ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49094

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.017, 0.058, 0.099, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.058 std_dev=0.041
C2' B 0, 0.105, 0.376, 0.646, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.376 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.098, 0.378, 0.659, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.378 std_dev=0.281
O4' A 0, 0.004, 0.346, 0.689, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.346 std_dev=0.342
C6 B 0, 0.117, 0.507, 0.897, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.507 std_dev=0.390
C2' A 0, -0.013, 0.385, 0.784, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.385 std_dev=0.399
O2' B 0, 0.086, 0.510, 0.934, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.510 std_dev=0.424
O5' A 0, 0.077, 0.647, 1.216, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.647 std_dev=0.570
P A 0, 0.162, 0.765, 1.367, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.765 std_dev=0.603
C4' A 0, -0.049, 0.597, 1.242, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.597 std_dev=0.646
C1' B 0, -0.043, 0.669, 1.382, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.669 std_dev=0.712
N1 B 0, -0.088, 0.628, 1.344, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.628 std_dev=0.716
O2' A 0, -0.013, 0.710, 1.433, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.710 std_dev=0.723
C5' A 0, 0.021, 0.745, 1.469, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.745 std_dev=0.724
C3' A 0, -0.157, 0.613, 1.383, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.613 std_dev=0.770
C3' B 0, 0.063, 1.067, 2.070, 2.410 max_d=2.410 avg_d=1.067 std_dev=1.003
O4' B 0, -0.077, 1.219, 2.515, 3.014 max_d=3.014 avg_d=1.219 std_dev=1.296
C4 B 0, -0.186, 1.149, 2.484, 3.021 max_d=3.021 avg_d=1.149 std_dev=1.335
O3' A 0, -0.342, 0.998, 2.339, 2.893 max_d=2.893 avg_d=0.998 std_dev=1.341
C4' B 0, -0.037, 1.444, 2.926, 3.481 max_d=3.481 avg_d=1.444 std_dev=1.482
OP2 A 0, 0.027, 1.516, 3.005, 3.540 max_d=3.540 avg_d=1.516 std_dev=1.489
O3' B 0, 0.044, 1.580, 3.115, 3.660 max_d=3.660 avg_d=1.580 std_dev=1.535
OP1 A 0, -0.041, 1.500, 3.042, 3.620 max_d=3.620 avg_d=1.500 std_dev=1.541
C2 B 0, -0.209, 1.457, 3.122, 3.788 max_d=3.788 avg_d=1.457 std_dev=1.665
O4 B 0, -0.213, 1.530, 3.273, 3.968 max_d=3.968 avg_d=1.530 std_dev=1.743
N3 B 0, -0.226, 1.732, 3.690, 4.469 max_d=4.469 avg_d=1.732 std_dev=1.958
O2 B 0, -0.212, 2.055, 4.322, 5.214 max_d=5.214 avg_d=2.055 std_dev=2.267
O5' B 0, -0.133, 2.139, 4.410, 5.284 max_d=5.284 avg_d=2.139 std_dev=2.272
C5' B 0, -0.164, 2.233, 4.629, 5.558 max_d=5.558 avg_d=2.233 std_dev=2.397
OP2 B 0, -0.024, 2.399, 4.822, 5.717 max_d=5.717 avg_d=2.399 std_dev=2.423
P B 0, -0.233, 2.797, 5.827, 7.007 max_d=7.007 avg_d=2.797 std_dev=3.030
OP1 B 0, -0.466, 3.682, 7.831, 9.479 max_d=9.479 avg_d=3.682 std_dev=4.148

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.32 0.00 0.00 0.12 0.45 0.13 0.16
C2 0.01 0.00 0.12 0.19 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.19 0.01 0.07 0.04 0.56 0.58 0.04
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.19 0.11 0.00 0.09 0.20 0.00 0.02 0.03 0.02 0.39 0.44 0.28 0.44
C3' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.36 0.00 0.38 0.01 0.33 0.22 0.28 0.09 0.01 0.00 0.39 0.02 0.03 0.13 0.01 0.03
C4 0.00 0.01 0.02 0.36 0.00 0.12 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.33 0.12 0.00 0.02 0.19 0.58 0.98 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.17 0.07 0.06 0.04 0.28 0.02 0.12 0.00 0.01 0.09 0.12 0.02
C5 0.01 0.00 0.08 0.38 0.00 0.17 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.36 0.23 0.00 0.04 0.22 0.53 0.98 0.10
C5' 0.06 0.01 0.19 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.13 0.03 0.04 0.05 0.08 0.21 0.10 0.00 0.01 0.01 0.28 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.33 0.00 0.17 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.16 0.00 0.07 0.15 0.50 0.70 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.22 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.09 0.00 0.00 0.03 0.52 0.48 0.06
N3 0.01 0.00 0.09 0.28 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.06 0.01 0.06 0.11 0.59 0.81 0.02
O2 0.02 0.00 0.20 0.09 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.39 0.01 0.10 0.02 0.55 0.46 0.08
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.33 0.28 0.36 0.08 0.31 0.21 0.25 0.08 0.00 0.04 0.34 0.19 0.28 0.26 0.29 0.34
O3' 0.32 0.19 0.02 0.00 0.12 0.02 0.23 0.21 0.16 0.09 0.06 0.39 0.04 0.00 0.17 0.22 0.24 0.52 0.20 0.31
O4 0.00 0.01 0.03 0.39 0.00 0.12 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.34 0.17 0.00 0.03 0.22 0.59 1.10 0.11
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.10 0.19 0.22 0.03 0.00 0.01 0.41 0.12 0.04
O5' 0.12 0.04 0.39 0.03 0.19 0.01 0.22 0.01 0.15 0.03 0.11 0.02 0.28 0.24 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.45 0.56 0.44 0.13 0.58 0.09 0.53 0.01 0.50 0.52 0.59 0.55 0.26 0.52 0.59 0.41 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.58 0.28 0.01 0.98 0.12 0.98 0.28 0.70 0.48 0.81 0.46 0.29 0.20 1.10 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.04 0.44 0.03 0.08 0.02 0.10 0.01 0.02 0.06 0.02 0.08 0.34 0.31 0.11 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.70 0.07 0.78 0.41 1.11 0.11 1.60 0.24 0.15 0.75 1.12 0.16 1.09 0.52 0.68 1.41 2.11 1.34 1.65
C2 0.07 0.91 0.03 0.79 0.54 1.34 0.10 1.93 0.28 0.21 0.98 1.44 0.27 1.04 0.68 0.89 1.67 2.51 1.59 2.01
C2' 0.08 0.59 0.04 0.54 0.35 0.91 0.10 1.31 0.21 0.12 0.64 0.93 0.20 0.74 0.44 0.63 1.13 1.74 1.12 1.39
C3' 0.57 0.08 0.60 1.10 0.21 1.31 0.55 1.60 0.67 0.42 0.09 0.29 0.47 1.35 0.13 1.01 1.46 1.92 1.41 1.63
C4 0.06 0.84 0.05 0.77 0.45 1.35 0.10 1.84 0.26 0.19 0.86 1.36 0.33 0.97 0.55 0.89 1.54 2.17 1.41 1.79
C4' 0.21 0.33 0.38 0.96 0.13 1.04 0.25 1.37 0.35 0.09 0.37 0.62 0.20 1.33 0.21 0.62 1.25 1.73 1.17 1.37
C5 0.07 0.59 0.07 0.77 0.29 1.12 0.12 1.48 0.23 0.12 0.59 0.97 0.22 1.06 0.36 0.67 1.26 1.72 1.13 1.41
C5' 0.20 0.15 0.45 0.94 0.05 0.85 0.27 1.10 0.33 0.13 0.17 0.37 0.27 1.33 0.06 0.46 1.03 1.35 0.95 1.07
C6 0.07 0.57 0.09 0.77 0.30 1.06 0.12 1.45 0.23 0.12 0.59 0.94 0.16 1.09 0.38 0.62 1.25 1.76 1.14 1.41
N1 0.07 0.73 0.05 0.79 0.41 1.19 0.11 1.68 0.25 0.16 0.78 1.17 0.20 1.08 0.52 0.74 1.45 2.14 1.37 1.70
N3 0.07 0.98 0.07 0.77 0.57 1.41 0.10 2.01 0.28 0.22 1.03 1.54 0.32 0.98 0.70 0.96 1.71 2.54 1.62 2.06
O2 0.07 1.00 0.05 0.79 0.62 1.38 0.10 2.03 0.29 0.23 1.10 1.56 0.28 1.03 0.78 0.93 1.77 2.75 1.74 2.18
O2' 0.29 1.03 0.43 0.19 0.79 0.65 0.32 1.11 0.17 0.50 1.11 1.40 0.58 0.37 0.91 0.37 0.90 1.62 0.89 1.22
O3' 0.54 0.11 0.60 1.08 0.11 1.28 0.45 1.55 0.59 0.36 0.19 0.36 0.52 1.36 0.11 0.97 1.40 1.86 1.33 1.56
O4 0.06 0.94 0.12 0.71 0.50 1.42 0.09 1.89 0.27 0.22 0.93 1.51 0.39 0.83 0.59 1.00 1.58 2.16 1.43 1.84
O4' 0.04 0.63 0.19 0.89 0.36 1.03 0.10 1.47 0.21 0.15 0.67 1.00 0.05 1.30 0.46 0.53 1.32 1.93 1.22 1.48
O5' 0.36 0.11 0.57 0.99 0.24 0.90 0.43 1.08 0.47 0.32 0.10 0.10 0.40 1.34 0.20 0.58 1.03 1.26 0.96 1.05
OP1 0.46 0.45 0.02 0.24 0.41 0.20 0.38 0.16 0.39 0.43 0.43 0.48 0.13 0.70 0.41 0.52 0.10 0.10 0.21 0.23
OP2 1.38 1.42 1.69 1.88 1.49 1.53 1.50 1.49 1.47 1.44 1.45 1.36 1.53 2.17 1.49 1.33 1.58 1.46 1.54 1.47
P 0.25 0.21 0.57 0.88 0.31 0.58 0.37 0.66 0.37 0.28 0.23 0.13 0.39 1.25 0.30 0.29 0.70 0.76 0.64 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.12 0.10 0.13
C2 0.00 0.00 0.11 0.13 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.00 0.03 0.18 0.21 0.22 0.23
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.07 0.21 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.00 0.09 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.08 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.26 0.28 0.27
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.09 0.11 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.14 0.01 0.03 0.14 0.23 0.25 0.26
C5' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.10 0.00 0.07 0.00 0.05 0.06 0.11 0.09 0.02 0.04 0.10 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.11 0.13 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.15 0.01 0.05 0.11 0.20 0.19 0.23
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.18 0.17 0.20
N3 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.02 0.20 0.24 0.27 0.26
O2 0.00 0.00 0.21 0.22 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.28 0.01 0.05 0.19 0.20 0.21 0.21
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.03 0.13 0.00 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03
O3' 0.03 0.15 0.03 0.00 0.01 0.01 0.14 0.04 0.15 0.01 0.11 0.28 0.08 0.00 0.02 0.02 0.14 0.20 0.17 0.15
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.18 0.26 0.29 0.28
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.14 0.07 0.12
O5' 0.07 0.18 0.01 0.06 0.18 0.01 0.14 0.00 0.11 0.14 0.20 0.19 0.01 0.14 0.18 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.21 0.01 0.07 0.26 0.04 0.23 0.05 0.20 0.18 0.24 0.20 0.01 0.20 0.26 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.22 0.01 0.08 0.28 0.02 0.25 0.02 0.19 0.17 0.27 0.21 0.01 0.17 0.29 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.23 0.04 0.05 0.27 0.02 0.26 0.01 0.23 0.20 0.26 0.21 0.03 0.15 0.28 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00