ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49107

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 24, 21, 15, 6, 6, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.001, 0.014, 0.028, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.022 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.016, 0.047, 0.078, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.047 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.027, 0.066, 0.105, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.066 std_dev=0.039
O2' B 0, 0.148, 0.278, 0.407, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.278 std_dev=0.130
O4' A 0, -0.024, 0.109, 0.243, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.109 std_dev=0.133
C2' A 0, -0.005, 0.140, 0.284, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.140 std_dev=0.145
C2' B 0, 0.101, 0.279, 0.456, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.279 std_dev=0.177
C3' B 0, 0.097, 0.279, 0.461, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.279 std_dev=0.182
C4' A 0, -0.054, 0.184, 0.422, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.184 std_dev=0.238
O3' B 0, 0.060, 0.299, 0.539, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.299 std_dev=0.240
C3' A 0, -0.076, 0.180, 0.435, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.180 std_dev=0.255
O5' A 0, 0.056, 0.315, 0.574, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.315 std_dev=0.259
O2' A 0, -0.036, 0.234, 0.504, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.234 std_dev=0.270
P A 0, 0.046, 0.332, 0.619, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.332 std_dev=0.287
C4' B 0, 0.072, 0.361, 0.650, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.361 std_dev=0.289
C5' A 0, -0.028, 0.287, 0.602, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.287 std_dev=0.315
O4' B 0, 0.014, 0.343, 0.672, 2.457 max_d=2.457 avg_d=0.343 std_dev=0.329
C1' B 0, -0.014, 0.324, 0.661, 2.286 max_d=2.286 avg_d=0.324 std_dev=0.338
C5' B 0, 0.112, 0.526, 0.940, 2.853 max_d=2.853 avg_d=0.526 std_dev=0.414
O3' A 0, -0.199, 0.230, 0.658, 3.213 max_d=3.213 avg_d=0.230 std_dev=0.428
OP1 A 0, 0.034, 0.463, 0.891, 2.505 max_d=2.505 avg_d=0.463 std_dev=0.429
O5' B 0, 0.149, 0.584, 1.018, 2.692 max_d=2.692 avg_d=0.584 std_dev=0.435
OP2 A 0, -0.006, 0.524, 1.053, 3.196 max_d=3.196 avg_d=0.524 std_dev=0.529
N9 B 0, -0.131, 0.416, 0.964, 4.184 max_d=4.184 avg_d=0.416 std_dev=0.547
P B 0, 0.097, 0.793, 1.489, 4.323 max_d=4.323 avg_d=0.793 std_dev=0.696
C5 B 0, -0.163, 0.659, 1.482, 6.473 max_d=6.473 avg_d=0.659 std_dev=0.822
OP2 B 0, 0.043, 0.903, 1.764, 5.404 max_d=5.404 avg_d=0.903 std_dev=0.861
C4 B 0, -0.003, 0.872, 1.746, 4.191 max_d=4.191 avg_d=0.872 std_dev=0.875
OP1 B 0, 0.098, 0.988, 1.879, 5.265 max_d=5.265 avg_d=0.988 std_dev=0.890
C6 B 0, -0.132, 1.174, 2.479, 7.049 max_d=7.049 avg_d=1.174 std_dev=1.306
O6 B 0, -0.217, 1.106, 2.430, 9.028 max_d=9.028 avg_d=1.106 std_dev=1.324
N7 B 0, -0.292, 1.044, 2.380, 8.060 max_d=8.060 avg_d=1.044 std_dev=1.336
C8 B 0, -0.226, 1.151, 2.528, 6.636 max_d=6.636 avg_d=1.151 std_dev=1.377
N3 B 0, -0.172, 1.753, 3.677, 4.853 max_d=4.853 avg_d=1.753 std_dev=1.924
N1 B 0, -0.235, 2.039, 4.312, 6.425 max_d=6.425 avg_d=2.039 std_dev=2.273
C2 B 0, -0.318, 2.321, 4.961, 6.782 max_d=6.782 avg_d=2.321 std_dev=2.639
N2 B 0, -0.572, 3.266, 7.103, 9.260 max_d=9.260 avg_d=3.266 std_dev=3.838

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.14 0.03 0.00 0.14 0.13 0.21 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.13 0.02 0.04 0.18 0.14 0.33 0.15
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.09 0.07 0.03 0.07 0.11 0.00 0.04 0.07 0.02 0.25 0.20 0.34 0.26
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.10 0.07 0.10 0.07 0.01 0.01 0.13 0.01 0.15 0.13 0.17 0.13
C4 0.03 0.01 0.06 0.12 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.11 0.00 0.03 0.21 0.17 0.43 0.19
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.04 0.04 0.10 0.03 0.07 0.00 0.02 0.13 0.06 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.11 0.01 0.04 0.21 0.16 0.42 0.19
C5' 0.05 0.09 0.09 0.01 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.09 0.11 0.07 0.04 0.08 0.15 0.01 0.01 0.09 0.11 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.01 0.04 0.20 0.15 0.35 0.16
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.01 0.18 0.14 0.30 0.14
N3 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.12 0.01 0.04 0.19 0.16 0.39 0.17
O2 0.03 0.00 0.11 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.17 0.02 0.06 0.17 0.14 0.31 0.14
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.13 0.10 0.13 0.04 0.12 0.07 0.12 0.13 0.00 0.04 0.15 0.07 0.22 0.14 0.39 0.24
O3' 0.14 0.13 0.04 0.01 0.11 0.03 0.11 0.08 0.10 0.10 0.12 0.17 0.04 0.00 0.12 0.10 0.14 0.16 0.19 0.12
O4 0.03 0.02 0.07 0.13 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.15 0.12 0.00 0.04 0.21 0.17 0.46 0.20
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.07 0.10 0.04 0.00 0.11 0.18 0.14 0.09
O5' 0.14 0.18 0.25 0.15 0.21 0.02 0.21 0.01 0.20 0.18 0.19 0.17 0.22 0.14 0.21 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.14 0.20 0.13 0.17 0.13 0.16 0.09 0.15 0.14 0.16 0.14 0.14 0.16 0.17 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.33 0.34 0.17 0.43 0.06 0.42 0.11 0.35 0.30 0.39 0.31 0.39 0.19 0.46 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.15 0.26 0.13 0.19 0.05 0.19 0.01 0.16 0.14 0.17 0.14 0.24 0.12 0.20 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.31 1.50 0.14 0.14 0.56 0.28 0.39 0.32 0.59 0.94 1.14 2.11 1.26 0.78 0.38 0.13 0.15 0.32 0.28 0.49 0.45 0.26 0.30
C2 0.31 1.96 0.14 0.13 0.71 0.24 0.54 0.25 0.80 1.19 1.51 2.75 1.60 1.03 0.46 0.14 0.14 0.29 0.26 0.69 0.34 0.32 0.25
C2' 0.37 1.19 0.21 0.23 0.44 0.33 0.37 0.33 0.47 0.88 0.90 1.72 0.98 0.75 0.41 0.18 0.27 0.35 0.32 0.42 0.48 0.22 0.31
C3' 0.24 1.06 0.11 0.13 0.33 0.28 0.21 0.33 0.36 0.69 0.79 1.53 0.87 0.56 0.26 0.17 0.16 0.27 0.29 0.28 0.54 0.27 0.34
C4 0.29 1.87 0.16 0.14 0.69 0.20 0.58 0.19 0.77 1.26 1.42 2.57 1.54 1.14 0.49 0.16 0.15 0.24 0.27 0.71 0.29 0.44 0.28
C4' 0.26 1.02 0.10 0.09 0.37 0.26 0.25 0.33 0.38 0.65 0.77 1.43 0.86 0.52 0.27 0.18 0.14 0.29 0.30 0.30 0.54 0.30 0.35
C5 0.29 1.46 0.15 0.14 0.58 0.21 0.49 0.19 0.59 1.11 1.07 1.98 1.28 0.96 0.45 0.15 0.15 0.25 0.27 0.55 0.28 0.38 0.26
C5' 0.22 0.60 0.09 0.08 0.22 0.28 0.17 0.34 0.23 0.44 0.44 0.84 0.51 0.35 0.21 0.20 0.13 0.27 0.31 0.19 0.55 0.33 0.37
C6 0.30 1.37 0.14 0.14 0.53 0.24 0.42 0.23 0.54 0.99 1.00 1.87 1.20 0.83 0.41 0.14 0.15 0.28 0.25 0.47 0.31 0.29 0.23
N1 0.31 1.64 0.14 0.14 0.61 0.26 0.45 0.27 0.65 1.05 1.23 2.28 1.38 0.89 0.42 0.13 0.15 0.30 0.26 0.55 0.36 0.28 0.25
N3 0.30 2.05 0.15 0.13 0.74 0.22 0.59 0.21 0.85 1.27 1.59 2.88 1.66 1.14 0.48 0.15 0.14 0.27 0.26 0.75 0.30 0.39 0.26
O2 0.32 2.07 0.14 0.13 0.74 0.26 0.55 0.28 0.85 1.20 1.62 2.94 1.66 1.04 0.45 0.14 0.15 0.30 0.26 0.73 0.37 0.32 0.26
O2' 0.37 1.35 0.23 0.22 0.49 0.30 0.42 0.33 0.55 0.95 1.03 1.95 1.09 0.82 0.43 0.23 0.25 0.32 0.31 0.49 0.50 0.23 0.32
O3' 0.23 1.30 0.14 0.12 0.44 0.23 0.26 0.31 0.48 0.73 1.00 1.85 1.05 0.59 0.26 0.21 0.14 0.24 0.29 0.37 0.58 0.35 0.37
O4 0.28 1.91 0.17 0.14 0.69 0.18 0.64 0.17 0.83 1.31 1.48 2.66 1.53 1.25 0.51 0.18 0.16 0.23 0.30 0.79 0.32 0.52 0.33
O4' 0.29 1.31 0.14 0.13 0.50 0.27 0.34 0.32 0.51 0.82 0.99 1.81 1.12 0.66 0.34 0.18 0.15 0.31 0.29 0.41 0.48 0.28 0.32
O5' 0.13 0.51 0.08 0.03 0.20 0.18 0.10 0.23 0.19 0.27 0.38 0.71 0.45 0.20 0.10 0.19 0.01 0.16 0.20 0.14 0.42 0.26 0.26
OP1 0.11 0.39 0.08 0.12 0.23 0.28 0.23 0.38 0.28 0.24 0.34 0.50 0.35 0.26 0.15 0.14 0.02 0.20 0.36 0.29 0.60 0.43 0.45
OP2 0.25 0.28 0.30 0.13 0.30 0.14 0.35 0.22 0.35 0.36 0.32 0.27 0.26 0.38 0.31 0.44 0.02 0.15 0.24 0.38 0.22 0.25 0.18
P 0.09 0.13 0.11 0.02 0.10 0.12 0.13 0.18 0.14 0.14 0.13 0.17 0.12 0.16 0.10 0.20 0.01 0.07 0.18 0.16 0.35 0.23 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.17 0.02 0.18 0.37 0.20
C2 0.03 0.00 0.53 0.51 0.01 0.55 0.01 1.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.12 0.34 1.48 0.02 1.73 2.02 1.78
C2' 0.00 0.53 0.00 0.00 0.27 0.02 0.14 0.08 0.25 0.24 0.42 0.63 0.51 0.12 0.03 0.00 0.03 0.03 0.22 0.20 0.21 0.27 0.18
C3' 0.01 0.51 0.00 0.00 0.22 0.01 0.11 0.02 0.21 0.26 0.39 0.65 0.48 0.17 0.05 0.02 0.01 0.01 0.14 0.17 0.16 0.18 0.09
C4 0.02 0.01 0.27 0.22 0.00 0.22 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.09 0.17 0.48 0.01 0.42 0.44 0.44
C4' 0.01 0.55 0.02 0.01 0.22 0.00 0.06 0.01 0.17 0.33 0.39 0.72 0.53 0.23 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.10 0.07 0.23 0.06
C5 0.01 0.01 0.14 0.11 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.10 0.06 0.23 0.01 0.18 0.30 0.20
C5' 0.06 1.05 0.08 0.02 0.35 0.01 0.12 0.00 0.29 0.72 0.73 1.43 0.96 0.55 0.17 0.06 0.06 0.01 0.01 0.18 0.11 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.25 0.21 0.01 0.17 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.10 0.12 0.42 0.00 0.35 0.40 0.38
C8 0.01 0.01 0.24 0.26 0.01 0.33 0.01 0.72 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.13 0.20 1.08 0.02 1.27 1.58 1.33
N1 0.02 0.01 0.42 0.39 0.01 0.39 0.01 0.73 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.26 0.10 0.25 1.03 0.01 1.19 1.38 1.22
N2 0.04 0.01 0.63 0.65 0.01 0.72 0.01 1.43 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.15 0.42 2.02 0.02 2.55 3.01 2.57
N3 0.03 0.01 0.51 0.48 0.00 0.53 0.01 0.96 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.27 0.12 0.35 1.34 0.01 1.44 1.62 1.50
N7 0.01 0.01 0.12 0.17 0.01 0.23 0.00 0.55 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.12 0.13 0.84 0.02 1.09 1.37 1.12
N9 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.10 0.02 0.31 0.02 0.35 0.53 0.38
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.17 0.06 0.18 0.06 0.22 0.17 0.26 0.35 0.27 0.18 0.09 0.00 0.05 0.04 0.22 0.23 0.23 0.28 0.19
O3' 0.12 0.12 0.03 0.01 0.09 0.03 0.10 0.06 0.10 0.13 0.10 0.15 0.12 0.12 0.10 0.05 0.00 0.08 0.12 0.11 0.21 0.20 0.11
O4' 0.00 0.34 0.03 0.01 0.17 0.00 0.06 0.01 0.12 0.20 0.25 0.42 0.35 0.13 0.02 0.04 0.08 0.00 0.07 0.07 0.08 0.33 0.15
O5' 0.17 1.48 0.22 0.14 0.48 0.01 0.23 0.01 0.42 1.08 1.03 2.02 1.34 0.84 0.31 0.22 0.12 0.07 0.00 0.29 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.20 0.17 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.23 0.11 0.07 0.29 0.00 0.17 0.23 0.21
OP1 0.18 1.73 0.21 0.16 0.42 0.07 0.18 0.11 0.35 1.27 1.19 2.55 1.44 1.09 0.35 0.23 0.21 0.08 0.02 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 2.02 0.27 0.18 0.44 0.23 0.30 0.15 0.40 1.58 1.38 3.01 1.62 1.37 0.53 0.28 0.20 0.33 0.02 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.20 1.78 0.18 0.09 0.44 0.06 0.20 0.01 0.38 1.33 1.22 2.57 1.50 1.12 0.38 0.19 0.11 0.15 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00