ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49096

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C6 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O4 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O2 A 0, 0.000, 0.079, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.079 std_dev=0.079
O3' B 0, 0.000, 0.281, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C3' B 0, 0.000, 0.427, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.427
O4' B 0, 0.000, 0.489, 0.978, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.489 std_dev=0.489
C4' B 0, 0.000, 0.497, 0.994, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.497 std_dev=0.497
C5' B 0, 0.000, 0.528, 1.056, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.528 std_dev=0.528
C2' B 0, 0.000, 0.540, 1.081, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.540 std_dev=0.540
C1' B 0, 0.000, 0.551, 1.102, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.551 std_dev=0.551
O2' B 0, 0.000, 0.636, 1.272, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.636 std_dev=0.636
OP2 A 0, 0.000, 0.643, 1.287, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.643 std_dev=0.643
C2' A 0, 0.000, 0.659, 1.319, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.659 std_dev=0.659
O4' A 0, 0.000, 0.671, 1.342, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.671 std_dev=0.671
N1 B 0, 0.000, 0.720, 1.440, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.720 std_dev=0.720
P A 0, 0.000, 0.724, 1.449, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.724 std_dev=0.724
C6 B 0, 0.000, 0.805, 1.611, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.805 std_dev=0.805
C2 B 0, 0.000, 0.922, 1.844, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.922 std_dev=0.922
C3' A 0, 0.000, 0.949, 1.897, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.949 std_dev=0.949
O2 B 0, 0.000, 0.967, 1.934, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.967 std_dev=0.967
O2' A 0, 0.000, 0.987, 1.975, 1.975 max_d=1.975 avg_d=0.987 std_dev=0.987
C5 B 0, 0.000, 1.047, 2.093, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.047 std_dev=1.047
O5' B 0, 0.000, 1.062, 2.124, 2.124 max_d=2.124 avg_d=1.062 std_dev=1.062
O3' A 0, 0.000, 1.077, 2.154, 2.154 max_d=2.154 avg_d=1.077 std_dev=1.077
C4' A 0, 0.000, 1.078, 2.156, 2.156 max_d=2.156 avg_d=1.078 std_dev=1.078
OP1 A 0, 0.000, 1.153, 2.306, 2.306 max_d=2.306 avg_d=1.153 std_dev=1.153
N3 B 0, 0.000, 1.169, 2.337, 2.337 max_d=2.337 avg_d=1.169 std_dev=1.169
O5' A 0, 0.000, 1.219, 2.439, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.219 std_dev=1.219
C4 B 0, 0.000, 1.226, 2.451, 2.451 max_d=2.451 avg_d=1.226 std_dev=1.226
O4 B 0, 0.000, 1.478, 2.955, 2.955 max_d=2.955 avg_d=1.478 std_dev=1.478
C5' A 0, 0.000, 1.882, 3.764, 3.764 max_d=3.764 avg_d=1.882 std_dev=1.882
OP1 B 0, 0.000, 1.892, 3.784, 3.784 max_d=3.784 avg_d=1.892 std_dev=1.892
P B 0, 0.000, 2.003, 4.005, 4.005 max_d=4.005 avg_d=2.003 std_dev=2.003
OP2 B 0, 0.000, 3.144, 6.288, 6.288 max_d=6.288 avg_d=3.144 std_dev=3.144

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.01 0.00 0.14 0.05 0.19 0.12
C2 0.04 0.00 0.11 0.25 0.01 0.05 0.02 0.15 0.02 0.00 0.00 0.01 0.16 0.19 0.01 0.07 0.09 0.16 0.20 0.18
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.18 0.01 0.05 0.24 0.00 0.02 0.06 0.00 0.33 0.15 0.57 0.42
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.21 0.00 0.11 0.01 0.05 0.14 0.26 0.27 0.03 0.01 0.23 0.00 0.38 0.22 0.57 0.44
C4 0.01 0.01 0.06 0.21 0.00 0.15 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.03 0.28 0.19 0.00 0.03 0.00 0.32 0.15 0.18
C4' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.15 0.00 0.18 0.00 0.14 0.07 0.10 0.03 0.15 0.01 0.17 0.01 0.02 0.11 0.03 0.03
C5 0.01 0.02 0.16 0.11 0.01 0.18 0.00 0.34 0.01 0.00 0.02 0.03 0.27 0.11 0.02 0.10 0.01 0.33 0.17 0.20
C5' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.33 0.00 0.34 0.00 0.26 0.15 0.25 0.06 0.12 0.03 0.37 0.01 0.00 0.19 0.03 0.01
C6 0.01 0.02 0.18 0.05 0.01 0.14 0.01 0.26 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.04 0.02 0.11 0.07 0.25 0.21 0.21
N1 0.01 0.00 0.01 0.14 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.10 0.01 0.00 0.10 0.14 0.21 0.18
N3 0.03 0.00 0.05 0.26 0.01 0.10 0.02 0.25 0.02 0.01 0.00 0.02 0.23 0.23 0.00 0.04 0.04 0.25 0.18 0.18
O2 0.07 0.01 0.24 0.27 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.21 0.02 0.15 0.13 0.12 0.22 0.18
O2' 0.00 0.16 0.00 0.03 0.28 0.15 0.27 0.12 0.23 0.14 0.23 0.08 0.00 0.00 0.30 0.14 0.08 0.29 0.30 0.10
O3' 0.03 0.19 0.02 0.01 0.19 0.01 0.11 0.03 0.04 0.10 0.23 0.21 0.00 0.00 0.22 0.00 0.27 0.06 0.50 0.31
O4 0.01 0.01 0.06 0.23 0.00 0.17 0.02 0.37 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.22 0.00 0.04 0.03 0.36 0.12 0.17
O4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.04 0.15 0.14 0.00 0.04 0.00 0.01 0.14 0.04 0.07
O5' 0.14 0.09 0.33 0.38 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.10 0.04 0.13 0.08 0.27 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.05 0.16 0.15 0.22 0.32 0.11 0.33 0.19 0.25 0.14 0.25 0.12 0.29 0.06 0.36 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.19 0.20 0.57 0.57 0.15 0.03 0.17 0.03 0.21 0.21 0.18 0.22 0.30 0.50 0.12 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.18 0.42 0.44 0.18 0.03 0.20 0.01 0.21 0.18 0.18 0.18 0.10 0.31 0.17 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.17 0.24 0.19 0.14 0.15 0.11 0.18 0.11 0.14 0.16 0.20 0.34 0.17 0.15 0.07 0.18 0.52 1.62 0.91
C2 0.22 0.17 0.28 0.25 0.17 0.25 0.18 0.27 0.19 0.18 0.16 0.16 0.35 0.20 0.18 0.16 0.26 0.72 1.88 1.00
C2' 0.64 0.65 0.75 0.65 0.64 0.57 0.60 0.56 0.59 0.63 0.65 0.67 0.86 0.60 0.65 0.50 0.30 0.09 1.08 0.42
C3' 0.23 0.17 0.45 0.48 0.22 0.36 0.24 0.41 0.24 0.21 0.18 0.13 0.52 0.50 0.23 0.15 0.25 0.06 0.95 0.36
C4 0.19 0.06 0.23 0.25 0.12 0.28 0.17 0.32 0.19 0.14 0.06 0.01 0.26 0.17 0.12 0.18 0.28 0.72 1.83 0.91
C4' 0.31 0.35 0.18 0.08 0.33 0.09 0.31 0.03 0.30 0.33 0.35 0.36 0.18 0.06 0.32 0.30 0.13 0.15 1.24 0.67
C5 0.17 0.04 0.23 0.26 0.09 0.30 0.15 0.33 0.17 0.12 0.04 0.02 0.25 0.17 0.09 0.17 0.21 0.56 1.71 0.83
C5' 0.76 0.85 0.57 0.30 0.76 0.29 0.68 0.08 0.67 0.77 0.83 0.91 0.69 0.25 0.75 0.63 0.14 0.08 1.02 0.52
C6 0.19 0.10 0.26 0.27 0.11 0.27 0.14 0.29 0.16 0.14 0.09 0.07 0.31 0.21 0.11 0.14 0.16 0.49 1.65 0.84
N1 0.21 0.16 0.27 0.25 0.16 0.24 0.16 0.27 0.17 0.17 0.15 0.15 0.35 0.21 0.16 0.14 0.19 0.58 1.73 0.92
N3 0.21 0.13 0.26 0.26 0.16 0.27 0.19 0.30 0.20 0.17 0.13 0.09 0.32 0.19 0.16 0.18 0.29 0.78 1.90 0.99
O2 0.23 0.20 0.29 0.26 0.20 0.24 0.19 0.27 0.19 0.20 0.20 0.20 0.39 0.22 0.21 0.16 0.26 0.76 1.90 1.03
O2' 0.69 0.85 0.69 0.48 0.77 0.45 0.65 0.41 0.62 0.72 0.86 0.95 0.84 0.38 0.81 0.51 0.18 0.29 1.20 0.59
O3' 0.21 0.18 0.41 0.42 0.22 0.30 0.22 0.36 0.21 0.20 0.20 0.16 0.49 0.42 0.24 0.12 0.27 0.10 0.86 0.32
O4 0.15 0.00 0.19 0.22 0.09 0.26 0.17 0.32 0.19 0.11 0.01 0.09 0.21 0.14 0.08 0.17 0.31 0.77 1.76 0.87
O4' 0.24 0.25 0.15 0.12 0.26 0.11 0.26 0.00 0.26 0.25 0.26 0.24 0.11 0.12 0.25 0.26 0.29 0.41 1.56 0.91
O5' 0.37 0.40 0.27 0.06 0.37 0.03 0.34 0.11 0.34 0.37 0.40 0.41 0.41 0.02 0.36 0.27 0.20 0.39 0.50 0.15
OP1 0.02 0.03 0.01 0.11 0.05 0.25 0.06 0.48 0.07 0.04 0.03 0.01 0.19 0.00 0.05 0.12 0.57 0.83 0.02 0.25
OP2 0.22 0.21 0.21 0.05 0.25 0.02 0.27 0.07 0.26 0.23 0.23 0.18 0.37 0.02 0.25 0.14 0.45 0.73 0.23 0.28
P 0.16 0.15 0.14 0.01 0.16 0.07 0.16 0.21 0.15 0.15 0.16 0.15 0.28 0.00 0.16 0.08 0.38 0.58 0.15 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.20 0.14 0.14 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.04 0.03 0.12 0.06 0.12 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.11 0.08 0.12 0.03 0.01 0.09 0.00 0.03 0.06 0.01 0.35 0.36 0.13 0.18
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.10 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.08 0.01 0.27 0.31 0.14 0.00
C4 0.01 0.02 0.06 0.08 0.00 0.11 0.01 0.27 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.11 0.01 0.02 0.18 0.23 0.78 0.50
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.11 0.00 0.11 0.01 0.09 0.05 0.09 0.02 0.01 0.02 0.12 0.00 0.00 0.02 0.55 0.28
C5 0.02 0.02 0.11 0.11 0.01 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.02 0.12 0.14 0.01 0.00 0.31 0.42 1.01 0.67
C5' 0.07 0.17 0.08 0.01 0.27 0.01 0.25 0.00 0.19 0.15 0.24 0.14 0.06 0.03 0.29 0.02 0.00 0.24 0.15 0.01
C6 0.03 0.00 0.12 0.10 0.02 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.02 0.00 0.13 0.13 0.01 0.02 0.37 0.42 0.76 0.57
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.01 0.23 0.20 0.24 0.25
N3 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.24 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.03 0.04 0.11 0.08 0.39 0.28
O2 0.03 0.00 0.09 0.05 0.03 0.02 0.02 0.14 0.00 0.00 0.02 0.00 0.15 0.01 0.05 0.04 0.05 0.07 0.17 0.02
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.12 0.06 0.13 0.02 0.02 0.15 0.00 0.01 0.04 0.00 0.33 0.34 0.03 0.12
O3' 0.08 0.05 0.03 0.01 0.11 0.02 0.14 0.03 0.13 0.09 0.08 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.14 0.17 0.52 0.25
O4 0.00 0.04 0.06 0.08 0.01 0.12 0.01 0.29 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.10 0.00 0.01 0.16 0.23 0.90 0.55
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.05 0.53 0.21
O5' 0.20 0.12 0.35 0.27 0.18 0.00 0.31 0.00 0.37 0.23 0.11 0.05 0.33 0.14 0.16 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.14 0.06 0.36 0.31 0.23 0.02 0.42 0.24 0.42 0.20 0.08 0.07 0.34 0.17 0.23 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.12 0.13 0.14 0.78 0.55 1.01 0.15 0.76 0.24 0.39 0.17 0.03 0.52 0.90 0.53 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.15 0.18 0.00 0.50 0.28 0.67 0.01 0.57 0.25 0.28 0.02 0.12 0.25 0.55 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00