ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49077

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 1, 1, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.006, 0.036, 0.067, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.036 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.004, 0.065, 0.126, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.065 std_dev=0.061
O2' B 0, 0.067, 0.274, 0.481, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.274 std_dev=0.207
O4' A 0, -0.162, 0.240, 0.642, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.240 std_dev=0.402
C2' B 0, -0.025, 0.388, 0.801, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.388 std_dev=0.413
C2' A 0, -0.168, 0.274, 0.717, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.274 std_dev=0.443
C4' A 0, -0.217, 0.434, 1.085, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.434 std_dev=0.651
C3' A 0, -0.209, 0.526, 1.262, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.526 std_dev=0.736
O5' A 0, -0.186, 0.590, 1.367, 2.228 max_d=2.228 avg_d=0.590 std_dev=0.777
O2' A 0, -0.223, 0.576, 1.375, 2.280 max_d=2.280 avg_d=0.576 std_dev=0.799
C5' A 0, -0.321, 0.514, 1.350, 2.655 max_d=2.655 avg_d=0.514 std_dev=0.836
P A 0, -0.212, 0.662, 1.536, 2.340 max_d=2.340 avg_d=0.662 std_dev=0.874
C1' B 0, -0.262, 0.635, 1.531, 2.740 max_d=2.740 avg_d=0.635 std_dev=0.897
C3' B 0, -0.289, 0.633, 1.555, 2.754 max_d=2.754 avg_d=0.633 std_dev=0.922
OP1 A 0, -0.356, 0.743, 1.843, 3.686 max_d=3.686 avg_d=0.743 std_dev=1.099
OP2 A 0, -0.335, 0.856, 2.046, 3.594 max_d=3.594 avg_d=0.856 std_dev=1.190
O3' A 0, -0.376, 0.847, 2.069, 3.038 max_d=3.038 avg_d=0.847 std_dev=1.222
O3' B 0, -0.553, 0.720, 1.993, 4.300 max_d=4.300 avg_d=0.720 std_dev=1.273
N1 B 0, -0.487, 0.865, 2.217, 4.363 max_d=4.363 avg_d=0.865 std_dev=1.352
O2 B 0, -0.625, 0.740, 2.105, 4.750 max_d=4.750 avg_d=0.740 std_dev=1.365
O4' B 0, -0.504, 0.878, 2.259, 4.170 max_d=4.170 avg_d=0.878 std_dev=1.381
C4' B 0, -0.543, 0.844, 2.232, 4.226 max_d=4.226 avg_d=0.844 std_dev=1.388
C2 B 0, -0.628, 0.875, 2.379, 5.122 max_d=5.122 avg_d=0.875 std_dev=1.503
C6 B 0, -0.667, 1.158, 2.982, 5.708 max_d=5.708 avg_d=1.158 std_dev=1.825
C5' B 0, -0.785, 1.131, 3.048, 5.739 max_d=5.739 avg_d=1.131 std_dev=1.916
N3 B 0, -0.875, 1.158, 3.190, 6.895 max_d=6.895 avg_d=1.158 std_dev=2.033
O5' B 0, -0.819, 1.331, 3.481, 6.454 max_d=6.454 avg_d=1.331 std_dev=2.150
C5 B 0, -0.847, 1.410, 3.666, 7.194 max_d=7.194 avg_d=1.410 std_dev=2.256
C4 B 0, -0.945, 1.413, 3.771, 7.805 max_d=7.805 avg_d=1.413 std_dev=2.358
P B 0, -0.980, 1.602, 4.184, 7.570 max_d=7.570 avg_d=1.602 std_dev=2.582
OP1 B 0, -1.021, 1.627, 4.275, 7.854 max_d=7.854 avg_d=1.627 std_dev=2.648
O4 B 0, -1.164, 1.636, 4.436, 9.309 max_d=9.309 avg_d=1.636 std_dev=2.800
OP2 B 0, -1.025, 1.792, 4.609, 8.341 max_d=8.341 avg_d=1.792 std_dev=2.817

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.30 0.01 0.01 0.15 0.15 0.22 0.19
C2 0.01 0.00 0.16 0.30 0.01 0.11 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.13 0.01 0.04 0.19 0.15 0.23 0.16
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.21 0.15 0.01 0.10 0.30 0.01 0.02 0.03 0.02 0.46 0.41 0.66 0.54
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.37 0.01 0.34 0.01 0.29 0.23 0.36 0.30 0.02 0.00 0.39 0.02 0.07 0.05 0.12 0.06
C4 0.01 0.01 0.02 0.37 0.00 0.13 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.16 0.00 0.03 0.26 0.15 0.36 0.18
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.13 0.00 0.12 0.01 0.10 0.08 0.13 0.11 0.30 0.02 0.14 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.12 0.34 0.00 0.12 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.22 0.01 0.05 0.22 0.10 0.29 0.10
C5' 0.08 0.10 0.21 0.01 0.11 0.01 0.07 0.00 0.04 0.04 0.12 0.12 0.10 0.22 0.12 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.29 0.01 0.10 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.17 0.01 0.06 0.15 0.11 0.15 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.23 0.01 0.08 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.06 0.01 0.01 0.11 0.11 0.13 0.11
N3 0.01 0.00 0.10 0.36 0.01 0.13 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.09 0.01 0.03 0.25 0.18 0.32 0.19
O2 0.03 0.01 0.30 0.30 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.29 0.02 0.07 0.20 0.18 0.24 0.18
O2' 0.01 0.25 0.01 0.02 0.38 0.30 0.35 0.10 0.28 0.21 0.33 0.16 0.00 0.06 0.42 0.20 0.36 0.25 0.77 0.47
O3' 0.30 0.13 0.02 0.00 0.16 0.02 0.22 0.22 0.17 0.06 0.09 0.29 0.06 0.00 0.20 0.20 0.20 0.39 0.21 0.24
O4 0.01 0.01 0.03 0.39 0.00 0.14 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.20 0.00 0.03 0.29 0.18 0.43 0.22
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.03 0.07 0.20 0.20 0.03 0.00 0.10 0.06 0.10 0.07
O5' 0.15 0.19 0.46 0.07 0.26 0.01 0.22 0.01 0.15 0.11 0.25 0.20 0.36 0.20 0.29 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.15 0.41 0.05 0.15 0.04 0.10 0.04 0.11 0.11 0.18 0.18 0.25 0.39 0.18 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.23 0.66 0.12 0.36 0.03 0.29 0.01 0.15 0.13 0.32 0.24 0.77 0.21 0.43 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.16 0.54 0.06 0.18 0.01 0.10 0.02 0.07 0.11 0.19 0.18 0.47 0.24 0.22 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.62 0.20 0.59 0.57 0.95 0.25 1.14 0.17 0.24 0.75 0.81 0.16 0.89 0.70 0.59 1.02 0.80 0.91 0.88
C2 0.24 0.83 0.14 0.39 0.81 0.80 0.46 0.96 0.29 0.43 0.99 1.03 0.18 0.51 0.95 0.52 0.78 0.61 0.64 0.67
C2' 0.43 0.87 0.45 0.75 0.91 0.94 0.62 1.06 0.48 0.56 1.04 1.00 0.40 1.09 1.05 0.59 0.96 0.73 0.88 0.82
C3' 0.30 0.92 0.23 0.35 0.91 0.57 0.58 0.74 0.40 0.56 1.06 1.07 0.53 0.80 1.02 0.19 0.66 0.58 0.64 0.58
C4 0.34 0.83 0.17 0.26 0.79 0.66 0.52 0.77 0.40 0.50 0.94 1.02 0.19 0.18 0.88 0.53 0.58 0.50 0.45 0.52
C4' 0.11 0.46 0.10 0.61 0.37 0.92 0.12 1.13 0.14 0.11 0.55 0.65 0.28 1.02 0.46 0.56 1.09 0.94 1.06 0.98
C5 0.30 0.68 0.18 0.32 0.61 0.72 0.40 0.81 0.32 0.40 0.76 0.86 0.19 0.28 0.68 0.54 0.65 0.50 0.52 0.54
C5' 0.26 0.16 0.18 0.70 0.12 0.96 0.29 1.13 0.36 0.15 0.20 0.35 0.20 1.13 0.17 0.65 1.17 0.99 1.17 1.05
C6 0.23 0.62 0.18 0.44 0.55 0.84 0.31 0.95 0.24 0.31 0.71 0.81 0.18 0.58 0.64 0.56 0.80 0.56 0.67 0.65
N1 0.21 0.70 0.17 0.47 0.65 0.86 0.34 1.01 0.22 0.33 0.83 0.90 0.18 0.66 0.77 0.55 0.86 0.64 0.73 0.73
N3 0.31 0.88 0.15 0.29 0.87 0.71 0.54 0.85 0.38 0.50 1.03 1.08 0.19 0.29 0.99 0.51 0.65 0.53 0.51 0.57
O2 0.22 0.87 0.13 0.41 0.87 0.82 0.49 1.01 0.29 0.44 1.06 1.07 0.17 0.56 1.03 0.51 0.82 0.67 0.68 0.72
O2' 0.43 0.84 0.51 0.74 0.89 0.93 0.55 1.01 0.41 0.52 1.02 0.98 0.49 1.10 1.05 0.58 0.89 0.53 0.74 0.67
O3' 0.51 1.21 0.46 0.20 1.28 0.38 0.94 0.54 0.72 0.84 1.40 1.31 0.70 0.70 1.42 0.11 0.42 0.45 0.35 0.36
O4 0.41 0.86 0.20 0.25 0.84 0.58 0.60 0.68 0.49 0.56 0.97 1.02 0.21 0.23 0.93 0.54 0.50 0.51 0.40 0.49
O4' 0.24 0.36 0.21 0.65 0.25 1.06 0.12 1.27 0.25 0.06 0.45 0.58 0.19 0.97 0.35 0.72 1.19 1.00 1.12 1.07
O5' 0.07 0.25 0.09 0.46 0.13 0.62 0.14 0.69 0.16 0.04 0.26 0.42 0.33 0.93 0.18 0.35 0.76 0.54 0.78 0.61
OP1 0.48 0.48 0.35 0.73 0.68 0.77 0.79 0.77 0.74 0.57 0.55 0.36 0.09 1.07 0.73 0.65 1.02 0.60 1.09 0.79
OP2 0.22 0.18 0.25 0.08 0.14 0.09 0.14 0.18 0.09 0.13 0.13 0.28 0.40 0.33 0.22 0.16 0.09 0.59 0.23 0.30
P 0.34 0.28 0.29 0.58 0.42 0.63 0.51 0.58 0.50 0.37 0.32 0.22 0.15 1.01 0.46 0.49 0.75 0.38 0.77 0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.22 0.02 0.01 0.05 0.57 0.11 0.22
C2 0.02 0.00 0.09 0.14 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.15 0.02 0.01 0.14 0.65 0.17 0.19
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.11 0.05 0.04 0.10 0.11 0.00 0.03 0.11 0.02 0.06 0.69 0.12 0.32
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.29 0.00 0.31 0.01 0.27 0.16 0.22 0.09 0.03 0.00 0.32 0.01 0.19 0.19 0.25 0.05
C4 0.01 0.01 0.08 0.29 0.00 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.12 0.01 0.02 0.24 0.59 0.27 0.21
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.12 0.00 0.14 0.00 0.13 0.07 0.09 0.04 0.19 0.02 0.13 0.00 0.01 0.14 0.03 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.31 0.01 0.14 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.18 0.01 0.03 0.24 0.55 0.23 0.20
C5' 0.03 0.08 0.11 0.01 0.17 0.00 0.19 0.00 0.16 0.08 0.13 0.05 0.07 0.14 0.19 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.27 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.13 0.01 0.03 0.18 0.57 0.14 0.17
N1 0.00 0.01 0.04 0.16 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.06 0.02 0.01 0.12 0.62 0.12 0.19
N3 0.02 0.00 0.10 0.22 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.08 0.02 0.01 0.20 0.64 0.23 0.20
O2 0.03 0.00 0.11 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.30 0.02 0.03 0.11 0.66 0.16 0.20
O2' 0.01 0.21 0.00 0.03 0.23 0.19 0.18 0.07 0.13 0.14 0.24 0.22 0.00 0.06 0.25 0.14 0.05 0.64 0.11 0.27
O3' 0.22 0.15 0.03 0.00 0.12 0.02 0.18 0.14 0.13 0.06 0.08 0.30 0.06 0.00 0.18 0.13 0.29 0.22 0.42 0.25
O4 0.02 0.02 0.11 0.32 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.02 0.02 0.02 0.25 0.18 0.00 0.02 0.26 0.57 0.31 0.22
O4' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.14 0.13 0.02 0.00 0.09 0.39 0.14 0.17
O5' 0.05 0.14 0.06 0.19 0.24 0.01 0.24 0.01 0.18 0.12 0.20 0.11 0.05 0.29 0.26 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.57 0.65 0.69 0.19 0.59 0.14 0.55 0.07 0.57 0.62 0.64 0.66 0.64 0.22 0.57 0.39 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.17 0.12 0.25 0.27 0.03 0.23 0.02 0.14 0.12 0.23 0.16 0.11 0.42 0.31 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.19 0.32 0.05 0.21 0.05 0.20 0.01 0.17 0.19 0.20 0.20 0.27 0.25 0.22 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00