ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49109

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 9, 8, 11, 12, 3, 2, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O4 A 0, 0.017, 0.064, 0.112, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.064 std_dev=0.047
O4' A 0, -0.006, 0.118, 0.242, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.118 std_dev=0.124
C2' A 0, -0.006, 0.125, 0.256, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.125 std_dev=0.131
O3' B 0, 0.146, 0.299, 0.452, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.299 std_dev=0.153
N2 B 0, 0.189, 0.346, 0.503, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.346 std_dev=0.157
N3 B 0, 0.193, 0.352, 0.511, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.352 std_dev=0.159
C2 B 0, 0.217, 0.382, 0.547, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.382 std_dev=0.165
P A 0, 0.179, 0.347, 0.515, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.347 std_dev=0.168
C1' B 0, 0.206, 0.374, 0.543, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.374 std_dev=0.169
O4' B 0, 0.244, 0.417, 0.590, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.417 std_dev=0.173
C3' B 0, 0.200, 0.381, 0.562, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.381 std_dev=0.181
C4' B 0, 0.248, 0.429, 0.610, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.429 std_dev=0.181
C4 B 0, 0.233, 0.419, 0.606, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.419 std_dev=0.186
N1 B 0, 0.278, 0.470, 0.663, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.470 std_dev=0.193
O5' A 0, 0.101, 0.295, 0.488, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.295 std_dev=0.193
N9 B 0, 0.234, 0.428, 0.622, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.428 std_dev=0.194
OP2 A 0, 0.209, 0.407, 0.606, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.407 std_dev=0.198
C2' B 0, 0.186, 0.385, 0.585, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.385 std_dev=0.200
O2' B 0, 0.166, 0.366, 0.566, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.366 std_dev=0.200
C4' A 0, -0.010, 0.191, 0.393, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.191 std_dev=0.201
OP1 A 0, 0.215, 0.433, 0.652, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.433 std_dev=0.219
O2' A 0, -0.049, 0.171, 0.391, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.171 std_dev=0.220
C5 B 0, 0.289, 0.510, 0.731, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.510 std_dev=0.221
C6 B 0, 0.319, 0.543, 0.766, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.543 std_dev=0.223
C5' B 0, 0.310, 0.534, 0.758, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.534 std_dev=0.224
C3' A 0, -0.027, 0.204, 0.434, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.204 std_dev=0.230
C8 B 0, 0.283, 0.519, 0.755, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.519 std_dev=0.236
C5' A 0, 0.071, 0.311, 0.551, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.311 std_dev=0.240
O5' B 0, 0.321, 0.570, 0.819, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.570 std_dev=0.249
O6 B 0, 0.379, 0.631, 0.883, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.631 std_dev=0.252
N7 B 0, 0.315, 0.569, 0.824, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.569 std_dev=0.254
P B 0, 0.366, 0.634, 0.903, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.634 std_dev=0.269
OP2 B 0, 0.370, 0.671, 0.973, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.671 std_dev=0.302
OP1 B 0, 0.321, 0.638, 0.955, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.638 std_dev=0.317
O3' A 0, -0.061, 0.315, 0.692, 2.758 max_d=2.758 avg_d=0.315 std_dev=0.377

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.06 0.10 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.02 0.07 0.06 0.11 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.05 0.01 0.05 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01 0.14 0.12 0.19 0.14
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.12 0.00 0.11 0.01 0.09 0.07 0.11 0.12 0.01 0.00 0.13 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.06 0.00 0.02 0.08 0.08 0.15 0.08
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.09 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.08 0.00 0.02 0.08 0.08 0.14 0.08
C5' 0.03 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.05 0.03 0.07 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.02 0.08 0.06 0.10 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01 0.01 0.06 0.06 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.06 0.00 0.02 0.08 0.07 0.13 0.07
O2 0.01 0.00 0.12 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.13 0.01 0.03 0.09 0.07 0.12 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.11 0.09 0.11 0.03 0.09 0.07 0.10 0.08 0.00 0.03 0.12 0.06 0.11 0.08 0.22 0.13
O3' 0.09 0.07 0.02 0.00 0.06 0.02 0.08 0.07 0.07 0.03 0.06 0.13 0.03 0.00 0.08 0.07 0.10 0.08 0.12 0.10
O4 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.08 0.00 0.02 0.08 0.09 0.17 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.07 0.02 0.00 0.05 0.07 0.06 0.05
O5' 0.08 0.07 0.14 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.06 0.08 0.09 0.11 0.10 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.12 0.03 0.08 0.04 0.08 0.03 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.11 0.19 0.05 0.15 0.02 0.14 0.02 0.10 0.09 0.13 0.12 0.22 0.12 0.17 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.14 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.05 0.07 0.07 0.13 0.10 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.11 0.13 0.10 0.08 0.08 0.10 0.06 0.11 0.09 0.10 0.27 0.11 0.12
C2 0.08 0.11 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.11 0.13 0.10 0.08 0.08 0.09 0.06 0.13 0.10 0.10 0.26 0.10 0.12
C2' 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.13 0.11 0.09 0.09 0.13 0.10 0.08 0.09 0.10 0.17 0.09 0.06
C3' 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.07 0.07 0.12 0.06 0.07 0.05 0.07 0.27 0.14 0.12
C4 0.11 0.11 0.08 0.09 0.10 0.12 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.15 0.13 0.10 0.24 0.11 0.12
C4' 0.06 0.09 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.11 0.09 0.06 0.06 0.09 0.06 0.06 0.05 0.08 0.27 0.11 0.10
C5 0.11 0.11 0.07 0.08 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.08 0.07 0.16 0.12 0.10 0.25 0.11 0.13
C5' 0.07 0.11 0.05 0.04 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.07 0.10 0.12 0.10 0.07 0.07 0.08 0.04 0.09 0.08 0.09 0.25 0.11 0.09
C6 0.09 0.11 0.07 0.07 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.05 0.14 0.10 0.10 0.26 0.11 0.12
N1 0.08 0.11 0.07 0.06 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.12 0.10 0.08 0.08 0.09 0.05 0.12 0.09 0.09 0.27 0.11 0.12
N3 0.09 0.11 0.08 0.07 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.13 0.10 0.09 0.09 0.10 0.07 0.14 0.11 0.10 0.25 0.10 0.12
O2 0.08 0.12 0.07 0.06 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.12 0.14 0.10 0.08 0.08 0.10 0.06 0.13 0.10 0.10 0.26 0.10 0.12
O2' 0.10 0.15 0.12 0.08 0.12 0.07 0.12 0.08 0.14 0.10 0.15 0.17 0.14 0.11 0.11 0.17 0.09 0.09 0.08 0.14 0.21 0.09 0.08
O3' 0.06 0.08 0.10 0.09 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07 0.07 0.06 0.15 0.09 0.06 0.07 0.06 0.33 0.18 0.16
O4 0.13 0.13 0.10 0.10 0.12 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.12 0.12 0.11 0.09 0.16 0.14 0.13 0.24 0.12 0.13
O4' 0.08 0.12 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.11 0.13 0.11 0.08 0.08 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.30 0.13 0.14
O5' 0.05 0.09 0.03 0.01 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.04 0.08 0.11 0.08 0.04 0.04 0.09 0.01 0.06 0.06 0.06 0.26 0.12 0.09
OP1 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.13 0.05 0.16 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.11 0.02 0.11 0.13 0.06 0.26 0.14 0.12
OP2 0.12 0.15 0.12 0.03 0.14 0.03 0.15 0.06 0.15 0.14 0.15 0.16 0.15 0.15 0.14 0.21 0.01 0.07 0.08 0.15 0.27 0.18 0.14
P 0.04 0.07 0.06 0.01 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05 0.04 0.12 0.00 0.04 0.07 0.05 0.26 0.14 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.14 0.10 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.06 0.10 0.01 0.09 0.10 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.20 0.11 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.22 0.09 0.08
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.10 0.01 0.09 0.09 0.05
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.14 0.05 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.10 0.01 0.07 0.11 0.06
C5' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.10 0.00 0.07 0.12 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.10 0.03 0.08 0.09 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04 0.10 0.01 0.07 0.11 0.05
N2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.07 0.11 0.02 0.11 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.06 0.10 0.00 0.11 0.09 0.05
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.11 0.03 0.07 0.11 0.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.02 0.10 0.09 0.05
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.08 0.10 0.08 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.23 0.14 0.12
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.24 0.10 0.09
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.10 0.11 0.06
O5' 0.06 0.10 0.06 0.03 0.10 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.06 0.03 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04 0.03 0.09 0.00 0.09 0.14 0.09
OP1 0.14 0.09 0.20 0.22 0.09 0.14 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.11 0.07 0.10 0.23 0.24 0.10 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.05 0.11 0.02 0.12 0.09 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.14 0.10 0.11 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.05 0.09 0.08 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.12 0.09 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00