ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49095

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.020
C5 A 0, -0.001, 0.026, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.004, 0.031, 0.058, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.027
C2 A 0, -0.001, 0.040, 0.080, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.040 std_dev=0.041
O2 A 0, 0.001, 0.068, 0.134, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.068 std_dev=0.067
O3' A 0, -0.063, 0.158, 0.378, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.158 std_dev=0.221
C3' A 0, -0.086, 0.226, 0.538, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.226 std_dev=0.312
O4' A 0, -0.097, 0.257, 0.611, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.257 std_dev=0.354
C1' B 0, -0.080, 0.306, 0.693, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.306 std_dev=0.386
C2' A 0, -0.106, 0.297, 0.701, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.297 std_dev=0.404
C4' A 0, -0.121, 0.301, 0.722, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.301 std_dev=0.421
O2' B 0, -0.094, 0.342, 0.778, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.342 std_dev=0.436
C2' B 0, -0.099, 0.340, 0.779, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.340 std_dev=0.439
O4' B 0, -0.122, 0.391, 0.905, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.391 std_dev=0.513
O2' A 0, -0.192, 0.522, 1.236, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.522 std_dev=0.714
C3' B 0, -0.201, 0.549, 1.299, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.549 std_dev=0.750
C5' A 0, -0.225, 0.576, 1.377, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.576 std_dev=0.801
O5' A 0, -0.216, 0.601, 1.417, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.601 std_dev=0.816
O3' B 0, -0.237, 0.615, 1.466, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.615 std_dev=0.851
N1 B 0, -0.219, 0.674, 1.566, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.674 std_dev=0.892
C4' B 0, -0.245, 0.648, 1.541, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.648 std_dev=0.893
C6 B 0, -0.266, 0.799, 1.864, 2.304 max_d=2.304 avg_d=0.799 std_dev=1.065
P A 0, -0.349, 0.959, 2.267, 2.808 max_d=2.808 avg_d=0.959 std_dev=1.308
OP2 A 0, -0.353, 0.978, 2.308, 2.859 max_d=2.859 avg_d=0.978 std_dev=1.331
C2 B 0, -0.373, 1.054, 2.482, 3.072 max_d=3.072 avg_d=1.054 std_dev=1.427
C5' B 0, -0.434, 1.120, 2.675, 3.318 max_d=3.318 avg_d=1.120 std_dev=1.554
C5 B 0, -0.410, 1.177, 2.764, 3.420 max_d=3.420 avg_d=1.177 std_dev=1.587
O2 B 0, -0.419, 1.170, 2.759, 3.417 max_d=3.417 avg_d=1.170 std_dev=1.589
OP1 A 0, -0.449, 1.209, 2.867, 3.553 max_d=3.553 avg_d=1.209 std_dev=1.658
O5' B 0, -0.468, 1.279, 3.026, 3.749 max_d=3.749 avg_d=1.279 std_dev=1.747
N3 B 0, -0.497, 1.393, 3.282, 4.064 max_d=4.064 avg_d=1.393 std_dev=1.890
C4 B 0, -0.520, 1.467, 3.455, 4.277 max_d=4.277 avg_d=1.467 std_dev=1.987
P B 0, -0.626, 1.695, 4.017, 4.977 max_d=4.977 avg_d=1.695 std_dev=2.321
O4 B 0, -0.648, 1.836, 4.319, 5.346 max_d=5.346 avg_d=1.836 std_dev=2.483
OP2 B 0, -0.674, 1.823, 4.319, 5.353 max_d=5.353 avg_d=1.823 std_dev=2.496
OP1 B 0, -0.829, 2.196, 5.221, 6.473 max_d=6.473 avg_d=2.196 std_dev=3.025

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.13 0.17 0.07 0.15
C2 0.02 0.00 0.10 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.16 0.05 0.04 0.07 0.25 0.39 0.22 0.32
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.02 0.13 0.01 0.06 0.20 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.17 0.20 0.15
C4 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.06 0.07 0.01 0.00 0.05 0.34 0.64 0.41 0.48
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.11 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.10 0.04 0.03
C5 0.02 0.06 0.10 0.03 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.03 0.03 0.08 0.23 0.03 0.01 0.14 0.38 0.71 0.46 0.52
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.16 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.17 0.12 0.01
C6 0.01 0.04 0.13 0.03 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.02 0.02 0.07 0.26 0.04 0.01 0.16 0.37 0.59 0.38 0.45
N1 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.26 0.38 0.23 0.31
N3 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.04 0.02 0.03 0.29 0.50 0.31 0.40
O2 0.05 0.02 0.20 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.05 0.04 0.00 0.37 0.11 0.06 0.14 0.20 0.28 0.14 0.25
O2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.07 0.01 0.23 0.02 0.26 0.03 0.09 0.37 0.00 0.04 0.07 0.01 0.08 0.02 0.15 0.06
O3' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.11 0.04 0.00 0.01 0.01 0.15 0.21 0.32 0.21
O4 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.06 0.07 0.01 0.00 0.05 0.35 0.70 0.46 0.52
O4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.16 0.02 0.03 0.14 0.01 0.01 0.05 0.00 0.17 0.12 0.12 0.15
O5' 0.13 0.25 0.03 0.15 0.34 0.01 0.38 0.00 0.37 0.26 0.29 0.20 0.08 0.15 0.35 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.17 0.39 0.02 0.17 0.64 0.10 0.71 0.17 0.59 0.38 0.50 0.28 0.02 0.21 0.70 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.22 0.06 0.20 0.41 0.04 0.46 0.12 0.38 0.23 0.31 0.14 0.15 0.32 0.46 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.32 0.01 0.15 0.48 0.03 0.52 0.01 0.45 0.31 0.40 0.25 0.06 0.21 0.52 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 1.16 0.38 0.22 1.37 0.20 1.03 0.25 0.76 0.77 1.43 1.25 0.10 0.13 1.55 0.09 0.09 0.23 0.46 0.09
C2 0.26 1.25 0.30 0.01 1.40 0.41 1.00 0.56 0.72 0.77 1.52 1.41 0.07 0.10 1.59 0.23 0.24 0.66 0.13 0.28
C2' 0.42 1.21 0.61 0.54 1.49 0.10 1.21 0.11 0.95 0.90 1.49 1.19 0.27 0.51 1.67 0.12 0.47 0.26 0.88 0.50
C3' 0.30 1.00 0.48 0.46 1.27 0.05 1.02 0.08 0.78 0.73 1.26 0.98 0.17 0.44 1.45 0.05 0.43 0.24 0.81 0.46
C4 0.31 1.28 0.30 0.04 1.31 0.44 0.95 0.59 0.71 0.79 1.46 1.49 0.09 0.15 1.45 0.22 0.31 0.71 0.05 0.33
C4' 0.10 0.75 0.22 0.17 0.91 0.18 0.66 0.18 0.46 0.47 0.96 0.81 0.02 0.14 1.06 0.15 0.12 0.12 0.41 0.12
C5 0.32 1.22 0.36 0.10 1.25 0.28 0.94 0.36 0.72 0.79 1.38 1.43 0.08 0.01 1.36 0.12 0.06 0.38 0.28 0.06
C5' 0.03 0.44 0.12 0.15 0.53 0.14 0.35 0.10 0.23 0.24 0.56 0.48 0.06 0.19 0.62 0.18 0.14 0.02 0.35 0.14
C6 0.30 1.17 0.38 0.18 1.27 0.21 0.96 0.26 0.73 0.77 1.38 1.32 0.08 0.08 1.41 0.09 0.06 0.24 0.41 0.06
N1 0.28 1.20 0.36 0.14 1.35 0.28 1.00 0.36 0.74 0.77 1.45 1.34 0.09 0.04 1.52 0.14 0.04 0.38 0.33 0.05
N3 0.29 1.29 0.29 0.04 1.39 0.47 0.99 0.65 0.72 0.79 1.53 1.48 0.09 0.16 1.57 0.24 0.35 0.79 0.02 0.39
O2 0.24 1.24 0.28 0.01 1.42 0.45 1.01 0.62 0.71 0.75 1.53 1.38 0.07 0.12 1.64 0.26 0.30 0.75 0.08 0.35
O2' 0.63 1.54 0.83 0.75 1.95 0.27 1.63 0.28 1.30 1.20 1.92 1.47 0.42 0.69 2.19 0.30 0.70 0.48 1.21 0.75
O3' 0.35 1.16 0.49 0.43 1.49 0.01 1.18 0.02 0.89 0.83 1.48 1.14 0.16 0.37 1.71 0.05 0.40 0.16 0.83 0.43
O4 0.30 1.23 0.24 0.14 1.24 0.54 0.89 0.74 0.66 0.76 1.39 1.44 0.08 0.26 1.37 0.28 0.48 0.90 0.12 0.50
O4' 0.10 0.86 0.17 0.02 0.98 0.33 0.67 0.38 0.45 0.50 1.07 0.98 0.05 0.05 1.14 0.23 0.09 0.40 0.21 0.11
O5' 0.21 0.22 0.02 0.12 0.38 0.23 0.24 0.14 0.11 0.07 0.37 0.21 0.23 0.20 0.47 0.33 0.12 0.03 0.36 0.15
OP1 0.92 0.85 0.70 0.38 0.79 0.61 0.80 0.44 0.82 0.85 0.81 0.87 0.80 0.11 0.76 0.85 0.31 0.23 0.22 0.28
OP2 0.60 0.43 0.37 0.12 0.28 0.37 0.31 0.21 0.38 0.44 0.34 0.49 0.55 0.05 0.23 0.56 0.02 0.08 0.21 0.07
P 0.55 0.37 0.29 0.03 0.21 0.32 0.25 0.17 0.32 0.39 0.27 0.43 0.48 0.17 0.17 0.53 0.05 0.09 0.24 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.08 0.12 0.03
C2 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.02 0.02 0.02 0.12 0.11 0.05 0.05
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.05 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.08 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.21 0.09 0.05 0.08 0.01 0.01 0.11 0.01 0.03 0.10 0.02 0.01
C4 0.03 0.01 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.14 0.01 0.08 0.15 0.09 0.05 0.05
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.05 0.02
C5 0.03 0.02 0.07 0.20 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.25 0.03 0.11 0.18 0.11 0.03 0.06
C5' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.07 0.06 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.00 0.13 0.01 0.00
C6 0.04 0.01 0.08 0.21 0.03 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.24 0.04 0.12 0.19 0.14 0.03 0.06
N1 0.01 0.00 0.00 0.09 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.08 0.03 0.02 0.13 0.12 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.12 0.04 0.02 0.02 0.13 0.10 0.06 0.06
O2 0.02 0.01 0.15 0.08 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.23 0.15 0.04 0.07 0.09 0.10 0.07 0.04
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.08 0.04 0.04 0.12 0.23 0.00 0.06 0.06 0.09 0.03 0.17 0.03 0.03
O3' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.14 0.02 0.25 0.00 0.24 0.08 0.04 0.15 0.06 0.00 0.15 0.02 0.02 0.16 0.12 0.06
O4 0.04 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.06 0.15 0.00 0.09 0.13 0.05 0.06 0.04
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.02 0.02 0.07 0.09 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.17 0.07
O5' 0.04 0.12 0.03 0.03 0.15 0.00 0.18 0.00 0.19 0.13 0.13 0.09 0.03 0.02 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.11 0.07 0.10 0.09 0.12 0.11 0.13 0.14 0.12 0.10 0.10 0.17 0.16 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.12 0.05 0.08 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.03 0.06 0.06 0.07 0.03 0.12 0.06 0.17 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.00 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.06 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00