Doublet Group distance statistics: 49108

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 13, 10, 13, 7, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.010, 0.014, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.004
C5	A	0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1	A	0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C1'	A	0, 0.017, 0.027, 0.036, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C6	A	0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O2	A	0, 0.034, 0.057, 0.081, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.057 std_dev=0.024
O4	A	0, -0.003, 0.073, 0.149, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.073 std_dev=0.076
C2'	A	0, 0.163, 0.253, 0.344, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.253 std_dev=0.091
O4'	B	0, 0.228, 0.330, 0.432, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.330 std_dev=0.102
O2'	A	0, 0.247, 0.351, 0.454, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.351 std_dev=0.103
C1'	B	0, 0.193, 0.300, 0.408, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.300 std_dev=0.108
O4'	A	0, 0.116, 0.230, 0.343, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.230 std_dev=0.113
C4'	B	0, 0.241, 0.370, 0.498, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.370 std_dev=0.128
P	A	0, 0.371, 0.505, 0.639, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.505 std_dev=0.134
C5'	B	0, 0.288, 0.431, 0.574, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.431 std_dev=0.143
C2'	B	0, 0.222, 0.371, 0.519, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.371 std_dev=0.149
O5'	B	0, 0.307, 0.466, 0.624, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.466 std_dev=0.159
C3'	B	0, 0.236, 0.397, 0.558, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.397 std_dev=0.161
N9	B	0, 0.250, 0.415, 0.579, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.415 std_dev=0.165
C3'	A	0, 0.241, 0.413, 0.585, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.413 std_dev=0.172
O3'	A	0, 0.248, 0.437, 0.626, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.437 std_dev=0.189
N7	B	0, 0.311, 0.505, 0.700, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.505 std_dev=0.195
OP1	B	0, 0.479, 0.674, 0.870, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.674 std_dev=0.196
O2'	B	0, 0.216, 0.412, 0.607, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.412 std_dev=0.196
OP1	A	0, 0.404, 0.604, 0.804, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.604 std_dev=0.200
O3'	B	0, 0.171, 0.403, 0.634, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.403 std_dev=0.231
P	B	0, 0.450, 0.687, 0.924, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.687 std_dev=0.237
OP2	A	0, 0.430, 0.681, 0.933, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.681 std_dev=0.251
O5'	A	0, 0.411, 0.668, 0.924, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.668 std_dev=0.257
C4'	A	0, 0.215, 0.500, 0.786, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.500 std_dev=0.286
C8	B	0, 0.251, 0.737, 1.223, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.737 std_dev=0.486
C5'	A	0, 0.496, 1.148, 1.800, 1.840 max_d=1.840 avg_d=1.148 std_dev=0.652
OP2	B	0, 0.394, 1.222, 2.050, 3.877 max_d=3.877 avg_d=1.222 std_dev=0.828
C5	B	0, 0.159, 1.070, 1.980, 2.677 max_d=2.677 avg_d=1.070 std_dev=0.910
C4	B	0, 0.042, 1.190, 2.337, 3.049 max_d=3.049 avg_d=1.190 std_dev=1.147
O6	B	0, 0.062, 1.864, 3.666, 4.861 max_d=4.861 avg_d=1.864 std_dev=1.802
C6	B	0, -0.028, 1.810, 3.649, 4.778 max_d=4.778 avg_d=1.810 std_dev=1.839
N3	B	0, -0.235, 1.958, 4.152, 5.224 max_d=5.224 avg_d=1.958 std_dev=2.193
N1	B	0, -0.325, 2.586, 5.497, 6.994 max_d=6.994 avg_d=2.586 std_dev=2.911
C2	B	0, -0.418, 2.643, 5.705, 7.162 max_d=7.162 avg_d=2.643 std_dev=3.061
N2	B	0, -0.676, 3.470, 7.616, 9.443 max_d=9.443 avg_d=3.470 std_dev=4.146

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.11	0.01	0.00	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.25	0.29	0.21	0.23
C2	0.01	0.00	0.04	0.10	0.01	0.10	0.00	0.34	0.01	0.01	0.00	0.00	0.10	0.08	0.01	0.02	0.32	0.30	0.34	0.30
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.01	0.04	0.07	0.04	0.02	0.03	0.07	0.00	0.02	0.03	0.01	0.32	0.36	0.26	0.28
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.12	0.01	0.11	0.07	0.09	0.07	0.12	0.11	0.02	0.01	0.14	0.02	0.37	0.43	0.24	0.30
C4	0.01	0.01	0.03	0.12	0.00	0.19	0.00	0.51	0.00	0.01	0.00	0.01	0.07	0.11	0.00	0.03	0.31	0.28	0.41	0.32
C4'	0.01	0.10	0.01	0.01	0.19	0.00	0.20	0.01	0.18	0.11	0.14	0.05	0.05	0.02	0.20	0.00	0.01	0.20	0.24	0.02
C5	0.01	0.00	0.04	0.11	0.00	0.20	0.00	0.51	0.00	0.00	0.00	0.01	0.05	0.12	0.01	0.04	0.30	0.27	0.38	0.31
C5'	0.11	0.34	0.07	0.07	0.51	0.01	0.51	0.00	0.43	0.32	0.44	0.26	0.03	0.07	0.55	0.01	0.01	0.40	0.37	0.03
C6	0.01	0.01	0.04	0.09	0.00	0.18	0.00	0.43	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.10	0.01	0.04	0.30	0.29	0.32	0.30
N1	0.00	0.01	0.02	0.07	0.01	0.11	0.00	0.32	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.06	0.01	0.01	0.30	0.30	0.30	0.29
N3	0.01	0.00	0.03	0.12	0.00	0.14	0.00	0.44	0.00	0.01	0.00	0.01	0.10	0.10	0.01	0.02	0.33	0.30	0.39	0.32
O2	0.02	0.00	0.07	0.11	0.01	0.05	0.01	0.26	0.01	0.01	0.01	0.00	0.14	0.10	0.01	0.03	0.31	0.31	0.32	0.29
O2'	0.03	0.10	0.00	0.02	0.07	0.05	0.05	0.03	0.04	0.05	0.10	0.14	0.00	0.04	0.08	0.05	0.16	0.22	0.17	0.14
O3'	0.02	0.08	0.02	0.01	0.11	0.02	0.12	0.07	0.10	0.06	0.10	0.10	0.04	0.00	0.14	0.03	0.30	0.37	0.25	0.22
O4	0.01	0.01	0.03	0.14	0.00	0.20	0.01	0.55	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.14	0.00	0.03	0.30	0.26	0.42	0.31
O4'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.02	0.03	0.05	0.03	0.03	0.00	0.19	0.25	0.17	0.18
O5'	0.25	0.32	0.32	0.37	0.31	0.01	0.30	0.01	0.30	0.30	0.33	0.31	0.16	0.30	0.30	0.19	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.29	0.30	0.36	0.43	0.28	0.20	0.27	0.40	0.29	0.30	0.30	0.31	0.22	0.37	0.26	0.25	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.21	0.34	0.26	0.24	0.41	0.24	0.38	0.37	0.32	0.30	0.39	0.32	0.17	0.25	0.42	0.17	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.23	0.30	0.28	0.30	0.32	0.02	0.31	0.03	0.30	0.29	0.32	0.29	0.14	0.22	0.31	0.18	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.14	1.02	0.22	0.28	0.40	0.20	0.26	0.17	0.48	0.31	0.84	1.42	0.82	0.19	0.12	0.26	0.32	0.15	0.14	0.40	0.21	0.43	0.22
C2	0.14	1.68	0.21	0.29	0.63	0.24	0.40	0.23	0.80	0.48	1.39	2.34	1.33	0.25	0.11	0.24	0.34	0.20	0.17	0.67	0.25	0.36	0.12
C2'	0.13	1.16	0.22	0.28	0.45	0.19	0.30	0.15	0.57	0.35	0.97	1.61	0.92	0.19	0.12	0.27	0.31	0.16	0.14	0.49	0.17	0.38	0.23
C3'	0.12	1.05	0.20	0.26	0.46	0.17	0.33	0.15	0.56	0.23	0.89	1.41	0.85	0.11	0.14	0.24	0.26	0.12	0.18	0.50	0.21	0.28	0.21
C4	0.14	2.11	0.19	0.26	0.81	0.24	0.52	0.25	1.00	0.57	1.73	2.88	1.68	0.28	0.11	0.22	0.33	0.22	0.19	0.84	0.24	0.22	0.11
C4'	0.20	0.74	0.13	0.13	0.41	0.08	0.34	0.10	0.46	0.09	0.65	0.95	0.64	0.15	0.22	0.18	0.19	0.13	0.18	0.42	0.17	0.35	0.26
C5	0.13	1.67	0.20	0.27	0.67	0.23	0.42	0.23	0.78	0.48	1.34	2.23	1.41	0.23	0.11	0.23	0.34	0.20	0.17	0.64	0.21	0.19	0.10
C5'	0.41	0.76	0.22	0.16	0.56	0.24	0.52	0.22	0.60	0.34	0.71	0.87	0.70	0.40	0.44	0.25	0.29	0.35	0.26	0.58	0.38	0.34	0.25
C6	0.13	1.27	0.21	0.29	0.51	0.22	0.32	0.20	0.59	0.38	1.02	1.72	1.06	0.20	0.11	0.25	0.35	0.18	0.15	0.49	0.20	0.25	0.11
N1	0.14	1.33	0.22	0.29	0.51	0.23	0.32	0.20	0.62	0.39	1.09	1.84	1.08	0.21	0.11	0.25	0.34	0.18	0.16	0.52	0.22	0.35	0.14
N3	0.14	2.01	0.20	0.28	0.75	0.25	0.48	0.25	0.96	0.55	1.67	2.79	1.57	0.28	0.11	0.23	0.34	0.21	0.19	0.81	0.26	0.30	0.10
O2	0.13	1.68	0.21	0.29	0.62	0.24	0.40	0.23	0.80	0.48	1.41	2.35	1.31	0.26	0.11	0.25	0.34	0.19	0.17	0.69	0.26	0.43	0.15
O2'	0.11	1.03	0.17	0.21	0.40	0.13	0.26	0.11	0.50	0.29	0.86	1.43	0.81	0.17	0.11	0.22	0.24	0.12	0.16	0.42	0.12	0.52	0.35
O3'	0.14	1.03	0.16	0.19	0.48	0.13	0.37	0.13	0.59	0.17	0.90	1.36	0.83	0.10	0.17	0.20	0.19	0.12	0.21	0.53	0.17	0.33	0.29
O4	0.14	2.48	0.18	0.24	0.93	0.24	0.62	0.27	1.20	0.65	2.06	3.42	1.93	0.32	0.12	0.19	0.31	0.23	0.21	1.01	0.27	0.17	0.14
O4'	0.16	0.64	0.22	0.26	0.28	0.17	0.20	0.14	0.31	0.21	0.52	0.87	0.53	0.15	0.15	0.26	0.29	0.13	0.14	0.26	0.20	0.38	0.22
O5'	0.12	0.31	0.06	0.12	0.19	0.29	0.16	0.37	0.20	0.12	0.27	0.39	0.27	0.12	0.13	0.13	0.01	0.24	0.51	0.18	0.44	0.42	0.57
OP1	0.07	0.48	0.10	0.07	0.21	0.17	0.14	0.30	0.23	0.23	0.38	0.62	0.42	0.17	0.09	0.21	0.03	0.08	0.44	0.19	0.50	0.28	0.44
OP2	0.20	0.34	0.23	0.07	0.27	0.04	0.30	0.10	0.32	0.33	0.34	0.41	0.29	0.32	0.26	0.36	0.02	0.14	0.27	0.33	0.37	0.26	0.30
P	0.07	0.10	0.10	0.02	0.11	0.11	0.12	0.19	0.13	0.11	0.12	0.09	0.10	0.12	0.10	0.21	0.01	0.07	0.34	0.14	0.36	0.22	0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.10	0.02	0.02	0.04	0.08	0.05	0.01	0.00	0.01	0.04	0.00	0.12	0.02	0.10	0.39	0.23
C2	0.05	0.00	0.62	0.53	0.01	0.45	0.01	1.25	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.38	0.06	0.06	1.50	0.01	2.00	2.53	2.13
C2'	0.00	0.62	0.00	0.00	0.32	0.01	0.14	0.08	0.27	0.32	0.48	0.73	0.62	0.17	0.01	0.00	0.02	0.01	0.15	0.20	0.10	0.61	0.30
C3'	0.01	0.53	0.00	0.00	0.25	0.00	0.13	0.02	0.24	0.21	0.41	0.65	0.51	0.10	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.19	0.10	0.35	0.11
C4	0.02	0.01	0.32	0.25	0.00	0.24	0.00	0.67	0.01	0.00	0.01	0.03	0.00	0.00	0.01	0.17	0.05	0.03	0.75	0.01	0.88	1.32	1.08
C4'	0.01	0.45	0.01	0.00	0.24	0.00	0.16	0.00	0.25	0.11	0.37	0.53	0.43	0.03	0.05	0.01	0.02	0.00	0.02	0.22	0.09	0.06	0.03
C5	0.01	0.01	0.14	0.13	0.00	0.16	0.00	0.50	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.06	0.05	0.03	0.57	0.01	0.66	1.10	0.89
C5'	0.10	1.25	0.08	0.02	0.67	0.00	0.50	0.00	0.73	0.15	1.05	1.49	1.14	0.11	0.22	0.07	0.05	0.04	0.01	0.65	0.12	0.12	0.02
C6	0.02	0.01	0.27	0.24	0.01	0.25	0.01	0.73	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.13	0.05	0.04	0.86	0.01	1.11	1.57	1.32
C8	0.02	0.01	0.32	0.21	0.00	0.11	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.00	0.00	0.27	0.04	0.03	0.22	0.02	0.35	0.14	0.13
N1	0.04	0.01	0.48	0.41	0.01	0.37	0.01	1.05	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.28	0.06	0.05	1.27	0.01	1.72	2.21	1.87
N2	0.08	0.01	0.73	0.65	0.03	0.53	0.02	1.49	0.02	0.03	0.01	0.00	0.03	0.02	0.04	0.47	0.08	0.09	1.88	0.02	2.65	3.20	2.70
N3	0.05	0.01	0.62	0.51	0.00	0.43	0.01	1.14	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.01	0.37	0.06	0.06	1.30	0.01	1.62	2.11	1.77
N7	0.01	0.01	0.17	0.10	0.00	0.03	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.19	0.04	0.03	0.14	0.02	0.08	0.40	0.28
N9	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.05	0.00	0.22	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.00	0.00	0.04	0.04	0.01	0.24	0.01	0.20	0.58	0.42
O2'	0.01	0.38	0.00	0.01	0.17	0.01	0.06	0.07	0.13	0.27	0.28	0.47	0.37	0.19	0.04	0.00	0.05	0.02	0.13	0.08	0.10	0.72	0.31
O3'	0.04	0.06	0.02	0.01	0.05	0.02	0.05	0.05	0.05	0.04	0.06	0.08	0.06	0.04	0.04	0.05	0.00	0.07	0.13	0.05	0.17	0.25	0.11
O4'	0.00	0.06	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.04	0.04	0.03	0.05	0.09	0.06	0.03	0.01	0.02	0.07	0.00	0.08	0.05	0.11	0.07	0.08
O5'	0.12	1.50	0.15	0.03	0.75	0.02	0.57	0.01	0.86	0.22	1.27	1.88	1.30	0.14	0.24	0.13	0.13	0.08	0.00	0.78	0.01	0.02	0.00
O6	0.02	0.01	0.20	0.19	0.01	0.22	0.01	0.65	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.08	0.05	0.05	0.78	0.00	1.00	1.46	1.23
OP1	0.10	2.00	0.10	0.10	0.88	0.09	0.66	0.12	1.11	0.35	1.72	2.65	1.62	0.08	0.20	0.10	0.17	0.11	0.01	1.00	0.00	0.01	0.01
OP2	0.39	2.53	0.61	0.35	1.32	0.06	1.10	0.12	1.57	0.14	2.21	3.20	2.11	0.40	0.58	0.72	0.25	0.07	0.02	1.46	0.01	0.00	0.00
P	0.23	2.13	0.30	0.11	1.08	0.03	0.89	0.02	1.32	0.13	1.87	2.70	1.77	0.28	0.42	0.31	0.11	0.08	0.00	1.23	0.01	0.00	0.00