ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49089

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.001, 0.016, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.012, 0.030, 0.049, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.018
O4 A 0, -0.003, 0.034, 0.071, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.034 std_dev=0.037
O2' B 0, 0.040, 0.363, 0.686, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.363 std_dev=0.323
O4' A 0, -0.032, 0.366, 0.764, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.366 std_dev=0.398
C2' A 0, 0.030, 0.491, 0.952, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.491 std_dev=0.461
C4' A 0, 0.024, 0.568, 1.113, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.568 std_dev=0.545
C3' A 0, 0.002, 0.621, 1.239, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.621 std_dev=0.618
O2' A 0, 0.153, 0.819, 1.485, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.819 std_dev=0.666
C2' B 0, 0.137, 0.920, 1.704, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.920 std_dev=0.784
O3' A 0, 0.077, 0.950, 1.824, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.950 std_dev=0.874
C5' A 0, -0.072, 0.840, 1.753, 2.355 max_d=2.355 avg_d=0.840 std_dev=0.913
C1' B 0, 0.178, 1.528, 2.878, 3.158 max_d=3.158 avg_d=1.528 std_dev=1.350
O5' A 0, 0.149, 1.639, 3.128, 3.331 max_d=3.331 avg_d=1.639 std_dev=1.489
P A 0, 0.279, 1.873, 3.467, 3.454 max_d=3.454 avg_d=1.873 std_dev=1.594
C3' B 0, 0.165, 1.769, 3.373, 3.524 max_d=3.524 avg_d=1.769 std_dev=1.604
O3' B 0, 0.153, 1.768, 3.383, 3.380 max_d=3.380 avg_d=1.768 std_dev=1.615
OP1 A 0, 0.090, 1.773, 3.456, 4.506 max_d=4.506 avg_d=1.773 std_dev=1.683
N1 B 0, 0.271, 2.069, 3.866, 4.168 max_d=4.168 avg_d=2.069 std_dev=1.798
O4' B 0, 0.284, 2.326, 4.368, 4.531 max_d=4.531 avg_d=2.326 std_dev=2.042
C4' B 0, 0.264, 2.371, 4.478, 4.563 max_d=4.563 avg_d=2.371 std_dev=2.107
C2 B 0, 0.347, 2.461, 4.576, 4.906 max_d=4.906 avg_d=2.461 std_dev=2.114
O2 B 0, 0.314, 2.489, 4.663, 4.982 max_d=4.982 avg_d=2.489 std_dev=2.174
C6 B 0, 0.276, 2.533, 4.790, 5.472 max_d=5.472 avg_d=2.533 std_dev=2.257
N3 B 0, 0.369, 3.101, 5.833, 6.857 max_d=6.857 avg_d=3.101 std_dev=2.732
C5 B 0, 0.253, 3.042, 5.831, 7.097 max_d=7.097 avg_d=3.042 std_dev=2.789
OP2 A 0, 0.097, 3.059, 6.022, 6.302 max_d=6.302 avg_d=3.059 std_dev=2.962
C4 B 0, 0.242, 3.293, 6.344, 7.899 max_d=7.899 avg_d=3.293 std_dev=3.051
C5' B 0, 0.324, 3.413, 6.502, 6.530 max_d=6.530 avg_d=3.413 std_dev=3.089
O5' B 0, 0.291, 3.498, 6.705, 7.232 max_d=7.232 avg_d=3.498 std_dev=3.207
O4 B 0, 0.160, 3.850, 7.541, 9.618 max_d=9.618 avg_d=3.850 std_dev=3.691
OP2 B 0, 0.039, 3.832, 7.625, 9.693 max_d=9.693 avg_d=3.832 std_dev=3.793
P B 0, 0.250, 4.183, 8.116, 9.631 max_d=9.631 avg_d=4.183 std_dev=3.933
OP1 B 0, 0.342, 4.818, 9.295, 10.927 max_d=10.927 avg_d=4.818 std_dev=4.477

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.37 0.15 0.49 0.17
C2 0.02 0.00 0.17 0.22 0.02 0.07 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.22 0.02 0.03 0.69 0.13 1.11 0.52
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.05 0.03 0.10 0.02 0.13 0.03 0.13 0.31 0.00 0.05 0.06 0.01 0.16 0.24 0.13 0.18
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.23 0.00 0.26 0.01 0.25 0.15 0.24 0.30 0.04 0.01 0.25 0.02 0.04 0.23 0.12 0.29
C4 0.01 0.02 0.05 0.23 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.27 0.00 0.02 0.97 0.31 1.70 0.86
C4' 0.01 0.07 0.03 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.05 0.07 0.12 0.20 0.02 0.09 0.01 0.01 0.12 0.04 0.10
C5 0.01 0.02 0.10 0.26 0.01 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.30 0.01 0.02 1.00 0.42 1.72 0.91
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.14 0.01 0.21 0.00 0.19 0.07 0.08 0.09 0.17 0.06 0.16 0.02 0.01 0.07 0.04 0.02
C6 0.01 0.02 0.13 0.25 0.01 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.26 0.01 0.01 0.89 0.34 1.37 0.73
N1 0.00 0.01 0.03 0.15 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.13 0.02 0.02 0.69 0.15 1.02 0.49
N3 0.02 0.01 0.13 0.24 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.16 0.25 0.02 0.03 0.84 0.19 1.43 0.70
O2 0.03 0.00 0.31 0.30 0.02 0.12 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.34 0.03 0.04 0.56 0.18 0.89 0.39
O2' 0.02 0.15 0.00 0.04 0.15 0.20 0.14 0.17 0.13 0.09 0.16 0.23 0.00 0.07 0.16 0.14 0.12 0.18 0.08 0.20
O3' 0.03 0.22 0.05 0.01 0.27 0.02 0.30 0.06 0.26 0.13 0.25 0.34 0.07 0.00 0.30 0.02 0.30 0.24 0.58 0.56
O4 0.02 0.02 0.06 0.25 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.02 0.02 0.03 0.16 0.30 0.00 0.02 1.02 0.36 1.87 0.95
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.14 0.02 0.02 0.00 0.37 0.12 0.46 0.24
O5' 0.37 0.69 0.16 0.04 0.97 0.01 1.00 0.01 0.89 0.69 0.84 0.56 0.12 0.30 1.02 0.37 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.13 0.24 0.23 0.31 0.12 0.42 0.07 0.34 0.15 0.19 0.18 0.18 0.24 0.36 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.49 1.11 0.13 0.12 1.70 0.04 1.72 0.04 1.37 1.02 1.43 0.89 0.08 0.58 1.87 0.46 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.17 0.52 0.18 0.29 0.86 0.10 0.91 0.02 0.73 0.49 0.70 0.39 0.20 0.56 0.95 0.24 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.82 1.40 0.42 0.72 1.19 1.06 0.82 1.31 0.73 0.96 1.47 1.73 0.25 0.63 1.28 1.01 1.10 0.96 0.45 0.94
C2 0.63 1.41 0.22 0.29 1.09 0.54 0.61 0.96 0.45 0.83 1.45 1.83 0.22 0.32 1.19 0.47 0.80 1.11 0.47 0.89
C2' 0.72 1.31 0.49 0.99 1.18 1.21 0.77 1.47 0.65 0.85 1.45 1.62 0.07 1.02 1.33 0.96 1.25 1.21 0.62 1.12
C3' 0.55 1.12 0.41 1.08 1.09 1.42 0.68 1.78 0.55 0.66 1.32 1.40 0.34 1.03 1.27 1.03 1.52 1.61 0.90 1.42
C4 0.52 1.29 0.14 0.19 0.92 0.54 0.46 1.06 0.32 0.73 1.28 1.73 0.16 0.05 0.99 0.12 0.86 1.28 0.75 1.03
C4' 0.83 1.22 0.48 1.07 1.15 1.57 0.90 1.99 0.85 0.91 1.35 1.47 0.28 0.85 1.27 1.33 1.72 1.75 1.17 1.64
C5 0.70 1.28 0.24 0.28 0.97 0.54 0.62 0.81 0.52 0.84 1.26 1.62 0.21 0.25 1.02 0.60 0.62 0.63 0.17 0.49
C5' 0.89 1.09 0.59 1.27 1.09 1.87 0.95 2.41 0.95 0.90 1.22 1.27 0.30 0.97 1.20 1.55 2.11 2.30 1.59 2.10
C6 0.80 1.32 0.36 0.57 1.07 0.88 0.74 1.05 0.66 0.92 1.33 1.63 0.25 0.49 1.13 0.91 0.85 0.61 0.25 0.62
N1 0.75 1.39 0.32 0.52 1.12 0.80 0.72 1.05 0.61 0.91 1.43 1.75 0.24 0.49 1.21 0.80 0.86 0.80 0.15 0.72
N3 0.53 1.35 0.15 0.16 1.00 0.49 0.50 1.06 0.34 0.75 1.38 1.81 0.18 0.14 1.09 0.18 0.91 1.41 0.81 1.14
O2 0.61 1.44 0.21 0.29 1.13 0.53 0.60 0.98 0.44 0.83 1.51 1.87 0.22 0.34 1.25 0.43 0.85 1.25 0.59 1.01
O2' 0.78 1.37 0.52 0.94 1.22 1.13 0.81 1.37 0.69 0.91 1.49 1.68 0.06 0.98 1.36 0.95 1.17 1.10 0.53 1.03
O3' 0.41 1.03 0.41 1.10 1.08 1.44 0.62 1.85 0.45 0.52 1.30 1.29 0.50 1.06 1.31 0.99 1.59 1.80 1.00 1.55
O4 0.42 1.18 0.20 0.45 0.77 0.89 0.33 1.45 0.27 0.59 1.16 1.66 0.11 0.18 0.84 0.41 1.22 1.73 1.19 1.47
O4' 0.97 1.43 0.50 0.86 1.27 1.37 1.00 1.69 0.93 1.08 1.49 1.70 0.34 0.62 1.34 1.33 1.44 1.28 0.88 1.29
O5' 0.21 1.17 0.45 0.58 1.10 1.11 0.58 1.69 0.32 0.57 1.37 1.48 1.27 0.57 1.29 0.62 1.36 1.76 0.86 1.40
OP1 0.79 0.59 0.86 1.68 0.72 2.17 0.62 2.84 0.74 0.51 0.85 0.78 0.60 1.46 0.92 1.59 2.56 3.15 2.05 2.65
OP2 1.40 2.17 1.65 1.18 2.17 1.16 1.66 1.36 1.43 1.65 2.40 2.38 2.40 1.49 2.37 0.95 0.98 1.44 0.17 0.85
P 0.28 1.15 0.62 0.84 1.15 1.27 0.61 1.82 0.33 0.55 1.39 1.40 1.29 0.93 1.38 0.70 1.46 1.96 0.87 1.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.23 0.02 0.01 0.10 0.18 0.26 0.06
C2 0.01 0.00 0.06 0.14 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.18 0.01 0.07 0.25 0.14 0.25 0.27
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.01 0.11 0.13 0.12 0.04 0.06 0.11 0.01 0.01 0.07 0.03 0.30 0.52 0.82 0.51
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.31 0.00 0.35 0.02 0.32 0.19 0.22 0.02 0.01 0.01 0.32 0.01 0.07 0.52 0.79 0.47
C4 0.02 0.01 0.07 0.31 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.03 0.39 0.12 0.00 0.03 0.42 0.53 0.75 0.61
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.18 0.07 0.06 0.08 0.25 0.01 0.13 0.00 0.01 0.28 0.37 0.17
C5 0.04 0.02 0.11 0.35 0.00 0.18 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.03 0.38 0.24 0.00 0.06 0.45 0.59 0.79 0.64
C5' 0.04 0.08 0.13 0.02 0.18 0.00 0.23 0.00 0.20 0.10 0.12 0.09 0.11 0.16 0.20 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02
C6 0.04 0.01 0.12 0.32 0.00 0.18 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.20 0.00 0.07 0.38 0.40 0.48 0.46
N1 0.01 0.01 0.04 0.19 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.05 0.01 0.01 0.25 0.14 0.19 0.25
N3 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.33 0.06 0.01 0.05 0.34 0.33 0.50 0.45
O2 0.03 0.01 0.11 0.02 0.03 0.08 0.03 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.37 0.02 0.12 0.19 0.07 0.16 0.15
O2' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.39 0.25 0.38 0.11 0.31 0.22 0.33 0.14 0.00 0.03 0.42 0.18 0.19 0.52 1.00 0.52
O3' 0.23 0.18 0.01 0.01 0.12 0.01 0.24 0.16 0.20 0.05 0.06 0.37 0.03 0.00 0.14 0.15 0.15 0.62 0.89 0.52
O4 0.02 0.01 0.07 0.32 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.42 0.14 0.00 0.03 0.46 0.64 0.90 0.69
O4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.12 0.18 0.15 0.03 0.00 0.09 0.09 0.13 0.09
O5' 0.10 0.25 0.30 0.07 0.42 0.01 0.45 0.01 0.38 0.25 0.34 0.19 0.19 0.15 0.46 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.18 0.14 0.52 0.52 0.53 0.28 0.59 0.07 0.40 0.14 0.33 0.07 0.52 0.62 0.64 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.26 0.25 0.82 0.79 0.75 0.37 0.79 0.11 0.48 0.19 0.50 0.16 1.00 0.89 0.90 0.13 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.06 0.27 0.51 0.47 0.61 0.17 0.64 0.02 0.46 0.25 0.45 0.15 0.52 0.52 0.69 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00