ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49087

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.012, 0.029, 0.047, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.013, 0.031, 0.050, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.012, 0.033, 0.055, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.013, 0.035, 0.056, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.035 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.022, 0.056, 0.091, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.056 std_dev=0.035
O4 A 0, 0.043, 0.104, 0.164, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.104 std_dev=0.061
C2' B 0, 0.064, 0.348, 0.633, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.348 std_dev=0.285
O2' B 0, 0.086, 0.417, 0.747, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.417 std_dev=0.330
O4' B 0, 0.083, 0.472, 0.861, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.472 std_dev=0.389
C1' B 0, -0.043, 0.509, 1.062, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.509 std_dev=0.552
C4' B 0, 0.003, 0.592, 1.181, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.592 std_dev=0.589
C3' B 0, -0.002, 0.593, 1.187, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.593 std_dev=0.595
C5' B 0, 0.055, 0.724, 1.393, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.724 std_dev=0.669
O5' B 0, -0.060, 0.634, 1.328, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.634 std_dev=0.694
O3' B 0, -0.075, 0.748, 1.571, 2.105 max_d=2.105 avg_d=0.748 std_dev=0.823
N1 B 0, -0.283, 0.747, 1.776, 2.522 max_d=2.522 avg_d=0.747 std_dev=1.029
O4' A 0, -0.397, 0.683, 1.762, 2.549 max_d=2.549 avg_d=0.683 std_dev=1.079
P B 0, -0.285, 0.835, 1.954, 2.760 max_d=2.760 avg_d=0.835 std_dev=1.119
C2' A 0, -0.401, 0.760, 1.921, 2.769 max_d=2.769 avg_d=0.760 std_dev=1.161
C6 B 0, -0.324, 0.864, 2.052, 2.913 max_d=2.913 avg_d=0.864 std_dev=1.188
O3' A 0, -0.407, 0.830, 2.066, 2.968 max_d=2.968 avg_d=0.830 std_dev=1.236
OP2 B 0, -0.288, 1.049, 2.385, 3.336 max_d=3.336 avg_d=1.049 std_dev=1.336
C3' A 0, -0.491, 0.910, 2.312, 3.335 max_d=3.335 avg_d=0.910 std_dev=1.401
OP1 B 0, -0.447, 1.004, 2.454, 3.510 max_d=3.510 avg_d=1.004 std_dev=1.451
C4' A 0, -0.508, 0.945, 2.397, 3.457 max_d=3.457 avg_d=0.945 std_dev=1.452
C2 B 0, -0.511, 1.001, 2.513, 3.615 max_d=3.615 avg_d=1.001 std_dev=1.512
O2 B 0, -0.569, 1.080, 2.729, 3.930 max_d=3.930 avg_d=1.080 std_dev=1.649
C5 B 0, -0.542, 1.155, 2.852, 4.088 max_d=4.088 avg_d=1.155 std_dev=1.697
O2' A 0, -0.583, 1.142, 2.866, 4.125 max_d=4.125 avg_d=1.142 std_dev=1.725
N3 B 0, -0.701, 1.254, 3.210, 4.637 max_d=4.637 avg_d=1.254 std_dev=1.956
C4 B 0, -0.718, 1.347, 3.413, 4.919 max_d=4.919 avg_d=1.347 std_dev=2.066
O5' A 0, -0.634, 1.764, 4.162, 5.877 max_d=5.877 avg_d=1.764 std_dev=2.398
O4 B 0, -0.906, 1.641, 4.188, 6.047 max_d=6.047 avg_d=1.641 std_dev=2.547
C5' A 0, -0.935, 1.626, 4.187, 6.058 max_d=6.058 avg_d=1.626 std_dev=2.561
P A 0, -1.272, 2.071, 5.414, 7.858 max_d=7.858 avg_d=2.071 std_dev=3.343
OP2 A 0, -1.408, 2.443, 6.294, 9.106 max_d=9.106 avg_d=2.443 std_dev=3.851
OP1 A 0, -1.427, 2.771, 6.968, 10.028 max_d=10.028 avg_d=2.771 std_dev=4.198

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.24 0.02 0.01 0.30 0.57 0.13 0.29
C2 0.02 0.00 0.23 0.56 0.01 0.39 0.02 0.50 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.20 0.01 0.17 0.21 0.38 0.83 0.17
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.04 0.01 0.21 0.19 0.25 0.02 0.15 0.46 0.01 0.00 0.04 0.02 0.71 0.82 0.48 0.76
C3' 0.00 0.56 0.00 0.00 0.23 0.01 0.08 0.02 0.18 0.15 0.49 0.91 0.02 0.02 0.26 0.01 0.41 0.33 0.23 0.35
C4 0.02 0.01 0.04 0.23 0.00 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.03 0.00 0.02 0.45 1.18 0.30 0.46
C4' 0.01 0.39 0.01 0.01 0.08 0.00 0.19 0.01 0.26 0.06 0.32 0.68 0.23 0.04 0.09 0.01 0.01 0.16 0.18 0.01
C5 0.02 0.02 0.21 0.08 0.01 0.19 0.00 0.44 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.20 0.02 0.13 0.83 1.69 0.36 0.98
C5' 0.06 0.50 0.19 0.02 0.03 0.01 0.44 0.00 0.53 0.02 0.40 0.95 0.03 0.23 0.05 0.02 0.01 0.16 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.25 0.18 0.01 0.26 0.01 0.53 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.28 0.02 0.16 0.87 1.55 0.46 0.98
N1 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.10 0.01 0.02 0.37 0.83 0.19 0.36
N3 0.02 0.01 0.15 0.49 0.01 0.32 0.02 0.40 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.20 0.01 0.13 0.21 0.61 0.80 0.06
O2 0.04 0.02 0.46 0.91 0.02 0.68 0.02 0.95 0.02 0.02 0.02 0.00 0.15 0.46 0.03 0.30 0.54 0.25 1.33 0.64
O2' 0.04 0.21 0.01 0.02 0.30 0.23 0.27 0.03 0.21 0.18 0.27 0.15 0.00 0.04 0.34 0.16 0.47 0.56 0.47 0.62
O3' 0.24 0.20 0.00 0.02 0.03 0.04 0.20 0.23 0.28 0.10 0.20 0.46 0.04 0.00 0.06 0.14 0.15 0.19 0.16 0.06
O4 0.02 0.01 0.04 0.26 0.00 0.09 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.34 0.06 0.00 0.02 0.45 1.23 0.36 0.45
O4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.02 0.13 0.30 0.16 0.14 0.02 0.00 0.15 0.29 0.31 0.07
O5' 0.30 0.21 0.71 0.41 0.45 0.01 0.83 0.01 0.87 0.37 0.21 0.54 0.47 0.15 0.45 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.57 0.38 0.82 0.33 1.18 0.16 1.69 0.16 1.55 0.83 0.61 0.25 0.56 0.19 1.23 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.83 0.48 0.23 0.30 0.18 0.36 0.20 0.46 0.19 0.80 1.33 0.47 0.16 0.36 0.31 0.01 0.01 0.00 0.02
P 0.29 0.17 0.76 0.35 0.46 0.01 0.98 0.02 0.98 0.36 0.06 0.64 0.62 0.06 0.45 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.79 0.16 0.51 0.85 0.49 0.57 0.58 0.37 0.46 0.95 0.90 0.19 0.57 1.00 0.06 0.40 0.72 0.43 0.54
C2 0.12 0.85 0.13 0.54 1.16 0.55 0.89 0.49 0.60 0.55 1.14 0.81 0.21 0.71 1.36 0.14 0.20 0.40 0.14 0.24
C2' 0.79 1.25 0.56 0.29 1.11 0.23 0.85 0.05 0.75 0.94 1.29 1.44 0.60 0.35 1.18 0.58 0.12 0.28 0.15 0.17
C3' 0.62 0.99 0.41 0.20 0.95 0.22 0.75 0.14 0.66 0.77 1.05 1.11 0.37 0.21 1.02 0.50 0.22 0.02 0.19 0.13
C4 0.04 0.64 0.11 0.46 1.11 0.51 0.96 0.36 0.67 0.48 0.96 0.43 0.22 0.68 1.26 0.23 0.09 0.10 0.22 0.04
C4' 0.44 0.85 0.17 0.14 0.96 0.08 0.80 0.10 0.65 0.67 0.98 0.88 0.09 0.31 1.07 0.41 0.22 0.05 0.29 0.21
C5 0.09 0.52 0.16 0.48 0.76 0.52 0.64 0.40 0.44 0.37 0.71 0.42 0.24 0.61 0.86 0.20 0.13 0.22 0.14 0.14
C5' 0.79 1.03 0.56 0.38 1.19 0.62 1.15 0.82 1.05 0.98 1.13 0.95 0.31 0.14 1.27 0.87 0.91 0.92 1.00 0.98
C6 0.13 0.61 0.18 0.51 0.73 0.53 0.53 0.52 0.36 0.38 0.76 0.63 0.23 0.59 0.83 0.12 0.29 0.47 0.28 0.36
N1 0.14 0.77 0.16 0.53 0.92 0.53 0.67 0.54 0.45 0.48 0.96 0.80 0.21 0.64 1.07 0.10 0.30 0.54 0.27 0.38
N3 0.07 0.80 0.10 0.50 1.25 0.54 1.02 0.42 0.70 0.55 1.15 0.65 0.20 0.73 1.47 0.19 0.11 0.21 0.16 0.06
O2 0.14 0.91 0.14 0.56 1.26 0.56 0.95 0.52 0.63 0.58 1.23 0.88 0.21 0.75 1.50 0.14 0.22 0.45 0.16 0.27
O2' 0.91 1.55 0.64 0.29 1.31 0.15 0.91 0.26 0.79 1.09 1.59 1.86 0.80 0.46 1.40 0.58 0.18 0.78 0.43 0.55
O3' 0.68 1.15 0.44 0.19 1.10 0.19 0.84 0.06 0.72 0.86 1.23 1.30 0.43 0.22 1.20 0.52 0.15 0.20 0.15 0.12
O4 0.08 0.53 0.10 0.40 1.25 0.45 1.16 0.30 0.81 0.47 0.96 0.17 0.21 0.65 1.40 0.26 0.23 0.16 0.42 0.25
O4' 0.12 0.67 0.23 0.58 0.86 0.41 0.66 0.35 0.45 0.44 0.86 0.67 0.37 0.78 1.01 0.07 0.16 0.35 0.13 0.18
O5' 1.17 1.42 0.87 0.66 1.55 0.97 1.49 1.10 1.39 1.36 1.51 1.37 0.61 0.36 1.61 1.28 1.16 1.08 1.21 1.18
OP1 2.25 2.28 2.03 1.89 2.56 2.35 2.67 2.72 2.61 2.42 2.39 2.04 1.60 1.35 2.60 2.50 2.75 2.83 2.88 2.89
OP2 1.13 1.01 1.04 1.08 1.16 1.35 1.29 1.66 1.29 1.16 1.03 0.84 0.68 0.78 1.16 1.31 1.64 1.96 1.75 1.80
P 1.59 1.62 1.36 1.27 1.79 1.64 1.84 1.87 1.80 1.70 1.68 1.47 1.00 0.88 1.81 1.78 1.87 1.95 1.95 1.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.09 0.04 0.01 0.09 0.06 0.15 0.12
C2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.02 0.03 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.02 0.05 0.13 0.15 0.31 0.21
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.09 0.06 0.11 0.02 0.02 0.15 0.01 0.04 0.02 0.03 0.09 0.11 0.10 0.11
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.10 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.16 0.15 0.12
C4 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.08 0.01 0.05 0.13 0.25 0.42 0.27
C4' 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.10 0.04 0.02
C5 0.02 0.02 0.09 0.03 0.01 0.02 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.16 0.10 0.01 0.08 0.13 0.27 0.42 0.28
C5' 0.06 0.13 0.06 0.02 0.12 0.00 0.13 0.00 0.13 0.12 0.13 0.14 0.07 0.04 0.12 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.04 0.01 0.02 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.10 0.02 0.08 0.14 0.22 0.35 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.02 0.13 0.15 0.28 0.21
N3 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.13 0.19 0.37 0.24
O2 0.06 0.01 0.15 0.10 0.02 0.06 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.25 0.03 0.02 0.12 0.13 0.12 0.28 0.19
O2' 0.04 0.09 0.01 0.03 0.08 0.04 0.16 0.07 0.17 0.05 0.02 0.25 0.00 0.09 0.07 0.04 0.10 0.17 0.19 0.16
O3' 0.09 0.05 0.04 0.01 0.08 0.02 0.10 0.04 0.10 0.09 0.07 0.03 0.09 0.00 0.07 0.07 0.02 0.17 0.16 0.11
O4 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.07 0.00 0.06 0.13 0.27 0.45 0.29
O4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.02 0.12 0.04 0.07 0.06 0.00 0.11 0.08 0.21 0.16
O5' 0.09 0.13 0.09 0.04 0.13 0.03 0.13 0.01 0.14 0.13 0.13 0.13 0.10 0.02 0.13 0.11 0.00 0.04 0.02 0.00
OP1 0.06 0.15 0.11 0.16 0.25 0.10 0.27 0.05 0.22 0.15 0.19 0.12 0.17 0.17 0.27 0.08 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.31 0.10 0.15 0.42 0.04 0.42 0.02 0.35 0.28 0.37 0.28 0.19 0.16 0.45 0.21 0.02 0.01 0.00 0.02
P 0.12 0.21 0.11 0.12 0.27 0.02 0.28 0.01 0.25 0.21 0.24 0.19 0.16 0.11 0.29 0.16 0.00 0.01 0.02 0.00