ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49085

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.016, 0.032, 0.049, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.032 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.033 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.034, 0.068, 0.102, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.068 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.097, 0.195, 0.292, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.195 std_dev=0.098
O4' A 0, 0.180, 0.413, 0.647, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.413 std_dev=0.233
C2' A 0, 0.132, 0.374, 0.616, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.374 std_dev=0.242
O2' A 0, 0.043, 0.351, 0.659, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.351 std_dev=0.308
O2' B 0, 0.213, 0.527, 0.842, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.527 std_dev=0.314
C4' A 0, 0.282, 0.621, 0.960, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.621 std_dev=0.339
C3' A 0, 0.272, 0.635, 0.998, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.635 std_dev=0.363
O3' A 0, 0.376, 0.856, 1.336, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.856 std_dev=0.480
C5' A 0, 0.436, 1.071, 1.707, 1.846 max_d=1.846 avg_d=1.071 std_dev=0.635
O5' A 0, 0.481, 1.198, 1.915, 2.162 max_d=2.162 avg_d=1.198 std_dev=0.717
C2' B 0, 0.471, 1.268, 2.065, 2.061 max_d=2.061 avg_d=1.268 std_dev=0.797
P A 0, 0.616, 1.522, 2.428, 2.706 max_d=2.706 avg_d=1.522 std_dev=0.906
C1' B 0, 0.879, 2.027, 3.175, 3.500 max_d=3.500 avg_d=2.027 std_dev=1.148
OP2 A 0, 0.280, 1.468, 2.655, 3.589 max_d=3.589 avg_d=1.468 std_dev=1.188
C3' B 0, 1.373, 2.839, 4.305, 3.928 max_d=3.928 avg_d=2.839 std_dev=1.466
OP1 A 0, 0.787, 2.449, 4.111, 4.332 max_d=4.332 avg_d=2.449 std_dev=1.662
O3' B 0, 1.689, 3.407, 5.125, 4.683 max_d=4.683 avg_d=3.407 std_dev=1.718
O4' B 0, 1.434, 3.174, 4.913, 5.156 max_d=5.156 avg_d=3.174 std_dev=1.739
N1 B 0, 1.870, 3.756, 5.643, 4.923 max_d=4.923 avg_d=3.756 std_dev=1.887
C4' B 0, 1.929, 3.895, 5.861, 5.311 max_d=5.311 avg_d=3.895 std_dev=1.966
C2 B 0, 2.359, 4.731, 7.103, 6.175 max_d=6.175 avg_d=4.731 std_dev=2.372
O2 B 0, 2.302, 4.709, 7.116, 6.827 max_d=6.827 avg_d=4.709 std_dev=2.407
C6 B 0, 2.485, 5.136, 7.787, 7.042 max_d=7.042 avg_d=5.136 std_dev=2.651
C5' B 0, 2.998, 6.014, 9.030, 7.947 max_d=7.947 avg_d=6.014 std_dev=3.016
N3 B 0, 3.229, 6.496, 9.762, 8.576 max_d=8.576 avg_d=6.496 std_dev=3.267
O5' B 0, 3.202, 6.471, 9.740, 8.491 max_d=8.491 avg_d=6.471 std_dev=3.269
C5 B 0, 3.130, 6.659, 10.189, 9.307 max_d=9.307 avg_d=6.659 std_dev=3.530
C4 B 0, 3.522, 7.312, 11.102, 10.009 max_d=10.009 avg_d=7.312 std_dev=3.790
P B 0, 4.182, 8.526, 12.869, 11.320 max_d=11.320 avg_d=8.526 std_dev=4.343
O4 B 0, 4.246, 8.906, 13.566, 12.265 max_d=12.265 avg_d=8.906 std_dev=4.660
OP2 B 0, 4.120, 8.886, 13.652, 12.466 max_d=12.466 avg_d=8.886 std_dev=4.766
OP1 B 0, 4.930, 9.911, 14.891, 12.869 max_d=12.869 avg_d=9.911 std_dev=4.981

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.18 0.39 0.46 0.21
C2 0.02 0.00 0.17 0.19 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.21 0.02 0.08 0.39 0.85 0.39 0.36
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.05 0.01 0.11 0.05 0.14 0.01 0.12 0.29 0.00 0.02 0.06 0.01 0.26 0.48 0.22 0.19
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.08 0.01 0.06 0.05 0.10 0.05 0.17 0.28 0.02 0.01 0.09 0.01 0.33 0.59 0.11 0.28
C4 0.03 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.02 0.52 1.21 0.34 0.51
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.22 0.39 0.07
C5 0.01 0.01 0.11 0.06 0.01 0.04 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.07 0.01 0.06 0.49 1.15 0.36 0.50
C5' 0.05 0.11 0.05 0.05 0.17 0.01 0.19 0.00 0.16 0.11 0.14 0.07 0.04 0.04 0.18 0.02 0.01 0.32 0.41 0.02
C6 0.01 0.02 0.14 0.10 0.01 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.11 0.02 0.09 0.43 0.89 0.42 0.42
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.35 0.73 0.43 0.34
N3 0.02 0.00 0.12 0.17 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.20 0.03 0.06 0.47 1.06 0.36 0.44
O2 0.03 0.01 0.29 0.28 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.21 0.31 0.01 0.13 0.35 0.75 0.40 0.32
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.03 0.10 0.04 0.10 0.01 0.07 0.21 0.00 0.05 0.07 0.05 0.08 0.32 0.32 0.11
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.10 0.01 0.07 0.04 0.11 0.05 0.20 0.31 0.05 0.00 0.12 0.02 0.25 0.76 0.14 0.35
O4 0.04 0.02 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.18 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.12 0.00 0.03 0.55 1.33 0.31 0.55
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.09 0.01 0.06 0.13 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.23 0.59 0.25
O5' 0.18 0.39 0.26 0.33 0.52 0.03 0.49 0.01 0.43 0.35 0.47 0.35 0.08 0.25 0.55 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.39 0.85 0.48 0.59 1.21 0.22 1.15 0.32 0.89 0.73 1.06 0.75 0.32 0.76 1.33 0.23 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.39 0.22 0.11 0.34 0.39 0.36 0.41 0.42 0.43 0.36 0.40 0.32 0.14 0.31 0.59 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.36 0.19 0.28 0.51 0.07 0.50 0.02 0.42 0.34 0.44 0.32 0.11 0.35 0.55 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 0.87 0.42 0.55 0.78 0.84 0.56 1.10 0.50 0.57 0.96 1.09 0.14 0.65 0.87 0.65 0.90 1.22 1.15 1.07
C2 0.32 0.79 0.34 0.42 0.96 0.70 0.66 0.85 0.43 0.46 1.03 0.91 0.13 0.51 1.15 0.47 0.57 0.84 0.73 0.67
C2' 0.87 1.35 0.63 0.70 1.33 0.98 1.11 1.20 1.00 1.05 1.48 1.53 0.19 0.71 1.42 0.95 1.09 1.33 1.39 1.27
C3' 1.11 1.80 0.78 0.83 1.94 1.07 1.66 1.30 1.46 1.44 2.05 1.89 0.20 0.77 2.08 1.15 1.30 1.44 1.72 1.51
C4 0.31 1.02 0.34 0.37 1.47 0.55 1.18 0.53 0.84 0.71 1.41 0.92 0.24 0.39 1.69 0.35 0.33 0.44 0.70 0.42
C4' 0.79 1.49 0.61 0.72 1.74 0.95 1.47 1.25 1.23 1.15 1.79 1.53 0.17 0.73 1.93 0.88 1.23 1.48 1.72 1.48
C5 0.37 0.65 0.34 0.38 0.77 0.62 0.55 0.61 0.35 0.40 0.80 0.78 0.15 0.45 0.90 0.47 0.32 0.46 0.54 0.39
C5' 0.82 1.63 0.62 0.75 2.06 0.93 1.76 1.22 1.43 1.28 2.05 1.55 0.24 0.75 2.32 0.89 1.28 1.45 1.88 1.55
C6 0.47 0.72 0.38 0.46 0.55 0.74 0.32 0.83 0.28 0.45 0.72 0.97 0.09 0.57 0.61 0.59 0.58 0.75 0.75 0.67
N1 0.40 0.71 0.37 0.47 0.60 0.77 0.31 0.93 0.23 0.40 0.78 0.95 0.09 0.58 0.70 0.56 0.68 0.93 0.85 0.79
N3 0.31 1.01 0.33 0.38 1.44 0.60 1.12 0.67 0.77 0.67 1.40 0.96 0.20 0.43 1.69 0.38 0.43 0.62 0.71 0.52
O2 0.32 0.83 0.33 0.43 1.03 0.72 0.71 0.90 0.47 0.48 1.09 0.94 0.12 0.52 1.24 0.48 0.63 0.96 0.79 0.75
O2' 0.79 1.30 0.58 0.66 1.35 0.95 1.11 1.22 0.98 0.99 1.47 1.45 0.16 0.69 1.48 0.89 1.13 1.46 1.48 1.35
O3' 1.27 2.07 0.86 0.91 2.40 1.16 2.07 1.40 1.78 1.70 2.44 2.07 0.23 0.79 2.63 1.32 1.49 1.61 2.00 1.74
O4 0.36 1.34 0.38 0.40 2.06 0.45 1.73 0.37 1.26 1.02 1.90 1.03 0.33 0.35 2.34 0.28 0.43 0.41 0.98 0.55
O4' 0.47 0.92 0.42 0.60 0.99 0.89 0.80 1.19 0.67 0.63 1.09 1.07 0.24 0.70 1.12 0.68 1.04 1.36 1.37 1.24
O5' 1.15 1.96 0.96 1.01 2.33 1.07 2.07 1.26 1.77 1.64 2.33 1.82 0.30 0.90 2.50 1.13 1.42 1.38 1.98 1.60
OP1 1.47 2.13 1.38 1.44 2.93 1.52 2.63 1.58 2.18 1.92 2.68 1.83 1.13 1.45 3.28 1.54 1.72 1.51 2.32 1.87
OP2 1.20 1.87 0.96 0.97 2.31 1.02 2.16 1.03 1.87 1.70 2.18 1.58 0.52 0.80 2.42 1.18 1.29 1.07 1.83 1.41
P 1.14 1.89 0.98 1.04 2.46 1.11 2.20 1.19 1.83 1.64 2.33 1.64 0.57 1.01 2.68 1.16 1.35 1.17 1.94 1.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.23 0.03 0.01 0.13 0.13 0.19 0.13
C2 0.06 0.00 0.10 0.18 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.16 0.14 0.01 0.10 0.15 0.16 0.29 0.20
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.14 0.09 0.02 0.09 0.18 0.01 0.01 0.06 0.02 0.30 0.35 0.39 0.33
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.33 0.01 0.34 0.01 0.28 0.19 0.27 0.10 0.01 0.01 0.37 0.02 0.05 0.09 0.23 0.07
C4 0.03 0.01 0.05 0.33 0.00 0.11 0.01 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01 0.25 0.25 0.00 0.04 0.31 0.41 0.52 0.42
C4' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.06 0.16 0.24 0.02 0.12 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02
C5 0.00 0.01 0.07 0.34 0.01 0.16 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.28 0.01 0.01 0.34 0.44 0.51 0.44
C5' 0.04 0.03 0.14 0.01 0.17 0.01 0.23 0.00 0.19 0.07 0.09 0.12 0.10 0.17 0.20 0.02 0.01 0.09 0.12 0.02
C6 0.01 0.02 0.09 0.28 0.02 0.15 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.04 0.22 0.20 0.02 0.04 0.28 0.32 0.36 0.33
N1 0.01 0.02 0.02 0.19 0.02 0.07 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.05 0.15 0.10 0.02 0.02 0.16 0.18 0.25 0.20
N3 0.05 0.00 0.09 0.27 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.17 0.01 0.08 0.23 0.29 0.43 0.32
O2 0.13 0.01 0.18 0.10 0.01 0.16 0.01 0.12 0.04 0.05 0.01 0.00 0.19 0.24 0.01 0.17 0.07 0.07 0.20 0.10
O2' 0.03 0.16 0.01 0.01 0.25 0.24 0.26 0.10 0.22 0.15 0.21 0.19 0.00 0.04 0.27 0.16 0.20 0.25 0.42 0.26
O3' 0.23 0.14 0.01 0.01 0.25 0.02 0.28 0.17 0.20 0.10 0.17 0.24 0.04 0.00 0.31 0.15 0.22 0.33 0.44 0.28
O4 0.03 0.01 0.06 0.37 0.00 0.12 0.01 0.20 0.02 0.02 0.01 0.01 0.27 0.31 0.00 0.05 0.34 0.48 0.61 0.47
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.17 0.16 0.15 0.05 0.00 0.07 0.09 0.07 0.05
O5' 0.13 0.15 0.30 0.05 0.31 0.01 0.34 0.01 0.28 0.16 0.23 0.07 0.20 0.22 0.34 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.13 0.16 0.35 0.09 0.41 0.07 0.44 0.09 0.32 0.18 0.29 0.07 0.25 0.33 0.48 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.29 0.39 0.23 0.52 0.13 0.51 0.12 0.36 0.25 0.43 0.20 0.42 0.44 0.61 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.20 0.33 0.07 0.42 0.02 0.44 0.02 0.33 0.20 0.32 0.10 0.26 0.28 0.47 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00