ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49097

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.000, 0.080, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.000, 0.118, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.118 std_dev=0.118
O2 B 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C4' A 0, 0.000, 0.174, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.174 std_dev=0.174
O2' A 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C3' A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
OP2 A 0, 0.000, 0.215, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.215 std_dev=0.215
O5' A 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C5' B 0, 0.000, 0.224, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.224 std_dev=0.224
P A 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
O4' B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C5' A 0, 0.000, 0.256, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C4' B 0, 0.000, 0.259, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.259 std_dev=0.259
O3' A 0, 0.000, 0.268, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.268 std_dev=0.268
OP1 A 0, 0.000, 0.321, 0.643, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.321 std_dev=0.321
C2 B 0, 0.000, 0.323, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
C3' B 0, 0.000, 0.383, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.383 std_dev=0.383
N3 B 0, 0.000, 0.405, 0.811, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.405 std_dev=0.405
P B 0, 0.000, 0.434, 0.868, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
N1 B 0, 0.000, 0.440, 0.880, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.440 std_dev=0.440
C2' B 0, 0.000, 0.446, 0.892, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.446 std_dev=0.446
OP1 B 0, 0.000, 0.448, 0.895, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.448 std_dev=0.448
OP2 B 0, 0.000, 0.468, 0.936, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.468 std_dev=0.468
O2' B 0, 0.000, 0.476, 0.952, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.476 std_dev=0.476
O3' B 0, 0.000, 0.505, 1.011, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.505 std_dev=0.505
C4 B 0, 0.000, 0.578, 1.155, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.578 std_dev=0.578
C6 B 0, 0.000, 0.625, 1.250, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.625 std_dev=0.625
O4 B 0, 0.000, 0.635, 1.270, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.635 std_dev=0.635
C5 B 0, 0.000, 0.693, 1.386, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.693 std_dev=0.693
O5' B 0, 0.000, 0.727, 1.454, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.727 std_dev=0.727

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.08 0.03 0.05
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.07
C4 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.09 0.03 0.06 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.00 0.09 0.01 0.00
C6 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.06 0.03 0.05
N3 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02
O2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.04 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03
O3' 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.10 0.02 0.10 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.06 0.02 0.17 0.08 0.13 0.13
O4 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.03 0.03 0.08 0.10 0.08
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.12 0.12 0.06 0.09
O5' 0.07 0.06 0.03 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.07 0.03 0.17 0.03 0.12 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.08 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.09 0.02 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.03 0.01 0.04 0.08 0.06 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.13 0.10 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.03 0.03 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.13 0.08 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.09 0.16 0.10 0.13 0.09 0.18 0.07 0.18 0.13 0.10 0.04 0.21 0.08 0.13 0.09 0.30 0.08 0.19 0.12
C2 0.12 0.10 0.16 0.12 0.13 0.11 0.16 0.10 0.15 0.12 0.11 0.06 0.20 0.11 0.14 0.10 0.27 0.08 0.17 0.11
C2' 0.07 0.03 0.08 0.03 0.07 0.04 0.11 0.04 0.11 0.07 0.04 0.01 0.12 0.02 0.06 0.05 0.22 0.12 0.15 0.07
C3' 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.07 0.03 0.08 0.04 0.00 0.05 0.09 0.10 0.02 0.01 0.16 0.20 0.11 0.02
C4 0.12 0.10 0.14 0.10 0.13 0.10 0.16 0.08 0.16 0.12 0.11 0.06 0.19 0.08 0.14 0.10 0.24 0.14 0.16 0.08
C4' 0.08 0.03 0.09 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.13 0.08 0.03 0.03 0.15 0.04 0.06 0.04 0.21 0.18 0.13 0.04
C5 0.17 0.13 0.20 0.14 0.18 0.13 0.22 0.08 0.22 0.18 0.14 0.07 0.26 0.11 0.18 0.14 0.30 0.12 0.21 0.12
C5' 0.06 0.01 0.08 0.04 0.05 0.03 0.11 0.08 0.12 0.07 0.01 0.05 0.14 0.09 0.04 0.01 0.16 0.24 0.10 0.00
C6 0.18 0.13 0.21 0.14 0.18 0.12 0.23 0.08 0.23 0.18 0.14 0.08 0.26 0.12 0.18 0.13 0.31 0.10 0.22 0.13
N1 0.14 0.11 0.18 0.13 0.15 0.11 0.19 0.09 0.19 0.15 0.12 0.06 0.23 0.11 0.15 0.11 0.30 0.09 0.19 0.12
N3 0.10 0.08 0.13 0.10 0.12 0.10 0.13 0.09 0.13 0.10 0.10 0.05 0.17 0.09 0.12 0.08 0.24 0.11 0.14 0.08
O2 0.11 0.09 0.15 0.12 0.12 0.11 0.14 0.11 0.13 0.11 0.10 0.06 0.19 0.11 0.12 0.09 0.27 0.06 0.16 0.11
O2' 0.06 0.03 0.08 0.03 0.07 0.05 0.11 0.06 0.11 0.07 0.03 0.02 0.11 0.01 0.06 0.05 0.25 0.09 0.17 0.10
O3' 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.05 0.08 0.02 0.17 0.03 0.01 0.11 0.22 0.09 0.01
O4 0.08 0.07 0.09 0.06 0.10 0.07 0.12 0.06 0.11 0.08 0.08 0.04 0.13 0.03 0.11 0.07 0.16 0.19 0.11 0.03
O4' 0.14 0.10 0.18 0.10 0.15 0.08 0.19 0.04 0.20 0.14 0.10 0.04 0.23 0.08 0.14 0.09 0.30 0.11 0.19 0.11
O5' 0.08 0.02 0.10 0.02 0.09 0.02 0.16 0.00 0.17 0.09 0.02 0.06 0.14 0.04 0.07 0.05 0.24 0.11 0.21 0.10
OP1 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.07 0.09 0.10 0.10 0.03 0.06 0.15 0.05 0.16 0.02 0.02 0.12 0.21 0.13 0.01
OP2 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.06 0.12 0.11 0.13 0.07 0.00 0.09 0.11 0.16 0.04 0.01 0.11 0.22 0.15 0.01
P 0.06 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.13 0.08 0.14 0.07 0.01 0.10 0.11 0.11 0.04 0.01 0.17 0.19 0.16 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.16 0.16 0.15 0.02
C2 0.02 0.00 0.10 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.10 0.02 0.01 0.24 0.15 0.13 0.05
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.08 0.20 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.11 0.22 0.05
C3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.16 0.03 0.03 0.16 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.08 0.26 0.11
C4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.21 0.01 0.18 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.16 0.16 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.14 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.17 0.00 0.02 0.17 0.04 0.21 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.03 0.03 0.05 0.01 0.00 0.20 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.18 0.00 0.01 0.18 0.03 0.19 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.13 0.15 0.03
N3 0.02 0.01 0.08 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.05 0.02 0.02 0.24 0.09 0.15 0.02
O2 0.04 0.00 0.20 0.16 0.02 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.22 0.03 0.00 0.26 0.20 0.11 0.07
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.07 0.00 0.10 0.20 0.00 0.05 0.05 0.02 0.04 0.10 0.22 0.07
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.05 0.01 0.17 0.03 0.18 0.02 0.05 0.22 0.05 0.00 0.05 0.02 0.27 0.01 0.33 0.21
O4 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.00 0.02 0.20 0.04 0.18 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.17 0.19 0.11 0.05
O5' 0.16 0.24 0.02 0.10 0.21 0.00 0.17 0.00 0.18 0.22 0.24 0.26 0.04 0.27 0.20 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.16 0.15 0.11 0.08 0.01 0.16 0.04 0.20 0.03 0.13 0.09 0.20 0.10 0.01 0.04 0.19 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.15 0.13 0.22 0.26 0.18 0.16 0.21 0.09 0.19 0.15 0.15 0.11 0.22 0.33 0.18 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.05 0.11 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.07 0.21 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00