ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49079

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.022, 0.037, 0.052, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.037 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.025, 0.043, 0.062, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.043 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.030, 0.054, 0.078, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.054 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.032, 0.056, 0.081, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.056 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.041, 0.095, 0.149, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.095 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.137, 0.277, 0.416, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.277 std_dev=0.140
O4' A 0, 0.111, 0.267, 0.424, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.267 std_dev=0.157
O4' B 0, 0.193, 0.410, 0.627, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.410 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.173, 0.406, 0.638, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.406 std_dev=0.233
O5' B 0, 0.251, 0.523, 0.796, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.523 std_dev=0.272
C4' B 0, 0.246, 0.543, 0.840, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.543 std_dev=0.297
C5' B 0, 0.349, 0.671, 0.993, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.671 std_dev=0.322
C2' B 0, 0.198, 0.539, 0.879, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.539 std_dev=0.341
OP2 B 0, 0.140, 0.487, 0.833, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.487 std_dev=0.346
O2' A 0, 0.259, 0.607, 0.954, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.607 std_dev=0.347
C4' A 0, 0.273, 0.622, 0.971, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.622 std_dev=0.349
O2' B 0, 0.201, 0.566, 0.931, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.566 std_dev=0.365
P B 0, 0.354, 0.724, 1.094, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.724 std_dev=0.370
C5' A 0, 0.357, 0.738, 1.118, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.738 std_dev=0.380
C3' A 0, 0.304, 0.723, 1.142, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.723 std_dev=0.419
C3' B 0, 0.211, 0.660, 1.110, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.660 std_dev=0.449
OP1 B 0, 0.398, 0.926, 1.454, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.926 std_dev=0.528
N1 B 0, 0.052, 0.663, 1.275, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.663 std_dev=0.612
O2 B 0, 0.217, 0.852, 1.488, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.852 std_dev=0.636
O3' A 0, 0.547, 1.258, 1.968, 2.064 max_d=2.064 avg_d=1.258 std_dev=0.711
C6 B 0, 0.049, 0.826, 1.603, 2.241 max_d=2.241 avg_d=0.826 std_dev=0.777
O3' B 0, 0.205, 0.990, 1.775, 2.274 max_d=2.274 avg_d=0.990 std_dev=0.785
C2 B 0, 0.061, 0.866, 1.670, 2.387 max_d=2.387 avg_d=0.866 std_dev=0.804
O5' A 0, 0.168, 1.207, 2.245, 2.930 max_d=2.930 avg_d=1.207 std_dev=1.039
P A 0, 0.177, 1.295, 2.414, 3.197 max_d=3.197 avg_d=1.295 std_dev=1.118
C5 B 0, -0.052, 1.128, 2.309, 3.286 max_d=3.286 avg_d=1.128 std_dev=1.180
N3 B 0, -0.093, 1.126, 2.344, 3.416 max_d=3.416 avg_d=1.126 std_dev=1.218
C4 B 0, -0.235, 1.226, 2.688, 3.923 max_d=3.923 avg_d=1.226 std_dev=1.461
OP2 A 0, 0.198, 1.668, 3.138, 4.248 max_d=4.248 avg_d=1.668 std_dev=1.470
OP1 A 0, -0.031, 1.733, 3.496, 4.771 max_d=4.771 avg_d=1.733 std_dev=1.764
O4 B 0, -0.343, 1.489, 3.322, 4.868 max_d=4.868 avg_d=1.489 std_dev=1.832

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.00 0.06 0.31 0.11 0.25
C2 0.01 0.00 0.09 0.17 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.15 0.03 0.01 0.26 0.42 0.28 0.15
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.09 0.10 0.07 0.02 0.08 0.00 0.20 0.08 0.27 0.06
C3' 0.03 0.17 0.00 0.00 0.21 0.00 0.18 0.03 0.13 0.13 0.20 0.14 0.07 0.01 0.23 0.01 0.32 0.37 0.36 0.19
C4 0.00 0.03 0.06 0.21 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.03 0.12 0.22 0.00 0.02 0.39 0.58 0.36 0.13
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.07 0.05 0.17 0.02 0.09 0.01 0.02 0.16 0.09 0.10
C5 0.01 0.01 0.04 0.18 0.01 0.07 0.00 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.19 0.00 0.02 0.36 0.63 0.23 0.19
C5' 0.04 0.07 0.04 0.03 0.12 0.00 0.13 0.00 0.12 0.07 0.09 0.05 0.14 0.06 0.14 0.03 0.01 0.43 0.21 0.03
C6 0.01 0.01 0.02 0.13 0.02 0.06 0.02 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.02 0.27 0.57 0.14 0.25
N1 0.01 0.00 0.04 0.13 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.01 0.01 0.21 0.44 0.17 0.21
N3 0.01 0.01 0.09 0.20 0.02 0.07 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.21 0.01 0.01 0.35 0.49 0.37 0.13
O2 0.01 0.00 0.10 0.14 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.12 0.03 0.01 0.21 0.35 0.29 0.14
O2' 0.08 0.15 0.07 0.07 0.12 0.17 0.09 0.14 0.07 0.10 0.15 0.18 0.00 0.10 0.13 0.13 0.21 0.22 0.29 0.16
O3' 0.04 0.15 0.02 0.01 0.22 0.02 0.19 0.06 0.12 0.10 0.21 0.12 0.10 0.00 0.26 0.04 0.30 0.64 0.49 0.33
O4 0.00 0.03 0.08 0.23 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.26 0.00 0.02 0.44 0.61 0.43 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.04 0.02 0.00 0.13 0.34 0.24 0.36
O5' 0.06 0.26 0.20 0.32 0.39 0.02 0.36 0.01 0.27 0.21 0.35 0.21 0.21 0.30 0.44 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02
OP1 0.31 0.42 0.08 0.37 0.58 0.16 0.63 0.43 0.57 0.44 0.49 0.35 0.22 0.64 0.61 0.34 0.01 0.00 0.02 0.02
OP2 0.11 0.28 0.27 0.36 0.36 0.09 0.23 0.21 0.14 0.17 0.37 0.29 0.29 0.49 0.43 0.24 0.01 0.02 0.00 0.02
P 0.25 0.15 0.06 0.19 0.13 0.10 0.19 0.03 0.25 0.21 0.13 0.14 0.16 0.33 0.11 0.36 0.02 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.15 0.31 0.36 0.17 0.06 0.14 0.07 0.11 0.12 0.18 0.15 0.40 0.72 0.19 0.20 0.07 0.14 0.07 0.07
C2 0.13 0.39 0.28 0.33 0.47 0.11 0.38 0.10 0.27 0.27 0.48 0.38 0.45 0.69 0.53 0.19 0.07 0.18 0.05 0.09
C2' 0.14 0.15 0.27 0.31 0.15 0.11 0.14 0.11 0.13 0.14 0.16 0.16 0.32 0.63 0.17 0.24 0.08 0.18 0.09 0.09
C3' 0.19 0.16 0.18 0.20 0.13 0.18 0.13 0.18 0.13 0.15 0.15 0.19 0.14 0.47 0.13 0.30 0.09 0.24 0.09 0.13
C4 0.22 0.60 0.23 0.26 0.72 0.17 0.59 0.15 0.45 0.45 0.72 0.59 0.43 0.58 0.79 0.20 0.11 0.23 0.08 0.11
C4' 0.13 0.13 0.22 0.25 0.14 0.15 0.13 0.15 0.11 0.10 0.14 0.16 0.17 0.52 0.15 0.25 0.07 0.21 0.07 0.10
C5 0.18 0.44 0.25 0.29 0.52 0.15 0.43 0.13 0.34 0.34 0.52 0.42 0.45 0.60 0.55 0.20 0.09 0.21 0.06 0.10
C5' 0.15 0.24 0.22 0.23 0.29 0.24 0.25 0.22 0.19 0.17 0.29 0.27 0.15 0.38 0.32 0.26 0.11 0.27 0.10 0.13
C6 0.12 0.27 0.30 0.35 0.32 0.09 0.26 0.09 0.20 0.21 0.32 0.26 0.46 0.70 0.35 0.20 0.06 0.16 0.05 0.07
N1 0.11 0.26 0.30 0.35 0.32 0.08 0.25 0.08 0.19 0.19 0.32 0.26 0.45 0.72 0.35 0.20 0.06 0.16 0.05 0.07
N3 0.18 0.54 0.25 0.29 0.66 0.14 0.53 0.13 0.39 0.39 0.66 0.54 0.44 0.64 0.73 0.19 0.09 0.21 0.07 0.10
O2 0.12 0.37 0.29 0.33 0.46 0.10 0.36 0.09 0.26 0.26 0.46 0.37 0.44 0.70 0.52 0.19 0.07 0.17 0.05 0.08
O2' 0.15 0.17 0.26 0.30 0.16 0.10 0.14 0.12 0.13 0.15 0.18 0.20 0.30 0.59 0.17 0.23 0.10 0.18 0.11 0.12
O3' 0.26 0.26 0.18 0.16 0.23 0.23 0.21 0.21 0.20 0.23 0.26 0.31 0.16 0.35 0.24 0.34 0.13 0.27 0.12 0.16
O4 0.27 0.78 0.21 0.22 0.94 0.19 0.77 0.18 0.58 0.57 0.94 0.75 0.38 0.50 1.03 0.19 0.13 0.28 0.10 0.14
O4' 0.10 0.12 0.33 0.38 0.13 0.07 0.13 0.09 0.12 0.11 0.12 0.12 0.36 0.71 0.13 0.20 0.10 0.15 0.10 0.08
O5' 0.63 0.54 0.48 0.22 0.34 0.46 0.27 0.24 0.32 0.48 0.46 0.66 0.72 0.07 0.32 0.61 0.12 0.16 0.09 0.13
OP1 0.16 0.18 0.08 0.25 0.44 0.49 0.57 0.85 0.51 0.28 0.28 0.12 0.35 0.08 0.47 0.40 0.81 0.79 0.72 0.80
OP2 0.51 0.50 0.60 0.15 0.33 0.08 0.33 0.34 0.28 0.38 0.41 0.70 1.03 0.06 0.34 0.27 0.48 0.58 0.57 0.54
P 0.23 0.19 0.29 0.02 0.13 0.08 0.19 0.31 0.13 0.10 0.14 0.33 0.56 0.01 0.15 0.10 0.34 0.32 0.33 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.04 0.16 0.12
C2 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.16 0.01 0.03 0.13 0.19 0.35 0.26
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.08 0.14 0.02 0.10 0.05 0.01 0.03 0.12 0.05 0.03
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.07 0.06 0.11 0.13 0.02 0.01 0.10 0.01 0.05 0.18 0.10 0.10
C4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.01 0.18 0.35 0.51 0.36
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.03 0.18 0.35 0.50 0.36
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.04 0.04 0.10 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.16 0.25 0.37 0.29
N1 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.01 0.11 0.16 0.30 0.22
N3 0.01 0.00 0.08 0.11 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.01 0.03 0.16 0.27 0.44 0.32
O2 0.01 0.00 0.14 0.13 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.21 0.01 0.04 0.12 0.14 0.31 0.22
O2' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.09 0.00 0.18 0.03 0.03 0.02 0.12 0.05 0.03
O3' 0.06 0.16 0.10 0.01 0.12 0.01 0.08 0.10 0.07 0.09 0.16 0.21 0.18 0.00 0.12 0.02 0.17 0.43 0.28 0.29
O4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.02 0.19 0.40 0.55 0.39
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.08 0.17 0.14
O5' 0.04 0.13 0.03 0.05 0.18 0.01 0.18 0.00 0.16 0.11 0.16 0.12 0.02 0.17 0.19 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.04 0.19 0.12 0.18 0.35 0.07 0.35 0.06 0.25 0.16 0.27 0.14 0.12 0.43 0.40 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.35 0.05 0.10 0.51 0.04 0.50 0.01 0.37 0.30 0.44 0.31 0.05 0.28 0.55 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.26 0.03 0.10 0.36 0.02 0.36 0.01 0.29 0.22 0.32 0.22 0.03 0.29 0.39 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00