ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49102

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2' A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2 B 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 B 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N3 B 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N1 B 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O2 B 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
OP2 A 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C5 B 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C2' B 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C3' B 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
P A 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.050
O4 B 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C6 B 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C1' B 0, 0.000, 0.055, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C4' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C3' A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C5' A 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O3' B 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O5' A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O4' B 0, 0.000, 0.064, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.064 std_dev=0.064
OP1 A 0, 0.000, 0.064, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.064
O2' B 0, 0.000, 0.074, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C4' B 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C5' B 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
OP1 B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
O5' B 0, 0.000, 0.121, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.000, 0.123, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.123 std_dev=0.123
P B 0, 0.000, 0.129, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.129 std_dev=0.129
OP2 B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
N1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
O2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02
O4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02
C2 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.04 0.04
C2' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01
C3' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01
C4 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05
C4' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
C5 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05
C5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
C6 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.07 0.05 0.05 0.05
N1 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.04 0.04
N3 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04
O2 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03
O2' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01
O3' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
O4 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05
O4' 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
OP1 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02
OP2 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
O2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
O4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00