ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49080

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.016, 0.033, 0.051, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.014, 0.036, 0.057, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.011, 0.034, 0.057, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.034 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.015, 0.047, 0.078, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.047 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.042, 0.083, 0.124, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.083 std_dev=0.041
O4 A 0, 0.028, 0.077, 0.127, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.077 std_dev=0.049
O2' B 0, 0.278, 0.585, 0.892, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.585 std_dev=0.307
C2' B 0, 0.309, 0.717, 1.126, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.717 std_dev=0.409
O3' A 0, 0.031, 0.718, 1.405, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.718 std_dev=0.687
C3' A 0, -0.137, 0.888, 1.912, 2.499 max_d=2.499 avg_d=0.888 std_dev=1.025
O4' A 0, -0.167, 0.946, 2.059, 2.671 max_d=2.671 avg_d=0.946 std_dev=1.113
C2' A 0, -0.267, 0.933, 2.134, 2.809 max_d=2.809 avg_d=0.933 std_dev=1.200
C4' A 0, -0.195, 1.066, 2.326, 3.030 max_d=3.030 avg_d=1.066 std_dev=1.261
C3' B 0, 0.116, 1.551, 2.986, 3.269 max_d=3.269 avg_d=1.551 std_dev=1.435
C1' B 0, 0.312, 2.063, 3.814, 4.140 max_d=4.140 avg_d=2.063 std_dev=1.751
O3' B 0, -0.069, 1.914, 3.897, 4.338 max_d=4.338 avg_d=1.914 std_dev=1.983
O2' A 0, -0.449, 1.564, 3.577, 4.699 max_d=4.699 avg_d=1.564 std_dev=2.013
C4' B 0, 0.165, 2.523, 4.882, 5.291 max_d=5.291 avg_d=2.523 std_dev=2.359
N1 B 0, 0.194, 2.652, 5.111, 5.533 max_d=5.533 avg_d=2.652 std_dev=2.459
O4' B 0, 0.265, 2.753, 5.241, 5.680 max_d=5.680 avg_d=2.753 std_dev=2.488
C6 B 0, 0.180, 2.671, 5.163, 6.437 max_d=6.437 avg_d=2.671 std_dev=2.492
C5' A 0, -0.510, 2.034, 4.578, 6.014 max_d=6.014 avg_d=2.034 std_dev=2.544
O5' B 0, 0.086, 3.023, 5.960, 6.512 max_d=6.512 avg_d=3.023 std_dev=2.937
C5' B 0, 0.160, 3.185, 6.209, 6.922 max_d=6.922 avg_d=3.185 std_dev=3.025
O5' A 0, -0.543, 2.551, 5.644, 7.283 max_d=7.283 avg_d=2.551 std_dev=3.093
OP2 B 0, -0.099, 3.021, 6.141, 7.801 max_d=7.801 avg_d=3.021 std_dev=3.120
C5 B 0, 0.206, 3.375, 6.544, 8.044 max_d=8.044 avg_d=3.375 std_dev=3.169
C2 B 0, 0.186, 3.463, 6.739, 7.485 max_d=7.485 avg_d=3.463 std_dev=3.277
O2 B 0, 0.246, 3.617, 6.989, 8.005 max_d=8.005 avg_d=3.617 std_dev=3.371
P B 0, -0.113, 3.512, 7.138, 7.894 max_d=7.894 avg_d=3.512 std_dev=3.625
C4 B 0, 0.251, 4.294, 8.337, 9.295 max_d=9.295 avg_d=4.294 std_dev=4.043
N3 B 0, 0.204, 4.284, 8.363, 9.146 max_d=9.146 avg_d=4.284 std_dev=4.080
P A 0, -0.845, 3.451, 7.747, 10.106 max_d=10.106 avg_d=3.451 std_dev=4.296
OP1 B 0, 0.012, 4.584, 9.157, 10.450 max_d=10.450 avg_d=4.584 std_dev=4.572
O4 B 0, 0.362, 5.170, 9.978, 11.087 max_d=11.087 avg_d=5.170 std_dev=4.808
OP2 A 0, -0.781, 4.075, 8.930, 11.597 max_d=11.597 avg_d=4.075 std_dev=4.856
OP1 A 0, -0.972, 3.888, 8.748, 11.488 max_d=11.488 avg_d=3.888 std_dev=4.860

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.07 0.07 0.01 0.09 0.28 0.36 0.13
C2 0.03 0.00 0.12 0.15 0.02 0.34 0.03 0.65 0.02 0.00 0.01 0.00 0.26 0.09 0.04 0.33 0.81 1.51 0.50 0.83
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.06 0.11 0.03 0.09 0.21 0.00 0.03 0.08 0.01 0.15 0.23 0.38 0.18
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.17 0.03 0.11 0.31 0.01 0.01 0.09 0.01 0.18 0.08 0.24 0.16
C4 0.06 0.02 0.06 0.07 0.00 0.09 0.01 0.14 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.08 0.02 0.08 0.17 0.77 0.80 0.24
C4' 0.01 0.34 0.01 0.01 0.09 0.00 0.27 0.01 0.34 0.04 0.25 0.67 0.01 0.02 0.10 0.01 0.01 0.13 0.19 0.07
C5 0.04 0.03 0.08 0.14 0.01 0.27 0.00 0.45 0.01 0.02 0.02 0.03 0.20 0.14 0.03 0.26 0.54 0.27 1.47 0.87
C5' 0.03 0.65 0.06 0.01 0.14 0.01 0.45 0.00 0.55 0.08 0.52 1.24 0.06 0.04 0.16 0.02 0.01 0.22 0.34 0.02
C6 0.03 0.02 0.11 0.17 0.02 0.34 0.01 0.55 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.15 0.04 0.34 0.65 0.37 1.43 0.96
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.06 0.03 0.15 0.49 0.56 0.17
N3 0.04 0.01 0.09 0.11 0.01 0.25 0.02 0.52 0.02 0.02 0.00 0.00 0.19 0.08 0.04 0.22 0.67 1.50 0.41 0.70
O2 0.04 0.00 0.21 0.31 0.02 0.67 0.03 1.24 0.02 0.02 0.00 0.00 0.46 0.17 0.04 0.62 1.51 2.34 1.28 1.67
O2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.04 0.01 0.20 0.06 0.23 0.02 0.19 0.46 0.00 0.03 0.06 0.02 0.18 0.27 0.42 0.22
O3' 0.07 0.09 0.03 0.01 0.08 0.02 0.14 0.04 0.15 0.07 0.08 0.17 0.03 0.00 0.08 0.06 0.15 0.15 0.24 0.14
O4 0.07 0.04 0.08 0.09 0.02 0.10 0.03 0.16 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.08 0.00 0.09 0.19 0.89 0.82 0.25
O4' 0.01 0.33 0.01 0.01 0.08 0.01 0.26 0.02 0.34 0.03 0.22 0.62 0.02 0.06 0.09 0.00 0.16 0.19 0.23 0.16
O5' 0.09 0.81 0.15 0.18 0.17 0.01 0.54 0.01 0.65 0.15 0.67 1.51 0.18 0.15 0.19 0.16 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.28 1.51 0.23 0.08 0.77 0.13 0.27 0.22 0.37 0.49 1.50 2.34 0.27 0.15 0.89 0.19 0.03 0.00 0.02 0.02
OP2 0.36 0.50 0.38 0.24 0.80 0.19 1.47 0.34 1.43 0.56 0.41 1.28 0.42 0.24 0.82 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.83 0.18 0.16 0.24 0.07 0.87 0.02 0.96 0.17 0.70 1.67 0.22 0.14 0.25 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.06 2.33 0.33 0.49 2.30 0.77 1.73 1.06 1.40 1.63 2.58 2.60 0.30 0.85 2.50 0.65 0.77 1.50 0.69 0.89
C2 0.82 1.74 0.32 0.17 1.74 0.49 1.33 0.74 1.09 1.23 1.93 1.95 0.23 0.18 1.90 0.43 0.44 1.05 0.36 0.58
C2' 0.95 2.36 0.28 0.62 2.52 0.67 1.91 0.90 1.49 1.64 2.74 2.53 0.40 1.12 2.78 0.36 0.83 1.61 0.52 0.90
C3' 0.76 2.33 0.25 1.02 2.49 1.01 1.74 1.33 1.27 1.49 2.77 2.58 0.41 1.59 2.82 0.26 1.30 2.20 1.09 1.42
C4 0.47 0.92 0.26 0.33 0.94 0.27 0.78 0.39 0.66 0.68 1.01 1.03 0.20 0.59 1.01 0.24 0.18 0.46 0.26 0.21
C4' 0.25 1.75 0.63 1.50 1.70 1.57 0.93 2.00 0.53 0.86 2.08 2.17 0.70 1.96 1.98 0.54 1.99 2.92 1.85 2.16
C5 0.50 0.93 0.27 0.25 0.95 0.32 0.81 0.40 0.71 0.72 1.01 1.03 0.19 0.41 1.01 0.23 0.19 0.48 0.27 0.22
C5' 0.67 0.88 1.53 2.37 0.84 2.32 0.60 2.81 0.71 0.43 1.15 1.28 1.41 2.74 1.07 1.21 2.98 3.90 2.88 3.16
C6 0.77 1.46 0.31 0.20 1.44 0.51 1.17 0.65 1.00 1.11 1.57 1.60 0.23 0.25 1.52 0.38 0.37 0.84 0.32 0.43
N1 0.89 1.86 0.32 0.26 1.83 0.59 1.41 0.82 1.17 1.34 2.03 2.08 0.26 0.40 1.97 0.49 0.52 1.13 0.43 0.63
N3 0.63 1.31 0.28 0.22 1.33 0.35 1.04 0.55 0.86 0.94 1.46 1.47 0.19 0.34 1.45 0.30 0.27 0.75 0.23 0.38
O2 0.89 1.96 0.33 0.21 1.98 0.54 1.49 0.84 1.19 1.37 2.20 2.21 0.25 0.26 2.19 0.50 0.53 1.24 0.46 0.70
O2' 1.58 2.97 0.85 0.23 3.33 0.25 2.77 0.39 2.31 2.33 3.44 3.00 0.84 0.56 3.62 0.98 0.10 0.79 0.54 0.12
O3' 1.49 3.18 0.61 0.60 3.43 0.79 2.61 1.09 2.09 2.29 3.72 3.39 0.57 1.16 3.79 1.03 0.78 1.66 0.87 0.91
O4 0.35 0.64 0.24 0.49 0.64 0.24 0.55 0.28 0.48 0.48 0.70 0.76 0.24 0.90 0.70 0.28 0.24 0.24 0.36 0.16
O4' 0.39 1.70 0.44 1.19 1.55 1.42 0.89 1.81 0.57 0.90 1.93 2.12 0.56 1.53 1.77 0.59 1.66 2.46 1.51 1.80
O5' 1.10 0.74 1.95 2.64 0.76 2.44 0.93 2.80 1.10 0.87 0.85 0.89 1.79 2.96 0.81 1.46 3.05 3.80 2.89 3.18
OP1 1.98 1.25 2.69 3.44 1.75 3.24 2.32 3.78 2.42 1.91 1.27 0.68 2.13 3.35 1.64 2.39 4.25 4.91 4.39 4.45
OP2 2.64 1.77 3.59 4.00 1.88 3.57 2.43 3.78 2.66 2.39 1.57 1.35 3.29 3.96 1.63 2.77 4.26 4.78 4.12 4.34
P 2.14 1.25 2.99 3.67 1.45 3.37 2.00 3.68 2.23 1.89 1.11 0.81 2.60 3.81 1.25 2.48 4.05 4.62 3.92 4.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.15 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.33 0.03 0.01 0.26 0.44 0.09 0.21
C2 0.02 0.00 0.22 0.24 0.01 0.08 0.02 0.31 0.03 0.01 0.01 0.01 0.23 0.17 0.02 0.16 0.35 0.65 0.37 0.26
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.08 0.01 0.23 0.27 0.28 0.03 0.15 0.41 0.00 0.02 0.09 0.01 0.29 0.40 0.40 0.35
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.34 0.00 0.34 0.02 0.29 0.20 0.30 0.23 0.03 0.01 0.38 0.01 0.10 0.22 0.14 0.10
C4 0.03 0.01 0.08 0.34 0.00 0.13 0.01 0.35 0.02 0.02 0.01 0.02 0.36 0.14 0.00 0.03 0.47 0.88 0.67 0.40
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.10 0.09 0.31 0.01 0.15 0.00 0.03 0.20 0.16 0.04
C5 0.04 0.02 0.23 0.34 0.01 0.16 0.00 0.30 0.01 0.01 0.02 0.03 0.50 0.21 0.02 0.13 0.53 0.93 0.66 0.47
C5' 0.15 0.31 0.27 0.02 0.35 0.01 0.30 0.00 0.23 0.24 0.35 0.30 0.07 0.25 0.37 0.02 0.01 0.33 0.31 0.01
C6 0.04 0.03 0.28 0.29 0.02 0.15 0.01 0.23 0.00 0.01 0.02 0.04 0.48 0.16 0.02 0.18 0.50 0.83 0.45 0.42
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.02 0.07 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.12 0.02 0.02 0.38 0.66 0.30 0.30
N3 0.02 0.01 0.15 0.30 0.01 0.10 0.02 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.09 0.01 0.12 0.40 0.76 0.53 0.32
O2 0.05 0.01 0.41 0.23 0.02 0.09 0.03 0.30 0.04 0.02 0.01 0.00 0.45 0.32 0.02 0.26 0.29 0.55 0.29 0.21
O2' 0.02 0.23 0.00 0.03 0.36 0.31 0.50 0.07 0.48 0.19 0.25 0.45 0.00 0.02 0.38 0.21 0.19 0.34 0.45 0.27
O3' 0.33 0.17 0.02 0.01 0.14 0.01 0.21 0.25 0.16 0.12 0.09 0.32 0.02 0.00 0.19 0.27 0.29 0.63 0.29 0.34
O4 0.03 0.02 0.09 0.38 0.00 0.15 0.02 0.37 0.02 0.02 0.01 0.02 0.38 0.19 0.00 0.04 0.50 0.92 0.78 0.44
O4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.03 0.00 0.13 0.02 0.18 0.02 0.12 0.26 0.21 0.27 0.04 0.00 0.34 0.41 0.29 0.32
O5' 0.26 0.35 0.29 0.10 0.47 0.03 0.53 0.01 0.50 0.38 0.40 0.29 0.19 0.29 0.50 0.34 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.44 0.65 0.40 0.22 0.88 0.20 0.93 0.33 0.83 0.66 0.76 0.55 0.34 0.63 0.92 0.41 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.37 0.40 0.14 0.67 0.16 0.66 0.31 0.45 0.30 0.53 0.29 0.45 0.29 0.78 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.26 0.35 0.10 0.40 0.04 0.47 0.01 0.42 0.30 0.32 0.21 0.27 0.34 0.44 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00