ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49086

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C2 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.019, 0.056, 0.092, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.056 std_dev=0.037
O2 A 0, -0.008, 0.039, 0.085, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.039 std_dev=0.047
O4' A 0, -0.028, 0.115, 0.258, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.115 std_dev=0.143
C4' A 0, 0.081, 0.249, 0.417, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.249 std_dev=0.168
C2' A 0, 0.007, 0.176, 0.345, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.176 std_dev=0.169
C3' A 0, 0.105, 0.310, 0.514, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.310 std_dev=0.205
C3' B 0, 0.141, 0.368, 0.595, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.368 std_dev=0.227
O2' A 0, 0.043, 0.282, 0.520, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.282 std_dev=0.238
O3' A 0, 0.152, 0.401, 0.650, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.401 std_dev=0.249
P A 0, 0.179, 0.434, 0.690, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.434 std_dev=0.255
C2 B 0, 0.165, 0.424, 0.682, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.424 std_dev=0.258
C4' B 0, 0.143, 0.419, 0.695, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.419 std_dev=0.276
O4' B 0, 0.205, 0.486, 0.768, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.486 std_dev=0.281
C1' B 0, 0.177, 0.505, 0.833, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.505 std_dev=0.328
N3 B 0, 0.181, 0.518, 0.854, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.518 std_dev=0.337
O2 B 0, 0.242, 0.585, 0.929, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.585 std_dev=0.343
C5' A 0, 0.040, 0.383, 0.727, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.383 std_dev=0.344
O5' A 0, 0.072, 0.424, 0.776, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.424 std_dev=0.352
C2' B 0, 0.238, 0.592, 0.947, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.592 std_dev=0.354
N1 B 0, 0.227, 0.599, 0.970, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.599 std_dev=0.372
C5' B 0, 0.218, 0.685, 1.152, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.685 std_dev=0.467
C4 B 0, 0.358, 0.849, 1.339, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.849 std_dev=0.490
O4 B 0, 0.373, 0.892, 1.411, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.892 std_dev=0.519
O5' B 0, 0.387, 0.936, 1.485, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.936 std_dev=0.549
P B 0, 0.291, 0.951, 1.611, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.951 std_dev=0.660
OP2 B 0, 0.202, 0.906, 1.610, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.906 std_dev=0.704
C6 B 0, 0.347, 1.053, 1.758, 1.709 max_d=1.709 avg_d=1.053 std_dev=0.706
O2' B 0, 0.473, 1.186, 1.900, 1.771 max_d=1.771 avg_d=1.186 std_dev=0.713
O3' B 0, 0.499, 1.215, 1.930, 1.782 max_d=1.782 avg_d=1.215 std_dev=0.715
C5 B 0, 0.427, 1.181, 1.935, 1.852 max_d=1.852 avg_d=1.181 std_dev=0.754
OP1 B 0, 0.311, 1.081, 1.851, 2.176 max_d=2.176 avg_d=1.081 std_dev=0.770
OP2 A 0, 0.371, 1.168, 1.965, 2.250 max_d=2.250 avg_d=1.168 std_dev=0.797
OP1 A 0, -0.054, 0.978, 2.010, 2.715 max_d=2.715 avg_d=0.978 std_dev=1.032

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.56 0.36 0.07
C2 0.04 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.02 0.63 0.44 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.21 0.71 0.21
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.07 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02 0.08 0.76 0.29
C4 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.08 0.00 0.02 0.03 0.72 0.33 0.12
C4' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.02 0.21 0.29 0.04
C5 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.05 0.75 0.25 0.16
C5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.08 0.05 0.05 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.72 0.25 0.14
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.63 0.37 0.09
N3 0.03 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.09 0.00 0.03 0.02 0.67 0.42 0.08
O2 0.07 0.00 0.03 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.08 0.02 0.07 0.03 0.56 0.53 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.07 0.07 0.05 0.08 0.03 0.02 0.08 0.10 0.00 0.05 0.08 0.05 0.04 0.29 0.61 0.13
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05 0.09 0.08 0.05 0.00 0.08 0.00 0.04 0.30 0.89 0.39
O4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.08 0.08 0.00 0.02 0.04 0.72 0.32 0.13
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.62 0.10 0.19
O5' 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.56 0.63 0.21 0.08 0.72 0.21 0.75 0.09 0.72 0.63 0.67 0.56 0.29 0.30 0.72 0.62 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.36 0.44 0.71 0.76 0.33 0.29 0.25 0.06 0.25 0.37 0.42 0.53 0.61 0.89 0.32 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.21 0.29 0.12 0.04 0.16 0.01 0.14 0.09 0.08 0.06 0.13 0.39 0.13 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.09 0.15 0.11 0.17 0.20 0.22 0.31 0.22 0.15 0.11 0.02 0.35 0.18 0.17 0.12 0.27 0.35 0.29 0.32
C2 0.18 0.11 0.17 0.08 0.26 0.18 0.34 0.27 0.33 0.22 0.15 0.04 0.38 0.23 0.25 0.12 0.20 0.28 0.21 0.24
C2' 0.14 0.09 0.22 0.25 0.13 0.32 0.15 0.40 0.15 0.12 0.10 0.06 0.37 0.29 0.13 0.21 0.36 0.42 0.36 0.40
C3' 0.14 0.17 0.23 0.26 0.17 0.33 0.15 0.41 0.15 0.14 0.18 0.22 0.38 0.25 0.18 0.21 0.39 0.46 0.38 0.43
C4 0.21 0.07 0.19 0.04 0.27 0.13 0.42 0.20 0.42 0.25 0.11 0.21 0.36 0.21 0.26 0.13 0.18 0.21 0.15 0.17
C4' 0.13 0.15 0.17 0.16 0.15 0.26 0.16 0.39 0.16 0.14 0.15 0.18 0.35 0.09 0.16 0.16 0.39 0.47 0.39 0.44
C5 0.19 0.06 0.17 0.05 0.20 0.14 0.33 0.23 0.35 0.21 0.08 0.20 0.33 0.19 0.18 0.13 0.18 0.22 0.18 0.20
C5' 0.09 0.15 0.13 0.16 0.12 0.28 0.13 0.44 0.13 0.10 0.14 0.22 0.29 0.01 0.12 0.16 0.46 0.54 0.46 0.51
C6 0.15 0.05 0.15 0.08 0.17 0.19 0.26 0.28 0.27 0.16 0.07 0.10 0.34 0.19 0.16 0.13 0.22 0.28 0.24 0.26
N1 0.15 0.08 0.15 0.10 0.19 0.20 0.27 0.30 0.27 0.17 0.10 0.04 0.35 0.21 0.19 0.12 0.23 0.31 0.25 0.28
N3 0.20 0.10 0.19 0.05 0.29 0.15 0.40 0.23 0.39 0.25 0.14 0.11 0.38 0.23 0.28 0.12 0.18 0.24 0.17 0.20
O2 0.18 0.13 0.17 0.10 0.28 0.19 0.35 0.29 0.33 0.22 0.18 0.01 0.39 0.24 0.29 0.12 0.21 0.31 0.22 0.26
O2' 0.13 0.10 0.20 0.19 0.14 0.26 0.16 0.33 0.16 0.13 0.10 0.07 0.38 0.23 0.13 0.18 0.31 0.37 0.32 0.35
O3' 0.14 0.24 0.23 0.26 0.19 0.32 0.13 0.40 0.13 0.14 0.25 0.33 0.39 0.26 0.21 0.19 0.40 0.47 0.38 0.43
O4 0.23 0.08 0.20 0.06 0.31 0.10 0.49 0.16 0.48 0.28 0.11 0.29 0.34 0.20 0.29 0.13 0.21 0.20 0.13 0.16
O4' 0.15 0.12 0.14 0.05 0.17 0.16 0.21 0.30 0.21 0.16 0.13 0.10 0.34 0.15 0.16 0.10 0.28 0.37 0.30 0.34
O5' 0.09 0.15 0.14 0.19 0.12 0.32 0.13 0.46 0.14 0.10 0.14 0.22 0.29 0.03 0.12 0.18 0.46 0.51 0.44 0.49
OP1 0.23 0.22 0.19 0.21 0.18 0.44 0.18 0.41 0.19 0.21 0.20 0.27 0.36 0.01 0.17 0.44 0.23 0.08 0.14 0.15
OP2 0.24 0.28 0.32 0.23 0.26 0.26 0.22 0.38 0.21 0.25 0.28 0.30 0.45 0.03 0.26 0.21 0.29 0.63 0.43 0.44
P 0.04 0.08 0.10 0.02 0.07 0.12 0.06 0.13 0.05 0.05 0.08 0.12 0.21 0.01 0.07 0.10 0.05 0.20 0.13 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.02 0.00 0.06 0.09 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.15 0.05 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.27 0.18 0.01 0.16 0.04 0.03 0.06 0.05
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.08 0.13 0.02 0.12 0.23 0.00 0.05 0.05 0.01 0.13 0.08 0.11 0.11
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.07 0.04 0.06 0.07 0.01 0.01 0.09 0.01 0.07 0.15 0.12 0.08
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.00 0.02 0.18 0.12 0.07 0.11
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.15 0.02 0.06 0.18 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.13 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.09 0.08 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.02 0.01 0.14 0.27 0.21 0.14 0.22
C5' 0.01 0.13 0.08 0.02 0.03 0.01 0.17 0.00 0.19 0.01 0.09 0.23 0.03 0.12 0.03 0.02 0.00 0.12 0.02 0.00
C6 0.01 0.01 0.13 0.07 0.00 0.15 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.03 0.00 0.19 0.27 0.22 0.11 0.21
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.01 0.11 0.10 0.02 0.05
N3 0.01 0.00 0.12 0.06 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.14 0.01 0.11 0.09 0.05 0.05 0.03
O2 0.01 0.00 0.23 0.07 0.01 0.18 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.48 0.25 0.02 0.28 0.03 0.03 0.10 0.12
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.13 0.07 0.26 0.03 0.30 0.07 0.22 0.48 0.00 0.08 0.13 0.05 0.15 0.08 0.18 0.15
O3' 0.17 0.18 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.12 0.03 0.12 0.14 0.25 0.08 0.00 0.06 0.11 0.15 0.38 0.28 0.25
O4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.06 0.00 0.01 0.19 0.13 0.09 0.12
O4' 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.02 0.19 0.01 0.11 0.28 0.05 0.11 0.01 0.00 0.11 0.13 0.01 0.05
O5' 0.06 0.04 0.13 0.07 0.18 0.02 0.27 0.00 0.27 0.11 0.09 0.03 0.15 0.15 0.19 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.03 0.08 0.15 0.12 0.13 0.21 0.12 0.22 0.10 0.05 0.03 0.08 0.38 0.13 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.06 0.11 0.12 0.07 0.03 0.14 0.02 0.11 0.02 0.05 0.10 0.18 0.28 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.11 0.08 0.11 0.02 0.22 0.00 0.21 0.05 0.03 0.12 0.15 0.25 0.12 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00