ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49091

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.011, 0.038, 0.066, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.038 std_dev=0.027
C3' A 0, 0.011, 0.038, 0.066, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.038 std_dev=0.027
OP2 A 0, 0.023, 0.078, 0.133, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.078 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.034, 0.125, 0.217, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.125 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.051, 0.175, 0.299, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.175 std_dev=0.124
C4' A 0, 0.046, 0.170, 0.295, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.170 std_dev=0.124
P A 0, 0.034, 0.162, 0.289, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.162 std_dev=0.127
O4 A 0, 0.056, 0.193, 0.329, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.193 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.053, 0.194, 0.335, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.194 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.051, 0.193, 0.334, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.193 std_dev=0.141
O3' A 0, 0.063, 0.220, 0.377, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.220 std_dev=0.157
OP1 A 0, 0.052, 0.225, 0.397, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.225 std_dev=0.172
O2 B 0, 0.087, 0.305, 0.524, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.305 std_dev=0.218
C2 B 0, 0.107, 0.373, 0.640, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.373 std_dev=0.266
N3 B 0, 0.107, 0.376, 0.644, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.376 std_dev=0.269
O3' B 0, 0.113, 0.385, 0.658, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.385 std_dev=0.272
O4 B 0, 0.111, 0.394, 0.677, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.394 std_dev=0.283
C4 B 0, 0.124, 0.434, 0.745, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.434 std_dev=0.310
C1' B 0, 0.129, 0.447, 0.765, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.447 std_dev=0.318
O2' A 0, 0.131, 0.450, 0.770, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.450 std_dev=0.320
C4' B 0, 0.132, 0.458, 0.784, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.458 std_dev=0.326
C3' B 0, 0.134, 0.461, 0.787, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.461 std_dev=0.326
O4' B 0, 0.132, 0.462, 0.792, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.462 std_dev=0.330
N1 B 0, 0.136, 0.473, 0.811, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.473 std_dev=0.337
OP2 B 0, 0.135, 0.483, 0.831, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.483 std_dev=0.348
C5' B 0, 0.144, 0.504, 0.864, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.504 std_dev=0.360
C5 B 0, 0.148, 0.514, 0.880, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.514 std_dev=0.366
C6 B 0, 0.151, 0.526, 0.900, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.526 std_dev=0.374
C2' B 0, 0.169, 0.577, 0.986, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.577 std_dev=0.408
O5' B 0, 0.166, 0.585, 1.005, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.585 std_dev=0.420
O2' B 0, 0.190, 0.648, 1.107, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.648 std_dev=0.459
P B 0, 0.259, 0.897, 1.536, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.897 std_dev=0.639
OP1 B 0, 0.440, 1.512, 2.584, 2.361 max_d=2.361 avg_d=1.512 std_dev=1.072

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.03 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.10 0.05 0.10
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04
C5' 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02
O2 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04
O2' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.09 0.00 0.01 0.06 0.02 0.11 0.14 0.09 0.14
O3' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01
O4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.06 0.03
O5' 0.03 0.03 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.11 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.06 0.05 0.10 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.03 0.05 0.14 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03 0.03 0.02 0.03 0.09 0.06 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.03 0.10 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.14 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.07 0.09 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.09 0.11 0.04 0.03 0.08 0.05 0.10 0.03 0.03
C2 0.10 0.08 0.14 0.09 0.06 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.06 0.07 0.19 0.03 0.04 0.09 0.08 0.17 0.03 0.06
C2' 0.15 0.16 0.16 0.10 0.14 0.12 0.16 0.12 0.17 0.17 0.15 0.15 0.15 0.02 0.11 0.14 0.12 0.19 0.05 0.07
C3' 0.06 0.07 0.07 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.08 0.08 0.05 0.02 0.06 0.04 0.08 0.05 0.04
C4 0.13 0.09 0.18 0.13 0.07 0.12 0.09 0.11 0.11 0.12 0.07 0.08 0.23 0.09 0.05 0.12 0.11 0.25 0.06 0.12
C4' 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.09 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03 0.08 0.08
C5 0.13 0.08 0.17 0.12 0.06 0.12 0.08 0.11 0.10 0.12 0.06 0.07 0.21 0.06 0.04 0.13 0.11 0.23 0.05 0.11
C5' 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.10 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.07 0.07
C6 0.12 0.08 0.14 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.06 0.08 0.16 0.02 0.04 0.11 0.08 0.17 0.03 0.06
N1 0.10 0.08 0.13 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.10 0.06 0.08 0.16 0.02 0.04 0.09 0.07 0.15 0.03 0.05
N3 0.12 0.09 0.17 0.11 0.07 0.10 0.09 0.10 0.11 0.12 0.07 0.08 0.22 0.07 0.05 0.11 0.10 0.22 0.05 0.10
O2 0.09 0.06 0.13 0.08 0.05 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.05 0.06 0.18 0.03 0.03 0.08 0.07 0.16 0.03 0.05
O2' 0.24 0.30 0.21 0.15 0.28 0.20 0.27 0.21 0.28 0.29 0.29 0.28 0.15 0.04 0.24 0.24 0.20 0.27 0.12 0.15
O3' 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.06 0.11 0.05 0.01 0.05 0.03 0.12 0.12
O4 0.14 0.09 0.18 0.14 0.07 0.14 0.09 0.14 0.11 0.12 0.07 0.09 0.21 0.13 0.05 0.14 0.13 0.28 0.07 0.16
O4' 0.03 0.01 0.06 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.10 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.07
O5' 0.06 0.04 0.11 0.06 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.02 0.06 0.14 0.00 0.02 0.04 0.04 0.11 0.04 0.02
OP1 0.05 0.05 0.10 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.06 0.16 0.02 0.03 0.02 0.03 0.12 0.04 0.02
OP2 0.08 0.07 0.12 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.05 0.09 0.16 0.01 0.02 0.06 0.05 0.12 0.01 0.01
P 0.05 0.04 0.10 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.02 0.06 0.14 0.02 0.02 0.03 0.02 0.11 0.04 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.08
C2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.02 0.06 0.06 0.09 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.06 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.14 0.09
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.10 0.05 0.00
C4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.01 0.01 0.04 0.06 0.11 0.14
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C5 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.07 0.01 0.01 0.04 0.04 0.12 0.14
C5' 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00
C6 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.09 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.12 0.13
N1 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.01 0.04 0.03 0.10 0.12
N3 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.01 0.05 0.06 0.09 0.13
O2 0.06 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.06 0.08 0.09 0.09 0.13
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.03 0.09 0.04 0.07 0.06 0.00 0.00 0.10 0.00 0.07 0.08 0.19 0.10
O3' 0.06 0.08 0.02 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.06 0.06 0.08 0.09 0.00 0.00 0.09 0.03 0.01 0.14 0.04 0.03
O4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.09 0.00 0.01 0.03 0.06 0.10 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06
O5' 0.03 0.06 0.06 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.05 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.01 0.06 0.05 0.10 0.06 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03 0.06 0.09 0.08 0.14 0.06 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.07 0.09 0.14 0.05 0.11 0.02 0.12 0.06 0.12 0.10 0.09 0.09 0.19 0.04 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.13 0.09 0.00 0.14 0.00 0.14 0.00 0.13 0.12 0.13 0.13 0.10 0.03 0.14 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00