ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49092

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.001, 0.016, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.030, 0.052, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.003, 0.026, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.005, 0.030, 0.056, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.030 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.014, 0.052, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.052 std_dev=0.038
O4 A 0, 0.016, 0.061, 0.106, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.061 std_dev=0.045
P A 0, 0.098, 0.381, 0.665, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.381 std_dev=0.284
O4' A 0, 0.142, 0.492, 0.843, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.492 std_dev=0.350
O5' A 0, 0.149, 0.529, 0.910, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.529 std_dev=0.380
C2' A 0, 0.204, 0.698, 1.192, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.698 std_dev=0.494
C1' B 0, 0.240, 0.825, 1.411, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.825 std_dev=0.585
C4' A 0, 0.248, 0.851, 1.455, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.851 std_dev=0.603
C2' B 0, 0.240, 0.850, 1.459, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.850 std_dev=0.609
O4' B 0, 0.254, 0.867, 1.479, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.867 std_dev=0.613
C3' A 0, 0.282, 0.971, 1.660, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.971 std_dev=0.689
O2' B 0, 0.289, 0.993, 1.697, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.993 std_dev=0.704
C5' A 0, 0.298, 1.024, 1.751, 1.605 max_d=1.605 avg_d=1.024 std_dev=0.726
N1 B 0, 0.293, 1.024, 1.755, 1.657 max_d=1.657 avg_d=1.024 std_dev=0.731
O2' A 0, 0.344, 1.176, 2.008, 1.775 max_d=1.775 avg_d=1.176 std_dev=0.832
C6 B 0, 0.382, 1.305, 2.229, 1.978 max_d=1.978 avg_d=1.305 std_dev=0.923
O3' A 0, 0.482, 1.655, 2.827, 2.571 max_d=2.571 avg_d=1.655 std_dev=1.172
C4' B 0, 0.506, 1.741, 2.977, 2.738 max_d=2.738 avg_d=1.741 std_dev=1.236
O5' B 0, 0.519, 1.794, 3.069, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.794 std_dev=1.275
C3' B 0, 0.528, 1.824, 3.121, 2.898 max_d=2.898 avg_d=1.824 std_dev=1.297
OP2 A 0, 0.560, 1.911, 3.263, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.911 std_dev=1.352
C2 B 0, 0.580, 1.987, 3.394, 3.069 max_d=3.069 avg_d=1.987 std_dev=1.407
OP1 A 0, 0.609, 2.092, 3.576, 3.266 max_d=3.266 avg_d=2.092 std_dev=1.483
C5' B 0, 0.618, 2.133, 3.648, 3.370 max_d=3.370 avg_d=2.133 std_dev=1.515
C5 B 0, 0.664, 2.266, 3.869, 3.424 max_d=3.424 avg_d=2.266 std_dev=1.603
O3' B 0, 0.717, 2.460, 4.203, 3.829 max_d=3.829 avg_d=2.460 std_dev=1.743
O2 B 0, 0.729, 2.490, 4.252, 3.791 max_d=3.791 avg_d=2.490 std_dev=1.761
OP2 B 0, 0.768, 2.628, 4.487, 4.022 max_d=4.022 avg_d=2.628 std_dev=1.859
P B 0, 0.772, 2.643, 4.513, 4.065 max_d=4.065 avg_d=2.643 std_dev=1.871
N3 B 0, 0.784, 2.678, 4.572, 4.050 max_d=4.050 avg_d=2.678 std_dev=1.894
C4 B 0, 0.837, 2.858, 4.879, 4.295 max_d=4.295 avg_d=2.858 std_dev=2.021
O4 B 0, 1.105, 3.775, 6.446, 5.746 max_d=5.746 avg_d=3.775 std_dev=2.670
OP1 B 0, 1.124, 3.837, 6.550, 5.764 max_d=5.764 avg_d=3.837 std_dev=2.713

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.03 0.00 0.05 0.09 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.09 0.18 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.09 0.02 0.05 0.03 0.15 0.31 0.05
C2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.01 0.11 0.11 0.13 0.02 0.05 0.19 0.00 0.05 0.04 0.02 0.25 0.17 0.32 0.29
C3' 0.03 0.18 0.02 0.00 0.19 0.01 0.14 0.01 0.10 0.13 0.19 0.19 0.04 0.01 0.20 0.03 0.08 0.15 0.26 0.11
C4 0.03 0.01 0.05 0.19 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.22 0.17 0.01 0.06 0.06 0.28 0.51 0.02
C4' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.22 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.16 0.03
C5 0.03 0.01 0.11 0.14 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.02 0.02 0.02 0.24 0.13 0.01 0.06 0.08 0.32 0.51 0.03
C5' 0.03 0.04 0.11 0.01 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.08 0.02 0.10 0.11 0.11 0.02 0.01 0.05 0.18 0.02
C6 0.03 0.02 0.13 0.10 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.02 0.20 0.08 0.01 0.05 0.08 0.26 0.37 0.03
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.06 0.02 0.03 0.04 0.16 0.26 0.04
N3 0.01 0.00 0.05 0.19 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.14 0.02 0.06 0.04 0.22 0.41 0.05
O2 0.02 0.01 0.19 0.19 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.03 0.04 0.03 0.10 0.25 0.05
O2' 0.01 0.11 0.00 0.04 0.22 0.22 0.24 0.10 0.20 0.13 0.17 0.02 0.00 0.09 0.22 0.13 0.17 0.07 0.35 0.23
O3' 0.08 0.09 0.05 0.01 0.17 0.01 0.13 0.11 0.08 0.06 0.14 0.08 0.09 0.00 0.20 0.08 0.16 0.40 0.23 0.14
O4 0.03 0.02 0.04 0.20 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.03 0.22 0.20 0.00 0.07 0.07 0.31 0.57 0.02
O4' 0.00 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.13 0.08 0.07 0.00 0.06 0.06 0.11 0.08
O5' 0.05 0.03 0.25 0.08 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.03 0.17 0.16 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.15 0.17 0.15 0.28 0.02 0.32 0.05 0.26 0.16 0.22 0.10 0.07 0.40 0.31 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.31 0.32 0.26 0.51 0.16 0.51 0.18 0.37 0.26 0.41 0.25 0.35 0.23 0.57 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.29 0.11 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.23 0.14 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.61 0.02 0.17 0.63 0.24 0.38 0.42 0.25 0.34 0.73 0.73 0.08 0.09 0.74 0.03 0.49 0.95 0.24 0.64
C2 0.10 0.58 0.02 0.21 0.76 0.26 0.54 0.29 0.35 0.34 0.78 0.59 0.04 0.23 0.91 0.04 0.39 0.64 0.11 0.42
C2' 0.04 0.60 0.18 0.44 0.63 0.53 0.32 0.73 0.15 0.25 0.76 0.75 0.09 0.35 0.78 0.16 0.76 1.24 0.46 0.90
C3' 0.39 0.90 0.18 0.08 0.80 0.20 0.48 0.52 0.36 0.54 0.99 1.12 0.31 0.13 0.91 0.19 0.53 1.15 0.36 0.78
C4 0.04 0.50 0.01 0.20 0.72 0.25 0.54 0.20 0.36 0.30 0.71 0.44 0.00 0.25 0.83 0.09 0.35 0.44 0.17 0.30
C4' 0.26 0.65 0.09 0.07 0.48 0.19 0.21 0.55 0.14 0.34 0.69 0.88 0.21 0.17 0.55 0.11 0.60 1.26 0.54 0.91
C5 0.14 0.55 0.04 0.13 0.57 0.21 0.40 0.29 0.28 0.32 0.65 0.60 0.08 0.09 0.64 0.01 0.42 0.63 0.12 0.46
C5' 0.20 0.52 0.05 0.10 0.26 0.25 0.08 0.70 0.10 0.21 0.50 0.78 0.17 0.22 0.29 0.07 0.73 1.47 0.77 1.10
C6 0.18 0.59 0.05 0.12 0.57 0.21 0.36 0.37 0.25 0.34 0.67 0.69 0.11 0.04 0.64 0.05 0.46 0.81 0.20 0.57
N1 0.15 0.60 0.03 0.17 0.66 0.24 0.43 0.36 0.29 0.34 0.74 0.68 0.08 0.12 0.77 0.02 0.45 0.80 0.15 0.54
N3 0.04 0.52 0.03 0.23 0.79 0.27 0.59 0.22 0.38 0.31 0.76 0.46 0.02 0.29 0.95 0.09 0.35 0.49 0.17 0.32
O2 0.09 0.57 0.02 0.22 0.81 0.27 0.58 0.28 0.37 0.34 0.81 0.57 0.03 0.27 0.99 0.05 0.38 0.63 0.11 0.40
O2' 0.19 0.37 0.39 0.64 0.48 0.68 0.19 0.81 0.06 0.07 0.57 0.48 0.33 0.60 0.66 0.33 0.83 1.27 0.50 0.93
O3' 0.50 1.00 0.30 0.08 0.87 0.12 0.55 0.46 0.43 0.63 1.08 1.23 0.46 0.27 0.98 0.27 0.47 1.11 0.33 0.74
O4 0.06 0.38 0.06 0.22 0.76 0.26 0.61 0.13 0.38 0.24 0.66 0.21 0.06 0.32 0.88 0.18 0.29 0.25 0.28 0.16
O4' 0.24 0.58 0.11 0.02 0.47 0.11 0.24 0.38 0.17 0.32 0.62 0.75 0.20 0.15 0.53 0.12 0.47 1.03 0.35 0.71
O5' 0.27 0.61 0.07 0.07 0.37 0.23 0.10 0.68 0.07 0.30 0.60 0.87 0.22 0.23 0.41 0.10 0.67 1.35 0.63 0.99
OP1 0.09 0.26 0.20 0.26 0.17 0.50 0.48 1.16 0.46 0.12 0.17 0.62 0.10 0.27 0.16 0.21 1.17 2.03 1.35 1.64
OP2 1.09 1.31 0.86 0.73 1.01 0.60 0.77 0.07 0.77 1.05 1.24 1.55 1.00 1.08 1.01 0.94 0.07 0.78 0.07 0.32
P 0.34 0.61 0.14 0.05 0.30 0.15 0.09 0.69 0.09 0.32 0.56 0.88 0.30 0.40 0.32 0.19 0.65 1.43 0.71 1.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.16 0.03 0.17 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.04 0.06 0.23 0.03 0.12 0.11
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.22 0.26 0.15
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.16 0.25 0.16
C4 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.30 0.11 0.12 0.19
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.09 0.21 0.03
C5 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.32 0.11 0.12 0.19
C5' 0.06 0.12 0.09 0.02 0.14 0.01 0.12 0.00 0.11 0.11 0.13 0.11 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.20 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.30 0.06 0.11 0.14
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.24 0.01 0.13 0.09
N3 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.13 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.04 0.04 0.27 0.08 0.12 0.16
O2 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.02 0.05 0.08 0.20 0.02 0.13 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.09 0.03 0.03 0.07 0.11 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.37 0.30 0.22
O3' 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.06 0.12 0.18 0.25 0.16
O4 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.00 0.04 0.32 0.15 0.15 0.23
O4' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.04 0.00 0.20 0.16 0.11 0.13
O5' 0.16 0.23 0.02 0.11 0.30 0.02 0.32 0.01 0.30 0.24 0.27 0.20 0.05 0.12 0.32 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.03 0.22 0.16 0.11 0.09 0.11 0.20 0.06 0.01 0.08 0.02 0.37 0.18 0.15 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.12 0.26 0.25 0.12 0.21 0.12 0.25 0.11 0.13 0.12 0.13 0.30 0.25 0.15 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.11 0.15 0.16 0.19 0.03 0.19 0.01 0.14 0.09 0.16 0.09 0.22 0.16 0.23 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00