 0.22 0.68 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.26 0.39 0.32 0.27 0.18 0.24 0.18 0.22 0.24 0.28 0.27 0.40 0.55 0.28 0.16 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.30 0.29 0.08 0.37 0.04 0.35 0.01 0.30 0.28 0.35 0.29 0.23 0.25 0.39 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.80 0.24 0.43 0.67 0.52 0.43 0.76 0.31 0.45 0.86 1.06 0.25 0.85 0.75 0.33 0.61 1.16 0.67 0.80
C2 0.41 0.97 0.18 0.33 0.80 0.41 0.49 0.67 0.37 0.59 1.02 1.23 0.25 0.64 0.88 0.24 0.46 0.92 0.39 0.58
C2' 0.37 0.94 0.39 0.43 0.96 0.44 0.76 0.69 0.60 0.62 1.07 1.12 0.30 0.87 1.07 0.23 0.61 1.12 0.75 0.80
C3' 0.52 1.18 0.32 0.31 1.23 0.28 0.96 0.50 0.73 0.79 1.35 1.37 0.27 0.86 1.37 0.26 0.42 1.00 0.66 0.66
C4 0.44 1.19 0.14 0.25 1.11 0.41 0.78 0.59 0.59 0.76 1.30 1.45 0.25 0.42 1.23 0.16 0.32 0.62 0.28 0.37
C4' 0.32 0.97 0.21 0.47 1.08 0.58 0.83 0.81 0.58 0.58 1.17 1.16 0.14 0.95 1.24 0.32 0.68 1.30 0.87 0.93
C5 0.42 0.91 0.15 0.28 0.75 0.39 0.50 0.55 0.40 0.58 0.93 1.15 0.27 0.52 0.81 0.22 0.34 0.61 0.28 0.39
C5' 0.19 0.93 0.17 0.58 1.16 0.71 0.92 0.89 0.63 0.54 1.19 1.03 0.11 1.04 1.35 0.38 0.74 1.31 0.92 0.96
C6 0.37 0.73 0.20 0.36 0.52 0.44 0.29 0.62 0.22 0.44 0.72 0.97 0.27 0.71 0.55 0.30 0.45 0.81 0.40 0.54
N1 0.38 0.81 0.21 0.37 0.61 0.45 0.34 0.68 0.26 0.47 0.82 1.07 0.26 0.74 0.66 0.29 0.50 0.96 0.47 0.64
N3 0.44 1.14 0.15 0.27 1.05 0.41 0.70 0.63 0.52 0.71 1.25 1.40 0.25 0.51 1.16 0.18 0.37 0.77 0.29 0.46
O2 0.42 0.99 0.18 0.34 0.82 0.42 0.49 0.70 0.37 0.59 1.05 1.26 0.25 0.67 0.92 0.26 0.50 1.02 0.45 0.65
O2' 0.37 0.97 0.40 0.45 1.05 0.45 0.82 0.65 0.62 0.64 1.15 1.13 0.35 0.91 1.20 0.25 0.56 1.06 0.71 0.74
O3' 0.61 1.38 0.35 0.35 1.53 0.27 1.19 0.44 0.90 0.95 1.65 1.52 0.34 0.90 1.73 0.33 0.32 0.94 0.61 0.59
O4 0.45 1.45 0.15 0.23 1.46 0.49 1.05 0.62 0.78 0.91 1.65 1.70 0.24 0.29 1.63 0.13 0.29 0.54 0.37 0.33
O4' 0.36 0.77 0.18 0.50 0.69 0.67 0.46 0.90 0.31 0.41 0.85 1.02 0.18 0.92 0.80 0.49 0.73 1.31 0.81 0.94
O5' 0.28 0.91 0.16 0.51 1.06 0.58 0.83 0.64 0.58 0.55 1.11 1.01 0.17 1.02 1.20 0.33 0.47 0.89 0.57 0.60
OP1 0.31 0.84 0.32 0.89 1.27 1.10 0.96 1.15 0.60 0.45 1.23 0.81 0.40 1.22 1.52 0.69 0.83 1.20 0.82 0.91
OP2 0.41 1.15 0.25 0.24 1.46 0.23 1.33 0.36 1.07 0.93 1.39 1.01 0.25 0.58 1.57 0.20 0.43 0.51 0.59 0.47
P 0.15 0.77 0.15 0.69 1.07 0.76 0.85 0.78 0.56 0.45 1.05 0.76 0.32 1.11 1.23 0.42 0.55 0.83 0.52 0.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.29 0.03 0.00 0.13 0.11 0.18 0.13
C2 0.02 0.00 0.11 0.19 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.18 0.03 0.03 0.08 0.09 0.14 0.11
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.18 0.09 0.03 0.09 0.18 0.00 0.02 0.09 0.01 0.37 0.39 0.49 0.40
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.31 0.01 0.33 0.01 0.29 0.19 0.25 0.13 0.02 0.01 0.32 0.02 0.03 0.09 0.05 0.03
C4 0.02 0.02 0.07 0.31 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.12 0.01 0.02 0.13 0.17 0.20 0.16
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.12 0.07 0.08 0.05 0.26 0.02 0.11 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.33 0.00 0.12 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.19 0.01 0.04 0.16 0.18 0.20 0.16
C5' 0.06 0.04 0.18 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.08 0.04 0.05 0.05 0.08 0.19 0.09 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.29 0.01 0.12 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.14 0.02 0.05 0.12 0.13 0.16 0.13
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.20 0.09 0.03 0.01 0.08 0.09 0.15 0.11
N3 0.02 0.00 0.09 0.25 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.10 0.03 0.02 0.10 0.12 0.16 0.13
O2 0.04 0.00 0.18 0.13 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.33 0.03 0.04 0.09 0.09 0.14 0.10
O2' 0.01 0.25 0.00 0.02 0.35 0.26 0.31 0.08 0.24 0.20 0.32 0.19 0.00 0.05 0.39 0.17 0.26 0.28 0.53 0.31
O3' 0.29 0.18 0.02 0.01 0.12 0.02 0.19 0.19 0.14 0.09 0.10 0.33 0.05 0.00 0.15 0.20 0.19 0.35 0.23 0.25
O4 0.03 0.03 0.09 0.32 0.01 0.11 0.01 0.09 0.02 0.03 0.03 0.03 0.39 0.15 0.00 0.03 0.15 0.19 0.22 0.17
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.17 0.20 0.03 0.00 0.05 0.07 0.12 0.10
O5' 0.13 0.08 0.37 0.03 0.13 0.01 0.16 0.01 0.12 0.08 0.10 0.09 0.26 0.19 0.15 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.11 0.09 0.39 0.09 0.17 0.06 0.18 0.06 0.13 0.09 0.12 0.09 0.28 0.35 0.19 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.14 0.49 0.05 0.20 0.04 0.20 0.02 0.16 0.15 0.16 0.14 0.53 0.23 0.22 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.11 0.40 0.03 0.16 0.03 0.16 0.01 0.13 0.11 0.13 0.10 0.31 0.25 0.17 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00