ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49083

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, -0.002, 0.009, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O4 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.012, 0.047, 0.081, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.047 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.106, 0.216, 0.326, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.216 std_dev=0.110
O4' A 0, 0.084, 0.196, 0.308, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.196 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.226, 0.646, 1.066, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.646 std_dev=0.420
C2' B 0, 0.295, 0.741, 1.187, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.741 std_dev=0.446
C5' A 0, 0.379, 0.867, 1.355, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.867 std_dev=0.488
C1' B 0, 0.291, 0.799, 1.306, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.799 std_dev=0.507
O2' A 0, 0.348, 0.906, 1.463, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.906 std_dev=0.558
O5' A 0, 0.451, 1.044, 1.638, 1.580 max_d=1.580 avg_d=1.044 std_dev=0.594
O2' B 0, 0.320, 0.924, 1.527, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.924 std_dev=0.603
C3' A 0, 0.322, 1.043, 1.764, 1.630 max_d=1.630 avg_d=1.043 std_dev=0.721
P A 0, 0.603, 1.573, 2.544, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.573 std_dev=0.971
OP1 A 0, 0.703, 1.874, 3.046, 2.823 max_d=2.823 avg_d=1.874 std_dev=1.171
O4' B 0, 0.498, 1.701, 2.905, 2.788 max_d=2.788 avg_d=1.701 std_dev=1.204
OP2 A 0, 0.654, 1.951, 3.248, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.951 std_dev=1.297
C3' B 0, 0.503, 1.849, 3.195, 3.120 max_d=3.120 avg_d=1.849 std_dev=1.346
O3' A 0, 0.445, 1.883, 3.321, 3.065 max_d=3.065 avg_d=1.883 std_dev=1.438
O3' B 0, 0.634, 2.288, 3.941, 3.728 max_d=3.728 avg_d=2.288 std_dev=1.654
N1 B 0, 0.630, 2.440, 4.249, 3.965 max_d=3.965 avg_d=2.440 std_dev=1.809
C4' B 0, 0.651, 2.774, 4.896, 4.670 max_d=4.670 avg_d=2.774 std_dev=2.122
C6 B 0, 0.972, 3.489, 6.005, 5.602 max_d=5.602 avg_d=3.489 std_dev=2.517
C2 B 0, 0.773, 3.462, 6.151, 5.789 max_d=5.789 avg_d=3.462 std_dev=2.689
O2 B 0, 0.818, 3.633, 6.449, 6.058 max_d=6.058 avg_d=3.633 std_dev=2.815
C5' B 0, 0.940, 4.325, 7.709, 7.258 max_d=7.258 avg_d=4.325 std_dev=3.384
C5 B 0, 1.294, 4.892, 8.490, 7.847 max_d=7.847 avg_d=4.892 std_dev=3.598
N3 B 0, 1.142, 4.917, 8.693, 8.142 max_d=8.142 avg_d=4.917 std_dev=3.776
O5' B 0, 1.120, 5.012, 8.903, 8.311 max_d=8.311 avg_d=5.012 std_dev=3.892
C4 B 0, 1.364, 5.572, 9.779, 9.092 max_d=9.092 avg_d=5.572 std_dev=4.207
P B 0, 1.536, 6.415, 11.294, 10.585 max_d=10.585 avg_d=6.415 std_dev=4.879
OP2 B 0, 1.655, 6.809, 11.964, 11.221 max_d=11.221 avg_d=6.809 std_dev=5.155
O4 B 0, 1.694, 6.955, 12.217, 11.351 max_d=11.351 avg_d=6.955 std_dev=5.261
OP1 B 0, 1.685, 7.045, 12.406, 11.781 max_d=11.781 avg_d=7.045 std_dev=5.361

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.21 0.03 0.00 0.12 0.13 0.19 0.14
C2 0.02 0.00 0.10 0.20 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.12 0.01 0.05 0.15 0.19 0.32 0.26
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.12 0.08 0.03 0.08 0.17 0.00 0.00 0.05 0.01 0.28 0.40 0.45 0.33
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.39 0.01 0.44 0.01 0.40 0.24 0.29 0.12 0.01 0.01 0.41 0.02 0.08 0.18 0.10 0.08
C4 0.03 0.01 0.05 0.39 0.00 0.18 0.00 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.28 0.25 0.00 0.03 0.30 0.41 0.52 0.42
C4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.18 0.00 0.23 0.00 0.22 0.11 0.11 0.01 0.27 0.01 0.18 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.44 0.00 0.23 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.38 0.01 0.05 0.33 0.42 0.49 0.41
C5' 0.03 0.08 0.12 0.01 0.22 0.00 0.27 0.00 0.23 0.11 0.15 0.03 0.14 0.17 0.24 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.40 0.01 0.22 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.31 0.01 0.06 0.26 0.29 0.32 0.31
N1 0.02 0.00 0.03 0.24 0.02 0.11 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.05 0.02 0.02 0.15 0.17 0.25 0.23
N3 0.02 0.00 0.08 0.29 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.09 0.01 0.04 0.23 0.31 0.44 0.35
O2 0.03 0.00 0.17 0.12 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.32 0.02 0.07 0.12 0.14 0.29 0.22
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.28 0.27 0.25 0.14 0.20 0.16 0.26 0.16 0.00 0.03 0.31 0.20 0.14 0.25 0.45 0.21
O3' 0.21 0.12 0.00 0.01 0.25 0.01 0.38 0.17 0.31 0.05 0.09 0.32 0.03 0.00 0.28 0.14 0.26 0.28 0.27 0.27
O4 0.03 0.01 0.05 0.41 0.00 0.18 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.31 0.28 0.00 0.03 0.33 0.48 0.60 0.46
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.04 0.07 0.20 0.14 0.03 0.00 0.10 0.10 0.17 0.16
O5' 0.12 0.15 0.28 0.08 0.30 0.01 0.33 0.00 0.26 0.15 0.23 0.12 0.14 0.26 0.33 0.10 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.13 0.19 0.40 0.18 0.41 0.06 0.42 0.03 0.29 0.17 0.31 0.14 0.25 0.28 0.48 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.32 0.45 0.10 0.52 0.03 0.49 0.01 0.32 0.25 0.44 0.29 0.45 0.27 0.60 0.17 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.26 0.33 0.08 0.42 0.03 0.41 0.01 0.31 0.23 0.35 0.22 0.21 0.27 0.46 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 1.37 0.52 0.34 2.71 0.26 2.86 0.97 2.23 1.44 2.02 0.74 0.25 0.34 3.03 0.41 1.66 2.44 1.09 1.93
C2 0.53 1.91 0.42 0.12 3.24 0.38 2.96 0.07 2.15 1.60 2.70 1.44 0.10 0.71 3.71 0.09 0.57 1.23 0.44 0.58
C2' 0.55 1.17 0.53 0.53 2.54 0.56 2.86 1.37 2.29 1.38 1.78 0.47 0.40 0.16 2.81 0.60 2.17 3.17 1.77 2.63
C3' 1.14 1.40 1.17 1.33 2.56 1.43 2.99 2.34 2.65 1.78 1.85 0.69 0.27 0.69 2.70 1.34 3.14 3.85 2.77 3.55
C4 0.39 1.93 0.26 0.51 2.67 0.95 2.17 0.80 1.54 1.37 2.55 1.73 0.10 1.02 2.99 0.37 0.49 0.13 1.66 0.72
C4' 0.86 1.13 0.90 1.03 2.27 1.10 2.65 2.00 2.29 1.48 1.58 0.48 0.08 0.33 2.45 1.02 2.67 3.25 2.41 3.02
C5 0.37 1.55 0.29 0.33 2.19 0.68 1.95 0.39 1.50 1.24 2.01 1.28 0.02 0.89 2.39 0.23 0.04 0.43 0.95 0.17
C5' 0.78 0.78 0.87 1.13 1.70 1.20 2.12 2.08 1.91 1.19 1.10 0.38 0.12 0.48 1.81 1.01 2.63 2.95 2.40 2.85
C6 0.45 1.39 0.42 0.07 2.30 0.22 2.28 0.28 1.82 1.32 1.90 0.94 0.15 0.61 2.50 0.11 0.80 1.29 0.14 0.80
N1 0.52 1.60 0.47 0.11 2.81 0.13 2.78 0.43 2.14 1.50 2.25 1.07 0.16 0.55 3.13 0.20 1.02 1.67 0.23 1.11
N3 0.47 2.05 0.34 0.35 3.18 0.73 2.67 0.51 1.89 1.55 2.84 1.72 0.06 0.89 3.64 0.22 0.11 0.44 1.28 0.27
O2 0.56 1.96 0.45 0.08 3.46 0.30 3.17 0.16 2.27 1.66 2.83 1.46 0.12 0.66 4.06 0.14 0.72 1.47 0.27 0.78
O2' 0.27 0.88 0.32 0.35 2.30 0.36 2.58 1.19 1.96 1.06 1.52 0.24 0.60 0.28 2.64 0.33 2.02 3.16 1.79 2.59
O3' 1.49 1.62 1.50 1.79 2.76 1.98 3.24 3.01 2.94 2.06 2.05 0.91 0.51 1.14 2.89 1.82 3.78 4.61 3.71 4.43
O4 0.30 1.96 0.17 0.75 2.48 1.28 1.80 1.35 1.20 1.22 2.55 1.96 0.20 1.18 2.83 0.59 1.19 0.90 2.50 1.55
O4' 0.59 1.17 0.60 0.52 2.37 0.47 2.60 1.24 2.11 1.34 1.72 0.56 0.19 0.29 2.64 0.54 1.86 2.48 1.42 2.11
O5' 0.61 0.64 0.75 0.96 1.38 0.92 1.72 1.65 1.57 0.97 0.89 0.41 0.11 0.36 1.45 0.75 2.16 2.37 1.75 2.24
OP1 0.44 0.44 0.64 1.21 0.43 1.18 0.89 1.89 0.91 0.44 0.35 0.96 0.25 0.83 0.39 0.75 2.19 2.27 2.11 2.29
OP2 0.17 0.49 0.16 0.42 0.26 0.26 0.44 0.73 0.40 0.17 0.39 0.92 0.15 0.15 0.28 0.11 1.08 1.20 0.77 1.10
P 0.29 0.35 0.45 0.77 0.63 0.70 0.98 1.33 0.91 0.44 0.35 0.75 0.14 0.33 0.65 0.46 1.70 1.84 1.45 1.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.31 0.03 0.00 0.48 0.86 0.10 0.52
C2 0.03 0.00 0.15 0.25 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.14 0.01 0.11 0.49 1.13 0.30 0.73
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.03 0.01 0.15 0.17 0.18 0.02 0.09 0.28 0.00 0.03 0.02 0.01 0.50 0.72 0.14 0.49
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.33 0.00 0.30 0.01 0.23 0.19 0.31 0.21 0.01 0.01 0.36 0.01 0.04 0.09 0.21 0.07
C4 0.03 0.01 0.03 0.33 0.00 0.16 0.00 0.28 0.01 0.02 0.00 0.01 0.38 0.10 0.00 0.05 0.53 1.33 0.57 0.97
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.16 0.00 0.18 0.01 0.16 0.09 0.13 0.05 0.25 0.02 0.18 0.00 0.02 0.19 0.29 0.09
C5 0.03 0.01 0.15 0.30 0.00 0.18 0.00 0.28 0.01 0.02 0.01 0.01 0.39 0.13 0.00 0.02 0.58 1.36 0.62 1.03
C5' 0.02 0.15 0.17 0.01 0.28 0.01 0.28 0.00 0.22 0.13 0.22 0.10 0.06 0.15 0.31 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.23 0.01 0.16 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.08 0.01 0.06 0.62 1.28 0.50 0.95
N1 0.02 0.00 0.02 0.19 0.02 0.09 0.02 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.12 0.02 0.03 0.54 1.11 0.31 0.75
N3 0.03 0.00 0.09 0.31 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.07 0.01 0.10 0.50 1.24 0.43 0.85
O2 0.04 0.00 0.28 0.21 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.33 0.26 0.02 0.16 0.43 1.04 0.20 0.62
O2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.38 0.25 0.39 0.06 0.33 0.23 0.35 0.33 0.00 0.01 0.41 0.22 0.24 0.47 0.34 0.17
O3' 0.31 0.14 0.03 0.01 0.10 0.02 0.13 0.15 0.08 0.12 0.07 0.26 0.01 0.00 0.13 0.21 0.51 0.36 0.71 0.61
O4 0.03 0.01 0.02 0.36 0.00 0.18 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01 0.02 0.41 0.13 0.00 0.06 0.51 1.34 0.63 1.00
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03 0.10 0.16 0.22 0.21 0.06 0.00 0.37 0.74 0.15 0.39
O5' 0.48 0.49 0.50 0.04 0.53 0.02 0.58 0.01 0.62 0.54 0.50 0.43 0.24 0.51 0.51 0.37 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.86 1.13 0.72 0.09 1.33 0.19 1.36 0.06 1.28 1.11 1.24 1.04 0.47 0.36 1.34 0.74 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.30 0.14 0.21 0.57 0.29 0.62 0.03 0.50 0.31 0.43 0.20 0.34 0.71 0.63 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.52 0.73 0.49 0.07 0.97 0.09 1.03 0.01 0.95 0.75 0.85 0.62 0.17 0.61 1.00 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00