ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49088

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.017
O4 A 0, 0.009, 0.039, 0.070, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.052, 0.127, 0.201, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.127 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.030, 0.109, 0.188, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.109 std_dev=0.079
C4' A 0, 0.181, 0.444, 0.708, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.444 std_dev=0.263
C3' A 0, 0.265, 0.654, 1.043, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.654 std_dev=0.389
C5' A 0, 0.286, 0.726, 1.166, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.726 std_dev=0.440
O2' A 0, 0.360, 0.855, 1.349, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.855 std_dev=0.495
O2' B 0, 0.319, 0.848, 1.377, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.848 std_dev=0.529
C2' B 0, 0.364, 0.944, 1.524, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.944 std_dev=0.580
O3' A 0, 0.486, 1.237, 1.988, 1.919 max_d=1.919 avg_d=1.237 std_dev=0.751
OP1 A 0, 0.780, 1.870, 2.960, 2.705 max_d=2.705 avg_d=1.870 std_dev=1.090
C3' B 0, 0.948, 2.249, 3.550, 3.080 max_d=3.080 avg_d=2.249 std_dev=1.301
O5' A 0, 1.007, 2.418, 3.828, 3.398 max_d=3.398 avg_d=2.418 std_dev=1.411
O3' B 0, 1.106, 2.622, 4.138, 3.608 max_d=3.608 avg_d=2.622 std_dev=1.516
C1' B 0, 1.152, 2.773, 4.394, 4.097 max_d=4.097 avg_d=2.773 std_dev=1.621
P A 0, 1.393, 3.299, 5.205, 4.506 max_d=4.506 avg_d=3.299 std_dev=1.906
N1 B 0, 1.382, 3.372, 5.363, 5.093 max_d=5.093 avg_d=3.372 std_dev=1.990
C4' B 0, 1.449, 3.454, 5.458, 4.893 max_d=4.893 avg_d=3.454 std_dev=2.004
C6 B 0, 1.546, 3.696, 5.845, 5.328 max_d=5.328 avg_d=3.696 std_dev=2.149
O4' B 0, 1.602, 3.819, 6.035, 5.446 max_d=5.446 avg_d=3.819 std_dev=2.216
C5 B 0, 1.745, 4.196, 6.647, 6.205 max_d=6.205 avg_d=4.196 std_dev=2.451
C2 B 0, 1.716, 4.236, 6.756, 6.392 max_d=6.392 avg_d=4.236 std_dev=2.520
O2 B 0, 1.986, 4.763, 7.540, 6.807 max_d=6.807 avg_d=4.763 std_dev=2.777
C4 B 0, 1.867, 4.699, 7.530, 7.359 max_d=7.359 avg_d=4.699 std_dev=2.831
OP2 A 0, 2.114, 5.037, 7.961, 7.050 max_d=7.050 avg_d=5.037 std_dev=2.924
N3 B 0, 1.945, 4.900, 7.855, 7.575 max_d=7.575 avg_d=4.900 std_dev=2.955
C5' B 0, 2.196, 5.205, 8.214, 7.143 max_d=7.143 avg_d=5.205 std_dev=3.009
O5' B 0, 2.295, 5.433, 8.570, 7.376 max_d=7.376 avg_d=5.433 std_dev=3.138
O4 B 0, 2.118, 5.365, 8.612, 8.455 max_d=8.455 avg_d=5.365 std_dev=3.247
OP2 B 0, 3.062, 7.261, 11.459, 9.988 max_d=9.988 avg_d=7.261 std_dev=4.198
P B 0, 3.107, 7.355, 11.603, 9.905 max_d=9.905 avg_d=7.355 std_dev=4.248
OP1 B 0, 3.573, 8.455, 13.336, 11.363 max_d=11.363 avg_d=8.455 std_dev=4.882

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.19 0.09 0.28 0.09
C2 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.04 0.02 0.02 0.41 0.19 0.56 0.29
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.22 0.27 0.07 0.19
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.13 0.00 0.15 0.04 0.14 0.08 0.10 0.05 0.02 0.00 0.14 0.01 0.31 0.36 0.09 0.30
C4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.07 0.01 0.16 0.02 0.02 0.01 0.01 0.13 0.16 0.00 0.03 0.60 0.27 0.95 0.54
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.02 0.12 0.03 0.08 0.01 0.01 0.09 0.22 0.06
C5 0.02 0.00 0.05 0.15 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.19 0.01 0.05 0.64 0.28 1.00 0.60
C5' 0.03 0.09 0.03 0.04 0.16 0.00 0.16 0.00 0.13 0.09 0.13 0.07 0.09 0.04 0.18 0.01 0.01 0.11 0.34 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.14 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.15 0.02 0.05 0.56 0.22 0.80 0.48
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.07 0.02 0.01 0.41 0.17 0.55 0.30
N3 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.02 0.00 0.00 0.16 0.09 0.02 0.02 0.51 0.24 0.75 0.41
O2 0.04 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.05 0.03 0.04 0.31 0.18 0.39 0.19
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.13 0.12 0.08 0.09 0.05 0.07 0.16 0.19 0.00 0.04 0.15 0.10 0.13 0.19 0.07 0.15
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.16 0.03 0.19 0.04 0.15 0.07 0.09 0.05 0.04 0.00 0.18 0.03 0.34 0.41 0.32 0.42
O4 0.03 0.02 0.06 0.14 0.00 0.08 0.01 0.18 0.02 0.02 0.02 0.03 0.15 0.18 0.00 0.04 0.63 0.30 1.05 0.60
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.10 0.03 0.04 0.00 0.21 0.06 0.35 0.16
O5' 0.19 0.41 0.22 0.31 0.60 0.01 0.64 0.01 0.56 0.41 0.51 0.31 0.13 0.34 0.63 0.21 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.19 0.27 0.36 0.27 0.09 0.28 0.11 0.22 0.17 0.24 0.18 0.19 0.41 0.30 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.56 0.07 0.09 0.95 0.22 1.00 0.34 0.80 0.55 0.75 0.39 0.07 0.32 1.05 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.29 0.19 0.30 0.54 0.06 0.60 0.01 0.48 0.30 0.41 0.19 0.15 0.42 0.60 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 0.53 0.30 0.30 0.48 0.44 0.41 0.56 0.40 0.45 0.53 0.61 0.37 0.31 0.49 0.47 0.53 0.72 0.58 0.64
C2 0.36 0.57 0.31 0.12 0.39 0.14 0.25 0.40 0.22 0.37 0.54 0.76 0.45 0.17 0.41 0.18 0.40 0.68 0.49 0.55
C2' 0.44 0.61 0.41 0.36 0.53 0.39 0.42 0.52 0.39 0.47 0.61 0.74 0.49 0.44 0.54 0.36 0.47 0.69 0.50 0.57
C3' 0.35 0.54 0.38 0.31 0.52 0.38 0.44 0.57 0.39 0.42 0.57 0.62 0.51 0.36 0.55 0.31 0.49 0.75 0.52 0.61
C4 0.31 0.57 0.25 0.11 0.39 0.24 0.23 0.57 0.19 0.34 0.54 0.77 0.42 0.10 0.41 0.12 0.51 0.78 0.56 0.65
C4' 0.35 0.36 0.21 0.34 0.41 0.59 0.43 0.79 0.42 0.37 0.38 0.34 0.31 0.32 0.43 0.54 0.71 0.95 0.75 0.85
C5 0.43 0.58 0.27 0.10 0.47 0.19 0.36 0.37 0.34 0.45 0.56 0.69 0.37 0.08 0.48 0.32 0.36 0.54 0.39 0.44
C5' 0.31 0.20 0.13 0.35 0.31 0.67 0.38 0.93 0.38 0.29 0.23 0.15 0.32 0.29 0.32 0.61 0.83 1.11 0.88 0.99
C6 0.46 0.55 0.29 0.22 0.48 0.35 0.41 0.43 0.40 0.47 0.54 0.61 0.36 0.17 0.49 0.46 0.42 0.55 0.46 0.50
N1 0.42 0.55 0.30 0.21 0.45 0.30 0.36 0.43 0.34 0.43 0.53 0.66 0.40 0.22 0.46 0.36 0.42 0.61 0.47 0.52
N3 0.31 0.56 0.28 0.08 0.35 0.19 0.19 0.52 0.15 0.32 0.53 0.79 0.46 0.09 0.37 0.10 0.49 0.80 0.58 0.66
O2 0.35 0.58 0.32 0.12 0.38 0.12 0.21 0.41 0.19 0.36 0.55 0.80 0.47 0.20 0.39 0.15 0.41 0.71 0.52 0.58
O2' 0.47 0.66 0.42 0.37 0.56 0.40 0.44 0.53 0.41 0.50 0.66 0.80 0.48 0.45 0.58 0.38 0.49 0.73 0.53 0.60
O3' 0.45 0.75 0.50 0.33 0.73 0.32 0.59 0.53 0.51 0.57 0.80 0.85 0.64 0.36 0.78 0.26 0.45 0.76 0.48 0.58
O4 0.22 0.56 0.20 0.24 0.35 0.47 0.20 0.83 0.16 0.26 0.54 0.83 0.39 0.20 0.39 0.23 0.72 1.01 0.75 0.88
O4' 0.51 0.51 0.28 0.40 0.52 0.63 0.52 0.77 0.52 0.51 0.51 0.49 0.25 0.34 0.53 0.66 0.72 0.87 0.76 0.82
O5' 0.55 0.67 0.67 0.36 0.72 0.26 0.69 0.45 0.64 0.62 0.71 0.69 0.91 0.30 0.75 0.35 0.37 0.73 0.46 0.56
OP1 0.45 0.53 0.45 0.43 0.73 0.62 0.78 0.95 0.72 0.56 0.63 0.48 0.55 0.29 0.79 0.54 0.87 1.31 0.96 1.09
OP2 1.02 1.24 1.23 0.86 1.26 0.53 1.18 0.22 1.11 1.13 1.28 1.28 1.42 0.85 1.30 0.68 0.33 0.33 0.32 0.22
P 0.50 0.68 0.67 0.35 0.77 0.19 0.74 0.40 0.67 0.62 0.74 0.70 0.87 0.32 0.82 0.26 0.32 0.71 0.40 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01
C2 0.03 0.00 0.08 0.14 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.13 0.03 0.08 0.09 0.10 0.15 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.02 0.14 0.01 0.15 0.03 0.04 0.18 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.07 0.10 0.05
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.18 0.08 0.13 0.19 0.01 0.01 0.15 0.02 0.06 0.07 0.09 0.06
C4 0.02 0.02 0.06 0.13 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.03 0.11 0.12 0.00 0.04 0.18 0.21 0.24 0.20
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.10 0.04 0.05 0.02 0.11 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01
C5 0.03 0.03 0.14 0.19 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01 0.03 0.13 0.21 0.01 0.02 0.21 0.21 0.23 0.21
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.13 0.06 0.09 0.01 0.10 0.05 0.15 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.15 0.18 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.19 0.01 0.03 0.16 0.14 0.14 0.13
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.02 0.08 0.07 0.12 0.07
N3 0.02 0.01 0.04 0.13 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.12 0.02 0.06 0.14 0.16 0.21 0.15
O2 0.04 0.00 0.18 0.19 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.24 0.05 0.12 0.07 0.09 0.13 0.05
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.11 0.11 0.13 0.10 0.12 0.06 0.10 0.13 0.00 0.05 0.12 0.09 0.04 0.05 0.07 0.04
O3' 0.05 0.13 0.02 0.01 0.12 0.02 0.21 0.05 0.19 0.04 0.12 0.24 0.05 0.00 0.14 0.03 0.13 0.15 0.14 0.13
O4 0.02 0.03 0.07 0.15 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.02 0.05 0.12 0.14 0.00 0.04 0.21 0.25 0.28 0.23
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.12 0.09 0.03 0.04 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
O5' 0.03 0.09 0.05 0.06 0.18 0.01 0.21 0.01 0.16 0.08 0.14 0.07 0.04 0.13 0.21 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.02 0.10 0.07 0.07 0.21 0.01 0.21 0.04 0.14 0.07 0.16 0.09 0.05 0.15 0.25 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.15 0.10 0.09 0.24 0.04 0.23 0.02 0.14 0.12 0.21 0.13 0.07 0.14 0.28 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.01 0.08 0.05 0.06 0.20 0.01 0.21 0.01 0.13 0.07 0.15 0.05 0.04 0.13 0.23 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00