ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49081

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.015, 0.032, 0.050, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.013, 0.040, 0.068, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.028
N1 A 0, 0.020, 0.048, 0.076, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.048 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.019, 0.048, 0.077, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.048 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.013, 0.044, 0.076, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.044 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.018, 0.059, 0.101, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.059 std_dev=0.042
O4 A 0, 0.026, 0.083, 0.141, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.083 std_dev=0.058
O2 A 0, 0.020, 0.092, 0.163, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.092 std_dev=0.072
O2' B 0, 0.500, 0.879, 1.259, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.879 std_dev=0.380
C2' B 0, 0.333, 0.754, 1.175, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.754 std_dev=0.421
C2' A 0, 0.097, 0.741, 1.384, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.741 std_dev=0.643
O4' A 0, 0.031, 0.745, 1.459, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.745 std_dev=0.714
C3' A 0, 0.237, 1.102, 1.966, 2.421 max_d=2.421 avg_d=1.102 std_dev=0.865
O3' A 0, 0.500, 1.449, 2.398, 2.895 max_d=2.895 avg_d=1.449 std_dev=0.949
C1' B 0, 1.074, 2.048, 3.022, 3.077 max_d=3.077 avg_d=2.048 std_dev=0.974
O2' A 0, 0.071, 1.077, 2.083, 2.667 max_d=2.667 avg_d=1.077 std_dev=1.006
C3' B 0, 1.304, 2.316, 3.329, 3.071 max_d=3.071 avg_d=2.316 std_dev=1.012
C4' A 0, 0.091, 1.151, 2.211, 2.861 max_d=2.861 avg_d=1.151 std_dev=1.060
C4' B 0, 1.356, 2.755, 4.153, 4.474 max_d=4.474 avg_d=2.755 std_dev=1.398
N1 B 0, 2.122, 3.597, 5.072, 4.438 max_d=4.438 avg_d=3.597 std_dev=1.475
C5' A 0, 0.255, 1.824, 3.392, 4.551 max_d=4.551 avg_d=1.824 std_dev=1.568
O4' B 0, 0.552, 2.179, 3.807, 4.597 max_d=4.597 avg_d=2.179 std_dev=1.627
O3' B 0, 2.302, 3.962, 5.621, 5.177 max_d=5.177 avg_d=3.962 std_dev=1.659
C6 B 0, 2.369, 4.129, 5.888, 5.427 max_d=5.427 avg_d=4.129 std_dev=1.760
C2 B 0, 3.102, 5.250, 7.399, 6.311 max_d=6.311 avg_d=5.250 std_dev=2.149
C5' B 0, 2.233, 4.489, 6.745, 7.257 max_d=7.257 avg_d=4.489 std_dev=2.256
O2 B 0, 3.325, 5.669, 8.014, 7.247 max_d=7.247 avg_d=5.669 std_dev=2.344
O5' A 0, 0.276, 2.731, 5.186, 6.980 max_d=6.980 avg_d=2.731 std_dev=2.455
C5 B 0, 3.135, 5.723, 8.312, 7.852 max_d=7.852 avg_d=5.723 std_dev=2.588
O5' B 0, 2.758, 5.506, 8.253, 8.952 max_d=8.952 avg_d=5.506 std_dev=2.747
N3 B 0, 4.023, 6.828, 9.634, 8.325 max_d=8.325 avg_d=6.828 std_dev=2.805
C4 B 0, 4.024, 7.069, 10.115, 9.274 max_d=9.274 avg_d=7.069 std_dev=3.045
P A 0, 0.296, 3.495, 6.694, 8.773 max_d=8.773 avg_d=3.495 std_dev=3.199
P B 0, 3.399, 6.741, 10.083, 10.800 max_d=10.800 avg_d=6.741 std_dev=3.342
OP1 B 0, 4.659, 8.227, 11.794, 11.609 max_d=11.609 avg_d=8.227 std_dev=3.567
OP1 A 0, 0.505, 4.120, 7.735, 9.788 max_d=9.788 avg_d=4.120 std_dev=3.615
OP2 A 0, 0.661, 4.399, 8.136, 10.812 max_d=10.812 avg_d=4.399 std_dev=3.738
O4 B 0, 4.885, 8.689, 12.492, 11.596 max_d=11.596 avg_d=8.689 std_dev=3.804
OP2 B 0, 3.293, 7.156, 11.019, 12.363 max_d=12.363 avg_d=7.156 std_dev=3.863

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.10 0.02 0.01 0.06 0.11 0.02 0.34 0.05 0.01 0.19 0.34 0.51 0.22
C2 0.07 0.00 0.25 0.23 0.02 0.18 0.02 0.28 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.21 0.03 0.34 0.23 0.73 0.48 0.15
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.22 0.25 0.01 0.18 0.42 0.01 0.04 0.03 0.03 0.26 0.42 0.47 0.21
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.34 0.01 0.33 0.01 0.26 0.21 0.30 0.17 0.01 0.01 0.37 0.02 0.39 0.45 0.51 0.31
C4 0.04 0.02 0.02 0.34 0.00 0.13 0.01 0.26 0.02 0.03 0.01 0.02 0.37 0.14 0.00 0.05 0.56 0.28 1.30 0.80
C4' 0.03 0.18 0.02 0.01 0.13 0.00 0.29 0.01 0.31 0.08 0.13 0.40 0.30 0.02 0.14 0.01 0.04 0.39 0.57 0.23
C5 0.01 0.02 0.18 0.33 0.01 0.29 0.00 0.42 0.01 0.02 0.02 0.02 0.60 0.13 0.01 0.21 0.86 0.50 1.74 1.22
C5' 0.10 0.28 0.22 0.01 0.26 0.01 0.42 0.00 0.40 0.15 0.25 0.51 0.12 0.22 0.27 0.03 0.01 0.34 0.39 0.02
C6 0.02 0.02 0.25 0.26 0.02 0.31 0.01 0.40 0.00 0.01 0.03 0.04 0.60 0.09 0.02 0.30 0.83 0.46 1.51 1.12
N1 0.01 0.02 0.01 0.21 0.03 0.08 0.02 0.15 0.01 0.00 0.03 0.04 0.21 0.15 0.03 0.02 0.38 0.29 0.78 0.47
N3 0.06 0.01 0.18 0.30 0.01 0.13 0.02 0.25 0.03 0.03 0.00 0.02 0.12 0.17 0.02 0.26 0.30 0.62 0.72 0.33
O2 0.11 0.01 0.42 0.17 0.02 0.40 0.02 0.51 0.04 0.04 0.02 0.00 0.41 0.33 0.03 0.59 0.47 1.17 0.55 0.47
O2' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.37 0.30 0.60 0.12 0.60 0.21 0.12 0.41 0.00 0.05 0.39 0.22 0.30 0.12 0.53 0.29
O3' 0.34 0.21 0.04 0.01 0.14 0.02 0.13 0.22 0.09 0.15 0.17 0.33 0.05 0.00 0.17 0.22 0.39 0.47 0.62 0.35
O4 0.05 0.03 0.03 0.37 0.00 0.14 0.01 0.27 0.02 0.03 0.02 0.03 0.39 0.17 0.00 0.06 0.59 0.31 1.41 0.86
O4' 0.01 0.34 0.03 0.02 0.05 0.01 0.21 0.03 0.30 0.02 0.26 0.59 0.22 0.22 0.06 0.00 0.18 0.36 0.54 0.24
O5' 0.19 0.23 0.26 0.39 0.56 0.04 0.86 0.01 0.83 0.38 0.30 0.47 0.30 0.39 0.59 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02
OP1 0.34 0.73 0.42 0.45 0.28 0.39 0.50 0.34 0.46 0.29 0.62 1.17 0.12 0.47 0.31 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.48 0.47 0.51 1.30 0.57 1.74 0.39 1.51 0.78 0.72 0.55 0.53 0.62 1.41 0.54 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.15 0.21 0.31 0.80 0.23 1.22 0.02 1.12 0.47 0.33 0.47 0.29 0.35 0.86 0.24 0.02 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.96 0.53 0.13 0.27 0.77 1.12 1.11 1.41 1.19 0.90 0.53 0.35 0.25 0.36 0.71 1.57 1.41 2.21 1.58 1.72
C2 0.55 0.52 0.23 0.18 0.61 1.01 0.30 1.22 0.37 0.25 0.78 0.73 0.21 0.23 0.83 1.20 0.97 1.66 1.04 1.20
C2' 1.61 1.24 0.55 0.71 1.60 1.66 1.97 2.00 2.01 1.64 1.27 0.84 0.28 0.16 1.53 2.24 2.07 2.95 2.22 2.43
C3' 1.11 1.02 0.14 0.17 1.50 0.94 1.73 1.25 1.64 1.28 1.17 0.66 0.40 0.75 1.53 1.62 1.42 2.27 1.61 1.79
C4 0.23 0.97 0.35 0.16 1.18 0.87 0.74 0.98 0.38 0.43 1.30 1.07 0.23 0.19 1.41 0.87 0.60 1.12 0.63 0.77
C4' 0.86 0.90 0.26 0.33 1.31 0.61 1.45 0.85 1.34 1.05 1.06 0.62 0.54 0.96 1.36 1.26 1.03 1.75 1.20 1.33
C5 0.61 0.32 0.19 0.19 0.34 1.02 0.21 1.15 0.38 0.25 0.48 0.50 0.19 0.23 0.48 1.23 0.91 1.36 0.96 1.06
C5' 0.87 1.23 0.41 0.58 1.66 0.44 1.64 0.57 1.43 1.20 1.47 1.01 0.67 1.28 1.79 1.09 0.85 1.35 0.94 1.04
C6 0.91 0.33 0.12 0.25 0.45 1.11 0.77 1.32 0.92 0.71 0.29 0.26 0.20 0.29 0.36 1.52 1.22 1.79 1.32 1.43
N1 0.83 0.29 0.13 0.24 0.37 1.11 0.67 1.34 0.83 0.62 0.31 0.36 0.19 0.27 0.34 1.46 1.22 1.90 1.33 1.47
N3 0.30 0.94 0.32 0.16 1.17 0.91 0.68 1.06 0.33 0.37 1.30 1.07 0.22 0.20 1.45 0.95 0.70 1.33 0.74 0.91
O2 0.54 0.57 0.23 0.18 0.69 1.01 0.34 1.24 0.37 0.27 0.85 0.77 0.21 0.24 0.94 1.19 0.98 1.75 1.07 1.25
O2' 2.02 1.51 0.98 1.28 1.98 2.28 2.47 2.75 2.52 2.04 1.54 1.01 0.62 0.68 1.89 2.79 2.84 3.85 3.13 3.28
O3' 1.20 1.05 0.17 0.22 1.54 1.11 1.82 1.45 1.74 1.35 1.18 0.67 0.31 0.68 1.56 1.77 1.60 2.49 1.87 2.00
O4 0.20 1.50 0.50 0.23 1.89 0.69 1.41 0.75 0.96 0.94 1.94 1.46 0.28 0.22 2.15 0.50 0.33 0.85 0.37 0.53
O4' 0.66 0.51 0.32 0.30 0.79 0.58 0.99 0.80 0.98 0.72 0.58 0.35 0.55 0.82 0.79 1.10 0.89 1.60 1.06 1.17
O5' 0.43 0.86 0.93 1.14 1.32 0.55 1.21 0.45 0.94 0.74 1.17 0.70 1.28 1.92 1.52 0.48 0.38 0.61 0.26 0.39
OP1 0.39 0.79 1.05 1.39 1.24 0.99 1.07 1.01 0.82 0.62 1.13 0.66 1.34 2.13 1.45 0.32 0.68 0.45 0.55 0.58
OP2 1.47 0.88 2.45 2.83 0.73 2.24 0.86 2.20 1.06 1.12 0.70 0.89 2.74 3.68 0.72 1.41 1.91 1.43 1.75 1.71
P 0.73 0.40 1.66 1.97 0.78 1.45 0.70 1.38 0.59 0.49 0.64 0.28 2.01 2.76 0.99 0.66 1.06 0.63 0.91 0.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.13 0.44 0.12 0.12
C2 0.02 0.00 0.09 0.08 0.02 0.04 0.02 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.04 0.22 0.69 0.35 0.23
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.09 0.01 0.07 0.17 0.00 0.01 0.04 0.01 0.11 0.21 0.14 0.11
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.08 0.13 0.01 0.00 0.06 0.01 0.13 0.19 0.21 0.10
C4 0.04 0.02 0.04 0.06 0.00 0.08 0.01 0.16 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.06 0.01 0.09 0.40 0.94 0.75 0.44
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.03 0.05 0.08 0.05 0.02 0.10 0.01 0.02 0.14 0.23 0.08
C5 0.05 0.02 0.08 0.07 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.10 0.03 0.14 0.46 0.99 0.83 0.52
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.16 0.08 0.10 0.11 0.04 0.02 0.18 0.02 0.01 0.18 0.40 0.02
C6 0.05 0.03 0.09 0.09 0.02 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.03 0.03 0.08 0.11 0.03 0.14 0.42 0.83 0.63 0.42
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.26 0.65 0.36 0.23
N3 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.03 0.10 0.03 0.02 0.00 0.04 0.07 0.09 0.02 0.03 0.30 0.82 0.54 0.31
O2 0.06 0.01 0.17 0.13 0.03 0.08 0.03 0.11 0.03 0.03 0.04 0.00 0.15 0.17 0.05 0.12 0.16 0.66 0.24 0.26
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.05 0.07 0.04 0.08 0.02 0.07 0.15 0.00 0.03 0.05 0.03 0.05 0.31 0.14 0.16
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.02 0.10 0.02 0.11 0.02 0.09 0.17 0.03 0.00 0.06 0.02 0.10 0.44 0.33 0.10
O4 0.04 0.03 0.04 0.06 0.01 0.10 0.03 0.18 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.06 0.00 0.10 0.44 1.02 0.86 0.50
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.01 0.14 0.02 0.14 0.03 0.03 0.12 0.03 0.02 0.10 0.00 0.10 0.41 0.08 0.12
O5' 0.13 0.22 0.11 0.13 0.40 0.02 0.46 0.01 0.42 0.26 0.30 0.16 0.05 0.10 0.44 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.44 0.69 0.21 0.19 0.94 0.14 0.99 0.18 0.83 0.65 0.82 0.66 0.31 0.44 1.02 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.35 0.14 0.21 0.75 0.23 0.83 0.40 0.63 0.36 0.54 0.24 0.14 0.33 0.86 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.23 0.11 0.10 0.44 0.08 0.52 0.02 0.42 0.23 0.31 0.26 0.16 0.10 0.50 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00